212

Ядерный магнитный резонанс, ЯМР

Серия Химия

Приветствую!


Когда я только начинал пилить посты на Пикабу, я решил, что не буду заниматься научпопом. Весь научпоп, который я читал\слушал\смотрел до этого, был либо не научным, либо не популярным.


Однако по мере написания постов серии "Сколько стоит лабу построить" мне волей-неволей пришлось ступить на эту скользкую дорожку, просто для того, чтобы читатели понимали, зачем мы покупаем очередную страхолюдную хреновину ценой в крыло от истребителя. В процессе же подготовки текста очередной части, дойдя до ЯМР-спектрометра, я понял, что рассказать о нём в двух словах просто-таки невозможно, такую большую роль он играет в работе органика-синтетика. Поэтому я выделяю рассказ о нём в отдельный пост, чтобы потом просто сослаться на него при перечислении.


Итак, поехали!

Для начала немного техноэротики. 900 МГц ЯМР фирмы Varian. Для понимания масштаба на прибор сверху поставлена девушка =)


Итак, спектроскопия ядерного магнитного резонанса, или ЯМР. Только за сам метод и его развитие было присуждено две Нобелевские премии - по физике за 1952 год и по химии за 1991 год. Плюсом к этому идут ещё две премии - химия за 2002 год, за филигранное использование метода для определения структуры биомолекул, и по физиологии и медицине за 2003 год - за МРТ. Сколько работ, получивших Нобелевскую премию, стали возможными благодаря ЯМР - не счесть!


Метод ЯМР не имеет конкурентов в деле установления структуры растворимых молекул. Даже рентгеновская дифракция на монокристаллах обладает куда более скромными возможностями - для неё нужен монокристалл, тогда как ЯМР работает с любыми растворами. Кроме того, ЯМР позволяет анализировать смеси, и даже дает информацию об их составе. Остальные же методы, будь то спектроскопия или что-то другое, безнадежно проигрывают ЯМР в этой области. Вдобавок, метод ЯМР можно использовать для изучения механизмов, кинетики и термодинамики реакций, для конформационного анализа, физико-химических экспериментов таких как измерение коэффициентов диффузии. Большинство журналов, посвященных органической химии, считают ЯМР самым надежным методом установления структуры и чистоты вещества.


В основе метода лежит тот факт, что многие атомные ядра обладают ненулевым собственным магнитным моментом μ. Магнитный момент, как и любой момент - величина векторная, тобишь имеет направление. Вектор μ может иметь несколько направлений, каждое из которых характеризуется проекцией на условную ось вращения ядра, и соответствующие им значения ядерного спина m. Значения эти равны косинусу угла между вектором μ и условной осью вращения. В сферическом ядре в вакууме эти направления вырождены, т.е. соответствующие им состояния неразличимы. Однако если мы наведем внешнее магнитное поле, то мы получим точку отсчета - вектор индукции, и вырождение снимется - мы сможем различать между собой состояния m. Далее для простоты изложения и восприятия я в качестве примера буду использовать протон - ядро 1Н, имеющее m = (+/-)1/2.

Энергетическая диаграмма спиновых состояний ядра 1Н. Как можно заметить, величина ΔE прямо пропорциональна B0.


Если есть два состояния, отличающихся по энергии - система может переходить между этими состояниями. Разумеется, не бесплатно - для того, чтобы попасть на более высокий уровень, система должна откуда-то взять энергию, а чтобы попасть на более низкий - кому-то эту энергию отдать. В том случае, когда эта энергия поглощается/излучается в виде электромагнитной волны, говорят о резонансном поглощении/испускании. При температурах записи ЯМР-спектров (редко превышающих 500 К) почти все ядра находятся в основном, самом низкоэнергетическом, состоянии. Доля возбужденных ядер крайне мала.


Энергия, а, следовательно, длина волны, соответствующая резонансному переходу в ЯМР, прямо пропорциональна величине индукции поля, и связана с ним посредством гиромагнитного отношения γ, которое является постоянной величиной для каждого ядра. Однако, говоря о ЯМР, принято оперировать не длинами волн, а частотами, благо они связаны друг с другом соотношением Планка. В итоге имеет место быть следующее соотношение между резонансной частотой поглощения/испускания:

ν = γB0/2π

Для ядер 1Н резонансная частота при индукции поля в 11.74 Тл составляет 500 МГц. Это довольно-таки типичные параметры для современного ЯМР-спектрометра.


Изначально спектры снимали очень просто - банально сканировали интересующий диапазон частот, записывая спектр поглощения (то есть зависимость доли поглощенной энергии от частоты). Были спектрометры, в которых меняли частоту при постоянном поле, потом перешли к более простой схеме - менять поле при постоянной наблюдаемой частоте. Однако оба этих варианта были далеки от идеала. Были проблемы и с чувствительностью, и с качеством спектров, и с временем съемки, и с количественными характеристиками спектра. Были даже проблемы, связанные с нагревом образца из-за постоянного облучения!


И тогда на помощь пришел Шарль Фурье, а точнее, его преобразования, позволяющие разложить сумму гармонических колебаний на спектр - совокупность частот и соответствующих им интенсивностей. Фурье-ЯМР выглядит так: сначала образец облучают коротким высокочастотным импульсом, покрывающим весь интересующий диапазон. Этот импульс частично поглощается ядрами, создавая определенную заселенность возбужденного уровня. А дальше возбужденные ядра начинают релаксировать - испускать излучение в радиочастотном диапазоне, переходя обратно в основное состояние. Записывая совокупный электромагнитный сигнал как функцию от времени, получают так называемый спад свободной индукции.

Схема ЯМР спектрометра. Жидкий азот и гелий нужны для работы сверхпроводящего магнита.


