МЕДВЕДИ, ХОМЯКИ, ЧЕЛОВЕКОПОДОБНЫЕ. ХОМЯК ИЛИ МЕДВЕДЬ БРАТ ЧЕЛОВЕКУ С ТОЧКИ ЗРЕНИЯ БИОИНФОРМАТИКИ?
Чтобы ответить на этот вопрос, в научном исследовании необходимо определиться с целью, задачами и методами, и изучаемыми материалами. Для этого нужно постараться предварительно поставить гипотезу, которая облегчит нам понимание того, чего мы хотим, а следовательно, позволит нам выбирать материалы исследования.
В качестве гипотезы можно опираться на ваши знания в области классификации групп животных. Однако, если у Вас нет таких знаний и Вы не хотите страдать в поисках этих знаний в полях, лесах и лабораториях, то Вы можете стать продвинутым пользователем интернета и воспользоваться удобном сайтом lifemap [1], который отображает филогенетическое древо всех животных. Если же вы не продвинутый пользователь, то Вы можете просто воспользоваться википедией. Стоит отметить, что для учёного сайт Lifemap является таким же примитивным, как и википедия, но не бойтесь начать с малого, ведь википедия может послужить толчком к эволюции от простого к сложному. Поэтому пойдёмте эволюционировать на вики вместе. Для этого зайдём в поисковик и посмотрим информацию о нужных нам группах, с которыми в будущем нам предстоит работать, на данном сайте. Первые в списке у нас медвежьи. На странице сайта нам не нужно досконально изучать строение, размножение и образ жизни медведей. Нам нужны три вещи:
Переходим в раздел научной классификации и смотрим список родов в семействе медведей, предварительно выписав название этого семейства на латыни (Ursidae). Нам понадобятся названия всех родов на латыни, которые есть в семействе. Их лучше также выписать (рис.1).
(рис.1)
После проделанной работы переходим в раздел филогенетики и выбираем кладу с ближайшими живыми родственниками в качестве запасного варианта.
Это нужно сделать на случай, если нужные генетические последовательности медведей из разных родов в генбанке нам найти не удастся (рис.2).
Нам повезло, по альтернативной версии ближайшие родственники — это ластоногие. Выпишем название этой группы, выберем семейство и список родов аналогично медведям.
Теперь переходим в раздел краткой сводки научной классификации (рис.3). Находим вкладку «отряд хищные» и переходим по ней.
(рис.3)
Во вкладке отряда переходим в раздел 4.1. «Внешняя систематика». Там необходимо найти надотряд, к которому принадлежат медведи (рис.4). Он указан на филогенетическом древе в виде гиперссылки, нажимаем на неё и переходим в соответствующий раздел.
(рис.4)
В разделе нам нужно узнать отношение приматов к этому надотряду. Для этого мы переходим во вкладку «классификация» и как ни странно мы не обнаруживаем в нём приматов (рис.5) Получается, что медведи по версии википедии вообще не близкие родственники приматов. Может это так и есть, но кто же по версии википедии примату будет братом?
(рис.5)
Для этого проводим аналогичные манипуляции с семейством хомяковые и в конечном итоге попадаем в отряд грызуны. Переходим в раздел систематики и ищем надотряд (рис.6).
(рис.6)
Какое удивление! Мы в надотряде Euarchontoglires обнаружили людей! Чудесно. Ну, а теперь можно поставить гипотезу. Нашей гипотезой будет утверждение, что хомяковые являются братьями людей, а нашей целью подтвердить это утверждение. Для достижения цели нам необходимо поставить следующие задачи:
Чтобы уже начинать определяться с методами нам нужно выбрать внешнюю группу, а также определиться с генетическими последовательностями. Внешняя группа нам нужна для определения положения корня дерева, так сказать, его основы. В качестве внешней группы обычно используют одну или несколько клад, отпочковавшихся от общего дерева заведомо раньше (но желательно ненамного раньше) анализируемых последовательностей. Поскольку мы изучаем филогенетические отношения между плацентарными млекопитающими, то в качестве внешней группы можно использовать сумчатых млекопитающих [4]. Пусть это будут опоссумы. Я люблю опоссумов. Это котики мира сумчатых, а котиков любят все.
