первый айфон назывался просто айфоном. следом вышел iPhone 3G, потому что начал поддерживать сети третьего поколения (ну то есть 3G).
для удобства люди прозвали первый айфон для понятности 2G.
ну а дальше Эпплы начали добавлять букву S, или новой цифрой. iPhone -> iPhone 3G -> iPhone 3GS -> iPhone 4 -> iPhone 4S -> iPhone 5 -> iPhone 5C, 5S -> iPhone 6, 6+. после смерти Стива Джобса, начиная с пятой версии, они попробовали сделать два айфона - флагман и бюджетный. пластиковый 5C и флагман 5S. (5С провалился) в шестой версии они решили делать не бюджет и флагман, а флагман и супер-флагман. ) соответственно супер - 6 Plus. просто флагман - просто 6.
3G - это второй айфон, соответственно 3GS - третий. Просто раньше не модно было использовать нумерацию телефонов. Да и к тому же, каждая буква означает какую-нибудь новую технологию или фичу.