Вполне ясно, что «на Украине» — это в русском языке украинизм, то есть, появилось под влиянием украинского, примеры употребления в котором достаточно легко найти. И также очевидно, что в России не вкладывали в выражении «на Украине» какой-либо негативный смысл. Но почему жители Украины уверены в обратном? Видимо это результат пропаганды, которую вели против России, и там могли использовать что угодно, искажая правду, наделяя вещи несвойственным им смыслом и т.д. Русские говорят «на Украине» — и пропагандисты объявляют это проявлением презрения к украинцам. Если бы мы говорили «в Украине» — претензия могла быть по поводу неуважения к украинской самобытности. То есть, это был просто один из поводов придраться, обвинить нас в ненависти к Украине.

При этом, прежде, чем осуждать украинцев за то, что они поддались пропаганде, нужно убедиться, что мы сами не совершаем подобную ошибку. На нас тоже могут выплёскивать поток пропаганды, направленной во вред нам так же, как русофобская пропаганда была направлена и против Украины (чтобы использовать её для борьбы с нами, что, естественно, не могло не обернуться тяжёлыми последствиями для Украины). Направление такой пропаганды понятны — попытки разжечь межнациональные и межконфессиональные противоречия в России, ну и наверняка многие легко вспомнят множество примеров такой пропаганды. Впрочем, у нас на такую пропаганду особо не реагируют, тут, возможно сказывается и разница в менталитете, и очевидность ситуации.