Далее определяем материалы. В качестве необходимых материалов я решил взять рибосомальные гены 18S рРНК у двух представителей разных родов из каждых изучаемых групп. Маркер 18S рРНК используется с конца 70-х годов прошлого столетия и является универсальным для систематических построений. Ген, кодирующий 18S рибосомную РНК, есть в геноме всех известных эукариот и является удобным маркером для их идентификации; он отсутствует у вирусов, бактерий и архей. Ген 18S рРНК содержит как консервативные участки, одинаковые у всех прокариот, так и вариабельные. Консервативные участки служат для первого этапа полимеразной цепной реакции – присоединения праймеров к исследуемой ДНК-матрице, вариабельные участки – для идентификации видов. Степень сходства видоспецифичных вариабельных участков отражает эволюционное родство разных видов [3].
С материалами более-менее определились, теперь их необходимо скачать в генетической базе данных. Переходим на сайт ген банка и в поисковой строке вбиваем название семейства латинскими буквами и ищем генетические последовательности родов, которые мы записывали ранее. Последовательности должны быть приблизительно равной длины и ни в коем случае не короткие, ибо короткие последовательности несут мало информации, а информация в нашей работе — это золото, где филогенетическое древо — Зиккурат. А всем мы знаем, что для строительства Зиккурата нужно больше золота. Поэтому для удобства в графе «Sequence length» выставим необходимую длину последовательностей (1600-2500) и нажмём кнопку «Search» (рис.7).
На рисунке выше мы видим, что я начал с медведей, к сожалению ген банк выдал мне всего три результата и все одного вида. Ничего страшного, ведь медведя мы всё равно скачаем, а запасной вариант в виде ластоногих (рис.8) у нас имеется и к счастью в генбанке необходимые последовательности по ним есть.
Таким образом мы скачиваем все необходимые нам последовательности в формате "fasta". Cкаченные последовательности закидываем по одной (или несколько, если Вы скачали всё одним форматом) в программу MEGA 10 для объединения в один формат «fasta» в будущем (рис.9)
Итак, в мою выборку исследования попали 8 видов. Я не буду пугать Вас латынью как делаю это обычно, а перечислю всех избранных товарищей по-русски «матом». Первые два вида в моём списке будут представлять этакую не существующую в реальном мире вершину эволюции и как Вы догадались это человекообразные обезьяны — человек и горилла. Вторыми по иерархии идут хомяковые — водяная полёвка и серый хомячок, третьими замыкающими внутреннюю группу идут медвежьи и настоящие тюлени — бурый медведь и длинномордый тюлень соответственно. Представляют внешнюю группу у меня два вида из разных родов опоссумов — виргинский и домовой опоссумы. Строить дерево мы будем в тренировочной программе MEGA 10
Теперь нам надо начинать определяться с методами. Первым важным методом будет выравнивание генетических последовательностей. Выравнивание является важным биоинформатическим методом, основанным на размещении двух или более генетических последовательностей позволяющим увидеть сходные участки в этих последовательностях. Их сходство может отображать структурные и эволюционные связи, которые без выравнивания не построить [5]. Выравнивание мы не будем производить в MEGA 10, так как для рибосомальных последовательностей лучше воспользоваться маффтом [6]. Перед этим мы объединим все последовательности в меге в одну и экспортируем в любую папку на рабочем столе в формате «fasta» (рис.10).
Сохранённый файл мы загружаем на сервер мафта в браузере (рис. 11) и изменим один стандартный параметр, выбрав тот, который показан на рисунке 12. Далее нажимаем кнопку «Submit» и получаем результат, который необходимо реформировать в формат fasta, как показано на рисунке 13.
Полученный формат необходимо загрузить обратно в мегу и уже работать в ней. Поздравляю мы это сделали! (рис.14)
Далее производим установление попарных эволюционных дистанций между анализируемыми последовательностями, представляемых в виде матрицы дистанций. Другими словами, для построения дерева нам требуется эволюционная модель, оптимального метода расчета эволюционных дистанций между последовательностями. В качестве статистического метода я воспользуюсь методом оценки дат дивергенции видов, который разрабатывался с точки зрения концепции молекулярных часов, а именно эволюционной моделью Hasegawa, Kishino и Yano 1985 года.
Данная модель различает скорость различных точечных мутаций и учитывает не равные базовые частоты, которые не учитываются простыми моделями [7]. В меге эту модель можно выбрать сразу при построении дерева в методе максимального правдоподобия, там же заранее выставим проверку в 1000 реплик (так называемый бустрэп анализ). Данный анализ позволяет посмотреть статистическую поддержку ветвей, чем она выше, тем будет лучше. Высокая поддержка большинства ветвей более 70% позволяет сказать, что дерево построено правильно (рис.15). Поддержка ниже 70% для одной, или двух ветвей не является очень критичной при низкой выборке, но, если мы получим статистическую поддержку всех ветвей ниже 70% это будет говорить об очень плохом результате.
