Kilremgor

На Пикабу
Дата рождения: 05 июля 1990
поставил 1 плюс и 3 минуса
433 рейтинг 6 подписчиков 0 подписок 5 постов 0 в горячем

Несерьёзная табличка исходов вакцинации

Ниже табличка, основывающаяся на текущих данных по болеющим вакцинированным (например, https://www.clinicalmicrobiologyandinfection.com/article/S11... и статистике Великобритании/Израиля в целом) и общих данных про иммунитет и возраст/риск-факторы по РФ. Немного подробнее саму логику можно посмотреть в предыдущем посте, Хорошая статья про Пфайзер, или размышления об "отсутствии гарантии" и там же больше источников.


"Несерьёзная" потому, что это просто компиляция имеющихся данных из разных источников, обёрнутая общими соображениями по иммунологии. Почти 80%, что она в чем-то сильно неправильная, но "другой нет" - нормальные данные будут через несколько лет и множество исследований.


Тем не менее, в ней есть две правильных вещи, которая уже точно подтверждены множеством данных:

- зависимость исхода COVID-19 от совокупности иммунного ответа и риск-факторов

- эффективность вакцин для разных возрастных групп + сам тот факт, что она разная.


Если выразить ее просто - для большинства населения вакцинация переведёт  ковид-19 в категорию "не заболевает или легко переносит" из категорий "от изредка тяжело до не заболеть". Но, для групп риска эффект вакцинации заметно хуже, поэтому если не остановить распространение вируса в принципе - то жертв станет меньше, но они продолжатся - примеры Великобритания и Израиль. Поэтому и нужна массовая вакцинация ВСЕГО населения, а не только групп риска: чтобы защитить группы риска и тех, кому вакцинация противопоказана.


Обязательные уточнения

- описаны частые результаты - в любой группе будут исключения вида <0.1%


- верно только для мРНК и векторных вакцин (результат инактивированных пока хуже)


- оценка дана для полной вакцинации + 2 недели, заболевания "через 10 дней от первой прививки" скорее идут в колонку "Частый исход COVID-19 без вакцинации".


- ВСЕ вакцины такие. И вакцины от кори (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31039835/), и от гепатита B (https://www.intmedpress.com/journals/avt/abstract.cfm?id=155...), и от клещевого энцефалита (https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/joim.12625), и от гриппа (массово) и т.д. - не зря есть много статей по breakthrough infection. И почти везде верно следующие: вакцинированные в массе переносят намного легче и распространяют слабее.


- табличка уже предполагает дельта-штамм и прочие варианты immune escape. Для альфа и прочих "старых" вариантов всё еще лучше.

Несерьёзная табличка исходов вакцинации Коронавирус, Вакцина, Статистика, Исследования
Показать полностью 1

Хорошая статья про Пфайзер, или размышления об "отсутствии гарантии"

https://www.clinicalmicrobiologyandinfection.com/article/S11...

Если вкратце: 152 (вообще больше, но статья именно о конкретных госпитализированных) полностью вакцинированных Пфайзером всё-таки заболели - в Израиле, со всеми его ограничениями и мерами.


38 из них попало на ИВЛ и 34 (22% от всех 152) умерло. Что сильно больше среднего % смертности.


Казалось бы,  вакцинынеработаютвакцинированныеумираютчаще и прочее. Аналогично недавним рассуждениям, что  "вакцинированные в Великобритании умирают чаще".


Почему же тогда другие исследования (типа https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6... показывают 96% и около того снижение смертности?


А недавно вышло и исследование в Lancet, что вакцинация снижает и заразность: https://www.thelancet.com/journals/lanepe/article/PIIS2666-7... (да, все эти темы про "только легче перенести- ложь, вакцинированные и заражают сильно меньше).


На самом деле, никакого противоречия нет. Вакцины в целом приводят к снижению заболеваемости, заразности, смертности для всех, но эффект этот не однороден.


Если посмотреть на когорты переболевших и умерших из первого исследования, то это в основном набор 70+ с множеством побочек и иммуносупрессией (аж 40%). И да, вакцины ХУЖЕ защищают группу риска! Потому что вакцина - не лекарство. Если иммунитет критично ослаблен, она бесполезна.


