SiberXXX

SiberXXX

На Пикабу
Дата рождения: 22 сентября
173 рейтинг 35 подписчиков 1 подписка 3 поста 1 в горячем
6

Как педагог-психолог залез в токсикологию и эпигенетику

Часть 3. Переписка=)

Итак, отложив в сторону идеи про дефицит меди, прионы и нейральные интерфейсы этот материал тянул уже скорее на отдельную передачу для РЕН ТВ, я окончательно упаковал свою гипотезу о PFAS в препринт.

Как педагог-психолог залез в токсикологию и эпигенетику

И начал веерную рассылку ученым. Естественно, не абы кому, а тем, чьи работы я читал и чьи данные использовал при построении модели. Писал коротко и по делу, при перекрестной проверке данных обнаружилась любопытная картина. Докинг по каталитическому карману в AutoDock Vina сам по себе не давал убедительного общего эффекта, а сигнал тонул в статистическом шуме. Однако в металлозависимой части анализа возникала согласованная тенденция.

Предполагаемый механизм > эпигенетический сбой может начинаться с нарушения доступности и перераспределения Fe2+. Под ударом оказываются ферменты "писатели" и "стиратели", работающие в том числе на HOX-промоторах. Почему этого не замечали раньше? Потому что общий докинг по каталитическому карману размазывал возможный эффект по сотням взаимодействий. Сигнал проявился только после точечного сопоставления с биологическими данными по конкретным белкам. А в эпицентре подозрительно часто оказывался PHF8 со всеми потенциальными последствиями.

Получалась довольно неприятная картина, ребенка еще нет, а воздействие на родителей уже теоретически может сдвинуть работу механизмов, участвующих в его развитии. Если позволить себе совсем грубую линейную экстраполяцию, то возможно, и следующего поколения.

Именно грубую экстраполяцию! Моя модель этого не доказывала. Для нормальной проверки не хватало ни данных, ни вычислительных мощностей. Отдельное спасибо барыгам, продававшим Pro-аккаунты для чертовых гугловских ноутбуков (H100), которые через неделю дружно перебанили. Короче, биоинформатика, предмет суровый. Множество расчетов на обычном CPU уже просто не поднять.

В общем, ученые начали отвечать. Если совсем коротко, то "денег нет, но вы держитесь". Взять гипотезу "с улицы" и понести ее в лабораторию никто не может. Нужны финансирование, грант минимум в лям $ или хотя бы публикация в профильном рецензируемом международном журнале, на которую можно сослаться при подаче заявки. Но сама гипотеза людей заинтересовала.

Один из ведущих мировых специалистов по эпигенетике написал, что модель надо разворачивать до полногеномной. Мол, хватит мять "это самое" и ковыряться в одной детали, надо смотреть, что происходит по всему геному. И сходу указал на несколько механизмов, которые тоже могут ломаться из-за нарушений в системе Fe2+/Fe3+. Заодно "популярно" объяснил, почему клеточная компенсация здесь может не сработать.
Привет, 2-His-1-карбоксилатная фациальная триада. Если кому нужна конкретика лучше погуглите, коротко это эволюционно древний и очень консервативный мотив, характерный для целого семейства железозависимых ферментов.

Тут я крепко задумался.

Пока думал, ответила второй мировой эксперт, ученая с очень красивым именем. Она, наоборот, посоветовала сначала добить до публикации конкретный механизм. Если он подтвердится, тогда уже будет смысл идти в полногеномный анализ.

Следом написал клинический генетик, работавший с детьми, у которых были нарушения PHF8. Я спросил, не сохранились ли у него ткани после биопсий, все-таки я вышел на тот же белок, только со стороны "сковородок". Тканей, естественно, уже не было, их давно утилизировали. Но разговор получился крайне содержательным. Он своими глазами видел, во что выливаются дефекты PHF8, и удивился тому, что я, не будучи профильным специалистом, добрался до этого механизма благодаря смеси слепой удачи, упрямства и фермы из гугловских ноутбуков.
Последнее, впрочем, уже история для Хабра. Хотя там и не такой вычислительный колхоз видели.

Обосновывать полногеномную развертку, имея на руках одну рабочую гипотезу и гугловские ноутбуки это явный тупик (а что делать? это прям мой максимум и то спасибо что что 10 акков давали доступы к 10, H100, я их распределил поэтапно на прогоны, и на параллель проверки данных, т.е. они все считали. Правда потом Гугл что то заподозрил и рубанул все. Но пофиг, главное я уже успел прогнать).

