Филогенетическое дерево SARS-CoV-2⁠⁠

Встречая новости о различных штаммах нового коронавируса, возможно, кому-то было интересно, сколько их, как и где они распространены, какие потомки, предки, какие имеются мутации.

Так вот, существует ресурс Nextstrain.org, где в разделе Neherlab можно посмотреть:

1. Филогенетическое дерево штаммов нового коронавируса. Общее:

Зелёное дерево - дельта, а красная лепёшка сбоку - омикрон.

Или более детальное. Например, можно посмотреть кладу (группу, содержащую одного предка и всех его потомков) 21I дельты:

Или кладу 21К омикрона:

Или по отдельно взятой стране, например, России:

Каждая точка содержит информацию о мутациях, дате открытия, авторе, линии в система PANGOLIN (например, B.1.621 или B.1.1.529, если кому-то удобнее читать по линиями, а не по кладам).

2. Географию распространения. По континентам:

Странам:

3. Мутации, мутирующие участки РНК и процент распространения штаммов.

ORF - это участки с различными вспомогательными генами, а участки S, E, M, N содержат гены, кодирующие соответствующие по названию структурные белки: S (spike, шип), Е (envelope, оболочка), М (membane, мембрана), N (nucleocapsid, нуклеокапсид).