-16

Как определить что у вас коронавирус?

Если у вас в генах есть такой же геном коронавируса (~29 700 пар нуклеотидов), то у меня для вас плохие новости...
(полногеномный сиквенс коронавируса a - adenine, t - thymine, c- cytosine, g - guanine)


1 atattaggtt tttacctacc caggaaaagc caaccaacct cgatctcttg tagatctgtt

61 ctctaaacga actttaaaat ctgtgtagct gtcgctcggc tgcatgccta gtgcacctac

121 gcagtataaa caataataaa ttttactgtc gttgacaaga aacgagtaac tcgtccctct

181 tctgcagact gcttacggtt tcgtccgtgt tgcagtcgat catcagcata cctaggtttc

241 gtccgggtgt gaccgaaagg taagatggag agccttgttc ttggtgtcaa cgagaaaaca

301 cacgtccaac tcagtttgcc tgtccttcag gttagagacg tgctagtgcg tggcttcggg

361 gactctgtgg aagaggccct atcggaggca cgtgaacacc tcaaaaatgg cacttgtggt

421 ctagtagagc tggaaaaagg cgtactgccc cagcttgaac agccctatgt gttcattaaa

481 cgttctgatg ccttaagcac caatcacggc cacaaggtcg ttgagctggt tgcagaaatg

541 gacggcattc agtacggtcg tagcggtata acactgggag tactcgtgcc acatgtgggc

601 gaaaccccaa ttgcataccg caatgttctt cttcgtaaga acggtaataa gggagccggt

661 ggtcatagct atggcatcga tctaaagtct tatgacttag gtgacgagct tggcactgat

721 cccattgaag attatgaaca aaactggaac actaagcatg gcagtggtgc actccgtgaa

781 ctcactcgtg agctcaatgg aggtgcagtc actcgctatg tcgacaacaa tttctgtggc

841 ccagatgggt accctcttga ttgcatcaaa gattttctcg cacgcgcggg caagtcaatg

901 tgcactcttt ccgaacaact tgattacatc gagtcgaaga gaggtgtcta ctgctgccgt

961 gaccatgagc atgaaattgc ctggttcact gagcgctctg ataagagcta cgagcaccag

1021 acacccttcg aaattaagag tgccaagaaa tttgacactt tcaaagggga atgcccaaag

1081 tttgtgtttc ctcttaactc aaaagtcaaa gtcattcaac cacgtgttga aaagaaaaag

1141 actgagggtt tcatggggcg tatacgctct gtgtaccctg ttgcatctcc acaggagtgt

1201 aacaatatgc acttgtctac cttgatgaaa tgtaatcatt gcgatgaagt ttcatggcag

1261 acgtgcgact ttctgaaagc cacttgtgaa cattgtggca ctgaaaattt agttattgaa

1321 ggacctacta catgtgggta cctacctact aatgctgtag tgaaaatgcc atgtcctgcc

1381 tgtcaagacc cagagattgg acctgagcat agtgttgcag attatcacaa ccactcaaac

1441 attgaaactc gactccgcaa gggaggtagg actagatgtt ttggaggctg tgtgtttgcc

1501 tatgttggct gctataataa gcgtgcctac tgggttcctc gtgctagtgc tgatattggc

1561 tcaggccata ctggcattac tggtgacaat gtggagacct tgaatgagga tctccttgag


Источник:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JN854286.1

Дубликаты не найдены

+4

Слава Богу, дошел до этой связки "ctatatcact" и увидел, что у меня "ctaаatcact". Уж было почти испугался.

+4

исходники подкатили, на чем компилить?

раскрыть ветку 1
0

если хромотой интересуешься то они тут: https://www.chromium.org/developers

ну а если решил копнуть вглубь с отладчиком - то символы тут: https://chromium-browser-symsrv.commondatastorage.googleapis...


и конпилить да, - на clang

+2

У вас в 61 строчке ошибка

+1

Исходники вируса в свободном доступе)))))))))

+1
Ты дурак штоле, блеать?
0
Кто нибудь до конца долистал, что там?
0

А это в чем-то компилировать или как из лего собрать?

0

спасибо успокоился - в моем СНИЛСе такие не указаны

0
Ковид -это РНК. И нечего народ баламутить.
0

Похоже на новую песню little big

0
@moderator, флуд. 
0
Интересно это можно считать флудом?
раскрыть ветку 1
0

Это хуже

0

это скорее тест на пожирание памяти content-render браузера. привет разработчикам  mojo и blink.

0

в пост пикабу не влезли все нуклеотиды

А я вот смотрю и думаю: чего-то точно не хватает тут. :)

0

щас вгляжусь

Похожие посты
938

Проверяем рецепт антисептика по рецепту ВОЗ для Пикабу

Откопал в сарае остатки перекиси водорода для бассейна, а вчера в аптеке удалось купить глицерин. Почему бы не приготовить простейший антисептик по рекомендациям ВОЗ (Всемирная Организация Здравоохранения)!

Проверяем рецепт антисептика по рецепту ВОЗ для Пикабу Коронавирус, Антисептик, Спирт, Карантин, Вирус, ВОЗ, Видео, Длиннопост, ЛучшеДома

Итак нам потребуется:

Спирт этиловый 98% - 500 мл.

Перекись водорода 3% - 25 мл.

Глицерин 98% 8,7 мл.

Вода 66 мл.

У меня перекись водорода 27%, по этому я возьму 3 мл. перекиси и 22 мл. воды

ВСЕГО воды в рецепте будет 88 мл.

Так же я добавлю эфирное масло для бани. Аромат пихты)

Если смешать спирт и всю воду из рецепта, получится алкоголь крепостью 83%. Вполне возможно заменить очень крепким самогоном.

