Зион реален. То бишь второй мир это не матрица. Зион это резерв Матрицы. То есть 250 тысяч людей на всякий пожарный. Плюс Зион служит переменной в общем уравнении.
Смотри: Машины разваливают зион, оставляя выживших. Люди отстраиваются вновь.
В матрице возникает сбой. Люди из Зиона находят избранного. Избранный исправляет матрицу.
И так по кругу.
Сам архитектор говорит, что изучив логику людей, он понял что самый отличный результат получается из мучений, страданий, конфронтации (войны) и надежд.
По поводу как Нео смог использовать "силы" в реальном мире. Вспомним что в первом фильме Смит убивает Нео в матрице. А потом Нео воскресает. Это позволяет ему выкатиться из матрицы. Если вспомним то нам в первом фильме объясняют, что машины модифицировали тела людей для подключения к матрице. Плюс нам это сотни раз показывают в фильме. Что интересно, там так же говорят о том, что есть в организме не задействованные импланты машин. И никто не знает как их использовать.
Когда нео помирает от пули смита, мозг думает что он помер. Но в это время Тринити приводит нео в себя в реальном мире. Мозг ахуев от того что он как бы мертв но продолжает принимать сигналы, перезапускает организм. Типа Я ЖИВ! ура.
Это в свою очередь вызывает сбой в матрице. Так как -1 фраг выпадает из системы. И потом появляется вновь но уже как не зарегестрированный человек. Из-за такого бага в системе, нео внезапно получает админку. То есть доступ к модулям управления программами ( Вспоминаем как он смотрит зеленый код находясь в матрице), но при этом его физические способности тоже снимают ограничитель. Он может летать, он может ускоряться и тд, но в границах дозволенного матрицей.
Когда Нео в третьем фильме опять сталкивается со Смитом, тот понимает что Нео уже по сути не особо и человек, так как напрямую воздействует на матрицу, встраивая свое сознание в программы (вспоминаем как нео влетел в смита а потом порвал беднягу).
Нео, в фильме это слабо освещено, но нашел способ подключаться к матрице не втыкая себе в бубен провод.
Чем это подтверждается? Фразой Меровингера: Я знаю больше чем ты, я пережил таких как ты, и переживу тебя. Даже твоя свобода не помешает мне.
Далее если мы вспомним сцену где нео очнулся в метро. Он очнулся на станции. Это шлюз по сути между кусками матрицы. Там программы спрашивают его: «Мне очень интересно, как некто, не подключенный к Матрице, оказался на вокзале? Вы не знаете?»
А станция метро: перевалочная станция между Матрицей и миром Машин. Родители перевозили Сати в Матрицу, потому как графическому редактору в мире Машин делать нечего. То есть перенесли сознание машины из физической оболочки в матрицу.
Ну и сложив 1+1 что мы получим? Что есть импланты у людей оставшиеся после матрицы, но люди ими не могут пользоваться однако знают о их существовании.
Нео, научился входить в матрицу откуда угодно не подключаясь через провода (считай порт)
Каков вывод? Я могу логически предположить что есть модуль работающий как вай-фай или аналоги. Конечно мы точно этого не узнаем, но это самое логичное объяснение из кусочков фильма. Но так или иначе, нео смог войти в матрицу не подключаясь. Соответственно воздействовать на охотников, то есть в том моменте где он рукой остановил их, это по сути отдача команды машине. То есть он с помощью своих имплантов подключился к системе матрицы и отдал команду.
Чем еще подтверждается. Тем что в самом конце, где нео ведет беседу за судьбу человечества, для финальный битвы со смитом, его сознание переноситься в матрицу полностью. Собственно почему нам в конце и показывают труп Нео. Его сознание было полностью перенесено в матрицу. Он сам стал отдельной программой обладающей личностью и возможностями равными архитектору или пифии.
То есть если машины могут полностью перенести сознание и личность в матрицу, значит и управлять машинами с помощью некоего импланта тоже можно. Это так же объясняет как нео видел "ауры" машин в реальном мире.
Так же это подтверждается тем что после разговора с архитектором, некоторые персонажа фильма говорят такую фразу: Теперь он подключен к источнику (The source).
То есть нео фактически подключили к такой вай фай сети)) Собственно этим же объясняется как охотники(хотя их правильно звать Стражи. Sentinel. Те что с щупальцами) так координированно общаются и вообще все делают в реальном мире. А таких моментов там куча. Так же нам не раз показывается как охотники между собой ведут очень быстрый диалог посмотрев друг на друга.
Как то так