Unisim
Посоветуйте книги по Unisim
Посоветуйте книги по Unisim
Объяснять? Ну можно чуть-чуть.
Если разместить несколько заряженных частиц в пространстве, они создадут электромагнитное поле. Каждая частица выстроит вокруг себя поле напряженности, это такое поле, в котором легко определить направление оказываемой силы на тело с зарядом +1. Если тел несколько, эти векторы становятся уже более интересными. Поэтому можно нарисовать такую штуковину.
От красного к синему - от сильного к слабому. Переходы к черному в тех местах, где вектор повернут диагонально. Чем ближе он по углу к одной из осей Ox, Oy, тем более ярко он выглядит.
Новая методика моделирования FightAIDS @ Home Team опубликована в отраслевом журнале
22 апреля 2019 г.
Резюме
Команда FightAIDS @ Home - Phase 2 объединилась с World Community Grid для изучения и уточнения результатов этапа 1 проекта. За последние 18 месяцев они создали новую технику, называемую асинхронный обмен репликами, которая значительно повышает эффективность их вычислений и может иметь значение для других исследователей, которые используют то же программное обеспечение для обнаружения лекарств. Результаты этой работы были недавно опубликованы в журнале химической информации и моделирования.
Компьютерные эксперименты по открытию лекарств требуют точного и очень подробного моделирования молекулярных взаимодействий. К сожалению, традиционные вычислительные ресурсы, даже высокопроизводительные компьютерные кластеры, такие как World Community Grid, часто не могут обеспечить уровень детализации этих сложных взаимодействий, чтобы сделать их настолько точными, насколько это необходимо ученым для дальнейшей работы. Точно так же вычислительные ресурсы World Community Grid огромны, но его базовый дизайн не идеально подходил для конкретных методов молекулярного моделирования, которые использовали ученые FightAIDS @ Home.
На протяжении более 18 месяцев исследовательская группа тесно сотрудничала с разработчиками World Community Grid Кейтом Аплингером и Джонатаном Армстронгом для создания и тестирования асинхронного обмена репликами, нового протокола выборки, который обеспечивает очень тонкую динамическую молекулярную симуляцию. Асинхронный обмен репликами, который подробно описан в статье, недавно опубликованной исследовательской группой, может иметь значение для будущей работы по обнаружению антибиотиков для ученых, которые используют то же программное обеспечение для компьютерного моделирования.
Вы можете прочитать реферат статьи здесь. Спасибо всем, кто жертвует компьютерным временем на поддержку FightAIDS @ Home.
https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jcim.8b00817
https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jcim.8b00817
https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle....
К дню космонавтики - новость раз, правда, скорее, про астрофизику, но это тоже космос).
Астрофизику сегодня невозможно представить без компьютерного моделирования: ученые воссоздают на ЭВМ космические процессы, не доступные для наблюдения, чтобы ставить эксперименты и подтверждать теории. Математики из новосибирского Академгородка пишут программы, которые решают такие задачи в несколько раз эффективнее, чем зарубежные аналоги. Недавно статья об этом вышла в сборнике Supercomputing издательства Springer.
«Задачами астрофизики я занимаюсь с самого начала своей научной жизни, уже примерно 15 лет. За это время мы моделировали самые разные объекты: от звезд и галактик до космической паутины крупномасштабной структуры Вселенной», — рассказывает старший научный сотрудник Института вычислительной математики и математической геофизики СО РАН доктор физико-математических наук Игорь Михайлович Куликов. Сейчас он руководит проектом по суперкомпьютерному моделированию сверхновой типа 1а.
Постановка задачи
Сверхновая — это заключительный этап в жизни некоторых звезд; взрыв, самый сильный, какой только можно наблюдать в космосе. При этом звезда резко становится ярче на 4—8 порядков, а потом постепенно гаснет. Во время взрыва сверхновой выделяется колоссальное количество энергии, и вещество из внешней оболочки звезды распространяется на дальние расстояния, а из остатков образуются или нейтронная звезда, или черная дыра.
При взрыве сверхновой разлетаются продукты термоядерного синтеза, происходившего на протяжении существования звезды, — все жизненно важные химические элементы тяжелее гелия. Это причина эволюции химических веществ: из остатков сверхновых состоит практически все во Вселенной, включая людей.
Ученые исследуют излучение, которое достигает Земли через много лет после образования сверхновой, остатки от взрыва, а также потенциальные звезды-предшественники. На основании этих данных пишут уравнения и строят компьютерные модели, позволяющие наблюдать и исследовать процессы появления сверхновых в режиме реального времени.