Поэтому получается грубо говоря так:

В 1000 невакцинированных есть 20 иммуносупрессивных.

Они все заболевают, умирают все 20 иммуносупрессивных и ещё 20 (около 2%) "нормальных". Получается 4% смертности от числа заболевших.

В 1000 вакцинированных аналогично 20.

Из них 900 вообще не заболевает, 100 заболевает, из иммуносупрессивных умирает 10, из остальных никто. Получается 10% смертности (10 из 100), вакцинынеработаютвакцинированныеумираютчаще!


Но при этом реальная смертность от 1000 вакцинацией снизилась в 4 раза - с 40 до 10.


Это просто пример с круглыми цифрами. Но реальные цифры из приведённых выше исследований работают так же (только эффект вакцинации ещё больше).


И выводы из исследований просты

- большие цифры "относительной смертности" вакцинированных никак не влияют на реальное снижение смертности по всему населению, потому что тяжело заболевшие вакцинированные как правило "проблемные" изначально, а "нормальные" вакцинированные (которых большинство вида 95%) просто не заболели или перенесли легко;

- привить только группу риска -  недостаточно поможет, потому что уязвимые так и будут выбиваться вирусом

- вакцины снижают и заразность тоже

= нужно привить большинство населения.


И прежде чем прозвучат "но там же Пфайзер а у нас..., новые штаммы им все равно" то https://www.nature.com/articles/s41591-021-01377-8 и https://www.mdpi.com/2076-393X/9/7/779/htm нет, нейтрализующая активность антител от Спутника лишь немного хуже Пфайзера, и он все ещё работает и по новым штаммам.


А также - подобное верно и для других вакцин (привезший в Москву оспу в 1959 Кокорин был от неё привит и умер от неё же, вакцины от гриппа вообще часто с эффективностью типа 60%, бцж - не более 80%), и иммуносупрессия / отсутствие иммунного ответа на коронавирус бывает и у "внешне здоровых" (так что это не про "стариков, которым и так недолго- в первом исследовании был и 22-летний заболевший).


В итоге - не смотрите на отдельных заболевших/умерших после вакцинации (они и после Пфайзера есть), смотрите на общие 10х и более кратные снижения смертности (что сейчас хорошо видно по Великобритании и Израилю) и помните, что привить нужно и здоровых (и их личные риски тоже снижаются - от условно 0.5% смертности до примерно 0.025%) чтобы вирус не добрался до уязвимых, которым вакцина помогает меньше.

Показать полностью

Про эффективность вакцин в числах

Просто немного открытой статистики.


Израиль, Pfizer: https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6... на основе реальных данных (не испытаний).


Adjusted estimates of vaccine effectiveness at 7 days or longer after the second dose were 95·3% (95% CI 94·9–95·7; incidence rate 91·5 per 100 000 person-days in unvaccinated vs 3·1 per 100 000 person-days in fully vaccinated individuals) against SARS-CoV-2 infection, 91·5% (90·7–92·2; 40·9 vs 1·8 per 100 000 person-days) against asymptomatic SARS-CoV-2 infection, 97·0% (96·7–97·2; 32·5 vs 0·8 per 100 000 person-days) against symptomatic COVID-19, 97·2% (96·8–97·5; 4·6 vs 0·3 per 100 000 person-days) against COVID-19-related hospitalisation, 97·5% (97·1–97·8; 2·7 vs 0·2 per 100 000 person-days) against severe or critical COVID-19-related hospitalisation, and 96·7% (96·0–97·3; 0·6 vs 0·1 per 100 000 person-days) against COVID-19-related death.


Если посмотреть в сырые данные, то с полной вакцинацией Пфайзера *умерло от коронавируса* 138 человек, но это в разы меньше, чем по аналогичным когортам непривитых заболевших, где при значительно меньшем их количестве (в Израиле привито большинство) умерло около 715. Это и дает эффективность 96·7% от смертности.


Тем не менее: из 5 миллионов вакцинированных умерло от коронавируса 138.