Через пару дней я снова написал эксперту с красивым именем и честно признался, что застрял. Объяснил, в чем именно проблема. Она ответила, что имеющегося "ядра" более чем достаточно для отдельной публикации. Нужно не пытаться копать в весь геном, а тщательно отшлифовать конкретный механизм. Заодно прислала несколько своих свежих "мокрых" (лабораторных) работ о связи PHF8 с онкологическими процессами.

Пока я читал статьи и прогонял новые данные через сооруженный на скорую руку фреймворк, продолжали приходить ответы от других специалистов. Они указывали на пробелы в моей первоначальной логике и присылали собственные публикации по смежным темам.

Стало понятно, что направление я выбрал правильное, но материала уже набралось на целый обзор, примерно "от генов до клеточных мембран".

Поэтому я решил начать с "малого", сформулировать конкретную эпигенетическую гипотезу в виде связной механистической модели, которую можно проверить сравнительно простым экспериментом.

Так сказать, сделать первый шаг.

Правда, в одной из сравнительных таблиц рядом с железом "совершенно случайно" оказались медь и марганец.

Зачем?

Потому что один британский генетик по-товарищески предупредил, не стоит на старте лезть в журналы с темами вроде PrP, какими бы перспективными ни казались результаты. Иначе можно похоронить себя еще на взлете и потом хрен отмоешься.
И то что в приличном британском научном обществе иногда достаточно просто произнести слово "прионы", чтобы с ровного места получить с ноги в морду-лица. Историю BSE и вариантной болезни Крейтцфельдта - Якоба, там помнят слишком хорошо.

Впрочем, никаких коллективных психологических травм, конечно, не существует.
Жил себе человек. Потом внезапно начал хихикать, злиться и отвечать невпопад. А через несколько месяцев раз, и нет человека.
От чего? Да какая теперь разница. Все равно бы помер, никто вечно не живет.

И тут я осознал, что мне придется идти в публикацию в профильный международный рецензируемый журнал, буквально с улицы. Либо тупо слиться и забить...

В следующей части, как я выбирал журнал, проходил рецензию и был опубликован и почему это только начало...

Показать полностью 1
11

Как педагог-психолог залез в токсикологию и эпигенетику

Часть 2. Небольшое отступление от основной темы

История PFAS (группа веществ) началась в 1938 году, когда один химик случайно получил политетрафторэтилен. Будущий тефлон оказался невероятно устойчивым к воде, жиру и температуре.
Промышленники были в таком восторге, что просто рыдали от счастья. PFAS начали добавлять почти везде. Ими обрабатывали бумажные стаканчики (поэтому они не раскисают от горячего кофе. Вот вам и магия), упаковку для еды, одежду, мебель и обувь. Они могли оказаться в туши для ресниц, тональной пудре, креме для обуви и полироли, даже в противопожарной пене.

Ну а что? Жир не липнет, вода скатывается, вещи не пачкаются, а молекулы почти не разрушаются. Последнее почему то посчитали мелкой технической деталью (хотя позже осознали промашку и дали красивое название "вечные химикаты", ну а чего мелочиться, такая имба получилась).

Пока все радовались чудесам науки. Внутренние исследования производителей PFAS это 3M и DuPont уже в шестидесятых знали о высокой токсичности PFAS, высокой биоаккамуляцией и вообще чет работникам на производстве явно не здоровится. Однако производство продолжалось. Деньги текли рекой, какой идиот откажется от таких прибылей, ну а то что ядовитый, вечный химикат, да тьфу, делов то, от чего кто загнулся, все равно никто не вечен. Зато сковородка красивая и тушь не течет.

В конце девяностых годов один юрист взялся за дело фермера. Рядом со свалкой DuPont погибали коровы, а причиной подозревали загрязненную воду. Через суд юрист получил внутренние документы компании. Затем появилась независимая научная комиссия, которая установила вероятную связь воздействия C8 (PFOA тоже из группы PFAS) с шестью заболеваниями, включая рак и болезни щитовидной железы.
Начались суды, компенсации и отказ крупных западных компаний от длинноцепочечной группы PFAS таких как PFOA и PFOS. Но старые PFAS не исчезли, производство тупо перенесли с глаз долой в другие страны, подальше от регуляторов, заплатив смешные штрафы.
Чисто для маркетинга и что-бы все отвалили, на смену старым PFOA и PFOS презентовали короткоцепочечные аналоги, тот самый GenX. Предлагая как более "безопасную" замену.

А на новые исследования, которые показывают, что короткоцепочечные безопасными по умолчанию не стали - тупо забили.

Что имеем? А то что сегодня PFAS находят в арктическом снегу, дождевой воде, плаценте, грудном молоке и крови подавляющего большинства обследованных людей. И то, что в ряде крупных стран нет мониторинга на эту группу веществ, вот такая вот случайность. Но самое неприятное начинается дальше.

