Презентация ученика 11 класса по информатике
Презентация ученика 11 класса по информатике
Презентация ученика 11 класса по информатике
Хочу познакомить вас с устройством мира, с точки зрения залипательной науки.
Кукуха в отлёте (:
Проект по сохранению микробиома должен продолжаться!
Исследовательская группа по проекту «Микробиомный иммунитет»
11 мая 2020 г.
Исследования во время пандемии важнее, чем когда-либо. Вот как команда проекта «Иммунитет к микробиомам» продолжает прогрессировать, работая дома.
Триллионы бактерий живут внутри и на наших телах. Проект по иммунитету микробиомов использует вычислительную мощность World Community Grid для изучения белков, продуцируемых этими бактериями, которые кодируются в их геномах. Это помогает ученым понять роль микробиома в заболевании.
Мы хотим поблагодарить всех наших волонтеров за помощь в пожертвовании ценного компьютерного времени! На данный момент мы провели более 300 000 последовательностей белков по нашему конвейеру. Благодаря прогнозируемым моделям и нашему новому методу функциональных аннотаций мы наконец-то начали углубляться в анализ наших данных!
Весенняя встреча по проекту «Микробиомная иммунитет» была виртуальной, а не личной в этом году.
Верхний ряд (слева направо): Мария Маранга, Ричард Бонно, ТомашКосчулек
Средний ряд (слева направо): Юлия Келер Леман, Павел Щербяк, Даниэль Беренберг
Нижний ряд (слева направо): Дуглас Ренфрю, ВладмирГлигориевич, Крис Чандлер
Не изображено: Томми Ватанен
Мы должны были встретиться в Нью-Йорке в марте на нашем очередном общем собрании. Однако из-за пандемии COVID-19 эта встреча не могла состояться лично. Вместо этого у нас было несколько часов видеозвонков через Zoom в эти три дня, 18-20 марта. Во встрече приняли участие исследователи из США (Нью-Йорк), Польши и Новой Зеландии. Трудно было найти время, подходящее для всех в этих трех разных часовых поясах по всему миру, но мы справились.
Прогресс
Наша статья о функциональной аннотации из последовательности и структуры (вы можете проверить препринт здесь) была отправлена и в настоящее время находится на рассмотрении. Мы держим пальцы скрещенными для положительных отзывов!
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/786236v1
Мы также работаем над еще двумя работами, которые углубляются в данные, собранные в ходе этого проекта, как экспериментальные, так и наши прогнозы. Для этого мы начали работать с базой данных, которая делает эти данные легко доступными и анализируемыми для нас как для группы, а затем для всего научного сообщества и для всех вас! Многое еще предстоит сделать, но позвольте заверить вас, что мы делаем успехи. Для решения этих проблем у нас также есть несколько новых членов в нашей группе, которые могут помочь нам. Польская команда становится еще больше благодаря аспиранту и докторантуре, а у нашей команды в Нью-Йорке есть еще один инженер-программист, который помогает нам в настройке баз данных. Добро пожаловать в нашу команду: Павел, Мария и Крис.
https://amarolab.ucsd.edu/news.php
Из других важных событий, член исследовательской группы Брин Тейлор успешно защитила кандидатскую диссертацию 14 апреля. В соответствии со временем ее защита осуществлялась с помощью Zoom, что означало, что большая группа членов семьи, друзей и коллег могла присутствовать.
Поздравляю, доктор Тейлор!
Наша исследовательская деятельность всегда включала удаленную работу и онлайн-общение. В эти трудные времена мы работаем так же усердно, как и всегда, и надеемся, что все волонтеры World Community Grid принимают меры для обеспечения безопасности и здоровья. Благодарим Вас за постоянную поддержку!
Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
Справились? Тогда попробуйте пройти нашу новую игру на внимательность. Приз — награда в профиль на Пикабу: https://pikabu.ru/link/-oD8sjtmAi
«BOINC» – поиск лекарств от СПИДа мобильным телефоном.