В ближайшее время буду гнать в санитарных целях.

Проверяем рецепт антисептика по рецепту ВОЗ для Пикабу Коронавирус, Антисептик, Спирт, Карантин, Вирус, ВОЗ, Видео, Длиннопост, ЛучшеДома
Проверяем рецепт антисептика по рецепту ВОЗ для Пикабу Коронавирус, Антисептик, Спирт, Карантин, Вирус, ВОЗ, Видео, Длиннопост, ЛучшеДома

Все смешали, протестировали.

Мутный. Приятный для рук. Алкоголем не пахнет уже через пару минут, микробы повержены!

По цене. Глицерин - копейки. Перекись тоже. Нужно только спирт найти. Я попробую выгнать максимально крепкий самогон, отпишусь об успехах. 

Не болейте!

Показать полностью 2 1
238

Ответ на пост «Гороскоп на ближайшее время» 

Немного расширенная версия:


Овен: сиди дома и остальных заставь. В приказном порядке.

Телец: сиди дома и успокаивай паникёров, что всё будет хорошо.

Близнецы: сиди дома и трынди в чатиках.

Рак: сиди дома и пеки пирожки для семьи.

Лев: сиди дома и занимайся сексом. Если не с кем - хотя бы веди блог о том, как офигенно сидишь дома.

Дева: сиди дома и делай генеральную уборку по графику.

Весы: сиди дома и учись живописи и поэзии.

Скорпион: сиди дома и строй планы по захвату мира.

Стрелец: сиди дома, просто постарайся сидеть дома.

Козерог: сиди дома и изучай вирусологию.

Водолей: сиди дома и создавай вакцину. Можешь позвонить Козерогу.

Рыбы: сиди дома и ешь конфеты под сериальчик. Постарайся не плакать. Звони Тельцу.

472

По мотивам короны в США и цен на лечение

Прочитал несколько постов что и как в НьюЙорке и других городах США происходит попа, нет масок и что  доктора что то требуют от Трампа и тп и решил напилить небольшой пост.


Я работаю в иностранной компании связанной с медициной и по своей работе я всю подноготную страховок и выплат в США знаю.


Во первых хочу выразить огромное спасибо среднему и низшему звену в больницах, это медсестры, медбратья, нянечки и тп. Именно на них сейчас идёт вся нагрузка а они всегда остаются в тени. Как и в России они получают гораздо меньше докторов, а риск заразится у них на порядок больше из за постоянного контакта с больными.


Для справки немного о зарплате в США, медсестры  В среднем получают 70-80 тысяч долларов в год, врачи в среднем 400 тысяч в год, вот разница какая.


Большинство больниц  в США это частных клиники, частные предприятия цель которых получение прибыли в первую очередь и что бы платить дохрена докторам им надо брать это дохрена с пациентов.


Начальный приём у любого доктора будет стоить примерно 300 долларов, типа зайти и спросить померить температуру. Далее если специалист и анализы типа моча и кровь - это уже 1000 долларов. Операции типа выпрямить перегородку носа это уже от 10 000, аппендицит от 20 000 ну и тому подобное. Поэтому несмотря что доктора получают дохнерищу денег в год, сеть клиник умудряется в среднем в год получать прибыль до Миллиарда долларов.


Теперь наступила жопа и пришла корона и тут начинаются быть посты из США что типа у нас не хватает масок, у нас не хватает перчаток, у нас не хватает средств дезинфекции. На многих группах на фейсбуке люди начинают собирать маски для больниц и тп и хаять Трампа что он типа не обеспечил всех масками в больницах.


Постойте, а где же тот миллиард прибыли за прошлый год в больнице и ещё куча миллиардов за прошлые года ?!?!? Почему когда в Китае начался вирус хозяева больниц не купили в экстренном порядке маски и тп. Ответ толко один, профукали, прибыль оказалась важнее. Теперь они подбивают свой персонал на мысль что они не виноваты, виноват Трамп, правительство и тп. Это сраный капитализм, тут никто никому ничего не должен.


Был тут вопрос а кто будет платить в США за тех кто болеет. Ответ просто, страховые в пределах страховок но в основном все ляжет на пациентов. Счета в 10-20 тысяч долларов будут казаться обычными тч не дай бог ты попал в больницу, в терапию, 2-3 тысячи в день за палату это твой минимум.


В США сейчас бешенная безработица из за вируса, все закрыто и поэтому миллионы сели на пособие которые примерно 2000 в месяц , но страховки увы уже не будет в том же объёме которая была при работе.  Поэтому все придётся платить из своего кармана.


Да, в России может и не такая медицина сильная как в США и пока у нас есть только в Коммунарке больница но это все бесплатно и я надеюсь эффективно в плане лечения.


Это не пост давайте хаять США и хвалить Россию, это о том что иногда капитализм может оказаться немного страшнее в определенных ситуациях.


Всем мира, не болеть и пожалуйста соблюдайте карантин и не выходите на улицу без надобности!


UPD от автора

Показать полностью
912

Канада на время Коронавируса

Меры, принимаемые правительством Канады во время эпидемии Коронавируса

Канада на время Коронавируса Канада, Помощь, Субсидии, Выплаты, Вирус, Коронавирус, Длиннопост, Правительство

В этом списке только некоторые из мер. Что-то из списка касается только нашей провинции, что-то всей Канады. У других провинций есть свои программы помощи.


1. $192,000,000 на разработку вакцины.


https://www.aldergrovestar.com/news/canada-to-spend-192m-to-...


2. $500 ежемесячно на рент жилья.


https://bc.ctvnews.ca/b-c-suspends-evictions-offers-renters-...


3. Кроме того, жильца теперь нельзя будет выгнать за неуплату.


https://www.cbc.ca/news/canada/british-columbia/covid-19-bc-...


