ItsHim

пикабушник
Работаю в научно-прикладной отрасли, интересны темы той же науки, аниме, MMA, некоторых фанфиков
пол: мужской
поставил 824 плюса и 717 минусов
отредактировал 3 поста
проголосовал за 3 редактирования
9112 рейтинг 65 подписчиков 3530 комментариев 16 постов 3 в "горячем"
1 награда
5 лет на Пикабу
18

Немного биотехнологии...

Давным давно хотел запилить пост о работе в биотехнологической лаборатории ну и о том, чем эта самая биотехнология занимается, да вот только то одно, то другое и всё никак, а потом и вовсе забылось.

Недавно я решил повыделываться поиграть в угадайку в посте https://pikabu.ru/story/geneticheski_modifitsirovannaya_bakt... , где @MedVikt0r случайно напомнил мне, что я ленивая задница, поинтересовавшись, не могу ли я запилить посты по микрооргнизмам. Не смотря на то, что я немного не микробиолог, это заставило задуматься на тему прокрастинации и лени.

Немного биотехнологии... ДНК, Биотехнологии, Белок, ГМО, Длиннопост

Но, всё же, собравшись с духом и зарядившись кофейком, я сделяль.

Пост получится долгим, и кому данное направление не интересно, могут смело пролистывать эту скукотень.


Для людей, работающих в подобных лабах или имеющих непосредственное к ним отношение: многие детали я пропускаю, потому как люди бы заснули уже на понятиях интрон-экзонной структуры эукариотического генома и реакции обратной транскрипции.



Начну с малого - того, чем занимается лаборатория в которой я работаю. В большинстве случаев работа в нашей лабе упирается в получение белков с помощью микроорганизмов (экспрессионные штаммы могут быть самыми разными). Рабочей лошадкой для производства белков практически в любой лабе является E.coli она же Кишечная палочка. Геном изучен вдоль и поперёк, штаммов - великое множество, да и сам организм не особо сложен и привередлив.

Немного биотехнологии... ДНК, Биотехнологии, Белок, ГМО, Длиннопост

Итак с организмом-продуцентом мы определились, теперь можем подумать и о том, что бы нам вытащить. Как вариант у нас есть какой-то организм с флуоресцентным белком, позволяющим ему грубо говоря светиться. Организм наверняка эукариотический, так что это сулит нам немного больше геморроя, чем хотелось бы, но не время жаловаться, время вытаскивать ген, кодирующий этот самый белок.

У всех живущих организмов в каждой живой клеточке есть ДНК, которая является набором информации о совокупности всех его генов и попутно регуляторным инструментом, в котором прописаны инструкции к производству белков, которые на этих самых генах и основаны. Так же с начала 80ых годов мы пользуемся методом полимеразной цепной реакци (ПЦР) для того, чтобы многократно преумножить определённый участок ДНК/РНК. Из чего следует, что всё, что нам нужно, это выделить всю ДНК нужного нам организма, насколько это возможно, и поставить с ней ПЦР на нужный нам ген флуоресцентного белка. Схематически ПЦР выглядит примерно вот так:

Немного биотехнологии... ДНК, Биотехнологии, Белок, ГМО, Длиннопост

Есть у кого-нибудь возникнут вопросы о том, что это такое, из чего состоит процесс и почему юзается в диагностике, я могу ответить в комментах.


И вот, наконец-то вожделенный ген амплифицирован (многократно умножен) и готов к использованию. "Использование" на данной стадии представляет собой впихивание этого самого гена в вектор, который в большинстве случаев из себя представляет плазмида. Плаздима - это очень небольшая закольцованная молекула ДНК. Сегодня в нашем распоряжении есть огромное множество этих плазмид под самые разнообразные нужды и для самых разнообразных организмов. В самой плазмиде есть ген резистентности к определённому антибиотику, промотор для начала транскрипции и, как следствие наших манипуляций именуемых молекулярное клонирование, в плазмиде появляется и наш ген. Схематически выглядит примерно так:

Немного биотехнологии... ДНК, Биотехнологии, Белок, ГМО, Длиннопост

Остальные надписи вообще смысла не имеют объяснять долго, но если кому будет интересно - отпишу.


Зачем мы в принципе запихали наш ген в плазмиду? Есть сразу несколько причин.

Первая - чтобы нашу вставку просто так не пошинковала клетка, которую мы собираемся трансформировать. Плазмида в данном случае - система доставки.

