После убийства Маккласки Департамент полиции Нью-Йорка разослал сообщение, что азартным играм, проституции и прочей незаконной активности пришел конец, пока убийца капитана МакКласки не будет найден. В городе начались массовые рейды, вся незаконная деятельность была поставлена на паузу. Гонец, посланный другими семьями спросил Корлеоне, готовы ли те выдать убийцу, на что прозвучал четкий ответ: Корлеоне это не касается.

Война между семьей Корлеоне и другими семьями, объединившимися в альянс против них, дорого обошлась обеим сторонам. Это было осложнено давлением полиции на все без исключения, чтобы раскрыть убийство капитана МакКласки.

Как только началась война, семьи Татталья, Барзини, Страччи и Кунео отправились прямиком на матрасы. Корлеоне сразу же начали испытывать трудности. В семейном торговом центре Корлеоне в Лонг-Бич взорвалась бомба, брошенная из проезжавшей машины. Также были убиты двое людей Корлеоне, обедавшие в маленьком итальянском ресторанчике.

Семья Корлеоне сильно зависела от игорного бизнеса: данное дело приносило большую часть дохода, и эта ниша особенно сильно пострадала во время войны. Даже некоторые банки подверглись набегам, и понесли огромные финансовыми потери. Банкиры жаловались капо, которые вынесли жалобы на стол семейного совета. Но банкирам было приказано просто выйти из бизнеса. Местным гуталинам позволили навести шороху в Гарлеме, самой богатой территории, и они действовали настолько разрозненно, что полиции было трудно их поймать.

Через несколько недель после смерти МакКласки газеты начали доводить информацию, связывающую копа с Солоццо. Они предоставили доказательства того, что МакКласки действительно получал крупные суммы наличными незадолго до своей смерти. (Эти истории были основаны на информации, предоставленной Томом Хэйгеном). Департамент полиции отказался подтвердить или опровергнуть истории, но результат все равно был.

Полиция получила информацию, что МакКласки несколько лет находился на зарплате у Солоццо. Когда стало известно, что МакКласки был убит в компании печально известного торговца хмурым, и что его подозревают в причастности к покушению на жизнь дона Вито, желание полиции отомстить поутихло, и некоторое подобие общественного порядка было восстановлено.

Но тут Корлеоне получают удар под дых. Были убиты два влиятельных чиновника швейного профсоюза, члены семьи Корлеоне. Затем ростовщикам семьи Корлеоне запретили посещать причалы на набережной, как и семейным букмекерам. Местные жители профсоюза грузчиков перешли на сторону семей-конкурентов. Букмекерам Корлеоне по всему городу угрожали.

Крупнейший банкир Гарлема, старый друг и союзник Корлеоне, был зверски убит. Вариантов больше не было, и исполняющий обязанности Дона Санни Корлеоне велел своим капо отправляться на матрасы. Тут немного объясню: это выражение не означает, что семьи любили поспать, поэтому при первой возможности искали матрас. Напротив, это означает включить режим войны.

Семья Корлеоне обустроила две квартиры в городе для своих капо. Питер Клеменца работал в одной квартире, а Сальваторе Тессио — в другой. Все семейные букмекерские конторы получили телохранителей. Однако политические банкиры в Гарлеме перешли на сторону врага, и в данный момент с этим ничего нельзя было поделать. Все это стоило Корлеоне больших денег, а прибыль была в разы меньше.

Санни уже было спланировал казнь глав других семей одним грандиозным тактическим маневром. С этой целью он ввел в действие сложную систему наблюдения за этими лидерами. Но вскоре после этого вражеские вожди быстро исчезли и больше не появлялись на глаза.

Весной и летом 1947 года Сантино Корлеоне совершал налеты на вспомогательные войска противника. Сутенеры семьи Татталья были застрелены в Гарлеме, головорезы в доках были убиты. Чиновников Союза, которые были верны Пяти семьям, предупредили, чтобы те сохраняли нейтралитет, и так как букмекеры и ростовщики Корлеоне все еще не были допущены к докам, Санни послал Клеменцу и его людей, чтобы сеять хаос на длинном берегу.