4. Отсрочка по ипотечным выплатам на 6 месяцев (плюс послабления и отсрочки по другим кредитам).


https://cba.ca/canada-six-biggest-banks-take-decisive-action...


5. Отсрочка по оплате счетов за электричество, плюс подарок до $600 на оплату счетов.


https://app.bchydro.com/accounts-billing/bill-payment/ways-t...


6. Единовременная выплата $1,000 для людей, кого уволили, кто заболел или самоизолировался, кто должен сидеть дома с детьми или присматривать за заболевшими членами семьи.


https://www.cbc.ca/news/canada/british-columbia/covid-19-bc-...


7. $900 каждые две недели (на срок до 15 недель) каждому, кто заболел, кто на самоизоляции, кто просто остаётся дома, чтобы заботиться об остальных членах семьи.


https://www.cbc.ca/news/canada/apply-emergency-benefits-1.55...


8. На полгода отменяются выплаты за беспроцентный кредит для обучения студентов.


https://www.cbc.ca/news/canada/apply-emergency-benefits-1.55...


9. Налоговую декларацию можно подать позже, т.е. не как раньше до 1 апреля, а до 1 июля. Саму выплату налогов также можно задержать без всяких штрафов до 31 августа.


https://www.cbc.ca/news/politics/covid-19-fiscal-package-1.5...


10. Правительство выплачивает 10% расходов небольших частных компаний на зарплаты сотрудникам (при этом задним числом - начиная с 15 марта). Пока в течение 3 месяцев.


https://www.cbc.ca/news/politics/economic-aid-package-corona...


11. Существенно снижена банковская ставка - теперь это 0.25%


https://www.bankofcanada.ca/2020/03/press-release-2020-03-27...


12. 75% расходов детских садов оплачивается правительством.


https://www2.gov.bc.ca/assets/gov/family-and-social-supports...


13. Увеличены федеральные детские пособия до $300. Плюс есть провинциальные. В среднем теперь на семью со средним доходом и двумя детьми пособия будут около $900 в месяц.


https://globalnews.ca/news/6695313/canada-child-benfit-coron...


14. $5,000 на возвращение домой в Канаду.


https://www.canada.ca/en/global-affairs/news/2020/03/governm...


Вообще, Канада пока выделало на все эти программы $82,000,000,000 (т.е. 3% от ВВП).


https://www.cbc.ca/news/canada/apply-emergency-benefits-1.55...


https://www.cbc.ca/news/canada/british-columbia/covid-19-fin...

Показать полностью
75

Томас Кран о секвенировании генома

Томас Кран, генетик, руководитель лаборатории YSEQ участвовал в организованной ИОГен РАН международной конференции "Столетие популяционной генетики человека" в Москве и любезно согласился дать нам интервью. Мы спросили, что такое гаплотипы, как их определяют и зачем это нужно.

Благодарим за предоставленное помещение библиотеку "Научка".


Оператор: Алла Пашкова.

Интервьюер: Андрей Шкиперов.

Перевод: Олег Науменко, Андрей Шкиперов.

Озвучка: Андрей Шкиперов, Павел Камушкин.

Дизайн: Алла Пашкова.

Монтаж: Александр Афанасьев.

Интервьюер: Здравствуйте, Томас. Рады возможности пообщаться с вами здесь, в Москве. Первый вопрос — мы называем большие группы людей, которые имели очень давнего общего предка, гаплогруппами. Они так называются, потому что их гаплотипы очень похожи…


Томас Кран: Да, на самом деле они не только похожи, но и в определенной степени идентичны. Раньше мы использовали STR-маркеры, краткие тандемные повторы, но у них очень высокая скорость мутаций. Поэтому результаты получались немного расплывчатыми — мутации были и прямыми, и возвратными тоже. Но сейчас мы все больше и больше погружаемся в SNP-филогению (SNP – single nucleotide polymorphism, однонуклеотидные замены, также в русскоязычной среде часто используется жаргонизм “снип” – прим. ред.) и можем даже говорить о гаплотипах, состоящих из снипов — и вот они не только похожи, но и в значительной степени идентичны для разных индивидов в одной группе.


Интервьюер: Вы сейчас затронули два вопроса, так как мой второй вопрос касался STR-маркеров — почему они слабы для наших целей? Тогда следующий вопрос — почему именно STR-гаплотипы раньше были главной характеристикой хромосомы?


Томас Кран: Раньше нам были доступны только STR-маркеры, потому что эта технология гораздо проще для тестирования, и вы всегда проверяете одни и те же маркеры. Но сейчас появились новые способы секвенирования и значительно более совершенные процессы для тестирования SNP. Мы приближаемся к точке, когда сможем проводить тесты SNP, снипов в Y-хромосоме, с той же точностью за ту же цену, даже скорее с гораздо большей точностью.


Интервьюер: Спасибо. При генотипировании в своей лаборатории вы используете снипы, панель маркеров SNP. Но вы не используете олигонуклеотидные полиморфизмы — когда несколько снипов идут подряд. Также вы обычно не используете вставки и делеции для своих тестов. Почему?


Томас Кран: Не совсем так. Прежде всего, вставки и делеции могут быть очень хорошими, надежными и стабильными, если есть только два-три нуклеотида, которые удаляются или вставляются, и нигде в этой последовательности нет повторов. Однако если один и тот же кусок повторяется, скажем, восемь раз или больше, то это становится проблемой. Тогда у нас есть по сути настоящий участок STR, который может мутировать взад-вперёд — и таких участков мы стараемся избегать ради стабильности филогенетического дерева. Поэтому мы пытаемся использовать повторы вплоть до, может быть, четырёхкратных, а если больше — считаем, что дерево становится слишком нестабильным. Но в целом вставки и делеции НЕ ненадежны или плохи, их просто сложнее протестировать используемыми технологиями, и обычно для их оценки требуется человек, работающий вручную, потому что их можно описать совершенно по-разному. И очень трудно найти для этого устойчиво качественный метод.