Распределённые вычисления (решение трудоёмких вычислительных задач с использованием нескольких компьютеров) — способ, используемый уже сорок лет для относительно быстрого произведения расчётов, которые иначе даже на современных компьютерах заняли бы сотни лет. На днях же стало возможно участвовать в поиске лекарств от СПИДа с помощью обычного мобильного телефона, работающего с операционной системой Android.
Последние двадцать лет в распределенных вычислениях могут принимать участие добровольцы, интересующиеся самыми разными вещами — от решения математических задач до поиска внеземных цивилизаций и лекарств от рака.
Для того, чтобы принять участие в поиске лекарств от СПИДа достаточно установить мобильное приложение и зарегистрироваться в системе World Community Grid, анонсировавшей новшество; после этого владельцу телефона делать ничего не надо.
В будущем планируется создание приложений и для других мобильных систем, и для других проектов добровольных вычислений — ведь чем больше людей примет участие, тем быстрее будут решены касающееся всего человечества вопросы; при этом, конечно, все желающие по-прежнему смогут установить программу для вычислений на персональном компьютере. Создатели приложения говорят, что идея порождена самим фактом развития индустрии мобильных телефонов: при появлении WCG в 2004 году компьютеры обладали меньшей вычислительной мощностью, чем многие современные смартфоны.
При этом авторы приложения помнят о том, что мобильный телефон создан, в первую очередь, для связи и обещают не разряжать его: по умолчанию приложение работает только тогда, когда мобильный телефон поставлен на зарядку, а данные передаются, если телефон соединён с Wi-Fi сетью.
Проект по поиску лекарств от СПИДа, FightAIDS@Home, существует с ноября 2005 года, и проводится сообществом WCG совместно с лабораторией ОлсонTheScrippsResearchInstitute. Задача проекта — поиск среди миллионов химических соединений вещества, способного блокировать вирусную протеазу, чтобы сделать невозможным размножение вируса.
Используемая на персональных компьютерах программа BOINC распространяется под свободной лицензией LGPL, а доктор Алекс Л. Перриман предоставляет по запросу результаты всех полученных с помощью добровольных вычислений экспериментов — правда, запросившему потребуется использовать для получения этих данных несколько жёстких дисков.
Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
Подпроект OpenZika из World Community Grid выдал последнюю партию заданий.
Ранее [ https://vk.com/wall-34590225_286 ], уже говорилось о том, что подпроект OpenZika близок к завершению этапа масштабных вычислений, во время которого выполнялся поиск веществ, которые могли бы лечь в основу лекарств от лихорадок Зика и Денге. И, судя по всему, этот конец достигнут - [ https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewpos.. ].
Далее - дополнительные исследования перспективных соединений. Если среди них окажутся те, что можно использовать для лечения (ведь вещество-кандидат может оказаться таким, что будет уничтожать не только вирус, но и возможного пациента - сначала надо оценить насколько оно безопасно), то затем в дело вступят лаборатории с колбами, мензурками и экспериментами "в стекле". Если оставшиеся соединения-кандидаты пройдут и этот отбор - то работа пойдёт дальше, включая клинические испытания и, возможно - завершится готовым лекарством!
Мы - участники распределённых вычислений, на ещё одном участке, сделали своё дело! Более 84000 лет нашего процессорного времени (CPU Time) перемололи 8.5 миллиардов подзадач моделирования, разными способами, упакованными в рассылавшихся заданиях! В среднем - около 75 лет CPU за каждый день вычислений, что примерно равно суперкомпьютеру с ~ 27375 тысяч ядер/потоков и, к примеру, сопоставимо со вторым по мощности суперкомпьютером России, установленном в Росгидромеде [http://top50.supercomputers.ru/systems/4574] в 2018 году. В нём - 35136 ядер и 70272 потока (если включен HyperThreading).
Теперь - дело за исследователями в лабораториях. Пожелаем же им удачи!
World Community Grid - View Thread - OpenZika Project Update - July 2019 (News on Project Ending)
Тестирование Ryzen 5 2600X (2018год) (6 ядер 12потоков) в программе Boinc.