В России привито около 20 миллионов. Даже при эффективности Пфайзера и если бы было столь эффективное "подавление" заражения как в Израиле (потому что если привиты все, то вирус просто не циркулирует и им негде заразиться) это около 500 вакцинированных, которые умрут от коронавируса. Это наивный очень пересчет, но он в пользу снижения этой цифры..


А если учесть, что в РФ вакцинированные будут встречаться с вирусом на порядок чаще, и что _скорее всего_ Спутник немного хуже Пфайзера/Модерны (но лучше чем АстраЗенека/Vaxzervia/Covishield, J&J и тем более инактивированные/Ковивак/...), и другое время выборки и т.д. то и цифры в тысячу или несколько не будут невозможными. Просто из аналогичных невакцинированных 20 миллионов умрет тысяч 25.


Фактически, по имеющимся данным из России/Сан Марино/Аргентины/Бахрейна/... вакцинация Спутником (или аналогичной векторной или мРНК вакциной) снижает ЛИЧНЫЙ риск умереть от коронавируса в 20-30 раз. В России даже по _официальной_ статистике (которая... такая ;) ) 2.5% заболевших умирает https://www.worldometers.info/coronavirus/country/russia/ а умерло примерно 0.09% от общего населения (128 тысяч из 144 млн).


Важно: это верно только для векторных или мРНК вакцин. Данные по инактивированным (в России это Ковивак) сильно хуже, а по Эпиваккороне вообще нет доказанной эффективности.


20-кратное снижение это 0.125% личного риска. А при наивном пересчете от общего количества и 0.09%, 20 миллионов вакцинированных 20-кратное снижение означает 900 умерших вакцинированных (20000000 * 0.0009 / 20).


Из этого есть простой вывод - даже 100% достоверные сведения о 1000 умерших вакцинированных (если бы они были) НЕ ЗНАЧАТ неэффективности вакцины, скорее наоборот - т.к. "умерших в норме" было бы больше в разы.


Но сознание часто (и это неправильно) "умер привитый знакомый" ставит выше, чем фактические данные. Так не нужно делать.


Ни для тяжело заболеть, ни для смертности, ни для чего такого - НИКОГДА не смотрите на единичные примеры. Если у вас есть коллектив сотрудников, в котором из 2000 человек привито 1000, то тогда вы можете что-то оценить (и у нас в офисе, кстати, эффективность Спутника выходит около 90% от заражения по ПЦР). 1, 2, 10, 20 знакомых - забудьте. Статистически случатся и ситуации, что из 2 непривитых и 2 привитых знакомых заболеют только привитые - на больших числах населения в России таких найдется немало (около 70 тысяч человек на произвольной выборке 2 и 2).


При этом выкладываемые постами истории естественно уровня "из 2 непривитых и 2 привитых знакомых заболеют только привитые" а не наоборот - потому что незаболевший вакцинированный вообще не событие, а наоборот - повод рассказать.


В общем: прививайтесь Спутником, если хотите снизить свои риски, и не беспокойтесь об "личных историях знакомых".

Показать полностью

Иммунитет к коронавирусу и его мутациям современными словами

Иммунитет к коронавирусу и его мутациям современными словами Коронавирус, Мутация, Вакцина, Спутник V

Есть много мифов типа "пришли новые мутации вируса и вакцины/Спутник бессилен!" или "вколи вакцину и 100% перенесёшь легко" (да, это тоже миф! как это ни печально)


Современными словами:

- есть шип вируса и у него есть куча портов (эпитопов). microUSB, type-C, провод для айфона, ТВ-кабель и для прикуривателя. Много их, десятки.


- вакцины, или перенесённое заболевание, вырабатывают кабели - антитела, которые к этим портам подключаются и нейтрализуют вирус. Каждое антитело умеет только к 1 порту подключаться, как реальный кабель к порту.


- организм у всех разный. У кого-то будет 10 тонких кабелей, у кого-то 1, но толстый, у кого-то 100 и толстые, а у кого-то никакие.


