DeadRa

пикабушник
пол: мужской
поставил 80 плюсов и 10 минусов
461 рейтинг 24 подписчика 53 комментария 20 постов 7 в "горячем"
21

Поиск праймера для возможности идентифицирования материала у псовых.

Недавно наткнулся на статью

(Её гоблинский перевод тут)


В кратце, найдена характерная физиологическая черта, присущая только собакенам: пара мимических мышц, способных сделать бровки домиком.

Дело в том, что в моей лабе работает аспирант, которая как раз генотипирует собак, изучая историю их доместикации. Я решил также попробовать себя в этой области, благо материал и реактивы у меня считай есть.


Идея такая: было бы круто вычленить гены, отвечающие за появление мимических мышыц у собакенов и поискать праймеры, которые бы позволили генотипировать эти участки. Далее проверить полученные затравки и запатентовать их, как способные невероятно точно отличить биологический материал собак от волков, не выступающих в цирке.


Да, я знаю, что есть теория генных сетей и что наверняка за этот признак ответственен не один ген. Но мне не привыкать к трудностям.


Что думаете?

22

Давайте поговорим немного о генетике, Часть I (Faq) 

В комментариях под моим неоднозначным постом развернулась довольно обширная дискуссия. В своей статье я написал много непонятных вещей. Мне показалось правильным, что я должен буду ответить хотя бы на некоторые вопросы, которые были в комментариях, перед тем как идти дальше.

Давайте поговорим немного о генетике, Часть I (Faq)  Генетика, ДНК, Синтез, История генетики, Длиннопост

Вопрос логичный, ибо тему с синтезом белка через матрицу ДНК не раскрывают ни в школах, ни в универах (на счёт последнего я не совсем уверен. В моём универе это просто упоминалось без детального разбора. Как обстоят дела в остальных, я понятия не имею).

Чтож, начну с самого начала.

На самом деле информация о том, что ДНК способна послужить матрицей для белка в обход ИРНК, была известна ещё с 1960-х годов. Данный эффект был обнаружен у кишечной палочки E.Colli — питомца, которого все любят больше чем собак и кошек. Учёные Бы.Жы. Маккарти и Же.Же. Голандия (B. J. MCCARTHY and J. J. HOLLAND)  заметили, что некоторые препапраты ДНК, полученные из клеток млекопитающих, могли стимулировать синтез белка у Е.Колли.

Давайте поговорим немного о генетике, Часть I (Faq)  Генетика, ДНК, Синтез, История генетики, Длиннопост

При детальном рассмотрении оказалось, что ИРНК не участвует в этом процессе.

ДНК из других источников была практически не активна.

В ходе новой работы учёные заметили, что если жахнуть побольше таких антибиотиков, как стрептомицин, каномицин и неомицин, то Е.Колли начнёт делать белки по матрице ДНК млекопитающих как парень, который узнал, что его девушка скоро встанет и надо побыстрее приготовить завтрак.

Давайте поговорим немного о генетике, Часть I (Faq)  Генетика, ДНК, Синтез, История генетики, Длиннопост

Для того, что бы удостоверится в синтезе белка, учёные брали радиоактивные аминокислоты. Сама ДНК млекопитающих была получена методом Мурмура (Marmur.). Для тестов брали дезоксирибонуклеоняшу из различных бакетрий (Staphylococcus aureus, 35 per cent GC; Bacillus subtilis, 42 per cent GC; E. coli, 50 per cent GC; Proteus morganii, 52 per cent GC; Aerobacter aerogenes,

55 per cent GC; Serratia marcescens, 58 per cent GC; Pseudomonas aeroginosa, 65 per cent GC) и спермы позвоночного лося. ДНК кипятили при температуре в 60 градусов цельсия в слабом растворе NaOH, чтобы разрушить всякий РНК-мусор и денатурировать саму ДНК, сделав её одноцепочечной (на сколько я знаю, сама по себе ДНК не может существовать в одноцепочечном виде. Она тут же начнёт сама себя корёжить и образовывать шпильки).

Давайте поговорим немного о генетике, Часть I (Faq)  Генетика, ДНК, Синтез, История генетики, Длиннопост

После чего учёные устроили танцы с бубном, этанолом и регуляцией рН, но я в них точно не разобрался. Вроде как они хотели осадить ДНК, чтобы у неё не было примесей и с ней можно было работать. Далее эти кусочки ДНК скармливали Е.Колли вместе с антибиотиками и кишечная палочка делала белки. Благодаря их воздействию на РРНК, Е.Колли начинала активно производить различные новые белки, которых она производить не могла из-за того, что у неё не было нужных генов. Из этого следует вывод, что синтез белков возможен при использовании ДНК в качестве матрицы.