Мне на тестирование попался новенький(2018год) Ryzen 5 2600X (6ядер 12потоков).
Удалось погонять его в течении 6-ти дней, используя все ресурсы машины.
Для наглядности, сравню его с (относительно) старым процессором Intel Core i5-3550.
- Результаты сравнения не могут быть точными (т.к. количество заданий
выдаваемых планировщиком boinc разное, разные и технические характеристики
и продолжительность вычислений, + есть множество других факторов).
Картинка-1
- Однако, мы можем примерно увидеть разницу между вычислениями на новых и устаревающих процессорах.
У компьютера №1 была большая фора продолжительности вычислений, по сравнению с компьютером №2.
- 23 дня против 6-ти.
Сравнение двух систем (1 - 2)
1)Intel Core i5-3550
2)Ryzen 5 2600X
--------------------------------------------------
1)Характеристики:
Процессор: Intel Core i5-3550 (4-ядра 4-потока
Базовая частота: 3300МГц - TB до 3700МГц
Кэш L1: 64 Кб x4
Кэш L2: 256 КБ x4
Кэш L3: 6 Мб)
Память: 8Gb DDR3 (частота 1600)
Видеокарта: NVIDIA GeForce GTX 980 (4095MB) OpenCL: 1.2
Диск: HDD 1Tb 7200 (точные характеристики не могу сказать)
Мат.плата: (не могу сказать).
2)Характеристики:
Процессор: Ryzen 5 2600X (6-ядер 12-потоков +
Базовая частота: 3600МГц - TB до 4200МГц
Кэш L1: 96 Кб x6
Кэш L2: 512 Кб x6
Кэш L3: 16 Мб)
Память: 16Gb DDR4 (частота 2400)
Видеокарта: AMD Radeon RX 560 Series (4096MB) OpenCL: 2.0
Диск: SSD patriot sata3 - 6Gbps - 240GB
Мат.плата: Gigabyte GA-A320M-S2H (чипсет AMD B350)
Пара фото:
(На обоих пк, система Windows 10 - 1909 (с последними обновлениями).
Версия BOINC 7.14.2)
Проекты были запущены на компьютерах в разное время.
1) Запущен 13 февраля 2020 по 10 марта.
(помимо этого проекта, параллельно с ним работал Einstein@home)
Вычисления продолжались 23 дня! Примерно по 8-мь часов, каждый будний день(+суббота).
Щадящие настройки, т.к. за компьютером работает пользователь.
Для boinc отдано 50% всех ресурсов.
Сам компьютер установлен в офисном помещении, температура около 25-28градусов.
2) Запущен 5 марта 2020
(вычисления продолжались с 5-го марта (время 19:20) по 10 марта (время окончания 13:00) 6-ть дней)
(помимо этого проекта, параллельно с ним, работал Einstein@home)
Настройки - максимум. 100% всех ресурсов для boinc. Работал 24/7.
Этот компьютер был установлен в серверной, температура +18 - до +20.
(разгон чего-либо не выполнялся)
--------------------------------------------------
Результаты.
Всего:
1) 20,924 (получил 242 задания - проверка 2х не завершена. Ошибок нет.)
2) 32,266 (получил 49 задания - проверка 10ти не завершена. Ошибка - 8мь.)
Н Ryzen 5 2600X, за 6-ть дней обогнал 4-х ядерный Core i5-3550 проработавший 23дня (правда не в полную силу).
Примерно через 4 часа после запуска, пк №2 использовался по полной.
>94% процессорного времени и 80% (из 16Gb) памяти занято приложениями.
Единственное, не заметил чтобы видеокарта серьезно использовалась. (хотя не часто смотрел)
В Einstein@home который был запущен одновременно на обеих машинах, такие результаты:
1) работал с 5го марта по 10 марта = 693 очка. (получил только одно задание)
2) работал с 5го марта по 10 марта = 20,693 очка. (получил 80 заданий, 21 подтверждено, 50 ошибка)
Вот такое вышло тестирование.