Почему я так залип на железе в данных?

Представьте, что эмбрион это огромная стройка. ДНК представляет собой генеральный план. Гены развития содержат задания для бригад. Где строить нервную систему, где конечности, а где остальные ткани и в какой последовательности. На особенно важных заданиях висят две бирки.
Зеленая сообщает, что бригада готова.
Красная запрещает начинать работу раньше времени.
Такое состояние называется бивалентным хроматином. Ген подготовлен к быстрому запуску, но пока удерживается в режиме ожидания, что-бы не сбить последовательность "сборки".

В нужный момент специальные ферменты снимают одну из бирок. Среди них есть JmjC деметилазы. Для работы им критично нужны доступное железо Fe2+.
PFAS похоже могут нарушать распределение железа, работу митохондрий и эпигенетических ферментов.
Если просто, прораб Петрович набухался, потерял ключи и не снял красную бирку с нужного задания. На стройке паника. Одна бригада ждет команду. Другая лезет вперед. Третья вообще не понимает, что должна строить. На шум приезжает инспекция. Разбираться ей некогда, сроки жмут. Она видит бардак, пьяного Петровича, тупо ставит на текущей части работ печать отказать и уезжает.
В результате рандомный участок стройки могут пропустить. Временная задержка превращается в длительное молчание гена. Если это произошло во время раннего развития эмбриона, вернуться назад и спокойно достроить нервную систему уже не получится.

Это и есть эрозия бивалентности. Система, которая должна точно переключать гены развития, начинает терять балансировку, метки H3K4me3 и H3K27me3 осыпаются вместе. Потеря H3K4me3 снимает естественный блок с фермента DNMT3A, который начинает наглухо запечатывать ДНК метилированием. И это уходит в наследование.

А что будет дальше?

Хм... массовое производство PFAS продолжается несколько десятилетий. За это время в условиях постоянного воздействия родились уже три или четыре человеческих поколения.

Даже если завтра волшебным образом удалить PFAS из воды, еды и крови, это не отменит уже возникшие нарушения развития. Но называть их вечными поломками генов без полных данных пока нельзя.
И да, проблема в том, что волшебного удаления не будет.

Каждое новое поколение получает не только возможное "рандомно поломанное" наследие предыдущего, но и собственную дозу воздействия. Да, на новой стройке Петрович опять набухается, а инспекция продолжает закрывать случайные участки и так далее.

Что произойдет к условному поколению F6, никто честно не знает. Результаты на червях и крысах нельзя прямо переносить на людей. Но человечество уже проводит этот эксперимент на себе. Без чистой контрольной группы и без кнопки "отмена".

Главный вопрос в том, какие нарушения к этому времени начнут казаться нормой, потому что мы уже забудем, как выглядела норма до появления PFAS.

Показать полностью
36

Как педагог-психолог залез в токсикологию и эпигенетику

Привет, Пикабу! Я педагог-психолог, "обслуживающий персонал" в системе образования, т.е. никто. Когда ко мне приходили родители с глазами, полными отчаяния, и спрашивали, почему их ребенок не такой, как все, я смотрел в методичку, а там ответы в стиле "солнечная радиация" или "бухать надо было меньше" "плохая экология". Приходилось импровизировать...
Честно говоря, давно смотрел на пугающий мировой рост РАС (расстройств аутистического спектра) и СДВГ.
И у меня дико дергался левый глаз... и правая нога... от популярных теорий в духе: "это все ваши тиктоки", "вы просто диагностировать научились" или "пороть в детстве надо было", "это все зуммеры".
Давайте начистоту, смартфоны и нехватка ремня не могут одинаково ломать нейронные связи у детей в США, Европе, Индонезии и т.д. Я нутром чуял, что есть некий глобальный фактор. Что-то, что массово и коварно травит людей, не убивая, а тихо ломая тонкие настройки организма. Но что?

Стимул настиг меня в пятницу вечером, за просмотром фильма "Темные воды".
Там была жесткая сцена с коровой (кадры из реальной документалки). У буренки глаза затянуты бельмом (привет, пробитый гематоэнцефалический барьер), передние ноги хотят идти прямо, задние танцуют лунную походку (привет, отлетевшая ЦНС), и она в приступе немотивированной агрессии бросается на фермера. Я чуть пивом не поперхнулся, глядя на это.

