После окончательного захвата Антиохии крестоносцы принялись штурмовать близлежащие к ней города и в ноябре 1098 года осадили город Маарра. Спустя две недели с начала осады христианские воины с помощью осадной башни начали штурм крепостных стен. После недолгого сопротивления гарнизон Маарры сдался в обмен на обещание сохранения жизни от Боэмунда Тарентского. Также Боэмунд отправил к знатным горожанам посла с предложением укрыться со всем имуществом в городском дворце, обещая им жизнь. Однако христиане в очередной раз не сдержали своего слова и устроили в городе ужасающую резню населения, а жителей, которых военачальник поклялся пощадить, предали пыткам, чтобы выведать, где они спрятали ценности. Такой поступок Боэмунда спровоцировал первые призывы к джихаду и вызвал ответную волну ненависти со стороны местных мусульман.
Крестоносцы надеялись в результате захвата Маарры пополнить запасы продовольствия, однако та оказалась небогатым городом, и голод в христианском войске лишь усилился. В армии начался каннибализм. По сообщению хрониста Боэмунда Тарентского Рауля Канского: "Некоторые воины варили взрослых мусульман в котлах, а детей насаживали на вертела и зажаривали..." Хронист Фульхерием Шартрский писал: "С содроганьем могу сказать, что многие наши люди, преследуемые безумным чувством голода, срезали куски ягодиц с уже убитых сарацин, жарили их на костре и, не дождавшись, пока те будут достаточно зажарены, пожирали их с чавканьем, словно дикари. "
Тем временем Боэмунд Тарентский и Раймунд Тулузский, как и в случае с Антиохией, вновь принялись спорить о том, кто теперь будет править захваченным городом. Простые воины, которым надоело терпеть постоянную грызню за территории их военачальников, пошли на крайние меры - они разрушили город до основания и потребовали немедленно продолжить поход на Иерусалим. В результате Раймунд Тулузский был вынужден уступить в споре и 13 января 1099 года он во главе войска продолжил поход на юг в сторону Священного города. Боэмунда Тарентский же остался править в Антиохии.
Продвигаясь по побережью Средиземного моря, армия христиан практически не встречала сопротивления. Сирийские эмиры, наслышанные о кровавой резне, устраиваемой крестоносцам в каждом захваченном городе, стали заключать с ними союзы, предлагая свободный проход через свои земли, а также обеспечивая христиан едой, лошадьми и всем необходимым. В результате крестоносцы оставили сирийские земли нетронутыми и феврале 1099 года достигли территории современного Израиля. 7 июня 1099 года крестоносное войско численностью 20000-40000 человек(данные в хрониках сильно разнятся) оказалось под стенами Иерусалима. По сообщениям хронистов, многие воины в религиозном порыве падали на колени, плакали и молились, увидев в рассветных лучах стены Священного Города, ради освобождения которого они вышли в поход три года назад и прошли многие тысячи километров.
Иерусалим в то время находился под властью арабов из фатимидского халифата (государство, существовавшее с 909 по 1171 год на территориях Палестины, Африки и Аравийского полуострова). Эмир города Ифтикар ад-Даула направил к крестоносцам посольство, предложив им беспрепятственно совершать паломничество к святым местам небольшими и невооружёнными группами. Однако вожди похода ответили на это предложение категорическим отказом, не желая оставлять величайшие христианские святыни под властью неверных мусульман. Началась осада, которая во многом повторяла историю осады Антиохии: Крестоносцы вновь претерпевали большие мучения из-за нехватки продовольствия и особенно воды: мусульмане отравили все окрестные колодцы, поэтому христианам приходилось привозить воду из источника в 10 километрах от города в бурдюках, сшитых из бычьих шкур.
13 июня крестоносцы впервые пошли на штурм крепостных стен Иерусалима, однако она была отбита городским гарнизоном. 17 июня в порт Яффы, расположенный недалеко от Иерусалима, прибыло шесть генуэзских кораблей с продовольствием и материалами для осадных машин. Угроза голода отступила, однако нависла куда более страшная: из Египта на помощь Иерусалиму выдвинулась большая фатимидская армия, грозившая крестоносцам большими неприятностями. Срочно требовалось божественное вмешательство... В начале июля один монах заявил, что к нему во сне пришел епископ Адемар Монтейльский, год назад скончавшийся в Антиохии, и предписал воинам устроить крестное шествие вокруг укреплений Священного города. На военном совете было решено исполнить предписание Адемара, и 8 июля босые крестоносцы под руководством Петра Пустынника распевая псалмы провели крестную процессию вокруг стен Иерусалима, что вызвало недоумение, страх и ярость мусульман, выкрикивших оскорбления в адрес христиан и священных таинств.
