91

Как работает ПЦР. Патент US4683195A

Серия Изобретательство

ПЦР - это метод размножения копий ДНК. Делается это так.

В пробирку с реактивами добавляют очень маленькое количество (нанограммы) ДНК. Затем пробирку нагревают, охлаждают, нагревают, охлаждают ... и так раз 30. При каждом нагревании-охлаждении каждая молекула ДНК превращается в две копии. В результате общее количество копий растет в геометрической прогрессии 1 -> 2 -> 4 -> 8 -> 16 -> 32 ...


Основная работа по копированию ДНК делается молекулярной машинкой под названием "ДНК-полимераза". В момент нагрева двойная цепь ДНК разваливается на одиночные цепочки и из одной молекулы получается две одноцепочечные. При охлаждении ДНК-полимераза цепляется к одноцепочечным молекулам и "ремонтирует" их, восстанавливая вторую цепь. Получаются 2 молекулы из одной исходной.


Очень важной особенностью ДНК-полимеразы является то, что она не может прицепиться к цепочке ДНК в любом месте. Это должен быть участок частично "отремонтированный". Поэтому в пробирку добавляют короткие одноцепочечные ДНК (ПРАЙМЕРЫ), которые при охлаждении первыми соединяются с копируемой ДНК, образуя маленький участок двойной цепи. Вот к этому участку и цепляется ДНК-полимераза, чтобы отремонтировать всю молекулу.


Благодаря такой особенности ПЦР "нацеливают" на определенную ДНК с помощью праймеров. Чтобы понять, как это делается, нужно вспомнить, что ДНК - это цепочка звеньев (оснований) - A, G, T, C. Их последовательность может быть любой. Однако чтобы две цепочки соединились в одну двойную они должны быть "комплементарны", т.е. "A" в одной цепочки должна быть напротив "T" в другой, а "G" напротив "С". Вот как-то так

...A-T-G-C-G-T-A-G-C-T-A-T-T-T...

...T-A-C-G-C-A-T-C-G-A-T-A-A-A...


Дизайнеры праймеров находят короткий, уникальный участок ДНК (букв 20) и синтезируют комплементарную последовательность "букв". Если все сделано правильно то, такой праймер соединяется только с нужной ДНК в момент цикла охлаждения и запускает процесс копирования. А все ДНК, не имеющие подходящего для праймера участка, не будут участвовать в копировании.


ПЦР и дизайн праймеров - основа огромного количества изобретений.

Можно, например, сделать праймер к вирусу COVID-19 и тогда получится тот самый ПЦР тест. Если такой ПЦР создаст большое количество ДНК от пробы, взятой у человека, то значит человека болен короновирусом (у него есть вирусная ДНК).

И таким образом можно делать тест на любой вирус или бактерию!


Изобрел этот метод американский ученый Кэри Муллис, который в 1986 году зарегистрировал патент "Процесс усиления, обнаружения и/или клонирования последовательности нуклеиновой кислоты", а в 1993 получил за это Нобелевскую премию.

Вот это патент

Лига изобретателей

80 постов448 подписчиков

Правила сообщества

пока еще изобретаются

5
Автор поста оценил этот комментарий

Ага, и резуультат теста зависит от количества нагреваний, то есть от левой ноги анализатора.

раскрыть ветку (1)
4
Автор поста оценил этот комментарий

Все параметры подбираются и пишется протокол, по которому работают все лаборатории. Лаборант обязан ему следовать.

показать ответы
4
Автор поста оценил этот комментарий

и так как ковид-19 во многом схож с другими вирусами, то пцр тест часто ошибочно срабатывает

раскрыть ветку (1)
4
Автор поста оценил этот комментарий

В этом и состоит искусство дизайна праймеров - сделать такой, чтобы ошибок было мало.

2
Автор поста оценил этот комментарий

Что то не так с его прогрессией?