Я смотрел на эту слепую полупарализованную коровенку и думал на "китайском": "Ё-моё!".
Поведение буренки подозрительно напоминало коровье бешенство (BSE).
Я полез в Гугл и... понеслась! Теория дефицита меди с компенсаторикой марганца, который повреждает белок и гипотетически может приводить к поломке белков, аж до "предприонных состояний". Далее, карты вспышек прионных заболеваний диких животных (если там водятся подходящие) идеально ложились на места производства фторуглеродов, конкретно семейства PFAS. Не верите - посмотрите сами, да я в курсе что PFOA (с-8) это не органофосфаты, а фторуглероды. Тех самых, которыми покрывают ваши любимые антипригарные сковородки и прочую посуду. Приятного аппетита, друзья!
Ну корреляция и корреляция - думал я, <сарказм>подумаешь, блин, прионы, делов-то </сарказм>.

Итак, есть гипотеза о связи дефицита металлов (меди) с образованием предприонов (да, та самая корова). Но как это доказать, если у тебя в арсенале нет собственной лаборатории, а есть только диплом психолога и хреновый доступ к интернету (спасибо РКН, вы лучшие!)?

Тут я нагуглил про публичные зарубежные биобанки с открытыми данными. И внезапно оказалось, что та самая унылая математическая статистика, которой нас безжалостно пытали на психфаке (чтобы мы умели высчитывать валидность и погрешность тестов), работает для поиска скрытых корреляций в большой биологии! Математика - "ето вам не это..."

Я написал несколько скриптов на Питоне, закинул удочку в массивы данных в поисках металлов и… откровенно выпал в осадок.

Да, медь там была. Но с железом творилась какая-то лютая дичь. Получалась следующая картина, в крови сывороточного железа - хоть гвозди куй, а внутри самой клетки (Fe2+) - жесточайший дефицит. То есть выглядело так, что транспортные механизмы сломались, и клеточный "замок" для железа что-то забетонировало. Я стал пристальнее смотреть на данные, крутя их (да как я их только не крутил) отслеживая эту аномалию. А от Fe2+ потянулась ниточка к конкретным зависимым механизмам в генах, конкретно к HOX-промоторам и белкам, к тому же PHF8.

Я начал копать вширь, опираясь на разрозненные работы эпидемиологов, клинических генетиков и токсикологов по всему миру. Пазл начал складываться в жуткую картину.
Начали проступать четкие связи конкретных фторполимеров с нарушениями нейроразвития у детей и нейродегенерацией у взрослых. Параллельно бодро ползет вверх кривая болезни Альцгеймера, Паркинсона и прочей пакости. Солнечная радиация, ага.
Когда все это сошлось воедино, моя кукушка слегка пошатнулась. Масштаб того, как эта химическая дрянь может травить нас, ломая нервные клетки и гены (причем так, что это передается по наследству!), пугал до икоты.
Поняв, что если я буду держать это в себе, то точно уеду в дурку, я собрал все нарытые данные, оформил их в "реферат" получил ORCID и залил свой препринт на Zenodo. А потом начал веерную рассылку холодных писем мировым светилам. Суть сводилась к следующему: "Здрасьте! Я тут мимо проходил, но кажется, нашел общий механизм, как ПФАС ломают гены. Можете у себя в пробирках потыкать это?"

Уровень моей наглости рос по экспоненте, а синдром самозванца просто ушел в запой. Да, я независимый исследователь из Новосибирска. Да, у меня за спиной нет профильного образования, института и грантов на миллионы долларов, а в бэкграунде я честно писал, что я педагог-психолог (и ни хрена в этом не понимаю). Но мне было плевать - как на это, так и на корпоративное лобби.

Ну что они мне сделают? Высмеют? Пфф! Так я с порога заявлял, что я педагог-психолог из Сибири. Хотите высмеять - смейтесь на здоровье. Я один хрен не профильный специалист.
Или что мне сделают условные DuPont или 3M? Перекроют гранты на проведение тестов по профориентации или пожалуются президенту?
Отправляя этот спам мировым ученым, я был морально готов к ответам в стиле: "Мальчик, иди потрогай траву, не пей столько по пятницам и вообще сходи сам к коллегам-психологам на прием".
Но мне ответили... кхм... иначе...

Так началась моя история.

Показать полностью
Отличная работа, все прочитано!

Темы

Политика

Теги

Популярные авторы

Сообщества

18+

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Игры

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Юмор

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Отношения

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Здоровье

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Путешествия

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Спорт

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Хобби

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Сервис

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Природа

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Бизнес

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Транспорт

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Общение

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Юриспруденция

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Наука

Теги

Популярные авторы

Сообщества

IT

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Животные

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Кино и сериалы

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Экономика

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Кулинария

Теги

Популярные авторы

Сообщества

История

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Недвижимость и ремонт

Теги

Популярные авторы

Сообщества