Если убрать противоречия и менталитет в стиле "а вдруг....", думаю что огромную роль играет эффект плацебо. Молитва конечно никак не повлияет на реальность, но молящийся испытает примерно то же самое облегчение и спокойствие что и человек во время медитации, или ребёнок которому не страшно быть в темной спальне в обнимку с любимой плюшевой игрушкой. Ну а во время сильного стресса большинство людей стараются найти облегчение, вне зависимости от веры (или ее отсутствия).