К сожалению, посмотреть эту модель отдельно инструментал меги не позволяет, но наглядно она бы выглядела примерно таким образом (рис.16).
Данная модель разрабатывалась для построения деревьев методом максимального правдоподобия, который я по сути и выбрал.
Метод максимального правдоподобия, говоря примитивным языком, позволяет определить неизвестное число параметров на основании известных результатов эксперимента. Скажем, если известно число граней правильного многогранника (т.е. число параметров), то можно определить, чему равны вероятности различных исходов бросков этого многогранника. Так, для шестигранной игральной кости вероятность любого исхода броска будет равна 1/6. Однако если взять за гипотезу, что число граней некой игральной кости нам неизвестно, данный метод позволяет предположить путём многократных повторных экспериментов в виде бросков этой игральной кости, число граней этой кости и определить правдоподобие этого предположения. Так, многократно подбрасывая некую игральную кость с неизвестным числом граней и наблюдая, что число различных исходов бросков кости равно шести, можно сделать предположение, что это кость шестигранная [4]. Именно поэтому этот метод в данном случае я считаю одним из лучших для ответа на заданные мной вопросы.
В качестве дополнительных плюшек мега позволяет воспользоваться функциями уточнения выводимого дерева, что даёт нам возможность вывести исходное дерево для эвристического поиска, который в свою очередь используется для оценки лучшего состояния нашего дерева. Подробно, что такое эвристический поиск можно прочитать в IT сообществе хабр [5]. Итак, в дополнительных параметрах меги меге мы можем выбрать метод максимальной экономии, который является критерием оптимальности, для которого наилучшим считается самое короткое дерево, которое объясняет данные. Этот метод работает по канонам Бритвы Оккама (рис 17). В принципе в дополнительных параметрах можно выбрать ещё кучу всего, но я думаю и этого вполне хватит.
Собственно, теперь у нас всё готово, чтобы проверить википедию на подлинность и заодно нашу гипотезу. Строим дерево! (Рис.18) ;(Рис.19)
Вуаля — чувствую себя доктором ВУ, когда дерево строится успешно!
Теперь давайте взглянем, что у нас получилось, а получилось у нас практически всё идеально!
Как Вы сами видите построенное дерево рассказывает нам о том, что грызуны являются более близкими родственниками по отношению к людям и подтверждает нашу гипотезу, несмотря на то, что одна ветвь у нас имеет поддержку ниже 70%, что в принципе не является критичным, так как все остальные ветви имеют статистическую поддержку более 70%. Конечно я допускаю за собой маленькие ошибки в построении дерева, но общая картина была вполне ожидаема и показала всё то, что известно самому капитану очевидности и его капитанше. Действительно хомяк является «братом» человека, а медведь его дальним родственником, а теперь можно выдохнуть! Всего доброго!
Автор: Аномалокарис, биолог, вдохновитель сообщества Фанерозой, Ефимов Самир
1. http://lifemap.univ-lyon1.fr
2. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=Phocidae%2018S%20...
3. Соловьева В.В. Молекулярно-генетический анализ беспозвоночных животных по нуклеотидной последовательности гена 18S рибосомной РНК: учебное пособие / Соловьева В.В., Моров А.Р., Ризванов А.А., Сабиров Р.М.- Казань: федеральный ун-т, 2011 – 52 с.
4. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ/ В.В. Лукашов —М.БИНОМ. Лаборатория знаний, 2009. — с.256. с.92-123.
5. Mount DM. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. — 2nd. — Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY., 2004.
6. https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/
Hasegawa M., Kishino H., and Yano T. (1985). Dating the human-ape split by a molecular clock of mitochondrial DNA. Journal of Molecular Evolution 22:160-174.
Вязка хомяков на юле
Я лучше знаю, что вам надо.
Навеяно постом http://pikabu.ru/story/da_mozhno_4848462 , про людей, которые лучше знают , что нам надо.
5 лет назад я делала ремонт в кухне и коридоре, в связи с чем надо было поменять две оставшиеся в квартире старые двери, одна из них вела на кухню. Двери заказала там же, где и предыдущие, чтоб уж наверняка не отличались, так же в комплекте к ручкам были защёлки, это важно.
В день установки дождалась мастера ( к слову мастер был другой), обговорили что да как, я сказала, что ухожу на работу рядом с домом, через 4 часа приду. Окей, за работу.
Через 4 часа прихожу, мастер при мне приколачивает последнюю деревяшку, идём смотреть работу. Всё вроде в норме, открывается-закрывается, дефектов нет. Тут мастер говорит:" Я вам в кухонную дверь защёлку не поставил, обычно они там не нужны." Я подумала, что действительно, кухню закрывать как-то глупо, а защёлка пригодится для замены в других дверях. Отдала деньги, расписалась, занялась уборкой.
Когда остатки старых дверей были складированы в коридоре для последующего выноса на мусорку, я понимаю, что защёлки я в мусоре так и не нашла.Вот коробочка от неё есть, а самой защёлки нет. Звоню мастеру, который по идее ещё не успел уйти далеко, спрашиваю про судьбу защёлки. Отвечает, мол, ищите лучше, завалялась где-нибудь. Ну что сказать, мусора от замены двух дверей не очень много, трудно не разглядеть, смотрю ещё раз, не нахожу. Тем более смущает пустая коробочка.
Начинаю понимать, что мастер врёт. Звоню ещё раз, он в ответ уже начинает хамить. Звоню в фирм, прошу к телефону начальника, объясняю ситуацию, прошу помочь. На что получаю тонны говна, обвинения меня во лжи, а так же рассказ про честнейшего мастера, которого он знает кучу лет и доверяет, как родной матери.
Ясно. Окончательно разозлённая звоню мастеру, просто конкретно обвиняю его в воровстве и требую вернуть злосчастную защёлку. И тут он выдаёт:" Что вы из-за ерунды такой кипиш подняли, никому на кухне защёлки не нужны, а если они там не нужны, то и вообще вам не понадобятся! Сейчас я возле метро уже, через 15 минут приду, принесу вам эту защёлку, если она так вам нужна!"
Пришёл, принёс, отдал, с видом оскорблённой невинности. Я специально возле подъезда его ждала, чтобы в квартиру не пускать и хоть какие-то свидетели были, если что. У него хватило наглости ещё побурчать на мою меркантильность, что я из-за такой фигни ещё начаьству звонила. И вообще, что я собираюсь делать с этой защёлкой. На что я ответила, что делать с ней буду, что захочу, могу на шее в виде кулона носить, могу выбросить, потому что это моё, я за эту фигню деньги платила.
Потом перезвонила в фирму и рассказала начальнику, где в конце концов нашлась защёлка, на что мне было сказано, что хороший мастер, наверно, нечаянно её в карман положил.
БМ ругался на жадного хомку.
Хомячиные истории
Выложила я объявление о продаже за символические 15 грн (в магазине хомяк стоит 50-60грн) и шо тут началось.
Сначала написала одна баба, говорит - хочунимагу, отправьте мне хомку на маршрутке, я живу за 300 км от вашего города. Тот факт, что хомяк такой дороги не выдержит и сдохнет, ее мало волновал. Да и ехать на другой конец Одессы на автовокзал мне было лень, если честно. Отказала ей.
Звонит другая баба, прям в тот же день. Опять - хочунимагу, денег нет, отдайте бесплатно. После моего логичного вопроса "А на какие, собсна, шиши вы собираетесь покупать клетку и остальные причиндалы, если у вас на хомяка-то денег нет?" она пару секунд посопела и кинула трубку.
Были и другие люди, которые хотели забрать хомяка, но в виде бонуса получить клетку на халяву.
Таким макаром прошел месяц. Я плюнула и в объявлении указала "бесплатно", заберите уже кто-нибудь, я возьму наконец другую хомячку.
Думаете тут все и закончилось? Хер там.
Уже двое назначают встречу, чтобы забрать, а к вечеру у них резко меняются планы, встреча отменяется или меня тупо морозят.
Забодали, если честно.
Ну неужели непонятно, что за любым животным нужен уход, ему нужны миски-шмиски-домики-корм и мало получить животное бесплатно, в него все равно придется вложиться материально и продолжать делать это всю его жизнь. И кроме того этим людям насрать, что я их ждала целый день, ведь даже кинуть смс и сообщить, что их планы изменились - фи, это лишний труд.
Уффф.
ЗЫ: Хомяк в Одессе никому не нужен? Даром. Ну пожаааалуйста.
Мысли
Стадо,еще раз о тупоголовом стаде
А куча(именно куча,ЕБАННЫЙ СНЕЖНЫЙ КОМ) лайкает репостит
все новости в вк в этом дерьме,в комментариях это дерьмо
на пикабу повсюду этот трешак.
Неужели людям так интересны эти клоуны?
Это же именно клоунада,а пипл знай свое дело,берет и проглатывает еще и причмокивает.Не делайте так,не плодите дерьмо.(Это ведь не первый случай того,как хомяки плодят дерьмовый контент)