Не в трехмерном, а исходя из местоположения. Ты же не скажешь что ты находишься в острове, все материковые государства обозначаются "В", островные "НА".
На счет примера "Украина", это больше историческое исключение, а также политика. По правилам правильно говорить "в Украине", но исходя из истории и политики, говорят "на Украине".
Точно такая же проблема с другими государствами, например с островом-государством Маврикий, люди говорят в основном "лечу в Маврикий", хотя правильно "лечу на Маврикий", так как это остров.
Япония и Великобритания - тоже острова, но говорят "в Японии" а не "на Японии". А если вы скажете, что это потому, что они - суверенные государства - то Куба и Мадагаскар - тоже государства, но говорят "на Кубе" и "на Мадагаскаре".
Так что никакой единой системы нет, а - как вы правильно сказали - дело в истории и политике (как с Украиной, так и с Британией/Мадагаскаром, поскольку, типа, Британия - великая держава, а Мадагаскар - нет, и вообще бывшая колония, поэтому якобы "не заслуживает" приставку "в". Разумеется, такой подход не может обойтись без политизации и конфликта.
Отсюда и предложение отказаться от системы "в/на" в целом, и перейти исключительно на "в" для как стран, так и регионов (независимо от того, острова ли они, страны, регионы, итд). Если вы можете куда-то пойти, то используйте "в". Да хоть "в кухню". Почему, например, говорят "в спальню", но "на кухню"? Да нипочему, потому что так сложилось. Вполне возможно, тоже по социально-политическим причинам (типа, господа находятся в спальне и в салоне, а челядь - на дворе и на кухне". От этого тоже можно отказаться.