Интервьюер: Спасибо. И когда вы читаете снип, как вы находите точное место во всей ядерной ДНК, где находится этот снип? То есть, речь идет о технологии: как вы читаете конкретный участок молекулы?


Томас Кран: Сейчас это очень распространённая процедура — мы применяем методы NGS (секвенирование нового поколения). По сути NGS — это нарезка всей ДНК на короткие фрагменты и их секвенирование, а затем сборка паззла на референсной последовательности с помощью компьютера. Это то, что мы обычно делаем. И если мы видим разницу с референсной последовательностью, то как правило это означает, что есть какая-то вариация. Конечно, нам нужно рассортировать и каталогизировать все эти вариации и посмотреть, какие из них являются общими для нескольких людей, а какие — просто индивидуальная мутация у конкретного человека. Сейчас мы занимаемся доработкой филогенетических деревьев до мельчайших деталей, поэтому индивидуальные мутации очень ценны для человека, который сдал новый тест. Мы пытаемся определить для него новые маркеры, помещаем их в каталог, чтобы другие люди могли сравнить себя с ним. И когда два человека находят у себя одну и ту же мутацию, это говорит о том, что они — родственники, и мы находим новый узел дерева — это то, что нам нужно.

Томас Кран о секвенировании генома Генетика, Популяционная генетика, Секвенирование, ДНК, Генеалогия, Видео, Длиннопост

Интервьюер: Но если кто-то просит всего один SNP, вы делаете праймеры или…?


Томас Кран: Да, обычно у нас есть результат анализа всего генома или NGS-секвенирования, в котором люди находят новый маркер. Но проводить исследование всего генома для каждого члена большой семьи — это очень дорого. Поэтому мы думали о том, как всё удешевить. Если вы уже знаете мутации, характерные для вашей семейной ветви, нет необходимости исследовать Y-хромосому целиком. Вы просто смотрите на один маркер, и он уже есть в нашей лаборатории. Часть процесса — это проверка маркера: надёжен ли он, можем ли мы сделать праймеры? И если можем, мы ставим маркер в очередь, всё занимает буквально несколько недель — и вот у нас есть праймеры, которые мы сразу же можем включать в тесты.


Интервьюер: Тогда вопрос — как разрабатываются праймеры? Если можно, пару слов об этом. Какие с этим бывают трудности?


Томас Кран: Мы уже разработали около сорока тысяч пар праймеров. Обычно мы берем участок из референсного генома вокруг снипа, плюс-минус, например, пятьсот пар оснований, и пытаемся найти идентичные области в другом месте генома. Например, мы просто... удаляем Y-хромосому из референсной последовательности, что делает ее женской референсной последовательностью, а затем сопоставляем нужный кусок ДНК с остальной частью генома, и мы очень часто видим: о, он совпадает с X-хромосомой, он идентичен на — может быть 90%, может 95, иногда бывает даже 100% — вообще различий нет. И чем выше сходство, тем выше вероятность того, что на этом участке была рекомбинация хромосом друг с другом, что плохо для филогенетического дерева, потому что тогда у нас будут обратные и параллельные мутации. Мы стараемся избегать такого. И у нас есть более или менее случайная, но довольно чёткая грань, где это действительно становится проблематичным — это 95%. Конечно, можно возразить, что это число взято с потолка, но таков наш опыт работы со многими, очень многими созданными нами праймерами, и мы пришли к выводу, что слишком обидно разрабатывать пограничные праймеры, платить за них деньги и видеть, что они не работают. Вот так мы пришли к этому числу.


Интервьюер: Что касается сложностей, также существуют палиндромные участки. Может быть, какие-то ещё есть трудности? Расскажите об этом.


Томас Кран: Ну, я только что упомянул, что мы сопоставляем с женской эталонной последовательностью, но, конечно, есть повторяющиеся единицы, участки и на самой Y-хромосоме. Y-хромосома имеет самую большую палиндромную последовательность, и у нас есть, например, палиндром P1 — 1,6 миллиона оснований — которые, я бы сказал, более чем на 99% идентичны с обеих сторон. Это по сути последовательность, которая идёт вперед, разворачивается и возвращается с обратной комплементарной последовательностью.

Томас Кран о секвенировании генома Генетика, Популяционная генетика, Секвенирование, ДНК, Генеалогия, Видео, Длиннопост

Таким образом, вы можете себе представить, что практически идентичные участки некоторых палиндромов также рекомбинированы друг с другом, мы видели это и в прошлом с маркерами STR. Так что да, эти участки, конечно, являются проблемой для филогении. Но они хороши для выживания Y-хромосомы, потому что она может сама себя восстановить, и эти участки следуют очень сложной логике. Но самое интересное, что некоторые гаплогруппы — как J1 — имеют огромную делецию в этой палиндромной области, поэтому в их большом палиндроме не хватает одного плеча. Так что для них мы можем использовать эту последовательность, так как она не рекомбинирована, а уникальна. Таким образом, последовательности для некоторых гаплогрупп на Y-хромосоме могут быть использованы для филогенетического дерева, в то время как в других гаплогруппах этот же участок не пригоден для таких целей.


Интервьюер: Интересная информация. Вы сказали, что палиндромные участки могут быть огромными, но целая хромосома во много раз больше, поэтому вы получаете огромное количество данных. Как вы управляетесь с ними? Какие инструменты вы используете для работы с этими данными?


