Поездка в Калининград

Собираюсь с сыном в конце сентября в Зеленоградский санаторий.
Ехать далеко и долго, есть опасения.
Кто недавно ездил транзитом на поезде, расскажите, как прошли таможню в Литве?
Чего можно опасаться?
Заранее спасибо.