«Сверхновая типа 1а рождается в результате взрыва белого карлика — старой звезды, от которой осталось только ядро. У белого карлика есть определенный предел массы, при котором он может существовать, — предел Чандрасекара, равный примерно 1,44 солнечных масс. Если масса белого карлика становится больше, его ядро начинает сжиматься, температура растет, запускается термоядерная реакция. В итоге — взрыв сверхновой, — говорит Игорь Куликов. — Это происходит в том случае, если у белого карлика есть звезда-компаньон, с которой он может слиться, и в результате увеличить свою массу».
Один из сценариев образования сверхновой типа 1а — это так называемый сценарий не центрального взрыва. «Предположительно, белый карлик может взорваться до того, как полностью срастется со своим компаньоном. В таком случае взрыв происходит на периферии, и остатки звезды будут распространяться преимущественно в одном направлении», — поясняет ученый. Эту идею высказал главный научный сотрудник Института астрономии РАН доктор физико-математических наук Александр Васильевич Тутуков, а коллектив ИВМиМГ СО РАН создал компьютерную модель такого сценария. Недавно она нашла подтверждение: в ноябре 2018 года в остатках взрыва сверхновой обнаружили остатки звезды-компаньона.
Ресурсы
Космические вычисления требуют мощной техники. Игорь Куликов, сидя в своем кабинете, использует ноутбук для доступа к суперкомпьютерам, расположенным несколькими этажами ниже. «Современные технологии позволяют работать на расстоянии. Многие научные сотрудники удаленно заходят на наш кластер, передают данные, задача считается, и полученный результат они уже анализируют на своих персональных компьютерах. Можно отправлять задачи в наш центр, находясь как на рабочем месте, так и в командировке или на отдыхе», — рассказывает руководитель Сибирского суперкомпьютерного центра ИВМиМГ СО РАН кандидат физико-математических наук Игорь Геннадьевич Черных. «Это Игорь нас имеет в виду, — улыбается его тезка. — Мы оба даже в отпуск берем рабочие ноутбуки».
Основных вычислительных кластеров в суперкомпьютерном центре два. Новый и пока еще небольшой НКС-1П — современная вычислительная система, мощностью 100 терафлопсов.
Новый кластер потребляет совсем не много электроэнергии: вычислительная часть — 15 кВт, а система охлаждения — всего 500 Вт (в четыре раза меньше, чем электрический чайник). НКС-1П построен на базе серверных процессоров Intel Xeon и специализированных процессоров Intel Xeon Phi. Каждый процессор содержит 72 ядра.
«Старичок» НКС-30Т 2012 года не настолько энергоэффективен. С кондиционерами этот компьютер потребляет порядка 100 кВт. Он производит довольно много шума, а из системы охлаждения вырывается мощный поток воздуха. Но сегодня и без этой машины не обойтись.
«Когда мы ввели в строй новый кластер, то думали, что на год-два немного снизим нагрузку старого компьютера, но уже через две недели поняли, что надо еще увеличивать вычислительную мощность, потому что сразу захотелось считать более сложные задачи. Современные исследования уровня мегасайнс должны производиться на оборудовании класса мегасайнс, как минимум в пять раз мощнее того, что есть у нас», — говорит Игорь Черных.
Сейчас совокупная мощность суперкомпьютеров центра — порядка 0,2 петафлопса. Для сравнения: пиковая вычислительная мощность самого производительного на сегодняшний день суперкомпьютера Summit (США) составляет 200 петафлопсов.
Технологии
Однако преимущество сибирских ученых в первую очередь не в технике, а в головах: они пишут код, который позволяет максимально использовать возможности процессоров. «Мы применяем векторизацию. Это увеличивает производительность кода примерно в 10—20 раз, — объясняет Игорь Куликов. — Грубо говоря, если считать задачу лучшими зарубежными или российскими программами, то это займет примерно неделю или десять дней, а такие же вычисления с использованием нашего кода — около одного дня. На данный момент в мире мы единственные: для задач астрофизики нет других программ, которые используют векторизацию».
Векторизация — это вид параллельных вычислений, то есть таких, когда программа выполняет несколько вычислительных процессов одновременно. Суперкомпьютеры оснащены многоядерными процессорами, поэтому, чтобы использовать их эффективно, последовательной программы недостаточно: нужно распределить работу между ядрами процессора. Приложения, которые выполняют операции последовательно, при векторизации модифицируются таким образом, чтобы выполнять одновременно несколько однотипных операций.