Я не слишком силён в биохимии, поэтому, если вам интересно, почему антибиотики такие вот молодцы, помогающие ДНК, то вот вам статья.

Пасиба за внимание.

Показать полностью 2
29

Throne Room of the Gryphon Empire

Throne Room of the Gryphon Empire Грифон, My Little Pony, Throneroom, Speed painting, Видео

Арт для мода Equestria at War mod на игру Hearts of Iron IV.

Также я впервые попробовал заебацать спидпейнт в формате HD. Рендеринг длился около двух часов, для меня это очень серьёзно. Как думаете, оставлять такой формат?

172

Давайте поговорим немного о генетике, Часть I

Аннотация: мне очень нравится генетика, а именно тот её раздел, который связан с молекулярной её частью. Я материалист и геноцентрист, поэтому я считаю, что гены и их изучение могут помочь нам понять смысл нашей с вами жизни. Я не смогу вас переубедить, если вы верите в сверхъестественное или лженаучное. У меня это не получится сделать чисто физически. Но мне кажется, что я просто обязан поделится с вами частичкой тех знаний, которые преподают у нас в ВУЗе на парах по биотехнологии.


Все грамматические ошибки в тексте являются авторскими и критике не подлежат.


Собсно, я пожалуй начну с догм молекулярной биологии, которые уже даааавно как не догмы, а место для широчайших дискуссионных батлов среди учёных. Просто вкратце напомню, что это вообще такое:

Давайте поговорим немного о генетике, Часть I Генетика, Рнк, ДНК, Пре-Рнк, Наука, Биология, Просвещайка, Длиннопост

Из ДНК получается РНК, из РНК получается белок. Стрелочки означают что откуда берётся. По крайней мере, нам так говорили в школе. Отчасти это правда, ведь именно так и работают 2% человеческого генома. Но в действительности всё гораздо сложнее. Общая картинка, которая есть сейчас, выглядит примерно следующим образом:

Давайте поговорим немного о генетике, Часть I Генетика, Рнк, ДНК, Пре-Рнк, Наука, Биология, Просвещайка, Длиннопост

Мда... ДНК может делать саму себя с помощью транспозонов (если их конечно ещё не прикрыла иммунная система). Из ДНК может получатся РНК, которая может синтезировать ДНК. Или саму себя. Или белок. И даже сама ДНК без помощи РНК может сделать белок путём обратной транскрипции. Пипец как сложно :(

Немного истории. РНК на самом деле более-менее самостоятельная единица. Она существовала и до появления ДНК, ведь её получить гораздо проще и быстрее. Другое дело, хранит она информацию значительно хуже. Поэтому выживали те организмы, которые научились юзать мутировавшую РНК -> ДНК. Это связанно с многими факторами, описать которые у меня не получится в рамках поста, ибо статья общеобразовательная. П.Л.А.К.

Главное, что бы вы поняли одну простую вещь: не только ДНК в нашем организме умеет хранить и передавать наследственную информацию. Собсно это и есть один из современных взглядов на генетику. Добавить ещё пару тройку других областей, которые в общей сложности изучают все молекулярные механизмы, влияющие на работу ДНК, и мы получим  такой раздел генетики, как эпигенетику. Но о ней я расскажу в других постах.

2% ДНК кодируют белки, которые используются нашим организмом для поддержания своего существования. Чтобы получить на выходе чистый белок, должно произойти несколько прикольных превращений:

Давайте поговорим немного о генетике, Часть I Генетика, Рнк, ДНК, Пре-Рнк, Наука, Биология, Просвещайка, Длиннопост

Святые ёжики! Какая страшная хрень! Давайте разбираться.

Я попозже опишу молекулярные механизмы и процессы, которые задействованы в экспрессии ДНК (экспрессия это крафт из ДНК белка. И да, я нарочно избегаю термина ген, ибо это ну нереально страшная штука. О ней ниже). Сейчас мне главное дать общую картину транскрипции ДНК.

Начну с самой няшной части транскрипции: мяРНК (малые ядерный РНК). Они транскрибируются из ДНК, вываливаются в цитоплазму, где няшно дозревают. После чего они возвращаются в ядро где следят за другими работягами и всеми любимыми теломерами. Они явно твой бро.

Из ДНК также получаются (РНК) пре-РНКашки, из которых потом выходят обычные РНК. Процесс их превращения довольно интересен и у меня самого по нему до сих пор есть ряд вопросов., я попытаюсь чуть ниже рассказать вам, что это вообще за сыр и с кем его натирают. Главное запомните, что РНК это кастрат-версия пре-РНК.

Когда кастрация РНК заканчивается, они выходят из ядра и там уже окончательно дозревают до чего-то полезного молекулярному социуму.