- когда вирус мутирует, он меняет ЧАСТЬ своих портов (эпитопов). Чтобы поменялись вообще прямо все, нужно обычно много-много мутаций и много лет - обычно они меняются по 1-3 из множества.


- а дальше все просто - приезжает мутировавший вирус в организм и смотрят на него кабели-антитела. И тут 3 варианта:

- все или почти все подошли - вирус нейтрализован (вообще не заболеть)

- подошла только часть - вирус будет нейтрализоваться частично (в результате у организма будет время сделать новые антитела под новую версию, в течение которого вирус относительно задавлен)

- вообще не подошёл ни один - болей как первый раз.


Сказать, какие именно сформировались у "лично вас" антитела после болезни/прививки, можно, но сложно и очень дорого. Обычные тесты на антитела покажут только "сумму кабелей".


И тут работает только статистика. Берётся кровь от сотни привитых/переболевших и смотрится, у какого % кабели совпали под новый штамм (вирус-нейтрализующие тесты). Из этого говорится про "эффективность нейтрализации", всякие там IC90 и прочее.


Важно отметить, что есть еще Т-клеточный иммунитет, разные титры антител, антитела которые прикрепляются, но не  нейтрализуют и т.д. - но "по-простому" сравнение выше вполне верно.


Точных данных по Спутнику против популярных штаммов типа дельты сейчас нет. Есть оценки его (зарубежные, причем!) против разных мутаций и есть оценки вакцин с +- той же конформацией спайка. Очень имхо и очень примерно можно сказать так от индийского штамма:

80% что кабели хорошо подойдут и не заболеть вообще

15% что переболеть легко

5% что "можно было и не прививаться".


Тем не менее, снизить риски тяжело заболеть в 20 раз - это отлично. И в смысле, что лично для себя, и в смысле что "не заражать других".

Показать полностью

Индийский штамм в РФ и что это значит

Для понимания того, почему в мск всплеск и что происходит

https://outbreak.info/location-reports?loc=RUS&selected=AY.1&selected=B.1.1.7&selected=B.1.1.7 + S:E484K&selected=B.1.617.2

Как можно видеть, почти все новые заражения (более 80% сейчас и треть за 2 месяца, при том что он "только начал") - это индийский штамм, он же дельта по ВОЗ, он же B.1.617.2, https://en.m.wikipedia.org/wiki/SARS-CoV-2_Delta_variant


По нему много уже проведено исследований, AstraZeneca показывает 60% эффективность, Pfizer 88%, Спутник как имеющий такой же как AZ нестабилизированный пролинами спайк, но большую иммуногенность (можно много написать на эту тему ссылок и пруфов, но оно сильно про биологию, поэтому сразу tl;dr) будет имхо иметь 70-80%.


Что хуже, convalescent sera (переболевшие) имеют только 30-40% эффективность, а общая вирулентность более 60% от базовых вариантов без E484Q и D614G мутаций.


Совсем грубый вывод:

Из 3х переболевших 2 может заболеть повторно

Из 5 вакцинированных спутником 1 может заболеть

Наивные будут заболевать 1.6х чаще.

Хрупкое равновесие в мск "примерно одно и то же число заболевает и вылечивается" (R0=1) нарушилось и R0 как по учебнику составил 1.6.


Если предположить, что в мск переболело (используя заявления и https://www.invitro.ru/l/invitro_monitor/) около 40% от активного населения, и 10% привито 2 дозами, то если ранее "обычному" ковиду было доступно только 50% населения, то теперь 50 + 10 * 0.02 + 40 * 0.7 = 80% населения, и он в 1.6х раз бодрее - поэтому и есть всплеск.


Выводы- стоит идти вакцинироваться, даже переболевшим, из доступного в РФ исключительно Спутником. Это даст вам 80% шансы против всего 30% или 0% ) Пфайзер дал бы 88%, что лучше, но не настолько, чтобы "ждать когда завезут".


Немного пруфов для читающих литературу всё-таки:

https://www.nature.com/articles/s41586-021-03693-y

https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6...

https://gvn.org/covid-19/delta-b-1-617-2/

Показать полностью
Отличная работа, все прочитано!