Так они по сюжету и не вышли, архитектор даже показывал Нео как в каждой версии матрицы он к нему приходит.
Матрицу просто каждый раз перегружают и все.
Там только в 3ем фильме немного насрали на сюжет, но все же...
Морфиус вообще программа скорее всего.
То что у Нео есть силы в реальном мире, как бы прямым текстом говорит о том что Зеон находится в матрице.