Томас Кран: Конечно, секвенирование нового поколения даёт массу данных. Интересно, что это только один процент генома, Y-хромосома. Так что, по сути, мы стреляем из пушки по воробьям. В любом случае, это все еще двадцать миллионов оснований, на которые мы смотрим. И эти двадцать миллионов оснований... Мы по существу из них извлекаем различия с референсной последовательностью, что сводит информационное содержимое только к важным вещам — по сути, к снипам, которые мы наблюдаем. Инструменты, которые мы используем — это BWA-MEM для мэппинга, стандартная программа для мэппинга, поэтому у нас уже есть только те участки, которые можно наложить на Y-хромосому. Далее, мы используем samtools, vcftools для извлечения мутаций, необработанных мутаций. Затем нам нужно сравнить их с базой известных SNP — по сути, это база данных, которую мы публикуем под названием Ybrowse. И из этой базы данных мы уже знаем, какие из них находятся в предковом (отрицательном) или мутировавшем (положительном) статусе. И по этой информации мы можем точно определить, где именно на дереве находится человек. И теперь любая другая найденная в ДНК мутация, которой нет в каталоге, является потенциально новой. И да, это собственно то, что мы делаем: просто регистрируем её в нашем каталоге, в нашей огромной базе данных как новую мутацию. И мы надеемся, что когда-нибудь кто-нибудь другой придет и будет иметь те же мутации, тогда мы сможем развить Y-хромосомное древо, улучшить его разрешение.


Интервьюер: Тестирование с помощью методов NGS стало существенным шагом в уменьшении цены на полногеномные исследования. А какие ещё перспективы удешевления существуют? Или, может, быть, какие-то ещё варианты, как сделать исследование всего генома более доступным для большого числа людей?


Томас Кран: Существует известное предположение, что секвенирование становится дешевле, дешевле и дешевле. Так что люди даже не определились, имеет ли смысл оставить информацию в пробирках с извлечённой ДНК, и секвенировать позже, потому что так будет дешевле, или даже повторное секвенирование станет дешевле, чем дисковое пространство для хранения результатов. Хотя я думаю, что нам ещё далеко до этого. Так что да, секвенирование становится дешевле, появляются новые технологии. Теперь у нас есть секвенирование нового поколения методом синтеза, где доминирует компания Illumina. Есть несколько других компаний, занимающихся, по сути, очень похожим бизнесом, не так хорошо известных — как, например, Ion Torrent Technology, которые измеряют результаты секвенирования по изменению pH. Китайцы придумали протокол секвенирования методом синтеза «nano-balls», ДНК-наношарики.

Томас Кран о секвенировании генома Генетика, Популяционная генетика, Секвенирование, ДНК, Генеалогия, Видео, Длиннопост

Далее, есть очень интересная технология «nanopore» — ДНК просто проталкивают через мельчайшую пору, и пока ДНК проходит через это маленькое отверстие, сопротивление меняется в зависимости от основания... Аденин, гуанин, цитозин и тимин — все они имеют различные сопротивления. И от той маленькой закорючки, которую мы получаем, мы можем с помощью значительных вычислительных мощностей рассчитать последовательность, которая прошла через эту пору. Так что это технология, где вы можете по сути.... Со всеми остальными технологиями вам понадобятся некоторые сложные измерения флюорисценции или pH, а с нанопорами вы непосредственно секвенируете ДНК.

Томас Кран о секвенировании генома Генетика, Популяционная генетика, Секвенирование, ДНК, Генеалогия, Видео, Длиннопост

Интервьюер: Мы слышали такие слова, как секвенирование и генотипирование. В чем разница между генотипированием и секвенированием?


Томас Кран: Ну, генотипирование заключается в том, что вы специально смотрите на мутации, позиции которых уже известны, тогда как при секвенировании вы проходите через всю последовательность ДНК, не зная, есть ли мутация или нет. И вы можете найти уже известные мутации, но вы также можете найти новые мутации.


Интервьюер: Вторая часть беседы — о популяциях и так далее. В каких областях знаний мы можем использовать данные о ДНК, применять результаты нашей работы с геномами? Допустим, медицина, где-то ещё?


Томас Кран: Где ещё можем использовать? Как я уже говорил, медицинская и популяционная генетика, безусловно, являются одними из основных целей этой технологии. Но, допустим, вы можете использовать ДНК для хранения цифровых данных. Вы можете синтезировать ДНК сегодня и использовать её в качестве жёсткого диска. Вы можете заглянуть в окружающий мир, в микробиологию, и это очень интересно. При полногеномном секвенировании всегда присутствует около пяти процентов последовательностей из бактерий, из тех видов микроорганизмов, которые мы носим с собой — это часть нас на самом деле. Мы состоим не только из ядерной ДНК и митохондрий, но и из микробиома, который, конечно же, различен во рту и в других частях организма. Это ещё один аспект. Так что да, ДНК — это про биологию в целом.


Интервьюер: Какие обычно цели у людей, делающих тесты в вашей лаборатории?


Томас Кран: Я думаю, YSEQ немного отличается от привычных компаний потребительской генетики. Мы находимся более или менее в той сфере, которая поддерживает «гражданскую науку». Клиенты, которые приходят к нам, как правило, уже тестировались в одной из крупных американских компаний, или имеют некоторые результаты STR, или начинают с уровня, где они пытаются уточнить свои находки. Хорошо, что каждый может сам решить, каким путём он хочет идти и какой из них наиболее эффективен для ответа на его вопросы. У нас, конечно, много генеалогов, которые, по сути, хотят создать родословную своих близких и родственников. Они хотят получить подтверждение своих записей, или даже выйти за рамки того, что даёт им бумажная генеалогия. Также к нам приходят просто частные исследователи, которые очень интересуются гаплогруппами, к которым они принадлежат. Они пытаются определить происхождение своей гаплогруппы. И что самое интересное, многие наши клиенты фактически выходят за рамки того, что написано в научных публикациях. Они с энтузиазмом читают все публикации, принимают то, что делается в науке, но стараются внести свой вклад в это дело, и действительно находят очень интересные вещи. Без генеалогов гаплогруппа А00 не была бы открыта. Просто один чернокожий американец хотел узнать о своём происхождении. Мы не смогли ничего сказать и провели дополнительные исследования. Много таких «гражданских учёных» внесли свой вклад и даже потратили деньги на эти исследования — потому что это приносит определённое удовлетворение: о, то, что мы делаем, влияет ещё и на науку вообще.


