После своей последней миссии, Snake обосновался на Аляске. Там он пристрастился к алкоголю, и пытался забыть всё произошедшее в Занзибаре.

Snake снова возвращается в армию США, после того как Рой Кэмпбелл уговаривает его спасти заложников, взятых в плен членами отряда FOXHOUND на архипелаге Shadow Moses, на котором находится станция по утилизации ядерных отходов. Побрившись, и получив все необходимые прививки в виде небольшой инъекции наномашин, которые нам вколола Наоми Хантер, одна из членов группы поддержки, которые будут помогать Снейку на его миссии. Также в эту группу входят: Мастер Миллер (эксперт по флоре и фауны Аляски), и Мей Линг. Snake отправляется на архипелаг. Проникнув на станцию, Snake обнаруживает Дональда Андерсона. Андерсон - бывший член отряда FOX. Он сообщает Снейку, что вся эта база, всего лишь ширма, для постройки нового Metal Gear-а. Новая модель получила имя "Metal Gear REX". Но внезапно, Дональд умирает от сердечного приступа. Выйдя из камеры, в которой содержался Дональд Андерсон, Snake встречается с Мэрил Сильвербург, племянницей Роя Кэмпбелла. После короткой встречи, их пути расходятся. После встречи с Мэрил, мы находим Кеннета Бейкера, президента компании ArmsTech, которая является одной из ведущих компаний по изготовлению оружия. Бейкер находится не в лучшем положении. Он связан, а также находится в компании Револьвера Оцелота, члена отряда FOXHOUND. После короткой перестрелки, происходит странное. Из ниоткуда появляется кибер ниндзя, и отрубает Оцелоту руку, и исчезает в облаке дыма. После всего этого, в разговоре с Кеннетом Бэйкером, Snake окончательно убеждается что Shadow Moses не станция по утилизации отходов, а новый Metal Gear представляет огромную угрозу для США. Но вдруг,Бейкер умирает от сердечного приступа, и Snake понимает, что это не просто совпадение. С помощью полковника, Snake связывается с Meryl и узнаёт от неё много новой информации. Оказывается, доктор Хэл Эммерих, один из главных создателей нового Metal Gear-а всё ещё жив, а FOXHOUND проникли на станцию без особых сложностей, потому что должны были обеспечивать безопасность намеченных тестов.

В попытках добраться до Хэла Эммериха, Snake встречает Vulcan Raven-а, очередного члена FOXHOUND. После битвы, Snake наконец то добирается до здания, где держат Хэла Эммериха. В одном из коридоров, людей убивает непонятно кто. Явно невидимый и очень жестокий.

Snake понимает, что это тот самый ниндзя , который отрубил руку Оцелоту. Snake следует за ним, и в один момент завязывается драка. По окончанию которой, ниндзя убегает. И в этот момент Snake понимает, что этот самый ниндзя, на самом деле Gray Fox. Тот самый оперативник FOXHOUND которого мы спасаем в 1-ом Metal Gear, а также дерёмся с ним на минном поле в Zanzibar Land-е во 2-ом Metal Gear. После взрыва Zanzibar Land, Грея Фокса вытащили из под обломков оперативники FOXHOUND, накачали его экспериментальными лекарствами, а потом одели его в этот кибер костюм. После чего 4 года ставили на нём эксперименты, из за чего он почти полностью лишился памяти и рассудка. Единственное что он помнил, так это ту битву со Снейком на минном поле. Именно поэтому он жаждет снова сразиться со Снейком, что-бы тот заставил его почувствовать хоть что нибудь. Даже если это будет боль.

После освобождения, доктор Эммерих рассказывает Снейку много важной информации. Оказывается что новый Metal Gear, это не просто новая модель, а настоящий прорыв. Metal Gear REX более совершенный во всех параметрах. Но главаня его особенность в том, что он запускает ядерные ракеты с помощью магнитно ускорительной пушки. Если сказать по другому, то эти ракеты невидимы для радаров.