Ситуация переросла в смертельную партизанскую войну, в результате которой обе стороны потеряли большую часть доходов и жизней напрасно. В конце концов семья Корлеоне была вынуждена закрыть некоторые из своих самых прибыльных букмекерских контор, в том числе контору Карло Рицци.

В конце лета 1948 Санни Корлеоне угодил в ловушку и был убит на дамбе Джонс-Бич киллерами семьи Барзини. Нападение было спланировано Эмилио Барзини после того, как Карло, разгневанный потерей своего дохода и тем, что Санни пояснил ему за сестру, решил отомстить. Вскоре после этого Барзини узнал, что Майкл скрывается в родном городе своего отца на Сицилии. Там он подкупил одного из телохранителей Майкла, который заминировал машину Майкла. Вместо этого погибает первая жена Майкла, Аполлонния.

Смерть Санни потрясла преступный мир. Когда стало известно, что Вито Корлеоне встал на ноги, чтобы вернуть себе командование своей семьей, главы других семей предприняли отчаянные меры, чтобы подготовить защиту от ответного удара, который, как предполагалось, должен был последовать. Но, к их удивлению, выздоравливающий Вито объявил поспешный мир, и война была окончена.

Через год после мирного саммита Майклу удалось вернуться на родину. Он и Вито сразу же принялись строить планы по ликвидации врагов. Они намеренно позволяли Барзини поступиться интересами Корлеоне, надеясь, что он будет усыплен ложным чувством безопасности. Этот план держался в секрете от всех, кроме двух восходящих звезд семьи, которых Майкл выбрал в качестве будущих капо — Рокко Лампоне и Аль Нери.

За это время Майкл узнал, что Карло помог убить Санни. По совету отца «держать своих друзей близко, а врагов еще ближе», Майкл заставил Карло поверить, что он станет новым андербоссом, как только семья перенесет свои интересы в Неваду.

Вито ушел на заслуженный отдых в 1954 году и сделал Майкла действующим главой семьи. К этому времени Клеменца и Тессио почувствовали ущемление и умоляли Майкла разрешить нанести ответный удар. Майкл отказался, что заставило Клеменцу и Тессио усомниться в том, достаточно ли силен Майкл, чтобы сохранить семью.

Вито умер год спустя, и Майкл официально стал Доном. В надежде сохранить то, что у него было, Тессио заключил сделку с Барзини, согласившись организовать мирную встречу на территории Тессио в Бруклине, в ходе которой Майкл должен был умереть. Однако за несколько месяцев до смерти Вито предупредил Майкла, что Барзини может попробовать такой ход, и кто бы ни обратился к Майклу с предложением, он и будет предателем.

После смерти Вито Майкл ударил быстро и красиво. Барзини, Грин, Татталья, Страччи и Кунео были убиты людьми Корлеоне, в то время как Майкл находился на крещении своего племянника, сына Карло. Фабрицио, который прятался в Буффало, был взорван в автомобиле.

По пути на мирный саммит Тессио был окружен своими подручными и погиб после безуспешной попытки заставить Хейгена заступиться. Нери взял на себя его старую команду. Через час Майкл столкнулся с Карло и сказал ему, что его изгоняют из семьи за предательство. Карло, думая, что его пощадят, признался, что к нему обращался Барзини. Однако, по пути в аэропорт, Клеменца его задушил.

В течение следующих нескольких недель режимы Нери, Клеменцы и Лампоне жестоко расправлялись с теми, кто вмешивался в интересы Корлеоне. Букмекерские конторы Барзини были разорены, а двое высокопоставленных силовиков Барзини были застрелены в итальянском ресторане на Малберри-стрит. Два самых крупных ростовщика на набережной исчезли, и спустя несколько месяцев их нашли в болотах Нью-Джерси. Многие капо Барзини и Татталья перешли на сторону Корлеоне.

Хотя этот жестокий удар укрепил репутацию Майкла, потребовался еще год, прежде чем он твердо восстановил Корлеоне как самую могущественную семью в стране.