Вся электроника, содержащаяся в корпусе магнита, находится в самом низу прибора. А образец загружают через верх. На ампулу надевают специальную турбинку, и вставляют всё это в трубку сверху. Ампула поддерживается потоком воздуха. После нажатия на кнопку она опускается вниз, и благодаря турбинке, раскручивается сжатым воздухом (любые механические привода в этой зоне будут давать помехи). После окончания эксперимента образец поднимается наверх тем же сжатым воздухом. Помимо ручной загрузки образцов используют автосамплеры.


Современные ЯМР-спектрометры исследовательского класса создают в рабочей зоне поля в 10 Тл и выше, причем очень низкоградиентное в значительном объеме. Единственный способ обеспечить такое поле - использовать сверхпроводящий магнит. А это выливается в необходимость непрерывного обеспечения спектрометра жидким азотом и жидким гелием. И если небольшой генератор жидкого азота стоит, по сравнению с самим спектрометром, сущие гроши - 3-5 млн.р., то с жидким гелием могут возникнуть проблемы. Если провафлить заливку азота или гелия (азот нужен чтобы дорогой гелий медленнее испарялся) - прибор вырубается и попадаешь минимум на 100К. Столько стоит его повторный запуск. А может и поломаться, там суммы вообще труднопрогнозируемые.


Помимо сверхпроводящего магнита в самом корпусе магнита находятся излучатели и приемники радиочастотного диапазона, а также всякие вспомогательные приблуды - нагреватели\охладители, специальный пневматический привод для вращения образца и т.д. Кроме корпуса магнита есть ещё т.н. радиоблок - тумба, в которой находятся импульсные генераторы, детекторы и прочая электроника. Подключено это всё, естественно, к компьютеру, который после определенных манипуляций выдает FID.

Вот так выглядит FID - спад свободной индукции. По оси абсцисс - время, по оси ординат - интенсивность излучения.


Пропустив эту функцию через жернова преобразований Фурье мы получаем ЯМР-спектр в привычном нам виде, то есть в виде зависимости интенсивности от частоты.

Вот один из реальных спектров, который я снимал N лет назад. Так он выглядит после всей обработки, так он и был вставлен в статью.


Возникает логичный вопрос - а как всё это связано со строением молекулы? Дело в том, что в молекуле есть и другие частицы, имеющие магнитный момент - электроны. Электроны образуют в пространстве, занимаемом молекулой, неодородное магнитное поле, которое может слегка (на миллионные доли) изменять величину индукции магнитного поля в той или иной точке. А вместе с изменением поля меняется и резонансная частота. В итоге выходит, что резонансная частота того или иного ядра зависит от электронной плотности вокруг него. Ну а электронная плотность отражает строение молекулы.


Но этой информации явно маловато. Благо, из ЯМР-спектра на ядрах 1Н можно выжать ещё немало информации. Начнем с того, что в силу нашего сказочного везения ядра 1Н позволяют без особых ухищрений записывать спектры, отражающие количественную картину. То есть, интегральные интенсивности сигналов в спектре пропорциональны количеству резонирующих протонов. Скажем, в 1Н ЯМР спектре пропана, который содержит 6 эквивалентных метильных протонов и 2 эквивалетных метиленовых протона, мы увидим 2 сигнала с соотношением интенсивностей 6:2. Большинство остальных ядер не позволяет без танцев с бубном оценивать количество эквивалентных ядер, но и протонов хватает.


Кроме того, ядра, расположенные близко друг к другу, могут взаимодействовать друг с другом. Взаимодействие это, называемое спин-спиновым, передается по химическим связям, поэтому близость определяется числом связей, разделяющих ядра, а не кратчайшим расстоянием. Взаимодействуя, ядра образуют спиново-связанный ансамбль, который дает сигналы сложной формы, состоящие из нескольких пиков разной интенсивности. Анализируя формы этих сигналов, можно получать информацию о взаимном расположении ядер в молекуле.


Я не буду углубляться в специальные импульсные последовательности и тем более в 2D-ЯМР спектроскопию. Эти техники позволяют выжать из ЯМР-спектров молекулы ещё массу структурной информации, но их слишком много и они слишком сложны. Скажу только, что на сегодняшний день практически не осталось задач установления структуры органических веществ, которые бы не были разрешимы с помощью спектроскопии ЯМР.


Теперь о практической стороне вопроса. Для органиков ЯМР = жидкостный ЯМР, где образец анализируется в виде раствора в дейтерированном растворителе. Дейтерированный он должен быть, во-первых, чтобы протоны растворителя не подавляли сигналы растворенного вещества, а во-вторых, чтобы осуществлять дейтериевую коррекцию, позволяющую избежать уширения, связанного с дрейфом поля. Раствор должен быть гомогенным (никакой взвеси\пыли\эмульсии) и не содержать парамагнитных примесей. Раствор образца помещается в ЯМР-ампулу стандартного образца, изготовленную из специального стекла.

5 мм ЯМР-ампулы с крышками. Есть ещё 3 мм и, вроде, 7 мм. Чем более однороден и диамагнитен материал стекла, тем выше качество спектров.


Теперь о ценах. Цена спектрометра в первую очередь определяется его рабочей частотой (в разговорах всегда оперируют рабочей частотой на ядрах 1Н). Для 400 МГц приборов, оптимальных для рутинных задач, эта цена составляет около 15-20 млн. р. (очень приблизительно, я сам их никогда не покупал). Плюс, нормально оборудовать помещение под ЯМР стоит около 1 млн.р. Если разделить эту ношу, условно говоря, на 50 пользователей, выходит 300-400К на человека. Но эти приборы редко покупают за свои, обычно деньги на ЯМРы выделяет учреждение. Реже, но бывает, когда прибор покупает несколько групп, вскладчину. Правда, тогда пытаются найти БУ прибор подешевле. Кроме того, в прибор надо постоянно доливать охладители. Я боюсь соврать, но слышал, что за год один ЯМР на 400 МГц сжирает жидкого азота и гелия на 300-400К. Гелий стоит в районе 1К за литр (sic!), так что цифры реалистичные.


У нас стоит несколько приборов с частотами от 300 до 600 МГц. Кроме обычных, жидкостных ЯМРов есть твердотельный ЯМР, который работает не с растворами, а с твердыми образцами, и ЯКР-спектрометр, который вообще дичь творит. Число снятых за последние 5 лет спектров только на жидкостном ЯМР - около 150 000.

А вот так выглядит 500 МГц прибор, используемый для измерений чуть сложнее рутинных. Справа - магнит, слева - радиоблок. В этот прибор высокий человек ещё может засунуть образец без стремянки, но обычно к ним всё-таки ставят хотя бы приступку.


Далее расходка. ЯМР-ампулы стоят очень по-разному. Для рутины мы пользуемся бюджетными, которые с крышкой стоят около 100р\штука. На одного синтетика надо иметь хотя бы 50 шт или . И наконец самое интересное - дейтерированные растворители. На один спектр нужно 0.5 мл растворителя. Активно работающий на ниве органического синтеза химик за год снимает ЯМР спектры около 500 образцов. Это 250 мл растворителей. Примерные цены на растворители:

D2O  2 руб\мл

CDCl3  30 руб\мл

ацетон-d6  120 руб\мл

ДМСО-d6  150 руб\мл

C6D6  200 руб\мл

MeCN-d3  200 руб\мл

ДМФ-d7  2000 руб\мл


Органика редко растворяется в воде, поэтому отскочить на D2O вряд ли получится. Есть люди, которые 99% спектров снимают или в CDCl3, или в смесях CCl4 или CS2 с 10% добавкой C6D6 или ацетона. В этом случае можно обойтись 7-10К в год. В среднем же расход на человека выходит около 20К в год.


Итого, если считать на 4 человека, на расходку выходит 100К в год. Вроде немного, но научная группа из 12 взрослых сотрудников (вполне средняя цифра) сжирает 300К каждый год! Это эквивалентно роторному испарителю, причем даже не в минималке.

А вот как выглядит бенчтоп-ЯМР на 80 МГц. Для понимания масштаба рядом инсулиновый шприц и стакан на 100 мл.


Кстати, в последнее время появилось много настольных ЯМР-спектрометров вроде того, что на картинке выше. Рабочая частота таких приборов - от 40 до 90 МГц, на постоянных магнитах без всякого жидкого гелия. По меркам современных исследовательских приборов это несерьезно, но продвинутая электроника и алгоритмы постобработки позволяют получать спектры на уровне старых 200 МГц-спектрометров, что достаточно для большинства рутинных спектров.


Помимо отсутствия жидкого гелия есть и ещё бонусы - малый объем пробы, возможность съемки без дейтерорастворителя, и, самое главное - возможность вводить образцы обычным шприцом или подключать прибор к жидкостному хроматографу. Стоит такая машинка 2-5 млн. р. Честно говоря, работать на таком пока не доводилось, но очень хочется.


Сегодня я попытался рассказать, что это за зверь - ядерный магнитный резонанс, и почему этот метод востребован и любим всеми органиками-синтетиками. Мой отпуск скоро заканчивается, и посты будут выходит намного реже. Но всё-таки я постараюсь добить хотя бы серию "Сколько стоит лабу построить" в разумные сроки.


На сегодня всё!


Баянометр выдаёт какую-то фигню. Комменты для минусов внизу.

Лига Химиков

2K постов12.9K подписчиков

Правила сообщества

Старайтесь выбирать качественный контент и не ставьте теги моё на копипасты

Посты с просьбой решения домашнего задания переносятся в общую ленту

Также нельзя:

1. Оскорблять пользователей.

2. Постить материал далеко не по теме и непотребный контент (в остальном грамотно используйте теги)

3. Рекламировать сомнительные сайты и услуги коммерческого характера

15
Автор поста оценил этот комментарий

Если интересно, прибор на первом фото стоит от 500 млн. р. до миллиарда.

показать ответы
2
Автор поста оценил этот комментарий
Иллюстрация к комментарию
раскрыть ветку (1)
6
Автор поста оценил этот комментарий

Отличная картина от Varian. Я бы назвал её "Государственная комиссия проверяет оснащенность лабораторий".

Автор поста оценил этот комментарий

Насколько сильно различаются ЯМР-установка и МРТ?

раскрыть ветку (1)
6
Автор поста оценил этот комментарий

В ЯМР загружают ампулу размером с тонкий карандаш, внутри неё 0.5 мл жидкости.


В МРТ загружают тушу пациента.


Вот как-то так.

3
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

Это же вроде совершенно разные приборы, как пылесос и кухонный комбайн...

МРТ делает картинки (сечения) вещества через заданное расстояние.

ЯМР выдаёт химический состав вещества.

раскрыть ветку (1)
5
Автор поста оценил этот комментарий

Строго говоря, МРТ - это вообще не ЯМР-спектрометр, а магнетометр. Трехмерный сканирующий.

показать ответы
17
Вата горит
Автор поста оценил этот комментарий

Начинать научпоп с ЯМР - это жестоко)

Можно было бы с чего-нибудь попроще, типа УФ => ИК => ЯМР, например)

раскрыть ветку (1)
5
Автор поста оценил этот комментарий

Про УФ и ИК нет смысла пилить отдельные посты. Я под приборами просто кратко пишу, как они работают и зачем.


Я и про ЯМР изначально не планировал отдельный пост, просто понял, что слишком много получается...

показать ответы
0
Автор поста оценил этот комментарий

Что ж в нем такого дорогого?