раскрыть ветку (1)
7
Автор поста оценил этот комментарий

Все так в теории и на первых циклах. Дальше начинаются хитрости - уменьшается концентрация реагентов, а высокая концентрация ДНК начинает тормозить процесс (ингибирует реакцию). Вообщем экспоненциальный рост переходит в какой-то момент в линейный, а затем выходит на насыщение - рост прекращается. Обычно 20-35 циклов хватает для этого.

Но это уже детали, которые не дают лучшего понимания принципа.

1
Автор поста оценил этот комментарий
Как устроен экспресс тест на ковид? Там что то просто синеет или нет.
раскрыть ветку (1)
3
Автор поста оценил этот комментарий

Это на основе имуноглобулинов(антител) , которые очень специфично цепляются к заданным белкам и образуют видимые комплексы. Хорошая тема для отдельного поста.

показать ответы
2
Автор поста оценил этот комментарий

т.е. если по какой-то причине на первых шагах больше воспроизвелось какой-то конкретной ДНК, то результат теста будет на 146% из этой ДНК. так ведь?

раскрыть ветку (1)
3
Автор поста оценил этот комментарий

ДА! И это главная проблема в некоторых методах исследования, когда совсем мало исходного материала. Например при попытки читать c материала одной клетки. Из всех генов (24000), после ПЦР остается тысяч 8. Просто потому, что что-то лучше “амплифицируется” на первых шагах.

показать ответы
1
Автор поста оценил этот комментарий

Короновирус не имеет ДНК, это РНК вирус. Как тогда работает ПЦР на нем?
https://ru.wikipedia.org/wiki/SARS-CoV-2

раскрыть ветку (1)
2
Автор поста оценил этот комментарий

Есть "обратная транскриптаза", которая синтезирует ДНК из РНК, ну а дальше все тоже. Метод называется "RT-PCR" (Reverse transcriptase PCR).


Да, поймали вы меня, пример был не совсем подходящий :).

показать ответы
4
Автор поста оценил этот комментарий
Там иммунохроматография. Короче, всякая фигня состоит из белков (вирусы, бактерии и т.д.) вот к этим белкам есть антитела (которые лепятся строго к своим белкам).
Допустим человек плюет на тест полоску.
Далее слюна, содержащая всякое, проходит через область на которую нанесены антитела с прилепленными маркерами (маленькие красящие частицы) и лепятся к ним другой стороной.
Получается: (Белок вируса)-(Антитело)-(Краска).
Дальше вся эта смесь благодаря капиллярному эффекту двигается в область на которой должны появляться те самые две полоски.
На одной полоске также нанесены антитела к вирусу. Вирус к ним клеится и получается бутерброд: (Антитела на полоске) - (Белок вируса) - (Антитело)-(Краска).
На другой антитела к антителам, на которых краска приклеена. Это контрольная полоска. Она тупо дает понять, что тест сработал как надо.
Если полоска одна – возбудителя (вируса) в образце (слюне) нет.
Если две – то есть.
Если ни одной, значит что-то пошло не так.
На схеме ниже – красное это условно вирусы, желтое – краска, а белые Y – антитела.

С тестами на беременность та же фигня, только вместо антител к ковиду, там антитела к ХГЧ.
Иллюстрация к комментарию
раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Хорошее описание с картинкой. Надо было его в пост-ответ превратить!

0
Автор поста оценил этот комментарий

интересно.

крутится в голове, но не получается внятно сформулировать - а как решают проблему, когда праймер одинаково хорошо "работает" с какими-то разными ДНК?

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Это заранее выясняют поиском последовательности  по базе данных всех ДНК. Если есть что-то сильно похожее, то ищем уникальную последовательность на других участках нашей ДНК.

показать ответы

Темы

Политика

Теги

Популярные авторы

Сообщества

18+

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Игры

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Юмор

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Отношения

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Здоровье

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Путешествия

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Спорт

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Хобби

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Сервис

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Природа

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Бизнес

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Транспорт

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Общение

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Юриспруденция

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Наука

Теги

Популярные авторы

Сообщества

IT

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Животные

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Кино и сериалы

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Экономика

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Кулинария

Теги

Популярные авторы

Сообщества

История

Теги

Популярные авторы

Сообщества