После данного мероприятия было решено начать активную подготовку к штурму, в ходе которой крестоносцы соорудили две осадные башни и несколько метательных машин. Штурм Иерусалима начался на рассвете 14 июля. Крестоносцы начали обстрел города камнями и приступили к штурму стен, однако встретили ожесточённое сопротивление гарнизона: осаждённые бросали в атакующих камни, лили кипяток и обстреливали из луков. Сражение продолжалось весь день, но город крестоносцы взять так и не смогли. Утро следующего дня началось с общей молитвы и песнопений крестоносного войска. Замотивированные божественной волей христиане вновь пошли в яростную атаку на стены Святого города. К этому времени им, наконец, удалось засыпать глубокий ров, опоясывающий город, и приблизить осадные башни вплотную к укреплениям. Крестоносцы перекинули на стены деревянные мостки и в священном экстазе устремились в город, сметая всё на своём пути и вырезая защитников из городского гарнизона. Оборонявшиеся не выдержали и стали бежать со стен.
Первыми в город ворвались отряды Готфрида Бульонского и Танкреда Тарентского. Раймунд Тулузский, армия которого штурмовала город с другой стороны, узнал о прорыве и тоже устремился в Иерусалим через южные ворота. Увидев, что город пал, командующий гарнизоном башни Давида прекратил сопротивление и, в обмен на сохранение жизни, открыл Яффские ворота, впустив в город оставшиеся части крестоносцев. В Иерусалиме по крестоносной традиции началась ужасающая резня. Христианские воины убивали всех подряд — мусульман, евреев, православных христиан, превратив Иерусалим тем самым в настоящую бойню. Летописец Гийом Тирский в своем сочинение собрал рассказы очевидцев происходившего в Иерусалиме: "По всюду на улицах валялись трупы и отрубленные части тел, а сами победители с головы до пят были в крови и наводили ужас на всякого встречного. Одни христианские воины бродили по городу и искали укрывшихся жителей в мелких переулках, а когда находили убивали их секирами. Другие, разделившись на отряды, врывались в дома и убивали всех его обитателей. При этом каждый, ворвавшись в дом, обращал его в свою собственность. Еще ещё до взятия города между крестоносцами было договорено, что каждый сможет овладеть на вечные времена всем, что ему удастся захватить. Каждый христианский рыцарь вешал на дверях дома щит или какое-либо другое оружие в знак того, что это место это уже занято."
К утру 16 июля практически всё население Иерусалима было перебито (по свидетельству западных хронистов, было уничтожено около 10 тысяч жителей). Возможно причиной для такой кровавой бойни послужили оскорбления крестоносцев, которые жители города выкрикивали во время Крестного шествия вокруг стен...
После падения города правителем новообразованного Иерусалимского королевства стал Готфрид Бульонский, так как он первым из знатных крестоносцев вошел в город. Готфрид не захотел называться королём в городе, где Христос был коронован терновым венцом, поэтому он принял титул Защитника Гроба Господня.
В начале августа Готфрид возглавил поход против 20-тысячной египетской армии, шедшей на помощь Иерусалиму. Командующий мусульманского войска Аль-Афдал расположил свой лагерь в долине Аль-Майдал рядом с городом Аскалон, готовясь взять Иерусалим в осаду, однако он не знал, что крестоносцы уже выдвинулись к нему на встречу. 12 августа две армии сошлись в сражении. Несмотря на численное превосходство армии Аль-Афдала, воины фатимидов не могли сравниться храбростью ни с сельджуками, ни тем более с религиозными фанатиками, коими была большая часть крестоносного войска, а поэтому после короткой битвы они в панике бежали к укрепленному Аскалону. Отряд Раймунда Тулузского бросилился в погоню, загоняя фатимидов в море и расстреливая их из луков. Общие потери египтян в итоге составили около 12 тыс. человек. Аль-Афдал с уцелевшим войском бежал обратно в Египет.
После этой победы угроза Иерусалиму была ликвидирована и большая часть крестоносцев покинула Святую землю, вернувшись к себе на родину. На этом Первый крестовый поход был окончен. По его итогам на Святой земле были основаны четыре новых христианских государства: Иерусалимское королевство, Эдесское графство, Княжество Антиохия и Графство Триполи - ставшие оплотом «Католического мира» во враждебном окружении мусульман. Опустошение территорий Ближнего Востока и кровавые бани, устраиваемые крестоносцами в захваченных городах, привели к жажде мести среди арабского населения, которая вскоре выплеснулась наружу. Новый крестовый поход был делом времени...