раскрыть ветку (1)
4
Автор поста оценил этот комментарий

Всё. Сверхпроводящий магнит, радиочастотные генераторы, катушки и приемники высокой добротности.

показать ответы
7
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

надо особо отметить, что непросто некоторые атомы, а так повезло что это водород, фосфор, фтор, изотопы углерода и азота т.е. те атомы, которые широко распространены в органике.


ну и после импульсной спектроскопии есть еще две вещи, которые позволили ямр стать самым мощным инструментом в структурном анализе - двумерная спектроскопия и квантово-химические расчеты.

раскрыть ветку (1)
3
Автор поста оценил этот комментарий

С углеродом не то, чтобы повезло. Вот если бы 13С был основным изотопом - это было бы везение. А так - без тяжелых танцев с бубном ни ССВ, ни интегралов, фокусов выше крыши...


Про 2D я упоминал, ближе к окончанию поста. А вот насчет квантово-механических расчетов - не согласен. Кроме как в конформационном анализе, особо они нигде не нужны. Обычно это выглядит так - сначала получают спектры, а потом меняя методы и базисы, пытаются натянуть расчетную сову на экспериментальный глобус.

показать ответы
0
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

от 500 000 это если сильно подержаный

раскрыть ветку (1)
3
Автор поста оценил этот комментарий

900 МГц?

3
Автор поста оценил этот комментарий

Сейчас в мире есть 2 производителя ЯМР-спектрометров на сверхпроводящих магнитах - Bruker и JEOL. Раньше ещё был Varian (они были первопроходцами в серийном производстве ЯМРов) и Agilent.

показать ответы
2
Автор поста оценил этот комментарий
Отлично составлено; принцип ЯМР даже не все магистры-химики понимают, а тут весьма понятным языком изложено, ждём ещё постов в лиге👌)
раскрыть ветку (1)
2
Автор поста оценил этот комментарий

Спасибо. Честно говоря, писать научпоп для меня тяжело, поэтому обещать не могу.

0
Автор поста оценил этот комментарий

Главное заключается в том, что людей, кому реально нужен 900МГц в мире единицы. Купить нормальную 400-ку сейчас можно в разумном состоянии примерно за 100k$

раскрыть ветку (1)
1
Автор поста оценил этот комментарий

Гос. организации у нес не могут покупать БУ. Вообще. Никак.


У нас тут начальство пытается купить 800-ку, типа дорого-бохато, мы пытаемся их переубедить, нам эта восьмисотка нахер не нужна. Лучше бы несколько LCMS поставили, а то на них очереди на месяц вперед. А ещё лучше - зарплату операторам бы повысили...

показать ответы
1
Автор поста оценил этот комментарий

Не совсем так. Теперь опять три конкурента. На международном рынке более 2-х лет китайский QONe

раскрыть ветку (1)
1
Автор поста оценил этот комментарий

О них ещё не слышал. И почем у них жидкостная пятисотка с автосамплером?

показать ответы
0
Автор поста оценил этот комментарий

я правильно понял, что, говоря простым языком, этот прибор предназначен для определения вещества, что находится в пробирке?

Например, если ФСБ принесет на пробу подозрительную жидкость или кто-то попытается выделить секретный ингредиент кока-колы?

раскрыть ветку (1)
1
Автор поста оценил этот комментарий

Примерно.

показать ответы
1
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий
Аддитивные схемы хороши для простейших соединений. На всем более или менее интересном они работает плохо.
раскрыть ветку (1)
1
Автор поста оценил этот комментарий

Прелесть аддитивных схем - гибкая параметризация и очень дешевый расчет. Обучить их на известном пуле родственных соединений можно быстро и легко, после чего они внезапно начинают давать точность порядка тех же 2-3 м.д. даже на сложных соединениях той же природы.


А на сложном и интересном (см. фуллерены, порфирины или PAH) кванты работают так же плохо, как и аддитивка.

1
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

ошибка в 5 мд для гетероядер не принципиальна при их диапазонах значений, какие то уровни завышают, какие то занижают. можно применять линейное масштабирование или реферирование по нескольким стандартам, чтобы уйти от этой ошибки


>Методы расчета хс недостаточно хорошо работают, чтобы был какой-то смысл их использовать


я доказал обратное для фосфора

раскрыть ветку (1)
1
Автор поста оценил этот комментарий
ошибка в 5 мд для гетероядер не принципиальна при их диапазонах значений

Блин, вот Вы работаете со спектрами на фосфоре, и Вам со своей весьма экзотической колокольни кажется, что 5 м.д. - это непринципиальная ошибка. Согласен, для фосфора, где в спектре стоит пара-тройка одиноких синглетов и шкала в 500 м.д. это и немного. И Вы для вашего, весьма ограниченного круга субстратов верифицировали расчетную методику. Не более того. Скажем, считали Вы фосфины и их металлокомплексы, и всё хорошо. А теперь попробуйте тем же сетапом фосфониевые илиды посчитать...


А люди вообще-то в подавляющем большинстве снимают 1Н и 13С спектры. В 1Н ошибка в 5 м.д. - это не ошибка, а просто белый шум вместо спектра. В 13С хоть шкала формально и 250 м.д. - реально большинство сигналов находятся в пределах довольно узких характеристичных диапазонов. Например третичная ароматика вся сидит на отрезке в 10-15 м.д., метиленовая алифатика - тоже. Терминальная алифатика так вообще вся в 5 м.д. укладывается. И здесь 5 м.д. - это тоже очень, очень много. Аддитивные схемы для 13С дают точность в 1-2 м.д.!