Ген


Помните те самые задачки по генетике, которые вы решали в восьмом классе? Там было ещё было много ора, который скрещивался. Например:

АА х аА х Аааааааааа!

Давайте разбираться, как же это выглядит в реальности.

Давайте поговорим немного о генетике, Часть I Генетика, Рнк, ДНК, Пре-Рнк, Наука, Биология, Просвещайка, Длиннопост

Большую часть своей жизни ДНК находится в состоянии огромного количества нитей, которые более-менее чётко собираются только в профазе во время Этих дней в клетке.

Клетки делятся на два типа: обычные и половые. Оры и крики, которые мы с вами записывали на уроках биологии, проходят во время одного важного процесса, когда две половые клетки ваших отцов и матерей сливаются в зиготу. Во время этого процесса происходит случайный (на самом деле не очень) обмен генами.

Что же такое  ген?

Я попробую дать наиболее точное определение гена, чтобы просто похвастаться своими знаниями. Ген это цис-действующая  модульная нуклеотидная последовательность ДНК, аннотированная структурная единица генома, ограниченная некодирующими участками ДНК и способная к экспрессии. Заковыристо, сложно и непонятно. Есть и другие определения гена, ведь генетику изучают не только биологи, но и физики, биоинформатики и всякие странные сторонние личности. У каждой стороны своё определение, которым они пользуются для удобства. На сегодняшний момент в научной среде популярно определение биоинформатиков. Но оно на столько далёко от материальной его составляющей, что я пожалуй опущу его и разберу то, что написал выше.

Давайте поговорим немного о генетике, Часть I Генетика, Рнк, ДНК, Пре-Рнк, Наука, Биология, Просвещайка, Длиннопост

Тело гена состоит из кучи кусочков. Первый кусочек, отмеченный синим, называется промотор. С него начинается процесс копирования гена. РНК-полимераза (белок, который делает РНК) подходит к комплексу инициации транскрипции (хрени из кучи белков, которые кое-как нашли начало нужного гена, закрепились там и раздвинули цепочку ДНК как братик раздвигает ноги своей сестрёнки).  РНК-полимераза проходит вдоль цепочки ДНК от промотора к терминатору, собирая пре-ИРНК, о которой я говорил выше. Когда собиратель доходит до терминатора, срабатывает режим "I will be back" и РНК-полимераза разрушается, высвобождая готовую пре-ИРНК.

Обговорю пару моментов, чтобы не осталось вопросов. Меня всегда мучил вопрос, что это за " 5' " и " 3' ", которые всё время пишут.

Давайте поговорим немного о генетике, Часть I Генетика, Рнк, ДНК, Пре-Рнк, Наука, Биология, Просвещайка, Длиннопост

Цифра 3 или 5 показывает направление, в какую сторону будет идти превращение ДНК в ИРНК. Она зависит от того, к какой части молекулы дезоксирибозы (того эмоционального пятиугольничка) крепится молекула фосфата. РНК НЕ МОЖЕТ синтезироваться, если процесс пойдёт в обратном направлении. Собственно именно поэтому ген и является "цис-действующим".

Давайте поговорим немного о генетике, Часть I Генетика, Рнк, ДНК, Пре-Рнк, Наука, Биология, Просвещайка, Длиннопост

Тело гена, расположенное между промотором и терминатором, заполненно ненужными отрезками, которые называются интроны. Почему они так называются? Всё дело в том, что когда образуется пре-ИРНК, к ней тут же подтягиваются сплайсосомы, задача которых провести обрезание. Они вырезают интроны и скеливают концы экзонов, образуя более-менее чистый духовный православный оттечественный ИРНК. Интроны, после этого, выпадают в осадок, оставаясь внутри ядра. А экзоны выходят наружу. Этот процесс, редактирующий "модули гена", называется "процессинг". Ути-пути.

В зависимости от того, какие интроны будут вырезаны и какие экзоны останутся, зависит тип РНК. Грубо говоря, на выходе, из одного гена может получится сразу несколько разных молекул РНК.

Дальше я не написал, потому что я устал.

Если хотите увидеть продолжение, в котором я расскажу про детали трансляции, описание удвоения ДНК, ГМО, мобильные генетические элементы, психогенетику и прочие прикольные генетические ништяки, ставьте 3' стрелочки у поста. Спасибо за внимание!

Показать полностью 6
35

Трудности в разработке плана с женой

Трудности в разработке плана с женой My Little Pony, Рисунок, MLP Military

Нарисовал арт для понячьего мода к игре Hearts of iron 4

Также ловите спидпейнт: https://www.youtube.com/watch?v=7l_UHC1sj8Y

(я почему-то не могу добавлять видео. Мне нужно ещё каких-то странных 8 едениц рейтинга. Я хз что это, хелп)

Отличная работа, все прочитано!