Думаю, нужно для начала, для справедливости позакрывать церкви, чтобы осталось из расчета не более 1 на 100000 населения. В Москве и других крупных городах.
Исторические и художественно ценные сооружения передать профильным организациям для сохранения исторической или художественной ценности.
В маленьких городках, с населением менее 100000, одну на один город. В городах с населением менее 20000 - 1 на несколько рядом расположенных городков. Так же и с мечетями и прочими религиозными заведениями.
Оптимально, все религии расположить в одном помещении. Пусть проводят службы поочередно, по календарному графику.
Если праздничные события совпадают по времени, пусть проводят службы онлайн.
Для исповедей и прочих дел связанных с персональным общением пусть используют мессенджеры и телефонию.
Все верующие должны официально зарегистрироваться на госуслугах и в рамках своих обычаев автоматически перечислять закят, десятину и пр с зарплаты через банк.
Только в этом случае могут иметь защиту законом об оскорблении чувств верующих.
В этом случае верующие должны быть подсудны не только в гражданском суде, но еще и в религиозном. Гражданский должен иметь первостепенное значение. Допустим, измена в гражданском неподсудна, то побивание камнями должно иметь юридическое последствие в гражданском суде.
Неуплата религиозного налога автоматически прекращает статус верующего и защиту законом об оскорблении чувств верующих.
Дети до 18 лет не могут быть допущены в храмы, мечети, молельни и пр. Выбор должен стать сознательным. Т.е. после наступления дееспособности по законам РФ.
Такое мое оценочное суждение.