показать ответы
1
Автор поста оценил этот комментарий
Хороший пост, ЯМР один из немногих методов, который действительно интересно было изучать в универе.
раскрыть ветку (1)
1
Автор поста оценил этот комментарий

Почему бы и нет? Например у нас сейчас студенты за 6 лет проходят 3 обязательных курса, содержащих ЯМР, и могут выбрать 2 допкурса, полностью ему посвященных. А при желании могут и дипломную работу делать в лаборатории ЯМР.

показать ответы
1
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

оптимизация геометрии не имеет смысла, если система задана не верно. такая же "частота ошибок" как и в расчетах хс, потому что расчет хс идет с оптимизированного состояния. и какой бы метод не выбрали с этого состояния он не получит принципиально другого значения хс.


просто методы расчетов хс недостаточно апробированы. люди бояться, им не хочется что то нового, расчеты для них это чорный ящик. и это нормальная реакция.

раскрыть ветку (1)
1
Автор поста оценил этот комментарий

Расчеты хс с одной и той же геометрии разными методами и уровнями и даже разными базисами внутри одного метода и уровня дают сильно разные хс. Ошибка в несколько м.д. - нормальная ситуация. Даже пост-ХФ методы дают большой разброс.


Методы расчета хс недостаточно хорошо работают, чтобы был какой-то смысл их использовать. Иначе бы использовали ровно так же, как и используют расчет геометрии, орбиталей и реактивити с помощью ровно того же DFT.

показать ответы
1
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

если вы не учли что то то и расчет реакции, энергии у вас будут неправильными - значит тысячи химиков по всему миру делают что то не так.


точно также и с ямр: не подобрал кссв или т1 и не получишь результат для какого то необычного соединения. значит ли это что метод слабый?

раскрыть ветку (1)
1
Автор поста оценил этот комментарий

Ни один метод не может всё. Но в ЯМР, равно как в оптимизации геометрии, частота ошибок намного меньше. Именно поэтому они как методы намного сильнее квантовой симуляции ЯМР.


Но наиболее репрезентативной остается статистика использования. ЯМР используется в абсолютном большинстве работ, посвященных органическому синтезу. Оптимизация геометрии - в существенной части, я бы сказал, в 10% как минимум. Симуляция ЯМР квантами даже процента не наберёт.


Наверное, тысячи химиков по всему миру идиоты, и не используют такой замечательный инструмент исключительно по собственному скудоумию?

показать ответы
1
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

я не говорил про простые системы: я говорил, что если не работает, значит что то не учли.


химики могут в кванты, и статей по расчетам хс и по использованию на практике расчетов хс не так уж и мало.


у меня в евроджоке есть статья, в которой хс считаем. и это не топовый журнал, не ангевант чай.

раскрыть ветку (1)
1
Автор поста оценил этот комментарий

Не учли = не работает. Если нет гарантии, что учли всё - нет гарантии, что расчет адекватен. Метод, не гарантирующий адекватности, не имеет серьезной практической перспективы.


Пока что симуляция ЯМР квантами - это камерный метод. Скорее даже не метод, а задача. В отличие от оптимизации геометрии, которая уже давно стала не просто методом, а общеупотребимым инструментом.


Повторяю - таких статей в органических журналах единицы. Большинство статей по квантовой симуляйии ЯМР - это именно статьи расчетные, где объектом исследования является расчет. А статей, где этот расчет используется как инструмент - очень мало.

показать ответы
1
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

да не работают аддитивные схемы, если бы они работали, то никто в квантовую химию не лез:)

а вот тфп работает, а если не сработала, то это вам звоночек что система не такая простая как кажется на первый взгляд.

раскрыть ветку (1)
1
Автор поста оценил этот комментарий

А мне мои системы простыми не кажутся, ни на первый взгляд, ни на второй. Простые системы потому и простые, что там на бумажке можно спектр предсказать, а для ЯМРов моих систем аддитивные схемы работают куда лучше и быстрее квантов.


В квантовую химию для расчета ЯМРов никто особо и не лезет. Просто откройте топовые журналы по органической химии - Org.Lett, JOC, EuroJOC - и посчитайте процент статей, в которых используются кванты для симуляции ЯМР. Не уверен, что за последний год хотя бы парочку найдете.


При том же геометрию считают часто. И орбитали. И механизмы реакций. Так что не стоит это списывать на то, что органики не могут в кванты. Органики просто по опыту знают, что симуляция ЯМР квантами - ненадежная вещь.

показать ответы
1
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий
Расчеты для этих атомов работают в 99% случаев. А если не работают, то значит или гипотеза неверна или дополнительные эффекты скрыты (обмен например)
раскрыть ветку (1)
1
Автор поста оценил этот комментарий

Понимаете, в условных 99% случаев (цифра с потолка) и аддитивные схемы работают, причем забесплатно. Но нет никакой уверенности, что в 100-м случае расчет сработает. Соответственно, прогностической силы нет.

показать ответы
0
Автор поста оценил этот комментарий

Установить или подтвердить структуру - дело человека предоставившего образец. Дело оператора - получить качественный спектр, насколько это возможно на предоставленном материале. Незаконченного высшего образования для этого вполне достаточно. При нормальной загрузке прибора - сотни образцов в день, по крайней мере у нас.

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Ну для рутины, протонников там, есть автосамплер, там человеческое участие нужно на уровне "напихал ампул в турель - забрал ампулы с турели".

0
Автор поста оценил этот комментарий

Раньше это дьюар стоил 200 баков

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Раньше доллар стоил 30 рубчиков

показать ответы
0
Автор поста оценил этот комментарий

250к за 400, 500 за 500 от брукера. Гелий сильно подорожал за последние годы, я проверил текущие цены - $1800 за 100 литровый дьюар

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Ну вот, 18 баксов за литр. Это уже реалистичные суммы, примерно как у нас, плюс-минус. А то с ценника в 2.5 бакса за литр я знатно уху ел, у нас если на розничные цены по городу смотреть - азот доллар за литр стоит, а тут гелий...