Эхх... Ryzen Threadripper 3990X (64 ядра), бы парочку. Дело пошло бы быстрее. 🙂
- А вообще, было бы интересно посмотреть более точное тестирование
одного из проектов, на 64 ядрах. (хотя бы в течение месяца)
P.S. Удачных всем вычислений.
Ускорение обработки данных в boinc-проектах
Как известно, пожалуй, главной особенностью boinc-проектов, да и грид-систем в целом, остается малая связанность обрабатываемых задач и сильная их зависимость от режимов работы удаленных компьютеров, на которых по различным причинам обрабатываемые задания могут "зависать" на длительное время. В результате замедляется и общий ход вычислений проекта (пока пройдет время дедлайна, пока новая копия недообработанного задания отошлется новому расчетчику, пока оно посчитается и вернется ...). В общем, при многих сотнях или тысячах компьютеров это может оказаться серьезной проблемой.
Одним из способов решения часто предлагается учитывать надежность хостов. Т.е. тем хостам, которые более стабильно и быстро просчитывают и возвращают задания отсылать новые порции в первую очередь и в большем количестве. Мне помнится, что эту тему обсуждали и даже в каком-то (вроде бы полу ручном) виде реализовывали толи в SAT, то ли в Герасиме.
Вот на подобное обсуждение наткнулся на форуме проекта SETI@home beta. И было это еще в 2013-м году.
Можно ли учесть при отправке повторных заданий репутацию хоста (например, репутацию выдающего действительного результата и скорость, с которой он обычно отправляет результаты), а также повторную отправку осуществлять, прежде всего, хостам с самой высокой репутацией?
Часто в базе данных висят результаты на многие недели или даже месяцы, ожидая хостов, которые никогда не отсылают результат. Затем он истекает и отправляется снова, и часто снова отправляется хосту, который в лучшем случае отправит его обратно через пару недель, или, в худшем случае, никогда больше не услышит. Тогда цикл начинается сначала ...
Наличие хостов с высокой репутацией надежности в качестве первичных хостов повторной отправки, вероятно, уменьшит спрос на базу данных, а также размер базы данных, поскольку не будет слишком много задач одновременно.
Тема почему-то не получила особого развития, там всего один ответ:
Я должен согласиться с вами в этом. Это следует использовать здесь, в бета-версии и на основной SETI. Это определенно помогло бы постоянно растущей проблеме с таблицами базы данных, которая у них была нередко.
Еще одна вещь, которая помогла бы решить проблемы с базой данных, заключалась бы в сокращении времени первоначального оборота (крайнего срока) до 14 дней для новых задач и 7 дней для всех повторных отправлений. Я не знаю ни одного другого проекта с таким длительным сроком, как SETI.
Я знаю, что BoincSIMAP использовал надежные хосты для повторной отправки. Повторно отправленные задачи отправляются как высокоприоритетные, поэтому они передаются на передний план для обработки.
Тут упоминается реализация подобного алгоритма в проекте SIMAP. Кто-то в курсе как это работало и где еще применяется подобный подход? Или он по каким-то причинам неэффективен и не нашел своей реализации?
Могу сказать следующее:
1. Когда все результаты приходят быстро, без задержек - то это облечает работу с ними: позволяет раньше "закрыть" очередной диапазон, начать постобработку, меньше потребляется места на томе и т.д. Это действительно очень удобно;
2. Но теория вероятности потому и работает, что из 16000 workunit-ов с хотя бы одним заданием у штук 200-300 - что-нибудь да произойдёт. Участник может добавить новый проект, из-за чего BOINC начнёт первые несколько дней отдавать его заданиям наибольший приоритет, а когда статистика по времени работы разных проектов - выравняется и дело дойдёт до ранее полученных заданий - компьютер окажется выключенным на пару-тройку дней. Или пропадёт сеть, или сломается HDD и т.д.;
3. Все перечисленные выше проблемы - могут быть абсолютно внезапными, у компьютеров, которые ранее демонстрировали огромную надёжность. Например - как с первыми 3 узлами Shmya Cluster, которые просто оказались отключенными от сети. Поэтому, на мой взгляд, вводить коэффициенты надёжности и т.п. - не имеет особого смысла, так как всё можно сделать проще;
4. Насколько мы видели в RakeSearch - основная проблема не в том, что кто-то не вернул результат, а в том, что в некоторых workunit-ах не возвращается не один, а два, три, четыре и даже больше результатов. Вероятность того, что отдельно взятый workunit станет таким невезучим - очень мала, но даже среди 16000 - таких наибрается около 10-15 штук. И именно от того, насколько быстро будут обработаны результаты к вот таким "невезучим" workunit-ам и зависит то, насколько быстро будет закрыт очередной диапазон;
5. Ну а коли так, что всё просто - после того, как выпускается первая партия заданий к workunit-у (т.е. initial quorum), атрибут delay_bound для такого, workunit-а - меняется с 7 дней на 3 и всё - все дополнительные задания будут уже выпускаться с маленьким deadline-ом и обрабатываться намного быстрее (как только на BOINC-клиенте появляется задание с deadline-ом в 3 дня, то, как правило, он сразу же начинает его считать). Делается это просто, буквально одним sh+SQL скриптом. Так как workunit-ов, к которым требуется выпускать дополнительные задания - немного, что такие "экспресс-задания" будут растворяться в общей массе и не будут как-то ощутимо нарушать порядок вычисления других заданий на компьютере. Подобный эксперимент мы некорое время проводили в RakeSearch, во время поиска R9, когда хотели навести некоторый порядок в ещё незакрытых диапазонах. Возможно, что мы ещё вернёмся к этой практике, благо уже есть некоторая статистика уже именно в рамках поиска R10 и будет с чем сравнить.
Такую задачу поставил Little.Bit пикабушникам. И на его призыв откликнулись PILOTMISHA, MorGott и Lei Radna. Поэтому теперь вы знаете, как сделать игру, скрафтить косплей, написать историю и посадить самолет. А если еще не знаете, то смотрите и учитесь.
Наши польские друзья.
От AlexA 29.11.2012
На вопросы BOINC.RU ответил Михаил Ярош (Michał Jarosz — капитан команды BOINC@Poland) (Польша, ноябрь 2012) (English version)
Привет, Михаил (Mchl)
Российским участникам распределенных вычислений было бы интересно получить побольше информации о своих польских коллегах-соперниках. Не могли бы Вы ответить на несколько моих вопросов?
Да, я с удовольствием отвечу на Ваши вопросы.
1. Насколько популярны распределенные вычисления в Польше?
К сожалению, не очень популярны. По нашим оценкам, не более 6-7% интернет-пользователей когда-либо участвовали в каких-либо волонтерских вычислительных проектах.
2. Вы капитан одной из сильнейших польских команд. Как Вы привлекаете людей в свою команду?
С самого начала у нас было три пути, чтобы привлечь людей.
Во-первых, наличие команды в каждом BOINC-проекте. Мы были первой польской командой, которая присутствовала во всех проектах BOINC (не считая команды под названием «Poland», которая также присутствовала везде, но не имела ничего общего в различных проектах). Таким образом, наши участники имеют чувство принадлежности к одной команде независимо от того, в каких проектах они хотят принять участие.
Второе, что мы сделали, это обеспечение высококачественными переводами информации, имеющейся в BOINC-проектах. В дальнейшем это привело к созданию собственной WiKi, которая, на сегодняшний день, является наиболее полным источником знаний, связанных с BOINC в Польше. В настоящее время мы предоставляем не только переводы, но и свои собственные статьи. Некоторые проекты используют наши переводы в локализованных версиях своих сайтов.
