А в чем проблема?
6.13. При запрещающем сигнале светофора (кроме реверсивного) или регулировщика водители должны остановиться перед стоп-линией (знаком 6.16 ), а при ее отсутствии:
на перекрестке - перед пересекаемой проезжей частью (с учетом пункта 13.7 Правил), не создавая помех пешеходам;
перед железнодорожным переездом - в соответствии с пунктом 15.4 Правил;
в других местах - перед светофором или регулировщиком, не создавая помех транспортным средствам и пешеходам, движение которых разрешено.
раскрыть ветку (3)
Видимо проблема в том что автомобиль останавливается не создавая помех никому, а штрафы приходят за пересечение виртуальной линии, которая когда-то была нанесена на метр-два дальше от перекрёстка ( перехода).