показать ответы
0
Автор поста оценил этот комментарий

Если одного из "операторов" зовут Стас, то это просто грех его именовать таким термином. Это высококлассный исследователь, ни никак не "оператор"

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Я просто не считаю, что термин "оператор" несёт какую-то негативную или пренебрежительную коннотацию. Если человек выполняет на приборе эксперимент не себе, а другим - он оператор, и в этом нет ничего обидного или неприятного, ИМХО.

0
Автор поста оценил этот комментарий

Тупиковый подход ИМХО. Сидя за спектрометром, имея чистый образец в магните ты, являясь специалистом, делаешь только то, что позволит тебе подтвердить/опровергнуть/установить структуру. Минимум времени - максимум результата. Оператор же, даже имея тот самый образец, просто потратит приборное время и получит нечто, спектроподобное. Санитарка не оперирует. Уборщица не учит детей. И только ЯМР доступен любой домохозяйке...

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Вы думаете, что оператор - это попка, которого взяли с улицы и посадили за прибор? Если так - то да, они бесполезны.


У нас операторами работают люди примерно такого же уровня квалификации, как вы или ваши коллеги по лаборатории ЯМР ИНЭОС. Фактически, раньше у них и была лаборатория ЯМР.


И их навыки в этой области несравнимо выше, чем скажем мои, да и любого другого в нашем институте. Так что если уж кто и будет впустую тратить приборное время, так это мы, но уж точно не они. Поэтому я и считаю, что им слишком мало платят.

показать ответы
0
Автор поста оценил этот комментарий

Мне как-то химики в инерте аргонном готовили образец, охлаждая ампулу жидким азотом.... Хорошо она до магнита не добралась.... В руках рванула... Так что про истории с Knipex в магните и магнитной мешалкой в ампуле я могу часами рассказывать...


https://nmr-service.ru/portfolio

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Магнитные мешалки в ампулах это да, тоже довольно распространенная тема...


Я слышал более интересную историю - как товарищи изучали комплексообразование никеля с органическими лигандами в ампуле, а у них там внезапно вместо обычного диамагнитного продукта организовался ферромагнитный MOF.

0
Автор поста оценил этот комментарий

Да подрабатывал я тоже в начале своей деятельности, лет 30 назад, сервисным оператором.... Именно поэтому и говорю.... В России просто совершенно не выделяют денег на поддержку и ремонт, поэтому пускать кого ни попадя к прибору - себе дороже. Хотя есть у нас Varian в свободном доступе б/у. Представителей лабораторий пускаем. Но это исключение

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

ИМХО даже если денег на ремонт выделяют много - лучше на эти деньги нанять человека, который будет работать на этих приборах постоянно и обслуживать их. Свободный доступ обычно приводит к похуистичному отношению к прибору и, как минимум, к бардаку и срачу, а чаще - к регулярным поломкам. А иначе никак, большинство пользователей - аспиранты да постдоки, которых через год-другой и след тут простынет.


В FAU например, на 5 приборов было 3 оператора, и то легкий бардак присутствовал, например, какие-то суки постоянно утаскивали турбинки, и регулярно, раз в несколько месяцев, кто-нибудь шибко умный "загружал" второй образец поверх первого или, например, пихал в горячий прибор ампулу с CD2Cl2. Как организовать работу 5 приборов с одним оператором - я вообще не представляю.

показать ответы
0
Автор поста оценил этот комментарий

А где это? Ну, что б реалии понимать

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Секрет =)


В России это обычная практика. И в ИОХе, и в МГУ, и в целом по стране. Я вот даже затруднюсь назвать сходу заведения, где заведено по-другому...

показать ответы
0
Автор поста оценил этот комментарий

Нет понятия "оператор" в ЯМР. Это профанация.... А прибор в свободном доступе в Макс Планке в Потдсдаме я чинил.... Его превратили в гору металлолома студенты и аспиранты


Получить какой-то спектр и решить задачу - разные вещи. Профессиональный ЯМР-щик получает в десятки раз больше информации за то же приборное время и даже из готового спектра

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Оператор - это человек, на постоянной основе выполняющий на приборе операции. У любого прибора, даже мясорубки, может быть оператор.


Суть в том, что у нас есть люди, которые обслуживают приборы и снимают на них спектры. И им платят на мой взгляд мало, и, что ещё хуже - запрещают им участвовать в грантах.

показать ответы
0
Автор поста оценил этот комментарий

это в какой стране? Германия? Точно не Россия.... Да, когда я работал на Брукере в Германии, гелий доставался по 2.5 euro/l. Но вот про 4$/l Вы похоже погорячились. В прошлом году в Польше, где свой гелий, я платил при запуске 14 евро/л

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Американцы оне, разбалованы дешевизной...

показать ответы
0
Автор поста оценил этот комментарий

У нас 5 спектрометров и ими рулит 1 мужик. Все меряют сами, какие операторы?

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Даже при open access системе пользования нужен обслуживающий персонал - не юзерам же гелий заливать и ТО проводить. А один человек - что ему, без отпуска и больничных работать? Или приборы останавливать каждый год? Да и помимо рутины есть много экспериментов, которая уже не под силу рядовым пользователям. В Германии я работал в разных местах, где-то были ЯМРы в свободном доступе (частично), как в FAU или Геттингене, а где-то нет, как в Берлине или Дюссельдорфе. Плюс, на одних ЯМРах свет клином не сошелся, есть множество приборов, для которых обязательно нужны операторы и объем работ по обслуживанию намного больше.


У нас есть частичный open access, но на ЯМРы он не распространяется. И правильно, ибо у нас снимают спектры начиная с первого курса, доверять им крайне дорогой по местным меркам (да он по любым меркам недешевый) прибор - глупо. В свободном доступе есть всякие FTIR, UV-Vis, газовые хроматографы и прочие дуракоустойчивые приборы.

показать ответы
0
Автор поста оценил этот комментарий

600ка на уровне лимона. 500ки китайцы не делают. В них смысла нет никакого

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Ясно, спасибо

0
Автор поста оценил этот комментарий

Про кого конкретно? QOne? ЕСли есть реальный интерес, то лучше в личку. Отвечу на любой вопрос

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Интерес про QOne, но чисто академический, всё равно эти игрушки покупаются на уровне дирекции...

показать ответы
0
Автор поста оценил этот комментарий

Если есть возможность провести рентгено-структурный анализ (РСА), то лучше сделать его, тогда не надо всего этого геморроя с расшифровкой спектра. Правда не все вещества дают кристаллы, пригодные для проведения РСА

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Уже было: https://pikabu.ru/story/skolko_stoit_labu_postroit_ch_7_6126...

тогда не надо всего этого геморроя с расшифровкой спектра

Вопрос опыта, мне набор ЯМРов расшифровать проще, чем структуру РСА решить.


У РСА свои недостатки и ограничения, помимо сложностей с получением кристалла. Плюс, ЯМР используется не только для определения структуры, но и для динамических исследований: константы равновесия, кинетика, изотопные исследования, конформационный анализ...

0
Автор поста оценил этот комментарий

А Вы в каком городе работаете? Случайно не в новосибирском НИОХе?

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Не скажу =]

1
Автор поста оценил этот комментарий

Ага, только компания, его производящая, уже не существует, точнее распродана по частям, и на рынке ЯМР практически монополия)) Так что сейчас может и дороже стоить уже)

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Почему монополия? Bruker и Jeol. К тому же, Agilent, которые купили Varian, вполне могут вернуться на рынок.

показать ответы
0
Автор поста оценил этот комментарий

Комунизьм у вас батенька.. В мою бытность в РАН, нас заставляли платить за криогенные жидкости, хотя сжижающая станция была в институте. Охрененная надо сказать была конструкция - небольшое здание с здоровенными детандерами, их еще наверное старый Капица лично строил. Впрочем, за пол-литра гидрашки персонажи в ватниках нам наливали 50 литров азота, гелий шел 1 к 1, но нам он был не в кассу, мы адсорбционные насосы охлаждали.

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Это не у нас коммунизм, а в РАН повальный жлобизм. Слышал я от коллег из ИОХ, что им их же институт ЯМРы платно снимает О_о

0
Автор поста оценил этот комментарий

Здравствуй, GidraVydra) Задам сейчас дилетантский и, наверное, смешной, но очень важный для меня вопрос. Я сейчас закончил 1 курс факультета физики и у меня есть возможность попасть в ЯМР лабораторию на практику (и дальнейшую работу в ней). Так вот, насколько "живо" направление ЯМР? Не окажется, что через условные семь лет всё что можно уже померяно и я, как специалист, никому не буду нужен?
Выбор направления дальнейшей деятельности для меня очень важно, поэтому стараюсь найти информацию где только можно)

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Вряд ли в области ЯМР в ближайшее время будут какие-нибудь breakthrough, но работы там достаточно.


Если у Вас нет серьезных научных амбиций - работа Вам обеспечена. Особенно если смотреть в сторону МРТ. Но если хочется научной славы - наверное стоит рассмотреть другие варианты.

0
Автор поста оценил этот комментарий

Гелий у вас охрененно дорогой. У нас 100 литровый дьюар - 400 баксов, насколько я помню.

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Мы гелий вообще не покупаем, у нас своя криогенная станция. Я привел расчет, ориентированный на средние цены по городу.

показать ответы
0
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

ну вот для той химии с которой я работал - этого было достаточно.


если кто нибудь найдет такой класс соединений для которого этот подход не будет работать - я очень удивлюсь.


отклонение в 2-3 мд, разница между хс для разных изомеров может быть около 10-15 мд для углерода, а для фосфора и несколько десятков. Обычные углероды в цикле вдали от хиральных центров обычно не очень интересны, но и их расчетами можно предсказать.

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

А вот для той химии, с которой работаю я - этого категорически недостаточно. И для тех, кто не использует квантовую симуляцию ЯМРов - тоже.

0
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

у меня не ограниченный круг, а около 50 типичных представителей разных классов соединений, все что было доступно. Потом на практике сколько не считал другие соединения - всегда срабатывало.


для углерода отклонение в среднем меньше 2-3 мд. Этого достаточно для большинства задач. Протоны не считал - там все на грани.

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Вы же прекрасно понимаете, каков порядок количества потенциально доступных органических молекул. В масштабах этого 50 - это даже выборкой назвать нельзя. Опять же, критерий "всё, что было доступно" - эта выборка очевидно аффектирована той химией, которой Вы занимаетесь и в рамках многообразия органических соединений никоим образом не может считаться равномерной.


Для углерода, повторяю, и аддитивные схемы дают 2-3 м.д. Более того, на известных мне классах соединений я навскидку могу предсказать химсдвиги с такой точностью. Зато намного быстрее. Для органического синтеза - нормальная ситуация 4-5 бензольных колец в молекуле, соответственно десятки углеродов в диапазоне в 10-15 м.д. А если мы переходим от обычной органики, скажем, к порфиринам, фуллеренам или PAHам - там на пятачке в 10 м.д. может быть 50 сигналов! И какой будет смысл в спектре, симулированном с точностью (как вы сами заметили, в среднем) 2-3 м.д.?

показать ответы
0
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

у нас инадекватом не пользуются даже те, кто работает с фуллеренами.