Интервьюер: Может быть, некоторые люди задают вопросы, выходящие за рамки ДНК, вопросы, на которые невозможно ответить с помощью ДНК-тестов, но они думают, что смогут найти ответы?


Томас Кран: К сожалению, граница между тайнами и реальностью очень тонкая. Так что, конечно, иногда желаемое принимается за действительное, и иногда люди очень разочаровываются, когда результаты ДНК не подтверждают их ожидания или даже идут вразрез с их ожиданиями. Конечно, иногда результаты разочаровывают, но, знаете, я раньше проводил тесты на отцовство, и всегда очень трудно сказать отцу: "Это не ваш ребёнок". В итоге это практически та же самая ситуация, но мы должны быть честными, это продвигает нас вперёд. А иногда разочарование в дальнейшем оборачивается очень захватывающим открытием. Например, мы поехали на Камчатку и взяли образцы. И мы надеялись найти связи с американскими индейцами, поэтому просмотрели все образцы. И у нас было только два образца, которые могли иметь какое-то отношение к Америке. Но оказалось, что они были, по существу, в два раза дальше, за два шага до того, что было известно как типичная американская ветвь гаплогруппы Q. Мы только руками развели: ну, очень жаль — мы что-то нашли, но это нам почти ничего не говорит. В итоге всё же это была интересная ветвь, и мы секвенировали весь геном. И обнаружили много новых снипов и решили: хорошо, отложим эту находку в сторону. А потом, всего два месяца назад, мы нашли в Америке древний образец ДНК, который был секвенирован не нами, а другой группой — и они также испытали некоторое разочарование, они тоже сказали: о, наш образец не соответствует ни одной из известных нам американских филогенетических клад. Так что они были разочарованы, я был разочарован. Но потом мы сравнили эти два гаплотипа, эти два набора снипов, и вдруг поняли: о, двадцать из сорока найденных нами и ими мутаций — совпадают. Таким образом, это говорит нам, что была другая линия, которая пришла в Америку, а затем в Америке просто исчезла. Так что это очень интересная находка, которая является результатом двух разочарований.


Интервьюер: А какие ещё линии вы нашли на Камчатке? Может быть, какие-то интересные этнические группы или что-то в этом роде?


Томас Кран: Камчатка — это пример практически неизученной местности. Я не знаю... Многие из русских даже не были там. Так что это был очень интересный опыт. Я бы сказал, что каждый образец, который мы тестировали, буквально привёл нас на неизведанную землю. Это были редкие гаплотипы, которых мы никогда раньше не видели, хотя мы могли их определить и сказать: "о! они из той ветви", но на этих ветвях раньше было максимум по одному образцу. Нужно проделать ещё много работы, чтобы по-настоящему понять связи с южнокитайскими линиями гаплогруппы С и так далее… гаплогруппы О. И мы даже нашли на Камчатке человека из гаплогруппы D, который, вероятно, имеет некоторые связи с Японскими островами. Так что предстоит узнать много нового, того, что мы пока не знаем.


Интервьюер: Возможно ли что однажды все люди будут секвенированы?


Томас Кран: Я думаю, это просто здравый смысл. То есть, когда-то мы ездили на лошадях и представить себе не могли, что повсюду будут машины. И тут точно так же. Я думаю, что в определённый момент каждый человек на этой планете будет секвенирован — например, чтобы с медицинской точки зрения просто убедиться, что заранее известно, с какими рисками вы столкнётесь. И, возможно, в будущем мы сможем принять эффективные меры, чтобы избежать хотя бы некоторых из этих опасностей. Может быть, это будут простые методы, может быть, будут прекрасные фантастические методы, которые мы откроем в будущем. Я всегда говорю, что лучше знать своего врага, чем быть неподготовленным. Так что, при действительно дешёвом секвенировании — конечно. Я думаю, рано или поздно так и будет. И в этом есть смысл. Конечно, когда секвенированы будут все, появится много ответственности, вопросов конфиденциальности, и их необходимо будет решать. Но их нельзя решить запретом на секвенирование вашей собственной ДНК, или запретом на секвенирование вашей ДНК для всех остальных. Так не работает. Поэтому нам нужно принять законы и найти приемлемые для общества правила. Это не та проблема, которую мы можем просто отложить в сторону, мы должны признать её и искать решения.


Интервьюер: Вы говорили о человеке из гаплогруппы A00, но вы и сами бывали в Африке и тестировали там людей. Может быть, вы можете рассказать об этой работе?


Томас Кран: Да, обычно я использую любую возможность, чтобы попасть в другие страны и связать это с чем-то полезным, что может помочь нам лучше понять филогенез Y-хромосомы. «Моё хобби — это моя работа», да, но мне это интересно, я не собираюсь проводить отпуск на круизном лайнере, где всё вокруг происходит ради меня. Я хочу действовать, быть активным. Так, я ездил в Камерун, Судан, на Камчатку. Мы побывали в Мексике и собрали образцы — в основном, у людей, которые действительно хотели внести свой вклад в исследования. И, конечно, мы платим за их тестирование, они получают результаты. Это своего рода диалог. И у нас есть очень хорошие друзья во всех этих странах, хорошие отношения. Это здорово, и это пополняет копилку наших знаний.