Вторая - чтобы контролировать экспрессию нашего гена. В плазмиде, как уже описывалось выше есть промотор, от силы которого будет зависеть то, сколько синтезируется нашего белка.

Третья - чтобы отобрать нужные нам клетки в последствие. Плазмиды имеют свойство не только "влетать" в клетку, но и так же благополучно деградировать в ней.

Поэтому, чтобы быть уверенным в том, что наша плазмида точно находится в клетках, которые мы с такой любовью растим, мы добавляем в среду немного йаду - а именно антибиотик, к которому в нашей плазмиде есть ген резистентности, и которого нет в геноме самой бактерии. Таким образом все клетки БЕЗ нашей плазмиды, коих наверняка сыщется не один миллион, тихонько помрут за ненадобностью (ох уж эти люди, ни дня без геноцида). Ну и классическая чашка с колониями:

Немного биотехнологии... ДНК, Биотехнологии, Белок, ГМО, Длиннопост

Вот и готов наш ГМО (=


Далее мы берём клетки одной из проросших колоний и кидаем их в питательную среду всё с тем же антибиотиком и растим, попутно добавляя индуктор. Индуктор нужен для того, чтобы запустить процесс наработки нашего белка. После инкубации в питательной среде наших клеток с нашей плазмидой, в которой сидит наш ген флуоресцентного белка... о как завернул... в общем после всего этого мы выделяем наш белок из клеточной массы (например, методом металл-аффинной хроматографии) и выглядит он примерно так же как и вот эти ребята:

Немного биотехнологии... ДНК, Биотехнологии, Белок, ГМО, Длиннопост

Ну и дополнительно можно растить эти клетки сразу на чашке с индуктором, тогда можно делать, вот такие приколы на Новый Год:

Немного биотехнологии... ДНК, Биотехнологии, Белок, ГМО, Длиннопост

Фото этой чашки, кстати, было моим первым постом на пикабу)


Кошка бонусом для тех, кто осилил пост до конца))

Немного биотехнологии... ДНК, Биотехнологии, Белок, ГМО, Длиннопост
Показать полностью 7
50

Опять пикабу в Казахстане забанили?

Пикабушники Казахстана, у вас пикабу нормально открывается? Может быть я не в курсе какого-то бана, но уже почти пол часа как сайт перестал грузиться. Ни с Теле2 4G, ни со стационарного билайна пикабу не открывается. Стоит подрубить vpn - всё пашет как по часам.

Есть у кого ещё подобные проблемы?


P.S. В приложении та же вата.

32

Сообщество Биотехнология и молекулярка

Прошу создать сообщество "Биотехнология и молекулярка". Смысл создания - популяризация науки в целом, ликбез и объяснение некоторых научных фактов. На пикабу существует много постов вышедших в горячее, в которых объясняется то, чем люди занимаются в лаборатории молекулярной биологии, биохимии, биотехнологии, генетики, даже обычных диагностических лабах. Есть так же посты про ГМО, в которых многое объясняется для простого человека, далёкого от лабораторной деятельности. Сообщество позволит "упаковать" все эти посты, так же как и создавать новые в данной же тематике. На пикабу сидит много работников лабораторий, но выкладывать тематические посты - это всегда высокая вероятность улететь в минуса.


Шапка:

Сообщество Биотехнология и молекулярка Молекулярная биология, Биотехнологии, Генетика, Лаборатория

Аватарка (лучше ничего не нашлось):

Сообщество Биотехнология и молекулярка Молекулярная биология, Биотехнологии, Генетика, Лаборатория
7

Идея для будильника

Засыпая под свой плейлист в темноте, предвкушаю приятное "отключение основных систем". В полудрёме ещё не понимаю, что музыка почему-то затихла. И тут начинается композиция "let the bodies hit the floor". Просто послушайте начало и вы поймёте, что я ощутил в те самые 5-6 секунд.

Сижу бодрячком, листаю ленту; сна уже ни в одном глазу, а от шёпота меня теперь перебирает... Поставил на будильник. На пару недель хватит (=


А как вы просыпаетесь?

18

И снова кошка

Не ожидал такой бурной положительной реакции на мою кошку. Вот вам на суд ещё одно фото. Влетела в пакет с разгона, но похоже, что ей там понравилось.
И снова кошка Не ожидал такой бурной положительной реакции на мою кошку. Вот вам на суд ещё одно фото. Влетела в пакет с разгона, но похоже, что ей там понравилось.
Отличная работа, все прочитано!