к сожалению не работаю в химии больше, поэтому не могу сказать как они оптимизировали процесс

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

А я тоже им почти не пользуюсь - растворимости не хватает, инадекват требует минимум 50 мг, а у меня если 3 мг растворится - уже праздник. Но это не значит, что инадекват мне не нужен - очень нужен, без него хреново.


Работать с фуллеренами - понятие растяжимое. Они могут например BHJ-системами заниматься, там вообще ЯМР не особо нужен. Но для установления структуры низкосимметричных производных фуллеренов, или, скажем, extended PAHs инадекват крайне полезен.

0
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

то же самое могу и про ваши фуллерены сказать, но не говорю, потому что вежливый :)

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Вы уже это сказали, в прошлом коменте. И про фуллерены, и про INADEQUATE. И вежливость Вам не помешала.


Вы пытаетесь мне доказать, что раз Вы не пользуетесь INADEQUATE - он не нужен? Вот Вам симметричный ответ - я не снимаю спектры на 31Р, следовательно, они не нужны.

показать ответы
0
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

по протонам заместителя (или как он правильно называется) остально там тривиально. я сам с фуллеренами не работал, но вот коллега никогда инадекват не использовал, ненужен он там. Я 10 лет работал с разными соединениями, со сложными системами, металлокомплексами - никогда не возникала потребность в инадеквате.

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий
по протонам заместителя (или как он правильно называется) остально там тривиально. я сам с фуллеренами не работал, но вот коллега никогда инадекват не использовал, ненужен он там.

Интересно было бы услышать аргументацию в защиту этого тезиса... Особенно интересно, как 68 неэквивалентных атомов углерода в аддукте фуллерена С70 можно отнести с помощью протонов адденда...


И Вам не кажется, что Ваши потребности - это исключительно Ваше дело, и никакого отношения к востребованности метода в целом не имеют? Я, например, никогда в жизни не снимал ЯМР на фосфоре, и с моей колокольни это совершенно бесполезная хрень.

показать ответы
0
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

так можно же через протон-углерод пройтись. нафига время тратить? а если выкопить инадекват не получается (а этт бывает часто) - структура остается не подтвержденной?

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Ок, я уже приводил в пример производные фуллеренов - по каким протонам Вы собираетесь проходить? Или, скажем, большие полиароматические системы - производные гексабензокоронена и больше. Там тоже с протонами не особо.


90% случаев - рутина, там даже двухмерки не нужны. Ещё 9% решаются стандартным набором COSY\NOESY\HSQC\HMBC. Но вот наиболее интересные для исследователя задачи часто требуют того же INADEQUATE.

показать ответы
2
Автор поста оценил этот комментарий

напишите про лазеры. думаю многим будет интересно, про активные среды лазеров

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Мне и самому интересно, я в этом мало что понимаю.

0
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

прямые это геткорр


инверсные hsqc, hmbc. Там мы облучаем гетероядра и смотрим отклик водорода.

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Ок, согласен.

0
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

они в принципе инверсные же

а зачем вам кссв с-с?

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

В смысле зачем??? Затем же, зачем и Н-Н - для установления connectivity!

показать ответы
0
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

они в принципе инверсные же

а зачем вам кссв с-с?

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Не совсем. Когда-то давно были и прямые.

показать ответы
0
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

1) инадекват не нужен. инверсные hsqc, hmbc. даже азот за выходные можно выкопить


2) для фуллеренов свои методы - это отдельная история. но насколько я знаю тоже считают без проблем.

я отрабатывал на большинстве классов углерод и фосфор содержащих соединений. С азотом было сложнее, но и там все возможное перебрал. для всех работают одни и те же уровни, не надо ничего подгонять к какой то другой группе соединений. более того мы уже несколько лет используем расчеты на практике - очень помогает.

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

Я может что-то не понимаю, но сейчас все hmbc/hmqc/hmbc записывают инверсно? И как оттуда извлечь константы С-С?

показать ответы
0
DELETED
Автор поста оценил этот комментарий

да не особо танцы с бубнами нужны - хороший датчик, инверсные 2М последовательности с градиентом хорошо вытаскивают большинство нужных ссв ща ночь.


расчеты полезны в изомерии, таутомерии, конформационном анализе, даже для определения пространственной ориентации получается использовать их. Я в свое время нашел базисы и уровни для которых можно считать фосфор, углерод и азот даже на простых офисных компах, даже в случае металоклмплексов для атомов соединенных напрямую с металлом. Для фосфора даже публиковал результаты в PCCP в 2015.

раскрыть ветку (1)
0
Автор поста оценил этот комментарий

1)Не стоит преувеличивать. Для того, чтобы вытащить INADEQUATE или подобные, нужно дохрена вещества и кучу времени. Так что это баловство для тех, кто с маленькими молекулами работает...


2)Один вопрос - сможете симулировать 13С спектр аддукта Прато с фуллереном С70? Никакого фосфора, никаких металлов, водород, углерод и азот.


Любой квантовый расчет - это параметризация, от этого никуда не деться. А любая параметризация - это обучение алгоритма на ограниченном круге примеров. Вот Вы, работаете с какими-то семействами веществ, и нашли для них сетап, который позволяет для них симулировать ЯМР. Но почему Вы уверены, что при переходе к веществам другой природы Ваш сетап окажется эффективен? Это не математика, тут доказательство по индукции не сработает...

показать ответы

Темы

Политика

Теги

Популярные авторы

Сообщества

18+

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Игры

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Юмор

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Отношения

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Здоровье

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Путешествия

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Спорт

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Хобби

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Сервис

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Природа

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Бизнес

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Транспорт

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Общение

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Юриспруденция

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Наука

Теги

Популярные авторы

Сообщества

IT

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Животные

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Кино и сериалы

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Экономика

Теги

Популярные авторы

Сообщества

Кулинария

Теги

Популярные авторы

Сообщества

История

Теги

Популярные авторы

Сообщества