«Представьте, что есть два набора из четырех элементов: четыре цифры с одной стороны и четыре с другой. Нам нужно поэлементно их сложить. В обычных, последовательных вычислениях мы сначала складываем и записываем первый результат в первую ячейку, потом второй во вторую, третий в третью, четвертый в четвертую. У нас получается четыре инструкции вычисления (сложения) и четыре инструкции записи, то есть всего восемь инструкций. Векторизация позволяет это сделать за две инструкции. За одну — сложить и за одну — записать. А векторы, с которыми мы работаем на процессоре Intel Xeon Phi, — это уже даже не четыре, а восемь элементов двойной точности», — рассказывает Игорь Куликов.
Ученые начинают писать программу с уровня математической реализации, с уравнений для той или иной задачи. Игорь Куликов поясняет: «Еще на этапе постановки задачи, когда мы только записываем уравнение в тетрадке, мы уже должны понимать, на чем будем считать. Разработка конечного программного обеспечения сразу должна учитывать архитектуру, то есть общее устройство кода. Мы называем это содизайном (co-design)».
Для расчетов используются уравнения гидродинамики — раздела физики, который изучает движение идеальных жидкости и газа. Это может показаться странным, ведь межзвездное пространство характеризуется очень низкой плотностью и давлением и приближено к абсолютному вакууму.
«В космосе тоже есть газ. В среднем плотность галактики — примерно один атом водорода на 1 см3. Это, конечно, крайне мало, но пока атом из одной части галактики перелетит в другую, он столкнется с другими атомами много раз. Если спроектировать эти столкновения на меньший объем, объем обычного воздуха, то количество атомов и количество столкновений будет сопоставимо с такими параметрами у идеального газа. Поэтому в астрофизических масштабах представление всей видимой материи как идеального газа — это вполне адекватная модель», — объясняет Игорь Куликов.
Реализация
Решить уравнения для такой большой области, как в задачах астрофизики, на сегодняшний день невозможно обычным, аналитическим способом. Поэтому ученые применяют численный метод, дискретизируя интересующую их область — представляют ее как сетку и решают уравнения для каждой из ее ячеек.
«Как происходят вычисления: мы берем какую-то область пространства, делим ее по всем направлениям на кубики, и каждый кубик начинаем обсчитывать по нашим уравнениям. Известно, что если производительность, память, энергоэффективность, программное обеспечение компьютеров будут развиваться так же, как в последние десятилетия, то компьютер, достаточно мощный для того, чтобы при моделировании всей Вселенной достичь разрешения, когда один кубик по размеру равен такой звезде, как Солнце, появится примерно через 60 лет. И даже такого разрешения не всегда достаточно. Например, в нашей задаче взрыва сверхновой типа 1а фронт горения углерода очень мал по сравнению с самой звездой», — говорит Игорь Куликов.
Чтобы преодолеть этот барьер, ученые, во-первых, используют вложенные сетки — получают как бы кубик в кубике: дробят участки на более мелкие в тех местах, где необходимы более точные вычисления (в областях горения углерода и фронта ударной волны). А во-вторых, разработали метод с рабочим названием «спутниковые вычисления».
«Мы вырезаем тот маленький кубик, который выделили внутри кубика, расширяем его фактически на отдельную задачу, на новую сетку, и снова запускаем суперкомпьютер. А затем полученный результат возвращаем в основную сетку. Это позволило смоделировать ядерное горение углерода, а также достаточно хорошо оценить выделившуюся энергию. И мы достаточно адекватно смогли воспроизвести сам взрыв сверхновой типа 1а», — говорит Игорь Куликов.
Математики планируют моделирование и других типов сверхновых. В частности, они уже начали заниматься коллапсом молекулярного облака, который в некоторых случаях приводит к гравитационному коллапсу и рождению новых звезд. По словам ученых, эта задача предшествует моделированию образования сверхновых второго типа и сверхновых типа 1b и 1c, основанному на коллапсе ядра.
«Задачи астрофизики, как мне кажется, — одни из самых интересных научных задач. В конечном итоге, они призваны ответить на вопрос, который всегда волновал человечество: откуда мы появились и как, а также что будет со Вселенной дальше. Поэтому нам интересна эволюция химических веществ: хочется понять те факторы, которые способствуют возникновению простейшей органики, основы жизни. Благодаря суперкомпьютерным вычислениям появилась возможность обрабатывать большие данные, полученные с современных радиотелескопов, с отдаленных галактик, искать закономерности и использовать эти данные для моделирования», — говорит Игорь Черных.
«Мы не претендуем на открытия в астрофизике, у нас другое направление — высокопроизводительные вычисления, но все расчеты мы делаем качественно: от записи уравнения до решения конкретных задач на компьютере», — добавляет Игорь Куликов.
