В ГК такие нюансы не регулируются, но есть подзаконные акты, которые могут применяться к вашему делу по аналогии, даже если напрямую не подходят точно.

https://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_172032/44848...

19. Стороны не несут ответственности за недостатки имущества наймодателя, возникшие с момента их передачи нанимателю наймодателем до момента приема наймодателем от нанимателя, если такие недостатки являются следствием естественного износа.

20. Под естественным износом имущества наймодателя стороны понимают ожидаемый физический износ (устаревание) в процессе добросовестного пользования указанным имуществом при его нормальной эксплуатации, приводящий к постепенной потере его свойств, включая ухудшение его внешнего вида, технического состояния, снижение экономичности и надежности.

Если ваш стул стоял посреди комнаты, и вы специально не протирали им дырку или не делали каких-то выдающихся действий, наподобие вкручивания ножек стула в линолеум, то появившиеся недостатки линолеума это и есть ожидаемый физический износ, а значит непосредственно по закону вы ничего за эту дыру владельцу жилья не должны.

С учётом общего состояния общежития, и так как вы указываете, что у вас в комнате линолеум порван в разных местах, и похоже, что не по вашей вине, раз вас заботит только дырка, большим вопросом является и "моральность" докидывания 5-6 тысяч в благодарность за позднюю оплату, тем более, не факт, что такой жест будет оценен по достоинству, и вы наоборот не останетесь "должны" за весь линолеум.

Вы можете выехать и оценить наличие лишних претензий к вам со стороны хозяйки. Если претензий и скандалов не последует, то можете поблагодарить в дальнейшем хозяйку лично, купив ей через пару месяцев что-нибудь вкусненькое в память о хороших взаимоотношениях. Таким образом вы сможете поддержать отношения и сделаете человеку приятное, если она поведёт себя адекватно.