Игра начинается там же где закончилась первая часть, на дне озера Cragg Lake, где Алекс Кидд находит новый потайной проход и получает первую подсказку. В поисках ответов он отправится на гору «Мiracle summit» где живёт Мудрец-отшельник, который расскажет о потерянном письмо от Короля Грома, в котором говорится о его точном местоположении.

В Miracle World 2 - всего 16 уровней. Игровой процесс ничем не отличается от оригинальной игры. Алекс Кидд также путешествует по враждебному «Миру Чудес», собирает местную валюту и уничтожает врагов с помощью своих мощных ударов.

Сложность в сиквеле тоже достаточно высока и требует не малого мастерства. Игрок должен заранее предвидеть скорость и высоту прыжков Алекса, из за чего для освоения точного управления, требуется хорошая подготовка …

Набор уровней представляют собой очень разные биотопы, такие как скалы, озера, деревни, горы, и прочие участки с шипами, болотами и лавой. Внешний вид многих врагов потерпел некоторые изменения, но их общие функции и способы нападения остались прежними. Новым главным злодеем игры выступает cамоназванный Король Банши, который хочет свергнуть всех остальных королей и самолично править планетой.

Чудо-мир построен из миллионов каменных блоков. Эти блоки бывают разных форм и цветов. Некоторые разрушаемые блоки исчезают с уровня и позволяют Алексу Кидду изменять свое окружение, чтобы свободно перемещаться по уровню, другие элементы представляют собой коробки с различными эффектами, а некоторые содержат полезные предметы как энергетический браслет или дополнительная жизнь …

В игре присутствуют все побочные бонусы из прошлой игры, но несмотря на похожий стиль, в этой части отсутствуют поединки в «Джен, Кен, Пон». Здесь также присутствуют все старые вспомогательные механизмы как мотоцикл и вертолёт. Вместо уровня на моторной лодке, Алекс теперь использует самолёт, который движется гораздо быстрее других транспортных средств. В случае крушения летательного аппарата, Алекс падает в озеро и продолжает свой путь под водой ...

Почти на каждом этапе можно найти немало секретов и бонусов, скрытые под ложными преградами. Во время прохождения Алекс по традиции посетит два больших замка с целой кучей ловушек. В каждом замке есть свои головоломки и альтернативные пути. Как обычно в игре есть два мини босса на пятом и девятом уровне. Битва с главным злодеем Банши происходит на финальном этапе в его замке. Все столкновения с боссами происходят врукопашную, но во время битвы можно использовать любые доступные волшебные предметы, что значительно упрощает игровой процесс …

По сюжету - Темное проклятие превратило соседний регион Радаксиан в пустошь. Зеленые долины Хананотани (Hananotani) теперь заполнены страшными монстрами и заброшенными деревнями. После поражения Янкена появились новые пять Повелителей Демонов, во главе с жестоким генералом Фурио они хотят поработить весь Miracle World.

Во время своих приключений Алекс встречает двух девушек. Наокото - принцесса воспитанная по кодексу Бусидо (из игры Shinobi World) и Стелла - напарница Алекса (из игры Lost Stars). Алекс очень влюблён в Наокото, хотя у него нет выбора, потому что её отец Синоби обещал отрубить ему голову, если он её бросит. Стелла тренировалась с Алексом с самого детства, и в тайне испытывает к нему нежные чувства, но сам Алекс относится к ней как к своей сестре, из за чего у них очень напряженные отношения.

В Miracle World 3 - всего 16 уровней. Действие в каждом из них происходит в разных ареалах обитания, а их прохождение иногда усложняют обычные препятствия как шипы, лава или болотные ямы. Кроме этого на некоторых этапах можно заметить изображения в виде пасхалок к другим старым играм Sega - как Sonic The Hedgehog и Psycho Fox …

В конце восьмого уровня Алекс встречает Стеллу которая просит спасти из заточения своего отца - Короля Хананотани, а сама отправляется на поиски их пропавшего учителя Святого Нурари. Что бы спасти Короля нужно найти тайный проход к его темнице в третьем замке. От него Алекс узнает что их учитель находится в самом центре «Реки Лавы» (Lava Lake), отравленный ядом и прикованный к скале. С целью спасти Нурари, Алекс отправляется в Небесный Замок что бы достать противоядие (Bottle Of Life) …

Несмотря на изменённую графику, игровой процесс остался прежним. Алекс как всегда вынужден собирать местную валюту (баумы), для покупки полезных предметов в магазине, хотя внешний вид всех предметов, как и сам продавец сильно изменились (Теперь это не улыбчивый усатый торговец, а антропоморфный одноглазый хряк) …

Внешний облик транспортных средств тоже потерпел изменения. Вместо мотоцикла теперь можно купить автомобиль, вместо моторной лодки водяной скутер, а вместо вертолёта волшебное облако «Кинто- Ун» (Magic Cloud «Kinto-Un»), хотя способ управления этими машинами остался прежним …

В игре появились новые приспешники: Metal Head, Fuck Off Head, Yubitsume Head, с которыми как обычно нужно дважды сразится в стиле «Джен, Кен, Пон» … Во время битвы с финальным боссом, Алекс узнает что Фурио когда то давно сражался с его учителем, в результате чего лишился руки и всё это время мечтал отомстить … После победы над ним, Великий совет и Оракул назначили Алекса Царем королей. Но молодой герой отказался от этого титула и предложил вместо себя своего брата Эгла.

В Miracle World 3 по прежнему нет никаких сохранений, но если на счету у игрока есть хотя бы 2500 баумов (долларов), то он может получить ещё одно продолжение (Continue) …