Как педагог-психолог залез в токсикологию и эпигенетику
Часть 3. Переписка=)
Итак, отложив в сторону идеи про дефицит меди, прионы и нейральные интерфейсы этот материал тянул уже скорее на отдельную передачу для РЕН ТВ, я окончательно упаковал свою гипотезу о PFAS в препринт.
И начал веерную рассылку ученым. Естественно, не абы кому, а тем, чьи работы я читал и чьи данные использовал при построении модели. Писал коротко и по делу, при перекрестной проверке данных обнаружилась любопытная картина. Докинг по каталитическому карману в AutoDock Vina сам по себе не давал убедительного общего эффекта, а сигнал тонул в статистическом шуме. Однако в металлозависимой части анализа возникала согласованная тенденция.
Предполагаемый механизм > эпигенетический сбой может начинаться с нарушения доступности и перераспределения Fe2+. Под ударом оказываются ферменты "писатели" и "стиратели", работающие в том числе на HOX-промоторах. Почему этого не замечали раньше? Потому что общий докинг по каталитическому карману размазывал возможный эффект по сотням взаимодействий. Сигнал проявился только после точечного сопоставления с биологическими данными по конкретным белкам. А в эпицентре подозрительно часто оказывался PHF8 со всеми потенциальными последствиями.
Получалась довольно неприятная картина, ребенка еще нет, а воздействие на родителей уже теоретически может сдвинуть работу механизмов, участвующих в его развитии. Если позволить себе совсем грубую линейную экстраполяцию, то возможно, и следующего поколения.
Именно грубую экстраполяцию! Моя модель этого не доказывала. Для нормальной проверки не хватало ни данных, ни вычислительных мощностей. Отдельное спасибо барыгам, продававшим Pro-аккаунты для чертовых гугловских ноутбуков (H100), которые через неделю дружно перебанили. Короче, биоинформатика, предмет суровый. Множество расчетов на обычном CPU уже просто не поднять.
В общем, ученые начали отвечать. Если совсем коротко, то "денег нет, но вы держитесь". Взять гипотезу "с улицы" и понести ее в лабораторию никто не может. Нужны финансирование, грант минимум в лям $ или хотя бы публикация в профильном рецензируемом международном журнале, на которую можно сослаться при подаче заявки. Но сама гипотеза людей заинтересовала.
Один из ведущих мировых специалистов по эпигенетике написал, что модель надо разворачивать до полногеномной. Мол, хватит мять "это самое" и ковыряться в одной детали, надо смотреть, что происходит по всему геному. И сходу указал на несколько механизмов, которые тоже могут ломаться из-за нарушений в системе Fe2+/Fe3+. Заодно "популярно" объяснил, почему клеточная компенсация здесь может не сработать.
Привет, 2-His-1-карбоксилатная фациальная триада. Если кому нужна конкретика лучше погуглите, коротко это эволюционно древний и очень консервативный мотив, характерный для целого семейства железозависимых ферментов.
Тут я крепко задумался.
Пока думал, ответила второй мировой эксперт, ученая с очень красивым именем. Она, наоборот, посоветовала сначала добить до публикации конкретный механизм. Если он подтвердится, тогда уже будет смысл идти в полногеномный анализ.
Следом написал клинический генетик, работавший с детьми, у которых были нарушения PHF8. Я спросил, не сохранились ли у него ткани после биопсий, все-таки я вышел на тот же белок, только со стороны "сковородок". Тканей, естественно, уже не было, их давно утилизировали. Но разговор получился крайне содержательным. Он своими глазами видел, во что выливаются дефекты PHF8, и удивился тому, что я, не будучи профильным специалистом, добрался до этого механизма благодаря смеси слепой удачи, упрямства и фермы из гугловских ноутбуков.
Последнее, впрочем, уже история для Хабра. Хотя там и не такой вычислительный колхоз видели.
Обосновывать полногеномную развертку, имея на руках одну рабочую гипотезу и гугловские ноутбуки это явный тупик (а что делать? это прям мой максимум и то спасибо что что 10 акков давали доступы к 10, H100, я их распределил поэтапно на прогоны, и на параллель проверки данных, т.е. они все считали. Правда потом Гугл что то заподозрил и рубанул все. Но пофиг, главное я уже успел прогнать).
Через пару дней я снова написал эксперту с красивым именем и честно признался, что застрял. Объяснил, в чем именно проблема. Она ответила, что имеющегося "ядра" более чем достаточно для отдельной публикации. Нужно не пытаться копать в весь геном, а тщательно отшлифовать конкретный механизм. Заодно прислала несколько своих свежих "мокрых" (лабораторных) работ о связи PHF8 с онкологическими процессами.
Пока я читал статьи и прогонял новые данные через сооруженный на скорую руку фреймворк, продолжали приходить ответы от других специалистов. Они указывали на пробелы в моей первоначальной логике и присылали собственные публикации по смежным темам.
Стало понятно, что направление я выбрал правильное, но материала уже набралось на целый обзор, примерно "от генов до клеточных мембран".
Поэтому я решил начать с "малого", сформулировать конкретную эпигенетическую гипотезу в виде связной механистической модели, которую можно проверить сравнительно простым экспериментом.
Так сказать, сделать первый шаг.
Правда, в одной из сравнительных таблиц рядом с железом "совершенно случайно" оказались медь и марганец.
Зачем?
Потому что один британский генетик по-товарищески предупредил, не стоит на старте лезть в журналы с темами вроде PrP, какими бы перспективными ни казались результаты. Иначе можно похоронить себя еще на взлете и потом хрен отмоешься.
И то что в приличном британском научном обществе иногда достаточно просто произнести слово "прионы", чтобы с ровного места получить с ноги в морду-лица. Историю BSE и вариантной болезни Крейтцфельдта - Якоба, там помнят слишком хорошо.
Впрочем, никаких коллективных психологических травм, конечно, не существует.
Жил себе человек. Потом внезапно начал хихикать, злиться и отвечать невпопад. А через несколько месяцев раз, и нет человека.
От чего? Да какая теперь разница. Все равно бы помер, никто вечно не живет.
И тут я осознал, что мне придется идти в публикацию в профильный международный рецензируемый журнал, буквально с улицы. Либо тупо слиться и забить...
В следующей части, как я выбирал журнал, проходил рецензию и был опубликован и почему это только начало...



























