Интервьюер: Как вы думаете, какие этнические группы или гаплогруппы будет интереснее всего исследовать, изучать в дальнейшем?


Томас Кран: Вообще, каждая гаплогруппа интересна, особенно для тех, кто принадлежит к этой гаплогруппе. Кроме того, есть вопросы, из-за которых у нас в дереве огромные пробелы. Подумайте: у гаплогруппы D и E есть общий предок. D чаще всего встречается в Японии, E чаще всего встречается в Африке. Так как же они связаны друг с другом на самом деле? Что же произошло в эти тёмные века, около восьмидесяти тысяч лет назад, что случилось в то время, из-за чего люди перемещались на громадные расстояния? С одной стороны, они заселили большой остров, с другой — огромный континент. Как всё это связано? Конечно, туда трудно попасть, но нужно ехать туда, где всё случилось. Естественно, мы не знаем, где именно жил общий предок: в России, в Казахстане, в Индии — где-то в этом регионе. Может быть, в Гималаях. Так что именно туда нам нужно ехать и собирать больше образцов, потому что зачастую это бедные страны, люди не могут себе позволить ДНК-тестирование, у них другие проблемы: они просто выживают, а не тратят свои деньги на ДНК-тесты.


Интервьюер: Кстати, вчера мы узнали, что в Китае нашли образец DE*.


Томас Кран: На самом деле Китай — это очень интересно. Это полное изменение перспектив геномики. Так, я посетил конференцию по судебному ДНК-тестированию в Китае, они начали с нуля и обогнали все другие страны. Китайцы уже протестировали больше образцов ДНК, чем все другие страны. Конечно, данные не являются общедоступными, и они только начинают. Работы свидетельствуют, что они много секвенировали для медицинских целей. И некоторые данные сейчас всё-таки становятся достоянием общественности, что, я уверен, коренным образом изменит наше понимание Центральной Азии.


Интервьюер: Также сложилась интересная ситуация с гаплогруппой Q в Норвегии...


Томас Кран: Да, это ещё одна интересная находка, к которой мы приложили некоторые усилия. Мы на самом деле ездили в Норвегию и взяли там образцы, но, к сожалению... по-моему, мы нашли только один новый образец гаплогруппы Q, и он рассказывает нам историю, которую мы уже слышали. Но о чём эта история? Обычно гаплогруппа Q встречается в Америке, особенно та часть дерева, в которой доминируют последовательности американских индейцев. Как из Северной, так и из Южной Америки. Но эта конкретная ветвь является более поздней, чем переход через Берингов сухопутный мост. Но! Её больше нет на американском континенте, зато есть в Норвегии... Если посмотреть на людей группы Q-L804 — в Земле фьордов, в Скандинавии или на Британских островах (это всё регионы, где такие группы встречаются), у всех этих людей был общий предок. Но этот предок восходит, вероятно, к трём-четырём тысячам лет назад — в таком промежутке. И это большой вопрос. Если вы сперва подумаете: «О, да, конечно, это викинги отправились на Ньюфаундленд, взяли там людей — мужчин — и привезли их в Европу», то так не объяснить эти четыре тысячи лет, такое случалось где-то тысячу лет назад. Так что мы рассматриваем некоторые несоответствия в этой модели. Существует мнение, что, может быть, в это время Q пришла из Центральной Азии. Но тоже нет следов! Нигде в России, нигде в Финляндии нет промежуточных гаплотипов — только в Норвегии и несколько в Швеции. Но шведские, на самом деле, из более поздней ветви. В любом случае нам нужно придумать более сложные модели. Если мы будем следовать тезису, что Q попала из Америки в Норвегию с викингами, то мы получим вымирание этой группы в Америке, потому что больше мы её там не находим. Это не лишено смысла, потому что европейцы принесли болезни и многие линии — особенно в восточной части континента — вымерли. Однако в таком случае, мы можем считать, что в Норвегию тогда прибыли не меньше чем двое-трое разных мужчин из похожих, но не идентичных линий, последний общий предок которых жил, скажем, за две тысячи лет до того, как они попали на корабль к викингам. Так что иногда всё не так-то просто объяснить.


Интервьюер: Может, инуитские корни — это возможно?


Томас Кран: Да, мы знаем, что инуиты — это гаплогруппа Q, но это другая линия гаплогруппы Q, в действительности независимая от них.


Интервьюер: Когда мы говорим о всяческих миграциях, у нас возникают общие вопросы о том, откуда вообще люди взялись. Наверное, вы можете высказать какие-то соображения по этому поводу?