Последнее, но не менее важное, это наш форум. Он появился примерно через год после основания B@P, и сразу же стал координационным центром для нашего сообщества. С тех пор на нем зарегистрировалось более двух тысяч человек. Мы стараемся быть в форуме очень открытыми для любых новых пользователей. С одной стороны, мы стараемся быть вежливы и дружелюбны, предоставляя много возможностей для свободного обсуждения, с другой стороны мы гарантируем, что личные нападки и высказывания оскорбительного содержания будут быстро удалены. В результате, хотя у нас появляются время от времени некоторые горячие дискуссии, нашим модераторам не приходится использовать свои полномочия слишком часто. Насколько я могу судить, мы еще не заблокировали ни одного человека за какой-либо проступок (спамеры это отдельный разговор).
3. Вы пытаетесь что-то делать, чтобы способствовать развитию распределенных вычислений в вашей собственной стране?
За эти годы мы организовали несколько промо-акций. Мы расклеивали плакаты и распространяли листовки, писать письма в университеты и научно-исследовательские институты, делали видео для YouTube и писали статьи в прессе. Материалы различного типа. Нам удалось привлечь внимание общенациональной прессы и пару раз даже радио.
4. Есть ли у польских участников желание создать единую сборную Польши?
Да, такое желание всегда присутствовало среди польских кранчеров. Нам удалось сделать несколько слияний команд в прошлые годы. В настоящее время однако, кажется, что такой единой команды не будет создано в обозримом будущем.
5. Каковы ваши отношения с другими польскими командами? Например, ваш основной конкурент — «Polish National Team»? Вы общаетесь? Дискутируете? Ругаетесь?
Мы всегда старались быть очень уважительными по отношению к другим командам. Это привело к созданию, в целом, хорошей атмосферы и некоторому сотрудничеству. Наши отношения с «Polish National Team» несколько сложнее. Некоторые из основных членов PNT являются бывшими участниками B@P, которые по той или иной причине, решили, что B@P не является той командой, которую они хотели бы поддерживать. По ходу дела были сказаны некоторые излишне горькие слова с обеих сторон, и существует еще достаточный уровень враждебности между некоторыми отдельными членами обеих команд. Несмотря на все, что мы вели переговоры о слиянии обеих команд, но, в конце концов, достигли консенсуса, что это не реально и невыполнимо. Это похоже на попытку объединить команду Формулы 1 (PNT) с техническим университетом (B@P). Обе имеют дело с технологией, и даже университет имеет собственную спортивную команду, но цели обеих организаций, а также способы их достижения, просто слишком различны. Настолько, чтобы в их слиянии нет никакого смысла. В целом мы стараемся держать наши отношения нейтральными и ослаблять напряжение как можно скорее, так чтобы оно не возрастало. Это удается большую часть времени
6.Вы пытаетесь как-то управлять командой? Или каждый пользователь выбирает проекты, которые он хочет?
Вот уже несколько лет я пытаюсь поощрять членов команды к участию в принятии решений о достижении цели нашей команды. Будь то выбор нашего «Проекта месяца» или разработка нового дизайна для сайта, все это доводится до членов команды, предлагается обсудить и прийти к консенсусу, чтобы действовать совместно. Я также стараюсь делегировать другим членам команды, так много административных обязанностей, насколько это возможно. Будь то управление нашей командой в проектах, решение вопросов касающихся нашего сайта и хостинга, или просто сочинение нового приветствия для новых членов команды. Чем больше членов команды участвует, тем большее чувство коллективизма они получают, и, в результате, они становятся более ответственными и более привязанными к команде.
7. Нравится ли Вам принимать участие в Челленджах?
Мы приглашаем наших членов участвовать в конкретных проектах при соревнованиях или тогда, когда проекты заслуживают особого внимания по какой-то причине, но это не является обязательным. Есть люди, которым нравится принимать участие в таких действиях, и есть те, кто этого не делают. В целом, это, кажется, работает очень хорошо.
Я хорошо провел время отвечая на эти вопросы. Если вам нужно любое разъяснение, или у вас есть дополнительные вопросы, пожалуйста, не стесняйтесь обращаться ко мне!
С наилучшими пожеланиями!
Mchl