Также, Отакон рассказывает от подробностях отмены запуска ракет. После поисков Мерил, Snake встречает ещё одного оперативника FOXHOUND.

Перед ним предстаёт Psycho Mantis.

После самой оригинальной битвы с боссом, Snake выходит победителем, а Psycho Mantis делает первое и последнее хорошее дело в своей жизни.

Mantis открывает секретный проход. Через минуту после всех этих событий, Мэрил подстреливает Sniper Wolf, которая является членом отряда FOXHOUND.

Snake отправляется в оружейную, за снайперской винтовкой, но вернувшись на место, не обнаруживает там Мэрил. После небольшой снайперской дуэли, Снейка берут в плен. Здесь Солид и встречает Ликвида, который называет его не иначе как брат. И во время разговора, выясняется что Мэрил жива. Во время перерыва между пытками, Снейк общается с полковником Кэмпбеллом, Найойми, обнаруживает у себя в камере, подгнивший труп Дональда Андерсона, а также обращает внимание на охранника у которого явно проблемы с желудком.

После небольшой подставы с кетчупом и оглушенным охранником, Снейк сбегает из плена, и отправляется дальше. После небольшой прогулки по комплексу, Снейк оказывается на крыше, где сбивает вертолёт на котором летел Ликвид. Спустившись вниз Снейк снова встречает Sniper Wolf. На этот раз, поединок оказался фатальным для одного из участников. А именно для Sniper Wolf.

После всего этого Снейк отправляется к Metal Gear REX. По пути ему звонит Мастер Миллер, и сообщает о том, что Наоми Хантер возможно не Наоми Хантер. Вдруг Снейк снова встречает Vulcan Raven-а. После поражения, Raven рассказывает о том, что Дональд Андерсон вполне мог быть не собой. Поскольку Decoy Octopus (очередной член FOXHOUND который специализируется на маскировке) настолько искусен в совём деле, что копирует даже кровь своих жертв.

Дальше, выясняется то, что Наоми Хантер на самом деле не Наоми Хантер, а Снейк является носителем ретро-вируса FOXDIE, который нацелен на убийство людей с определённым заранее геномом. А именно членов отряда FOXHOUND, и руководство организации ARMSTECH. Тут же Наоми рассказывает о том, почему заразила им Снейка. Оказывается что Gray Fox спас её, вырастил и рассказал ей что происходит в мире. Она рассказывает о ненависти к тем людям, которые вытащили его из под обломков Занзибар Лэнда, запихнули его в этот кибер костюм, а потом 4 года ставили на нём генетические эксперименты, пока он совсем не сошёл с ума. Но также Наоми рассказывает о том, что введения вируса FOXDIE Снейку, не является её личной идеей. Оказывается вся миссия Снейка была спланирована Пентагоном, и введение вируса тоже. Наоми только слегка его модернизировала, в тайне от правительства.

Добравшись до Metal Gear-а, Снейк узнаёт что Мастер Миллер на самом деле является Ликвидом Снейком, а сам Снейк был заслан на Shadow Moses как переносчик вируса, который в итоге убьет всех на станции, и правительство могло бы просто закрыть глаза на все произошедшие на этой станции. Из за манипуляция Ликвида, Снейк вводит в консоль запуска нужный код, и активирует Metal Gear.

В этот момент Ликвид задвигает огромную речь о том, что Солид и Ликвид не просто браться, а они клоны Биг Босса. Поэтому намёки оного в 1-о и 2-ом Metal Gear были не бреднями сумасшедшего, а вполне объективной правдой. Так вот... У Ликвида развился комплекс неполноценности, и он захотел доказать всем что он чего-то да стоит.

Начинается эпичная битва с огромной механической машиной, в ключевой момент которой появляется Gray Fox. Он спасает Снейка, но умирает сам, наконец то избавившись от своих мучений.

После победы на машиной, Снейк приступает к кулачной драке с Ликвидом. А после победы сбегает с острова. Ликвид настигает его и здесь, но... умирает от FOXDIE.

Вот и конец... Или нет?