Сибирский суперкомпьютерный центр ИВМиМГ СО РАН для научной работы используют около 200 человек из 30 организаций, главным образом Сибирского отделения РАН. Все институты новосибирского Академгородка подсоединены к суперкомпьютерам 10-гигабитной сетью. Возможна удаленная работа из других городов и стран.Основные пользователи центра — химические институты. Почти половину вычислительного времени потребляет ФИЦ «Институт катализа им. Г.К. Борескова СО РАН». Здесь используют квантово-химические вычисления в разработке новых катализаторов, а также применяют численное моделирование химических реакторов, которые планируется построить. Много ресурсов требуют задачи в области нефтегазовой геологии и геофизики, гидродинамики, теоретической и прикладной механики, прогнозирования различных природных явлений (например, цунами), а также генетики. В рамках проекта «Академгородок 2.0» на базе ССЦ планируется создать Сибирский национальный центр высокопроизводительных вычислений и обработки данных (СНЦ ВВОД) с мощностью минимум 10 петафлопсов. Это совместный проект ИВМиМГ СО РАН, Института вычислительных технологий СО РАН и Новосибирского государственного университета.
Изучив окаменелости животного вида Orobates pabsti, жившего в пермском периоде, ученые смогли смоделировать его движения и создать робота, повторяющего их. Он наглядно продемонстрировал, что эти древние рептиломорфы уже не ползали, помогая себе лапами, а ходили.
Модель двигающегося Orobates pabsti (сверху) и робот, созданный по ней (снизу)
Исследователи из Германии, Швейцарии и Великобритании нашли необычный способ ответить на один из вопросов, мучающих палеонтологов: в какой момент древние четвероногие (тетраподы) освоили эффективный способ передвижения по суше на ногах, без касания телом земли? На основе анализа окаменелостей Orobates pabsti они смогли сначала смоделировать, а потом и воспроизвести движения древнего животного. В процессе создания механического зверя по имени OroBOT исследователи пришли к выводу, что тетраподы «встали на ноги» значительно раньше, чем принято считать, еще до разделения на несколько групп в процессе эволюции.
Скелет Orobates pabsti, экспонат музея в Готе (Германия)
Оперенный бронебойный подкалиберный снаряд (ОБПС) или по рабоче-крестьянски лом - это один из видов подкалиберных снарядов, выглядит ломика вот так:
Воздействие ОБПС на сплошную бронепреграду.
Воздействие на комбинированную бронепреграду.
Видим, что ломик стирается в процессе пробития.
Второй (на самом деле первый) научно популярный фильм из серии двух фильмов Blue Wave Productions Ltd. и группы американских и британских ученых, работавших по заказу National Geographic Channel о моделировании внеземной жизни на гипотетических экзопланетах в далеких звездных системах.
Кому интересно может так же посмотреть еще один фильм из этой серии — Голубая Луна.
Аурелия это вымышленная планета, находящаяся в зоне обитаемости холодного красного карлика. Звезды типа красных карликов наиболее вероятные кандидаты, для поиска внеземной жизни на данный момент. Реальным прототипом Аурелии вполне может являться экзопланета Глизе 581 g, хотя статус ее открытия является спорным.
По расчетам компьютерной модели Аурелия находится в орбитальном резонансе из-за чего всегда повернута к своему светилу одной стороной.
На стороне повернутой к звезде вечный день. На другой вечная ночь. Некоторые теории предполагают, что планета попавшая в орбитальный резонанс не способна удерживать собственную атмосферу, но ученые задействованные в проекте рассчитали модель при которой такая планета все же удерживает её.
На дневной стороне бушует гигантский вечный ураган, на ночной стороне вечный ледниковый период. Ураган теоретически способен создавать в местном океане огромные волны. Океанологам ещё предстоит выяснить, насколько высоки могут быть эти волны. Жизнь на Аурелии сосредоточена в стране вечного заката вблизи терминатора планеты.
Такие астрофизические особенности Аурелии, а так же близость капризного и холодного красного карлика наложили специфический отпечаток на местную флору и фауну.
Основываясь на исходных данных ученые астрофизики и биологи создали компьютерную модель экосистемы Аурелии, в которой есть такие удивительные животные , как например — Хистерия. Хистерия это земноводное, которое выглядит как стая оранжевых головастиков-пираний. Эти крошечные существа теоретически способны образовывать единый супер-организм, способный выходить на отмели, чтобы парализовать и употреблять в пищу других животных.
===================
Разбиваем засохшую грязь небесной тверди, смотрим фильм и удивляемся какие неожиданные сюрпризы может предоставить ее королевское величество Эволюция и граф Естественный Отбор в будущих полетах Землян к другим звездным системам: