Актуально для windows 7, 8, на 10 пока не встречал проблемы.
Показания: При загрузке системы часть программ автозагрузки не показывается в трее. Хотя диспетчер задач явно говорит, что программы нормально запустились. Программы, которые предаются анафеме, не фиксированы, зависимо от фазы луны иконки теряются любые, даже регулятор громкости.

Лечения долгое времени не было, Майкрософт всячески отрицала проблему (и то что она вызвана одним из кривых апдейтов). Посему статей с лечением вы мало найдёте.

Суть лечения: Прибить переменные реестра, отвечающие за расположение иконок трея. Почему помогает - непонятно, но работает. После применения лекарства надо перегрузиться и настроить заново, какие из иконок трея скрывать.

Надо удалить:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\TrayNotify\IconStreams

HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\TrayNotify\PastIconsStream

Можете создать .reg файл для автоматизации процесса (последняя строка обязательно пустая):

Windows Registry Editor Version 5.00

[HKEY_CURRENT_USER\Software\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\TrayNotify]

"IconStreams"=-

"PastIconsStream"=-