На самом деле это единственная нелогическая вещь в первой части. В самом фильме говорилось, что мертвых скармливают новорожденным. Плюс как будто машины сами не задавались вопросом, почему это пробужденные люди возвращаются в матрицу. И вместо того, чтобы по пробуждения убивать и скармливать остальным, они их смывают в неохраняемую зону.