Слишком жестоко⁠⁠

Нет, они сразу рождаются мутантами, кроме того Навис Нобилите делают всё, чтобы потомство рождалось навигаторами-мутантами.
Тут тебе и инцест, и генетические манипуляции, и даже сделки с Хаосом.

Дело в том, что навигаторы с каждым варп-переходом, подвергаются прямому воздействию варпа, и чем больше летают, тем сильнее теряют человеческий облик.
Существует несколько типов Домов навигаторов: Великие Дома - много денег, относительно стабильный генофонд, сидят на госконтрактах; Скрытые Дома - денег мало, мутируют часто, работают у торговцев и пиратов; Дома-отступники - там всё сложно, работают со всякими культистами, потому как навигаторы нужны всем. Так вот, некоторые навигаторы заключают договора с силами хаоса, чтобы их меньше корёжило, либо за большие силы навигатора, и да, за такими инквизиция приходит.

Некоторые дома почти полностью потеряли человеческий облик, навигаторы оттуда перемещаются в специальных контейнерах "Святилищах навигатора", людям их не показывают, в некоторых домах экстремально мутировавших навигаторов убивают или прячут на своей территории, чтобы не привлекать внимания Инквизиции.

Я хотел написать "в медузу", но амёба тоже подходит. Кровь становится бесцветной, плоть прозрачной, конечности превращаются в щупальца, много глаз в разных местах

Ага, особенно у Маражая интересные цвета.

Только в Дюне нет конкуренции между навигаторами, да и своих желаний там у навигаторов тоже нет, они там перманентно упоротые.

Я имел в виду, что в дюновской гильдии навигаторов сами навигаторы всего лишь инструмент, если вы читали негербертовские приквелы и сиквелы, там показано, что праматерь всех навигаторов как раз и благодарила за спасение своих детей.