Томас Кран: Ну, тогда давайте от истоков. Итак, вы в курсе, что существует Денисовская пещера на Алтае, в России. И мы уже знаем некоторые ранние виды людей, которые были в какой-то степени развитыми: они были охотниками, жили в пещерах, у них была какая-то культура, может быть, примитивные рисунки — не знаю точно, спросите у антропологов. Но, в общем, они были людьми. Долгое время геном неандертальцев не был полным, потому что все секвенированные неандертальцы были девочками. Так что у нас была некоторая проблема, и это наблюдалось пару лет: «следующий опубликованный геном — снова неандертальский. Проклятье, опять девочка!» Это не давало никакого вклада в моё исследование Y-хромосомы. Но, к счастью, в прошлом году появилась пара мужских последовательностей из разных стран. Кроме этого, удалось получить очень разреженные мужские последовательности денисовской ДНК. Похоже, там копали ещё и ещё и нашли несколько костей и идентифицировали их по ДНК. Так что, случаются интересные вещи. Так, теперь... Мы стараемся использовать эти очень скудные данные. Это как если человек, посмотревший свой BAM-файл, остался недоволен десятикратным покрытием, то он бы очень удивился, узнав, что в денисовском или неандертальском образце покрытие менее чем однократное. Очень сложно определить, где шум, а где — реальная информация. К сожалению, мы очень мало знаем об этом — о химии деградации ДНК. Итак, мы видели признаки деградации ДНК в этих мутациях. Если есть мутация из цитозина в аденин, всегда нужно быть осторожным. Это значит, что полимераза отремонтировала последовательность неправильно, так как на самом деле основание отсутствовало, деградировало. Таким образом мы можем определить, какая ДНК — старая, а какая — современное загрязнение, бесполезная ДНК. И, опять же, для оценки мутаций в этой последовательности мы можем взять только неповреждённую ДНК. И когда есть разреженное распределение прочитанных участков по референсной последовательности, только короткие сегменты там и сям, нужно быть очень, очень удачливым, чтобы найти случайное место, где в денисовской и неандертальской последовательностях сегменты ДНК совмещаются друг с другом и чтобы именно в этом месте была ещё и мутация. Так, на всех этих двадцати миллионах оснований Y-хромосомы мы нашли всего горстку, где-то двадцать мест, где мутации у денисовцев и неандертальцев могли бы совпадать. И тогда мы берём человеческую референсную последовательность, последовательность шимпанзе, может быть, гориллы, и сравниваем: есть ли между ними некоторая преемственность? Видим ли мы определённое направление? Во всех этих огромных [референсных] участках есть множество мутаций, потому что между ними десятки тысяч лет. Найти общие мутации — это как искать иголку в стоге сена. Но последовательно группы, которые опубликовали данные ДНК, и мы, анализируя эти последовательности на наших референсах, используя наши сравнительные данные, в том числе с нашей последовательностью A00, мы нашли одинаковые структуры. Что говорит нам о том, что денисовцы и неандертальцы — это не одна группа, но происходят из одной ветви. Сначала отделились денисовцы, и у нас осталась ветвь сапиенсов и неандертальцев. Потом неандертальцы и люди разделились.


Интервьюер: Так что, денисовцы отделились раньше?


Томас Кран: Намного раньше, чем неандертальцы от нас, от нашей главной линии.


Интервьюер: Спасибо, Томас. Я думаю, это всё.

Показать полностью 4
67

О чем рассказала ДНК революционера Марата?

Жан-Поль Марат (1743-1793) - врач, журналист, политический деятель времен Великой французской революции, журналист и автор газеты "Друг Народа". Последние годы своей жизни Марат страдал от болезни и не выходил из дома, работая и принимая посетителей в ванной. В 1793-м дворянка Шарлотта Корде заколола его.

О чем рассказала ДНК революционера Марата? ДНК, Марат, Великая французская революция, Геном, Болезнь, Дерматит, Кровь, Газеты

Испано-британско-французский коллектив генетиков изучили окровавленные листы газет из Национальной библиотеки Франции, применив самые современные методики.

Источник: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/825034v1%20

Происхождение: анализ главных компонент (РСА) показал близость Марата к современным южным французам. Известно, что отец Марата происходил из семьи испанских или итальянских переселенцев с Сардинии, а мать была этнической француженкой.

Болезнь:  в образцах были найдены фрагменты ДНК патогенных грибов Malassezia restricta, вызывающих себорейный дерматит. Присутствовали гены возбудителя атопической экземы и  бактерии, вызывающей акне. Тем самым, подтвердилась информация о кожных болезнях, от которых страдал якобинец. Ученые исключили сифилис, проказу, туберкулез и диабетический кандидоз и чесотку.

473

Ученые создали первую в мире биомолекулярную модель генома человека

Ученые создали первую в мире биомолекулярную модель генома человека ДНК, Геном, Человек, Наука, Компьютер, Trinity, Биомолекулярная модель, Видео

Команда ученых из Лос-Аламосской национальной лаборатории под руководством структурного биолога Кариссы Санбомацу создала крупнейшую в мире модель человеческого гена ДНК. Модель состоит из более чем одного миллиарда атомов и может помочь совершить революцию в понимании работы генов.


Моделирование генов на атомном уровне – это первый шаг к пониманию того, как ДНК расширяется и сжимается, что влияет на «включение/выключение» генов. Для столь масштабной имитации ученые задействовали суперкомпьютер Trinity в Лос-Аламосе, занимающий шестую строчку в мире по быстродействию.


ДНК является основой всего живого и содержит гены, кодирующие структуры и деятельность человеческого организма. О масштабах ДНК говорит тот факт, что если ее «распутать», то получится нитевидная структура, которой можно опоясать Землю 2,5 млн. раз.


Длинная нитевидная молекула ДНК «намотана» на сеть крошечных «катушек», которые вращаясь, «включают» и «выключают» гены. Раздел науки, занимающийся исследованием этих процессов, получил название эпигенетика. В частности, она изучает процесс развития плода в утробе матери и формирование наследственных заболеваний.


Если ДНК компактна, гены выключаются. Почему это происходит, ученым пока неясно. По всей видимости, для выяснения причин потребуется компьютер еще большей мощности – Exascale. С его помощью ученые надеются создать модель всего человеческого генома и понять принцип «включения/выключения» генов.


Моделирование такого рода основано на экспериментах, предполагающих захват конформации хроматина, криоэлектронную микроскопию и рентгеновскую кристаллографию, а также ряд сложных алгоритмов компьютерного моделирования.

Источник: techcult


Источник: phys

Показать полностью 1
Похожие посты закончились. Возможно, вас заинтересуют другие посты по тегам: