
Микрофотография
1 пост
1 пост
6 постов
3 поста
Культура кератиноцитов, в данном случае моих собственных.
Для ЛЛ: Я извлёк образец собственной кожи и стал растить собственные клетки в инкубаторе. Эксперимент получился, но мне удалось извлечь намного меньше клеток, чем я ожидал.
Я не стал ставить тег "жесть", но в публикации есть фотографии как я делаю себе биопсию кожного диска 2 мм в диаметре. Возможно, кому-то это может показаться неприятным.
Не рекомендую пытаться этот эксперимент повторять, даже при наличии соотвествующих материалов и оборудования.
Мы привыкли считать себя индивидуумами, нейронные сети в нашем мозгу дают очень выраженное понятие собственного "Я", что является до некоторой степени иллюзией, но это тема другого долгого рассказа. Наши тела состоят из триллионов довольно независимых наномашин - клеток. В среднем человеческое тело состоит из 37.2 триллинов клеток. Каждая имеет в себе полный геном организма. И массу программ для выполнения различных функций. Клетки могут реагировать на химические и биологические сигналы, перемещаться, самовоспроизводится, обмениваться информацией, посылать различные сигналы, вызывать клетки других типов и многое другое. На самом деле наши клетки довольно независимы и могут прекрасно жить вне нашего тела если обеспечивать им соответствующие условия. Генриета Лакс или точнее клетки её саркомы это гарантируют. Для примера, я возьму биопсию собственной кожи. Я давно хотел купить человеческие кератиноциты, но зачем, ведь источник человеческих кератиноцитов у меня буквально под рукой, это я сам. Кстати, это давно отработанная методика и за исключением, что исследователь использует себя в качестве донорского материала, ничего необычного нет.
В США и ряде других стран доступным источником донорской кожи выступает материал после процедуры обрезания. Я на такие жертвы ради науки идти не готов, так что обойдёмся кожей тыльной части запястья.
Нужно сбрить волосы, теперь обработаем кожу спиртом, бактерии и грибки очень хорошо размножаются в питательной среде, которую я использую для своих клеток, поэтому важна стерильность. Если вырастут грибы или бактерии эксперимент окончится неудачей. Обработка кожи 70% этанолом вполне подойдет.
Теперь возьмём инструмент для биопсии, и сделаем забор 2 мм кожного диска.
Не бойтесь, это не очень больно, в этом районе кожи довольно мало нервных окончаний.
Здесь должна была быть фотография, как я микро ножницами отделял биопсионный диск, нужно было использовать скальпель, но это сложно делать одной рукой. Обе руки были заняты так что сделать фотографию не получилось. Вместо фотографии рассмотрим строение человеческой кожи.
Мне важно не зайти слишком глубоко в дерму иначе останется шрам и рана будет долго заживать. Кроме того, клетки в роговом, блестящем, зернистом и шиповатом, слоях по большей части нежизнеспособны, они на пути к орговению. Чтобы эксперимент получился, мне нужно захватить в образце базальный слой стволовых клеток, которые способны делиться. В дальшейшем, можно видеть что получилось, это лишь частично, всё таки брать у себя биопсию достаточно сложно.
Поместим извлечённый материал в физиологический раствор (PBS). Мне нужно отмыть образец от эритроцитов, ну и занятся собой.
Обычного пластыря от царапин вполне достаточно, рана полностью заживёт за 10-14 дней. Биопсия выполненая нестерильными инструментами или без надлежашего ухода за биопсийной раной, может стать опасным источником инфекции.
Теперь приготовим питательную среду для кожного экспланта я использую Keratinocyte GM2 с пакетом факторов роста, человеческим EGF, инсулином, эпинефрином и ионами кальция. Купить среду можно здесь. Для предотвращения инфекции в культуре добавил 1% смеси пеннициллина и стрептомицина. Если есть опасения, что в образце могут быть споры грибов, можно добавить амфотерицин Б, но он негативно влияет на рост клеток и я его использовать не стал. На GM2 так же хорошо растут клетки эпителия роговицы и есть методика её забора, но во первых такие клетки у меня в культуре есть, во вторых забор образца роговичного эпителия глаза слишком опасно. Как правило, роговичный эпителий выделяется из трупного материала.
Чтобы кожный эксплант было удобно фотографировать и наблюдать я залью его в особый биогель Geltrex он застывает при 37 градусах. Оказалось, что это была не лучшая идея, да фотографировать эксплант было удобно, но хорошего роста клеток не получилось.
Теперь добавим питательную среду и поставим образец в инкубатор.
Рост эндотелиальных клеток и перицитов в 3д кльтуре из экспланта хориоидеи глаза мыши (пятый день в культуре). На мышах у меня всё получается намного лучше.
А это то, что получилось с кожей. Спустя почти неделю, результаты меня не впечатлили, я ожидал роста клеток из экспланта кожи, в биогель, чтобы показать вам 3д культуру, как на картинке из экспланта хориоидеи мыши, но этого не произошло.
Есть несколько моментов которые я, возможно, в этом эксперименте упустил:
1. Не следовало использовать биогель, а позволить экспланту лечь на дно пластика, возможно биогель мешает росту клеток кожи.
2. Я взял образец слишком поверхностно, не захватив достаточно клеток зоны роста. Скорее всего именно это и произошло.
3. Нужно было разрезать образец на фрагменты чтобы улучшить питание образца в культуре. В экспланте нет кровообращения, поэтому питательные вещества и кислород ткань получает напрямую из культуры.
Однако эксперимент не окончился полной неудачей, убрав эксплант я обнаружил на пластике под эксплантом группу здоровых кератиноцтов. Вот они, в фазово-контрастной микроскопии. Это мой самый необычный автопортрет.
Конечно клеток очень мало, учитывая что в экспланте было около 3-4 миллионов клеток, но самое главное, что нет роста фибробластов или других ненужных мне клеток. Теперь кератиноциты быстро размножатся из через несколько недель у меня уже будут миллионы клеток в культуре.
Это очень странное чувство, смотреть как растут твои собственные клетки.
Оставшийся образец я разрезал на 4 части и поместил обратно в культуру. Если там ещё есть живые кератиноциты, они, возможно, вырастут.
В будущем я планирую использовать эти клетки в своих экспериментах. Например с помощью этой культуры можно изучать барьерную функцию (проницаемость кожи для различных веществ).
Я могу заменить участки кожи голых мышей собственными клетками и получить химерное существо. У голых мышей нет активной имунной системы и клетки отторгаться не будут, шерсти у них кстати тоже нет.
Самое интересное, что эта культура клеток имеет полное совпадние HLA маркеров моего тела, в этом нет ничего удивительного, это же мои клетки. Это значит, что клетки могут быть ре-имплантированны обратно в организм и не будут отторгаться. Например, я могу делать себе клеточную терапию ран или ожогов, достаточно заполнить свежую рану клеточной массой и заклеить пластырем. Более того, я могу модифицировать ДНК собственных клеток например внедрить в их ДНК ген медузы Aequorea victoria кодирующий зелёный флоуресцентный белок GFP, а затем точечно ввести под кожу обратно, получится биологическая татуировка, которая будет светится зелёным в УФ и синем свете.
В общем интересных применений много.
Обложка: "Гомункул" синтез графических работ Никиты Веприкова (https://www.artstation.com/artwork/olR14) и Андрея Прокопенко (https://dribbble.com/shots/11124121-Growing)
Со времён эпопеии Куринной головы в банке меня очень давно просили рассказать о гомункулах. Но рассказывать про гомункулов мне по большому счёту было нечего, собственно что такое гомункулы?
“Алхимики считали, что заключённая в особом сосуде человеческая сперма при нагревании и некоторых других манипуляциях (закапывании в конский навоз и «магнетизации», становится гомункулом. «Вскармливался» гомункул путём добавления в колбу небольшого количества человеческой крови.”
(с) Из трудов Фили́ппа Аурео́ла Теофра́ста Бомба́ста фон Го́генгейма так же известного как Парацельс.
Кстати слово магнетизация к магнетизму никакого отношения не имеет, так в алхимических трактатах описывали некие магические манипуляции. Но на самом деле, любая органика которую закопают в навоз, в этот самый навоз и превратится.
“олег за всё берётся смелоВ наше время, этот бредовый рецепт получения Гомункула дополнился введением человеской спермы в куринное яйцо, разумеется в огромных количествах шприцем. Даже было несколько видео где в результате такой процедуры якобы получалось некое существо.
всё превращается в говно
а если за говно берётся
то просто тратит меньше сил”
(с) Пирожок, автор неизвестен
Видео Корнея Алеева, если ваше видео на Youtube начинается, со шприца с эякулятом на столе, что-то с Вами не так. Забавляет первый комментарий к ролику Ambrish Dubey: Normal day on Russian kitchen... (Обычный день на русской кухне).
Если кратко человеческая сперма не способна оплодотворить куринное яйцо. Чтобы геном организма работал необходимо общее совпадение последовательности ДНК между двумя спиралями , одна присутствующая в яцеклетке вторая в сперматозоиде. Мелкие несоотвествия допустимы, но у курицы и человека различия фундаментальны, включая набор хромосом. Хромосомы - это спецефическая упаковка генетического кода при делении клеток. У человека и курицы ДНК упакованно по разному. Если микропипеткой ввести единичный человеческий сперматозойд в неоплодотворённое куринное яйцо, фермент ДНК полимераза скопирует генетический материал. ДНК полимераза работает даже в пробирке и без всякой клетки (таким образом делают тест ПЦР на COVID-19 и прочие радости жизни), проверку на ошибки ДНК полимераза не делает. Так что первые минуты генетический материал как человеческий так и куринный будет успешно скопирован, у человека половинный набор 23 хромосоы у курицы 39. ДНК полимераза создаст двойной комплект из 62 хромосомы из куринного яйца и сперматозоида человека. При сопадении хромосом специальные белки микротюбулы растаскивают скопированные хромосомы и иницируют деление клеток получается две клетки каждая со своим набором хромосом, так происходит в норме.
Человеческие клетки в процессе митоза, зелёная флоуресценция - ДНК, красная флоуресценциия - микротюбулы кинетохоры. Авторы Dr. Jennifer Waters, Dr. Adrian Salic Harvard Medical School Department of Cell Biology Boston, Massachusetts, USA (Фотография заняла 18 место в ежегодном конкурсе Nikon Small World за 2004 год).
В случае куринного яйца и человеческого сперматозоида будет полное несовпадение набора хромосом, растащить раскопированный генетический материал клетка не сможет и запустит механизм программируемой смерти (апоптоз). Так что даже один человеческий сперматозоид с большим успехом убьёт куринную яйцеклетку минут за 40, какие-то биологические процессы клеточной смерти будут продолжаться ещё несколько часов. После чего можете из этого всего приготовить яичницу.
Проблема несовпадения хромосом преследует любые попытки успешного оплодотворения спермой человека яйцеклеток обезьян и наоборот. У обезьян 24x2=48 хромосомы у человека 23x2=46. Довольно странный факт, яйцеклетка людей с синдромом дануа скорее всего пройдёт начальную проверку и не запустит апоптоз, так как количество хромосом будет совпадать (24х2). У мужчин с синдромом Дауна нарушено формирование сперматозоидов. Яйцеклетки женщин могут нести 23 или 24 хромосомы так что женщины Дауны могут иметь 50% шанс родить здорового ребёнка.
Вот вам и аргумент для крепкой семьи с девушкой дауном. Фотография insideedition.com
Однако та самая нездоровая яцеклетка с 24 хромосомами может быть теоретически оплодотворена спермой обезьяны, эмбрион разумеется будет нежизнеспособный из-за опять же значительного несопадения кода хромосом, но начальные проверки клеточной смерти пройдет и какое-то количество делений клетки, вероятно можно будет наблюдать. Разумеется на практике это никто не проверял, все эти эксперименты требуют значительных сумм денег и весьма сомнительны с этической точки зрения. Искренне желаю вам удачи подать подобный проект в виде заявки на грант и получить на него финансирование. Если у вас это получится, я буду вам искренне завидовать.
Речь идёт, разумеется об оплодовторении in vitro в клеточной культуре где сперматозоид вводоится в яйцеклетку с помощью микроиньекции. Любителей так сказать более естественного процесса (если спаривание с животными можно назвать естественным) ждут проблемы уже на этапе слияния сперматозойда с яйцеклеткой. Если не вдаваться в технические детали на поверхности яцеклетки и сперматозоидов есть специальные белки, которые должны совпадать, чтобы слияние (акросомальная реакция) произошла. Достаточно сложная система биологических "ключей" чтобы процесс размножения запустился.
Человеческие сперматозоиды проникают в яйцеклетку сирийского хомячка (Mesocricetus auratus) вызывая акросомальную реакцию (указана стрелками). Акросомальную реакция проникновения и разворачивания ДНК контента сперматозоида в яйцеклетке. Induction of the acrosome reaction in human sperm by a fraction of human follicular fluid
June 1986 Gamete Research 14(2):107 – 121 DOI: 10.1002/mrd.1120140203
Есть правда одно странное исключение из правил Сирийский хомячок (Mesocricetus auratus), его яйцеклетки принимают человеческую сперму, как собственно и многую другую, более того полученный результат не запускает немедленный апоптоз, правда ничего полезного, полученная клетка с совершенно сумасшедшим набором хромосом не делает из за дикого профиля эскпресии генов. Но чисто формально, да, несколько часов существует гибрид человека и хомячка на уровне одной клетки. Так что оплодовторить хомячка человеческой спермой можно, есть даже метод тестирования фертильности человеческой (и других животных) спермы на овоцитах Сирийского хомячка. Измеряется как много сперматозоидов проникает в овоциты хомячка за заданный период времени.
Однако я искренне не советую заниматься данными экспериментами в домашних условиях. Вы ничего интересного не увидите, нужны изолированые овоциты хомячка и смотреть на них нужно под микроскопом в культуре. Собственно данная тема хотя и является предметом доволньно серьёзных научных исследований не совсем подходит для застольной беседы, и тем более не стоит трогать несчастных хомячков и особенностей их репродуктивной биологии на первом свидании, хотя если вы хотите отделаться от надоедливой знакомой вполне можно потрясти её этим занимательным фактом. Авторы хентая где пауки и всякие монстры используют женщин для своей репродукции указывает на смелость человеческой фантазии в плане эротизации разных явлений в исскустве, но с точки зрения биологии суровая глупость.
Химеры
Химера - в греческой мифологии огнедышащее чудовище с головой и шеей льва, туловищем козы и хвостом в виде змеи; порождение Тифона и Ехидны. В биологическом смысле любой организм состоящий из клеток разных видов.
"Молодая семья", Виденье химеры человека и собаки в силиконовой скульптуре австралийского художника Патриции Пиццини.
Если создать гибридную клетку путём ксено-оплодотворения, пока не получается, что если смешать эмбрионы человека и животных? А вот тут всё гораздо продуктивнее, во первых сразу решается проблема несовпадения набора хромосом, есть изначально две клеточные линии которые берут в новом организме различные функции.
Химерный эмбрион состоящий из клеток обезьяны и человека.
Weizhi Ji, Kunming University of Science and Technology https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.03.020
Такое явление встречается, называется мозаицизм, когда два эмбриона (одного вида) на начальном этапе деления сливаются в один организм, или мутация одно из клеток происходит на самом раннем этапе деления (как показано на иллюстрации), так что если у вас глаза разных цветов, то вполне возможно вы на начальном этапе развития поглотили своего брата (несколько реже сестру) и теперь в вашем теле клетки с разным геномом. [Скелетор вернётся с ещё одним неприятным фактом]. Поэтому можно ввести стволовые клетки человека в эмбрион животного (или наоборот) с различными результатами, полученные химерные эмбрионы намного более жизнеспособны.
Схематическое изображения процедуры формирования эмбриона из бластоцита обезьяны (бластоциц оплодоворённая яйцеклетка на начальных этапах деления) и стволовых клеток человека.
Weizhi Ji, Kunming University of Science and Technology https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.03.020
Гистологический срез эмбриона трансгенной химеры мыши и человека. Зелёная флоуресценция указывает на человеческие клетки. https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.aaz0298
Например мышь с печенью по большей части состоящей из человеческих клеток уже существует. Эмбрионы человека и обезьяны выживают до 22 дней, но это не значит что они не могут развиваться дальше, 22 дня это лимит развития эмбриона в условиях инкубатора, дальше эмбрион нужно имплантировать в материнский организм, но этого пока не сделали из этических соображений.
Онкологические клетки человека (красная флоуресценция) в организме эмбрионов трансгенных рыб Даниор Рерио. Зелёная флоуресценция выявляет сосудистую систему рыбы.
Создании химерных организмов в диагностических и терапевтических целях уже существует. Так введение биопсийных клеток опухоли человека в эмбрионы рыб Данио Рериро позволяет оценить злокачественность и чувствительность опухоли к различным препаратам.
Автор иллюстрации Tsarev__D
Подводя некий итог Гомункулы и Химеры человека и животных на сегодняшний день не существуют, однако это дело ближайшего будущего. Такие эксперименты помогут нам лучше понять нас самих и сделать важные открытия в области репродуктивной биологии и эмбриологии, а так же формирования интеллекта и нервной системы. В то же время национальный институт здоровья США пока наложил ограничение на финансирование исследований включающих ксеноплодотворение и создание мозаиковых эмбрионов из клеток человека и животных , но многие страны в первую очередь Япония, открыли возможность для подачи грантов на исследования в области химер и ксенорепродукции. Многие на такие эксперименты смотря косо, в первую очередь возникает вопрос если такой организм будет получен, то считать его животным или человеком? Если животным то правомерно ли к нему относится как к животному? Например правомерно ли например, употреблять таких химер в пищу? Продавать? Использовать в качестве домашних питомцев? Сексуальных партнёров? Где проходит грань и как её определить? По концентрации человеческих клеток? По уровню интеллекта? Пока не существует легального аппарата о правах химер, но всё-таки воможно кошкодевочки не так далеко как кажется.
Я молекулярный биолог и достаточно давно работаю с векторами. Поэтому я решил рассказать как устроена Ad5 и Ad26 (Ad 2/6) двухкомпонентная векторная вакцина от COVID-19 (Спутник-5). Официальной информации по вакцине достаточно мало, кроме того, что она векторная и двухкомпонетная, что для большинства людей мало что проясняет. Для начала разберёмся что же такое вектор АД он же Ad он же AAV вектором является аденовирус (или адено-ассоцированный вирус, что сути не меняет). Аденовирусов в природе существует множество, практически все многоклеточные организмы от человека до простейших имеют аденовирусы которые могут заражать их клетки. У людей аденовирусы вызывают респираторные и кишечные заболевания, Вы скорее всего с ними сталкивались.
Причем тут аденовирусы?
Всё дело в том, что генетический код аденовируса изучен и его можно модифицировать, например взять код который кодирует некий белок (белок может быть любым, медузы, змеи, насекомого, полностью синтетический), главное знать его генетический код. Вставим этот код в правильное место в коде вируса, чтобы не нарушить целостность синтаксиса (программисты меня поймут). Код вируса, это генетическая программа достаточно короткая и простая (по сравнению с многоклеточными организмами или тем более человеком) и каждый белок и, соотвественно, функция вируса закодирована в генетическом коде. Теперь когда клетки заражаются таким таким генно-модифицированным аденовирусом они производят белок который мы закодировали. Мы так же не хотим, чтобы наш модифицированный аденовирус самостоятельно размножался, так как при этом он может взывать заболевание сам по себе, а так же может мутировать с непредсказуемыми последствиями, поэтому мы благоразумно вырежем участок кода, отвественный за разможение вируса. Такой модифицированный вирус называется вектором, он заражает клетки и прозводит в этих клетках нужный нам протеин, это называется трансдукция.
(A) Сетчатка мыши трансдукция контрольным вектором. (B) Сетчатка мыши трансдукция вектором с протеином А. Протеин А (красный сигнал), контрокрашивание ядер DAPI.
Например на этой иллюстрации я собрал вектор на основе АД5 (тот же самый что и в первом компоненте Спутник-5, Вы ведь уже догадались, что цифра 5 в названии вакцины, это от сборки на АД5?) и ввёл сборку в глаза двух мышей 1 микролитр около 1x10^8 копий вектора, (А) одной мыши я ввёл пустой вектор без кода протеина А (это котрольный эсперимент), второй (B) с кодом протеина А. После 5 недель ожидания я извлёк глаза у мышей и попытался обнаружить протеин А в сетчатке с помощью флоуресцентых антител к протеину А. Ядра клеток окрашены DAPI (вещество которые при соединении с ДНК светится в ультрафиолете). Как видите, в сетчатке мыши которой ввели пуcтой вектор сигнал отсуствует и только ДНК в ядрах светится синим, в то же время, мышь которой ввели вектор с кодом протеина А демонстрирует красное свечение в множестве клеток, что указывает, что протеин А в них присуствует, такой метод исследования называется иммунофлуоресцентный анализ или МФА. Производство протеина сохраняется пока живы клетки, зачастую несколько месяцев и даже лет. Клетки вектор не убивает, так как у него остуствует функция разможения. Над разными версиями векторов работают множество лабораторий, обычно их можно приобрести готовыми к рекомбинации (сборке) с кодом нужного белка.
На этой фотография зелёный флоурецентный протен (GFP) с помощью вектора ввели в глаз мыши, а затем выполнили гистологические срезы (глаз поместили в криогель, заморозили и выполнили тончайшие срезы, пригодные для наблюдения под микроскопом). Зелёные клетки сетчатки трансдуцированы (заражены) вектором, производят GFP и светятся зелёным. Это одна из первых научных статей о доставке и трансдукции протеина в сетчатке глаза. Yang и соавторы. https://jvi.asm.org/content/76/15/7651 Слои сетчатки: GL - Ганглиозный слой, INL – внутренний нуклеарный слой, ONL - внешний нуклеарный слой, OS - Внешние сегменты фоторецепторов, RPE - Пигментный эпителий сетчатки.
Кстати код протеина GFP выделен из медузы Aequorea victoria и за это в 2008 году группе учёных совершивших это открытие была присуждена Нобелевская премимя по химии, но это совсем другая история.
Фазово-контрастная фотография здоровой культуры клеток Vero (слева) и после заражения COVID-19 (справа). Белые сгустки - погибшие клетки. Vero - культура клеток почечного эпителия африканской зелёной обезьяны. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.02.972927v1
Опять же, это всё интересно, но какое это имеет отношение к вакцине от COVID-19?
Когда человек заражается COVID-19 в его клетках формируются копии COVID-19 вируса, на них реагирует имунная система и производит антитела, которые в сочетании с другими клетками имунной системы в конечном счёте уничтожают вирус и человек поправляется. Человек переболевший COVID-19 сохраняет иммунитет к повторному заражению некоторое время. Его кровь соддержит антитела и может быть использована в лечебных целях у других заболевших. Проблема в том, что производство антител достаточно медленный процесс, зачастую имунная система просто не успевает и человек погибает от COVID-19 инфекции раньше, чем производство антител набирает обороты (количество антител называется титром). Когда вы болели обычным Гриппом (Influenza) основные симптомы сохраняются около недели иногда и дольше пока имунная система распознает белки вируса и отрабатывает производство антител до достаточного для выздоровления титра. Для разных заболеваний этот процесс занимает разное время.
Помните протеин А, который я произвёл в клетках мыши и потом окрасил антителами? Как эти антитела к протеину А получили? Кролику ввели протеин А, его имунная система отреагировала на присуствие чужеродоного протеина А и затем из сыворотки крови кролика эти антитела отфильтровали, смешали с красным флоуресцентным красителем (примерно тем же как в маркерах для обводки текста) и таким образом я смог получить снимок. Собственно технически кролика вакцинировали протеином А. Есть и другие способы производства антител, но это выходит за рамки этой статьи.
Значит если человку ввести белки COVID-19, но не сам вирус COVID-19 у него появится иммунитет и он не заболеет?
Именно так! Имунная система хорошо распознает вирусные белки, следовательно если выделить белки COVID-19 и ввести человеку, то у него развётся иммунитет. Выделять чистый белок вируса в больших количествах к тому же так, чтобы его не повредить и он сохранил свои свойства для имунной реакции достаточно сложный и дорогой процесс, а вакцины нужно много. Гораздо проще ввести код протеинов COVID-19 в аденовирусный вектор и клетки человека трансдуцированные (заражённые) вектором сами произведут нужный протеин на который отреагирует имунная система. При соотвествующем оборудовании и клетках векторы копируются легко и дёшево в больших количествах. Другой важный момент, векторы производят белок в трансдуцированных клетках на протяжении всей жизни клетки, месяцы, иногда годы после трансдукции, таким образом способствуя длительному сохранению иммунитета. Авторы вакцины сообщают о стойком имунитете длительностью более года.
Теперь давайте разберёмся какой именно протеин закодирован в векторах АД5 и АД26 вакцины Спутник-5.
Взгляните на эту фотографию COVID-19, сделанную электронным микроскопом (вирус невозможно увидеть в световой микроскоп, поскольку он меньше длинны волны света). Однако электроны намного меньше вируса и позволяют получать изображения отдельных вирусов и их структуры. На фотографии (А) вы видите, что поверхность вируса COVID-19 (круглые объекты похожие на картофелины), усеяна пиками (Spike) (B, C, D) этот белок помогает вирусу COVID-19 прикрепляться к клеткам и заражать их. Многие коронавирусы имеют такие пики, собственно поэтому их именно так и назвали из-за внешнего вида на электронной фотографии. Из прошлых исследований коронавирусов, включая тяжёлый острый респираторный синдром (SARS) мы уже знаем, что эти пики вызывают наиболее активное выделение антител и собственно разработка вакцины для SARS так же была основана на основе белков пик, к сожалнию, структура белков SARS и COVID-19 немного отличается, поэтому вакцина от SARS не эффективна против COVID-19.
На английском языке всё очень хорошо и понятно о моллекулярной структуре spike protein изложено вот в этой статье, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7151553/.
(A) Сканирующая электронная фотография COVID-19. (B) Увеличенный фрагмент снимка А. (С) Увеличенная контрастность и размеры отдельной пики (spike). (D) Трехмерная модель структуры Spike protein. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.02.972927v1
Вирус COVID-19 вырастили в культуре клеток, выделили вирусную РНК и считали генетический код COVID-19 с помощью РНК сиквенса. Затем в коде выделили фрагмент отвечающий за производства протеинов пик. Вписали фрагмент этого кода в аденовирусный вектор. Теперь при введении человеку вектора в его клетках будут производится фрагменты пик COVID-19. Обратите внимание только один протеин, и то не целиком, а только иммунопродуцирующий фрагмент, полноценный вирус COVID-19 при этом никак собраться не может, так как генетическому коду для его сборки просто неоткуда взяться. Поэтому заболеть COVID-19 через аденовирсный вектор невозможно. Теперь у нас есть человек, в клетках которого, производятся белок пик COVID-19, его имунная система распознаёт присуствие чужеродного белка пик и начинает производство антител без заболевания.
Почему вакцина двухкомпонентная?
АД5 более подвержен воздействию имунной системы, потому, что помимо антител к протеинам пик, так же вырабатываются антитела с самому АД5. Поэтому после первичного имунного ответа спустя 3-5 недель вводится второй компонент, тот же самый код пик COVID-19 в упаковке АД26, этот вектор меньше подвержен воздействиую имунной системы и производит большее количество протеинов пик. К тому же после взаимодействия с протеинами пик доставленных вектром АД5 уровень антител уже существует и имунный ответ будет более быстрым и стойким (многие вакцины например от Гепатита Б двух или трёхкомпонентные и так же построены на векторах). В резульате мы получили иммунитет к COVID-19. Если теперь уже настоящий COVID-19 попадёт в иммунизированный организм, к протеинам пик COVID-19 немедленно присоединятся антитела которые сформировались против синтетического протеина пик (они идентичные) имунные клетки уничтожат вирус помеченный антителами и вы никогда не поймёте, что несколько часов в вашем теле присутствовал COVID-19. Это и является иммунитетом.
Если это так просто, почему вакцина появилась только сейчас?
Просто это в теории. Требуются длительные эксперименты, чтобы собрать рабочий вектор, убедится что вектор производит нужные белки. В ответ на иньекцию вектора производятся антитела у лабораторных животных. Затем заразить лабораторных животных COVID-19 и убедится что у них развился иммунитет. Произвести исследования на предмет каких либо осложнений у животных. Затем провести эксперименты на добровольцах и убедится в безопасности сборки, всё это требует времени и ресурсов.
Насколько это безопасно?
В целом безопасно, как я уже писал выше абсолютно невозможно заболеть COVID-19 получив векторную вакцину, просто потому, что она соддержит единственный протеин пик и то, его фрагмент, полному вирусу собраться неоткуда. Заболеть аденовирусной инфекцией тоже незвозможно, так как участки кода, отвественные за копирование аденовируса в АД5 и АД26 отсуствуют. С аденовирусами ваш организм за свою жизнь сталкивался множество раз. Возможно кратковременное повышение температуры после введения вакцины, как реакцию организма на присуствие АД5 или АД26. Если вы раньше болели аденовирсной инфекцией краткое повышение температуры можно ожидать уже от АД5. Если нет, то скорее всего повышение температуры будет иметь место после иньекции АД26, так как начальная иммунизация АД5 уже произошла. Наличие крайне малого количества фрагмента протеина пик в вашем организме никакого вреда не несёт. Присуствует так же небольшой риск острой аллергической рекции к АД5 и АД26, но такой же риск существует у любой другой вакцины, употреблении любой пищи или любого препарата. Последний тип осложенений так же крайне маловероятный - риск аутоимунных реакций, он минимален в связи с тем что белки пик COVID-19 чужеродны человеческому организму (это как раз хорошо, было бы очень плохо если они походили например на белки сердечного клапана или клеток поджелуждочный железы, тогда бы заражение COVID-19 вызвало заодно и аутоимунный перекардит или панкреатит, смертность была бы намного выше, а разработка вакцины заняла бы намного большее время, а этого, как вы знаете, не произошло), поэтому риск что антитела сформировавшися против белков COVID-19 могут по ошибке атаковать здоровые человеческие ткани маловероятен.
Если COVID-19 в будущем мутирует означает ли, что вакцина перестанет от него защищать?
Да, Вы правы. Если такая мутация произойдет, то потребуется разработка новой вакцины. Собственно COVID-19 мутирует постоянно, однако эти измнения незначительны с иммунологической точки зрения. Потребуется фундаментальное изменение структуры вируса, что происходит редко и такие мутации не всегда жизнеспособны. Например потеря или значительное измение структуры протеинов пик, так же вероятно, уменьшит и способность вируса к заражению, так как пики используются для прикрепления вируса к клеткам. На сегодняшний день протеин пик идентичен для всех на известных серотипов (мутаций) COVID-19.
Насколько было оправданно внедрить векторную вакцину сразу после стадии клинических испытаний II (несколько сотен добровольцев) без полномасштабных клинических исследований стадии III (несколько тысяч)?
В США для борьбы с COVID-19 правительством был досрочно одобрен к применению у больных COVID-19 препарат chloroquine, эффективность которого в отношении COVID-19 не была достоверно доказана и впоследствии ислледования подтвердили, его низкую эффективность, поэтому препарат был отозван и более при COVID-19 не применяется). В то же время Спутник-5 достоверно вызвает имунный ответ и устойчивость к заражению COVID-19, что было подтвержденно на стадии I и II клинических испытаний, работа над клиническими исследованиями стадии III уже проводится, но вакцина, вероятно, будет доступна населению РФ до завершения стадии III. Как биолог, в целом я считаю такое решение оправданным риском.
По своей архитектуре вакцина сравнительно безопасна, АД5 и АД26 используются в научной работе, генной терапии и во множестве других вакцин по всему миру. По сути 90% кода вакцины это давно проверенный код вектров АД5 и АД26 с включением фрагмента протеина пик по которому была проведена серьёзная научная работа. В то же время существует опасное заболевание COVID-19 которое уже унесло жизни миллионов человек по всему миру и каждый день эта цифра увеличивается. Скорейшая вакцинация населения страны и прекращение эпидемии имеет так же крайне важный социально-экономический аспект.
Стоит ли мне вакцинироваться от COVID-19 вакциной Спутник-5?
Решение получить вакцину от COVID-19 или нет остаётся за вами, я бы только хотел, чтобы это было осознанное решение, с пониманием, что это такое и какие биологические процессы произойдут в вашем организме после введения Спутник-5. Я надеюсь, что эта статья помогла вам.
Примечание 1: Я не имею отношения к научной группе участвовашей в разработке вакцины Спутник-5. Значительная часть информации основана на моём опыте работы с АД5 и АД26 векторах и основных принципах трансдукции, генной терапии, разработки вакцин, иммунологии и вирусологии. Если у вас есть дополнительная информация по Спутник-5 или коррекции по данному тексту, пожалуйста отпишитесь в комментариях.
Примечание 2: Я старался писать этот материал максимально доступным языком, но если вам что-то непонятно, дайте знать, я попробую объяснить подробнее.
Примечание 3: Статья Lui и соавторов "Viral Architecture of SARS-CoV-2 with Post-Fusion Spike Revealed by Cryo-EM" https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.02.972927v1 из которой представленны фазово-контрастные фотографии здоровой культуры Vero и заражённой COVID-19, а так же электронные микрофотографии COVID-19 и Spike protein находится в стадии Preprint и ещё не прошла академическое рецензирование. В то же время я счёл фотографии достаточно наглядными и достоверными для включения их в этот материал.
Примечание 4: Если после прочтения материала вам все равно ничего не понятно, пожалуйста ознакомьтесь с упрощённым переводом материала от @Zerokko на Пикабушный язык #comment_177412091
"Вы взяли давно и хорошо изученный аденовирус (ОРВИ или что-то подобное), отрезали у него хер с яйцами, чтобы он не мог размножаться в организме. Потом вы отрезали причиндалы у коронавируса и пришили их к аденовирусу вместо отрезанных. Т.к. хер у аденовируса чужой, тот не то что оплодотворить никого не способен, у него вообще не стоит. И вот, подплывает этот вирус со своим вялым членом к здоровой клетке, пытается её поиметь, а нихрена не получается. Клетка орёт, ей на помощь приходят антитела, вирусу дают люлей, его хер фоткают, и теперь, когда в организм проникает Ковидка, его по причиндалам узнают и сразу дубасят. Антитела и на сам Ковид всё равно бы среагировали, но он бы успел трахнуть много клеток, родилось бы ещё больше ублюдков, и был бы тяжелый ущерб организму.".
Примечание 5:
После публикации мне не раз задавали вопрос. "А вы сами то будите вакцинироваться?" Теперь у меня есть на него ответ. Я получил вакцину Pfizer две дозы. Я бы предпочёл Спутник-5 так как она вызывает меньше побочных эффектов, но на моей территории она недоступна. Первая доза вызвала лёгкий дискомфорт в месте укола, но в целом прошла для меня незамеченной. Вторая доза вызвала повышение температуры, озноб, головную боль, тошноту около 2 дней. Уровень симптомов как при сильной простуде (без кашля или заложенности носа) если бы не выходные я бы взял больничный. Симптомы ослабли и полностью исчезли, теперь я защищён от COVID-19. И могу посещать публичные места не опасаясь тяжёлой болезни или смерти, носить маску по социальным причинам, а не из страха заражения. Насколько я знаю, Спутник-5 вызвает схожие или меньше симптомы при применении.
Не успели мы посмеяться, над фейковыми новостями о создании эмбриона Т-рекса из куринного яйца, как в журнале National Science Review с импакт фактором 13.222 вышла научная статья Alida M. Bailleu и соавторов, под названием "Evidence of proteins, chromosomes and chemical markers of DNA in exceptionally preserved dinosaur cartilage" - "Признаки наличия белков, хромосом и биохимических маркеров ДНК в исключительно хорошо сохранившемся хряще динозавра" представляет доказательства сохранности белков и нуклеиновых кислот в образце динозавра Hypacrosaurus stebingeri (на иллюстрации) возрастом около 65 миллионов лет. https://academic.oup.com/nsr/article/doi/10.1093/nsr/nwz206/5762999
Fig 1. Внешний вид образцов динозвра Hypacrosaurus stebingeri и контрольного образца (современного страуса Эму) микроскопическое обнаружение объектов напоминающие хромосомы и делящиеся клетки.
А. Общий вид образца Hypacrosaurus(MOR 548) шейного позвонка. B. Микрофотография кальцинированных хрящевых лакун. C-D структуры напоминающие делящиеся клетки и хромосомы динозавра под большим увеличением. E. контрольный образец шейного позвонка современного страуса Эму. F. Хрящевая ткань контрольного образца. G клетки замершие в процессе деления и хромосомный материал в контрольном образце.
Fig 2. Окрашивание Алкианским синим (маркер хрящевой ткани) срезов образца динозавра и сорвменного страуса.
Внешний вид образцов A. хрящевой ткани динозавра и B кости динозавра. Окрашивание Алкианским синим хрящевой ткани C выявляет синее окрашивание (типичное для хондроцитов, клеток хрящевой ткани). D. Минимальное окрашивание костной ткани динозавра Алкианским синим. E-H контрольные образцы страуса эму, так же показывают ярко синее окрашивание хрящевой ткани и минимальное костной.
Данный результат показывает что в образцах действительно хрящь динозавра а не какая-то другая ткань.
Fig 3. Обнаружение ДНК в хондроцитах (клетках хряща) динозавра Hypacrosaurus stebingeri
Клетки хрящевой ткани динозавра (A-B), окрашивание Propidium iodide (С) и DAPI (D) на присутствие ДНК/Нуклеиновых кислот. (E-G) Контрольные образцы страуса Эму.
Fig 4. Обнаружение протеина Chick Collagen II в материале хряща динозавра Hypacrosaurus stebingeri
A-D. Иммунофлуоресцентный анализ антителами к протеину Chick Collagen II (зелёный сигнал) в ультратонких срезах материала Hypacrosaurus stebingeri и хряща современного страуса Эму (E-H). Чтобы подтвердить, что это именно коллаген II, авторы обработали образцы динозавра (C-D) и страуса Эму (G-H) коллагеназой II которая специфически разлагает коллаген II и получили ожидаемое снижение интенсивности сигнала. Чтобы подтвердить, что это именно коллаген II, а не какой либо другой протеин с которым антитела связываются неспецифически, авторы окрасили те же образцы антителами к коллагену I который в хрящевой ткани в норме не пресутствует и не получили сигнала. В дополнительных материалах к статье представлена так же контрольное окрашиве без антител к Chick Collagen II чтобы исключить неспецефическое окрашивание образца вторичными антителами с флоуресцентным маркером (зелёным хромофором) которые спецефически связываются с первичными антителами к Chick Collagen II, отсутсвие сигнала в контрольном образце подтвердило, что это действительно Chick Collagen II, а не случайное явление.
После прочтения статьи, из моей личной критики очень хотелось бы увидеть окрашивание Propidium iodide и DAPI образцов на котором видны хромосомы (Fig 1), оба красителя их должны окрашивать. Однако вероятно хромосомы замершие в процессе деления могли подвернуться большей деградации чем упакованные в ядре клетки и сохраниться только внешне без содержания нуклеиновых кислот. В плане внешнего вида окрашенного материала именно так ядра клеток и выглядят. Не могу не отметить, что ядро динозавра выглядит значительно меньше нормального ядра в обычной клетке современных млекопитающих, в соотношении размера ядра к клетке, но поскольку мы имеем дело со столь древним образцом возрастом миллионы лет малый размер может быть связан с деградацией в образце нуклеиновых кислот .
Данные результаты ставят под сомнение опубликованные в 2012 году Morten E. Allentoft и соавторами, предположения о периоде полураспада ДНК порядка 500 лет и принципиальную невозможность выделения и изучения ДНК динозавров. https://royalsocietypublishing.org/doi/full/10.1098/rspb.2012.1745. Разумеется от обнаружения нуклеиновых кислот, до полноценного или хотя бы частичного генома динозавра огромная пропасть. Тем не менее логичный следующий этап это вырезать ядра клеток из образца лазером и попробовать извлечь ДНК для проведения геномного сиквенса и совмещение с референсным геномом птиц, того же страуса Эму. Насколько часто в архивах встречаются образы сохранности приемлемого для выделения белков и нуклиновых кислот и в каких условиях пребывал образец, что позволили выявить белки и нуклеиновые кислоты требует дополнительного изучения.
В 2009 году я уехал по этой программе в Японию, где бесплатно закончил аспирантуру. Программа рабочая хотя и отбор достаточно серьёзный. Значительное преимущество имеют люди которые хотят именно обучаться по научным дисциплинам, так значительное число аппликантов подаёт на обучение Японскому языку и Японской культуре. Где как раз требуется высокий уровень знания японского языка. Большой плюс, для этой программы не требуется наличие международных публикацией на английском языке. Если у вас есть публикации на русском языке их можно перевести и это будет плюсом.
Требования:
-Быть гражданином России.
-Не получать данную стипендию в прошлом.
-Требования к знанию языка: японский или английский на уровне достаточном для обучения. Формулировка здесь размытая, на практике нужен intermediate и выше.
Кое какая полезная информация:
1. Японский язык - при подаче документов не требуется для экзаменов и интервью, если аппликант подаёт на научные дисциплины не связанные с Японским языком. Жизнь в Японии без знания японского языка непростое приключение, но я знаю многих коллег кто успешно завершил программу без значительного изучения японского. Первые месяцы и если будет время в дальнейшем, можно будет усиленно изучать Японский язык при университете, чтобы немного наладить быт.
2. Изначально человек поступает на программу стажёр-исследователь которая продолжается от 6 до 24 месяцев в течении которых можно заниматься научной работой, а можно изучать японский язык и осваиваться в Японии.
3. Чтобы поступить в аспирантуру (Ph.D.) нужно иметь 18 лет обучения вместе со Школой. Например 10 лет школа + 6 лет Медицинский институт + 2 года ординатура. Для не медицинских специальностей нужно 10 лет школы + 5 лет университета + 3 года аспирантуры.
4. Если 18 лет не набирается, можно попробовать перейти из программы стажер исследователь в Магистратуру и уже после магистратуры поступить на Ph.D. Я так не делал, нюансов не знаю. Но знал немало студентов из России которые пошли по этому пути.
5. Перелет в Японию и обратно оплачивает правительство Японии.
6. Ph.D. полученная в Японии признается институтами США и Европы.
Стипендия: Суммы, перечисленные ниже, оплачиваются в зависимости от курса обучения. В связи с изменением бюджета правительства Японии размер стипендии может меняться каждый финансовый год. Стипендия аннулируется, если стипендиат отсутствует в университете в течение длительного периода.
Студенты, студенты в статусе «стажера-исследователя»: 143,000 йен в месяц
Для студентов магистратуры: 144,000 йен в месяц
Для студентов докторантуры: 145,000 йен в месяц
(1200-1300$ в месяц, в 2009 стипендия была немного выше около 1400$). Если получить разрешение на работу можно немного подрабатывать. Возможности для подработки сильно зависят от ваших возможностей и обстоятельств. Многие знакомые преподавали русский язык. Некоторые подработки очень необычные, я например как-то снялся в Японском сериале NHK в эпизодической роли русского солдата.
Если не ставить задачи жить в Токио и Осаке на данную сумму можно достаточно комфортно жить, на семью однако будет хватать с некоторой экономией. У многих моих коллег по программе в Японии жили не работающие супруги с детьми.
https://www.ru.emb-japan.go.jp/itpr_ru/STUDENT_2020.html - Подробности программы и документы за прошлый год. В начале февраля 2020 Японское посольство и консульства опубликуют подробности подачи документов на 2021. Весь процесс от подачи документов до выезда в Японию занимает около года.
Подавать документы можно по почте в посольство или консульство Японии своего региона. В 2008 году я заносил в посольство лично, но сейчас могло измениться и возможно подавать можно только по почте.
Если по конкурсу документов вы пройдете вас пригласят на экзамен. Он состоит из Английского и Японского языков 3 уровней сложности. Если японского вы не знаете, в экзамене по Японскому языку вы всё равно принимаете участие, отвечайте наугад, какие-то баллы наберите. Все экзамены это выбор из 4 вариантов правильного. Экзамен заполняется простым карандашом.
По результатам экзаменов Вас (возможно) пригласят на интервью где вы должны объяснить комиссии, чем ваше обучение в Японии принесет ей пользу и чем вы собираетесь заниматься.
По научным дисциплинам ответить на этот вопрос достаточно просто. В целом интервью простое, поскольку вас специалиста, оценивают сотрудники консульства (в вашей области не специалисты).
Если прошли интервью вам выдадут сертификат на обучение и контактную информацию Японских вузов.
Нужно будет за несколько месяцев найти профессора который вас с этой стипендией возьмет к себе на кафедру и отправить ему этот сертификат на подпись, после чего, получить от него подписанный документ о принятии вас в программу и отнести этот документ в посольство.
За несколько недель до вылета вам в посольстве оформят студенческую визу, если я правильно помню виза G. (Полагаю от Gakusei).
Вылет в Японию как правило либо начале Апреля либо в начале Октября у вас будет возможность выбрать либо Апрель или Октябрь, чтобы спланировать завершение дел в России. Однако дату и время вылета выбрать вы не сможете.
Контактный телефон Информационного отдела Посольства Японии в России: (495) 229-2574
https://vk.com/mextscholarship - подборка полезной информации о заполнении документов и других нюансах программы от участников прошлых лет.
Что-то могу рассказать о своем опыте, но мои знания устарели на 10 лет.
Международные публикации имеют следующие категории авторов.
1. First Author (Первый автор) – человек выполнивший наибольшую часть научной работы. Наибольшая часть подразумевает практическую экспериментальную работу, обработку данных и разработку идеи. Зачастую первый автор так же ответственен за написание черновика научной публикации. Когда опубликованная статья будет цитироваться и в статье больше чем 2 автора, то цитата будет выглядеть “Smith et al., 2020”. Статус первого автора особенно необходим аспирантам для защиты диссертации Ph.D. и для постдокторантов (Postdoc) для дальнейшего развития академический карьеры. Важность статей первым автором значительно теряет актуальность после достижения учёным статуса Профессора-Ассистента. (Assistant Professor), но всё равно может быть полезной при высоком уровне Импакт-фактора публикаций и для повышения шансов на получение гранта, так как при оценке исследователя учитываются его публикации первым авторов по теме гранта.
2. Corresponding author (Автор респондент) – Автор, который несет ответственность за научную работу в целом и гарантирует корректность данных и отсутствие этических нарушений в экспериментальной работе. Имя и контактная информация респондента указывается в статьях после списка авторов титульной страницы. В обязанности респондента входят так же процесс подачи статьи в журнал и общение с редакцией научного журнала. А так же ответы на вопросы по статье после публикации. Статьи с авторством в данном статусе статусе играют большую роль для дальнейшего развития карьеры, Профессора Ассистента, показывая его вклад как ментора для первых авторов.
3. Last author (Последний автор) – автор который внёс наибольший вклад в материальную составляющую научной работы. Как правило это профессор или заведующий лабораторией (Primary Investigator) где была выполнена научная работа или же последний автор сделал наибольший финансовый вклад. Часто последний автор берёт на себя функции автора респондента, но эти статусы могут принадлежать и разным людям.
4. Co-author (Соавтор) – все остальные участники научной работы вне зависимости от их позиции в списке имён, теоретически очерёдность имён указывает на значимость вклада в научный проект, но в действительности на это никто не обращает внимание. Статус соавтора повышает общий рейтинг цитирования соавтора например на Google Scholar, но в целом не несет значительного позитивного влияния на карьерный рост. Считается нормой, наличие множества работ в соавторстве, показывая обширные связи учёного и его участие в различных проектах, но только при наличии статей в статусе первого и corresponding author. Невозможно развивать академическую карьеру имея только публикации со-автора.
Редкие случаи.
5. Single author (Единственный автор) – тут всё просто, единственный автор выполняет все функции проекта и статья должна быть написана от первого лица. "I studied…", "I evaluated", "My conclusion" и так далее. Как правило в современной науке статьи с единственным автором встречаются в форме открытых писем в журнал “Letter to the editor”. Экспериментальные статьи с единственным автором встречаются редко и редакторы и рецензенты их не любят. Собственно разница в стиле “We” и "I” послужила причиной возникновения автора Ф. Д. Ч. Уилларда который на самом деле был котом! в ряде статей по криогенике. Учёный Джек Х. Хетерингтон написал статью используя “We” в то время как он был единственным автором. Поскольку статьи в то время печатались на печатной машинке, учёный не хотел переписывать весь текст заменя «We» на “I” соотсвественно формы всех предложений и просто добавил своего кота в со-авторы.
6. Two authors (два автора) - Встречается немного более часто особенно в малых научных группах, например завлаб и постдок. Принципиальная разница такого соавторства в том, что когда авторов только двое, то они по умолчанию считаются equal contribution и при цитировании указываются “Smith and Johnson, 2020”. Так что если ваш профессор в этой ситуации хочет выступить первым автором, то проблемы здесь нет, однако как только появляется третий автор, ситуация становится стандартной "Smith et al., 2020" и преимущества двух авторов для второго автора теряется. Будьте осторожны, так как предложение о двойном авторстве где вы второй автор, может быть хитрым ходом. Сначала вы соглашаетесь на второе авторство, а потом профессор добавляет ещё 2-3 человек, ведь на второе авторство вы ведь уже согласились.
Какие чаще всего возникают сложности с соавторством и конфликтные ситуации?
1. Когда корреспондент или последний авторы хотят занять первое авторство.
Хотя с практической точки зрения это действие не несет большой пользы, данный шаг сдерживает вашу карьеру заставляя либо брать дополнительные годы в докторантуре или оставаться постдокторантом если вы постдок. Если профессор или завлаб настаивают на данном решении объясняя данный поступок какой-либо текущей надобностью (например подачей нового гранта), нужно искать другую лабораторию. Потому что суть в том, что это действие направлено против вас. Теоретически, данная ситуация попадает под академический харрасмент, но подавать официальную жалобу это очень плохая идея. Не забывайте, от вашего профессора в будущем вам понадобятся рекомендательные письма, которые в случае плохих отношений он может либо не дать вовсе или написать негативные. Сложности с получением рекомендаций одна из серьезных причин невозможности трудоустройства после получения Ph.D. Да, академический мир в этом плане местами кошмарен.
2. Вам в нагрузку просят добавить авторов которые не принимали участия в научной работе или их участие минимальное.
Проблема достаточно распространённая. Если вас просят добавить со-авторов в статью, не возражайте, с практической точки зрения для вас это не играет значительной роли, если вы по прежнему остаётесь первым автором, какая вам разница, что в статье 10 дополнительных авторов. Да в реальности только 2-3 человека в принципе сделали что-либо для проекта, а добавить просят всех. Поскольку ваша задача преуспеть в своей научной карьере, а не защищать интересы абстракной “правды” спорить здесь не нужно. В целом в данной ситуации вы лично ничего не теряете, а хорошие отношения с коллегами которых вы согласились включить в статью, могут принести пользу в дальнейшем. Могут и не принести, но вы ничего не теряете.
3. Equal contribution (Равный вклад) – Используется он когда второй автор сделал так же значительный вклад в статью сопоставимый с вкладом первого автора. На практике, второй автор с равным вкладом считается соавтором со всеми негативными последствиями данного положения. Некоторые журналы вообще игнорируют данный факт, некоторые ставят малозаметную отметку, которую ещё нужно поискать. В плане цитирования, и карьерного продвижения, второй автор с равным вкладом это всё равно просто со-автор. Единственная ситуация с equal contribution вторым автором которая может принести вам серьёзную пользу - это защита диссертации. Вторые авторы с пометкой equal contribution могут использовать статью в своей защите, но только при условии что первый автор не будет использовать данную статью в собственной диссертации. Опять же требования и условия для защиты сильно отличаются между странами и университетами. Поэтому если вы постдокторант и уже защитились, и ваш профессор просит поставить аспиранта вторым автором с равным вкладом – соглашайтесь. Вам это ничем не навредит, а профессор просто пытается подстраховать успешную защиту студента. Однако если вас пытаются бортануть на позицию второго автора с равным вкладом, берегистесь, постдокторанту это практически ничего не даёт. Если вы сами аспирант, можно скрипнуть зубами согласится, но тогда требуйте бумагу о том, что первый автор не будет использовать данную работу в своей защите (если он тоже аспирант), до публикации статьи. Хотя в этом может быть вся и суть смены авторства, более приоритеному аспиранту не хватает статьи до защиты, а сроки поджимают. Опять же прежде чем начинать войну и строчить жалобы, не забывайте именно ваш профессор подписывает документы допуская вас к защите. Не стоит обострять отношения имея столь слабые позиции.
4. Клинические доктора MD/Ph.D. и жизнь постдока.
Если вы постдок и вас ставят в ситуацию, “Сначала напишем статьи для всех аспирантов, чтобы они защитились, а потом и ваша очередь дойдет", ищите другую лабораторию. Исключение если есть хорошая перспетива получить постоянную позицию в данной конкретной лаборатории. И перспетива строчить потоком статьи для врачей вас устраивает. Очень часто подобная ситуация возникает в клинических кафедрах, где практикующие врачи, для галочки (и для более высоких руководящих должностей в клинике) пишут Ph.D. наука им, как правило, не интересна и не нужна, помогать они вам практически не будут (исключения бывают, но на то они исключения), писать такие статьи удовольствие ниже среднего. Поэтому ищите другую лабораторию, либо обговариваете условия работы на защиту аспирантов если вы постдок. Запомните, первые 2-3 года постдока, вас не интересуют статьи в статусе соавтора и равного вклада если вы второй автор.
Что делать если у меня отбирают авторство?
В первую очередь постараться понять, причину данного действия вашего профессора или завлаба в отношении Вас. Обычно это исходит из того, кого ставят первым автором в данной работе. Если это аспирант, то профессору защита этого аспиранта более важна чем ваша защита или карьера. Если это сам профессор то у него серьёзные амбиции и, опять же, ваша карьера в его планы не выходит. Если это не какой-то изолированный случай, а систематическое явление, то нужно искать другую лабораторию. Если вы всё ещё аспирант, защищаться на тех условиях, которые вам доступны и искать постдок в другой группе. К сожалению, практика показывает, что жаловаться университету или тем более журналам занятие бесперспективное. Журналы имеют дело с автором корреспондентом и очень не любят конфликтов с авторством. Научная среда слишком компактная, а ситуация конфликта аспиранта с профессором или постдока с завлабом может сильно усложнить жизнь и карьеру первым и мало повлиять на вторых. Особенно если вы иностранец в чужой стране. Если профессор или завлаб настаивает на определённом авторстве, которое вас не устраивает, продуктивнее согласиться и начать искать другую лабораторию, чем идти на открытый конфликт. После аспирантуры, проверяйте авторство опубликованных статей, прежде чем устраиваться в ту или иную лабораторию, зачастую тенденции можно определить просто полистав список публикаций за последние несколько лет и отследив карьерный путь сотрудников группы.
Публикации со старого места работы
Часто возникает и другая ситуация, вы работали над проектом, но сменили место работы до его публикации, впоследствии обнаруживаете, что вас подвинули с первого автора в со-авторы, а то и вовсе проект издали вообще не указав вас в авторах. Часто случается с пост докторантами, куда реже с аспирантами, но тоже бывает. Обычная практика, профессору или завлабу не выгодно ставить автором человека который уже с ним не работает. Намного продуктивнее поощрить нового сотрудника, авторством. Тщательно обговаривайте авторство проектов, которые вы не успели опубликовать до вашего отъезда. Старайтесь издавать проекты до того как уйдете из лаборатории, чтобы они хотя бы были на стадии ревизии и по возможности опубликованы на сервере препринтов. Тогда подвинуть вас в авторстве будет намного сложнее, так как нерецензированная версия висит он-лайн.
Если вас указали со-автором, а вы претендовали на первое авторство?
К сожалению доказать ведущий вклад в работу будет практически невозможно. Ваша бывшая лаборатория ведь не отрицает факт вашего участия Вы соавтор, а степень вклада каждого участника вещь очень относительная. Если вас не указали совсем, то тут можно обратиться к журналу предоставив доказательства вашего участия в опубликованной работе. Стоит ли это делать, решать вам в лучшем случае журнал опубликует коррекцию добавив вас в соавторы, ценность такой публикации в целом для вашей карьеры низкая, а вот отношения с бывшей лабораторией будут испорчены. В целом, покидая лабораторию, нужно исходить из того, что весьма вероятно, первое авторство у её не опубликованых проектов вы потеряете.
Если статью украл другой исследователь?
Самая неприятная ситуация, это полное воровство научной работы, это может произойти во время конференции (не давайте фотографировать ваш постер!) либо по собственной доверчивости (не давайте копии и презентации неопубликованных работ малознакомым да и знакомым людям!). Тут нужно, определять источник “утечки”, однозначно идти на конфликт связываться с журналом и предоставлять доказательства. К счастью встречаются такие ситуации не очень часто.
Подводя итог, авторство очень важный аспект карьерного роста учёного, однако успешная карьера складывается не только из одних публикацией. Фокусируясь на одном конкретном проекте или ситуации, старайтесь не терять из виду картину в целом. По возможности, избегайте конфликтов, но и не позволяйте себя использовать. Помните, подход итальянской забастовки, когда вы формально не отказываетесь, но и не прилагаете особых усилий даст вам намного больше вариантов решения проблемы, чем открытое противостояние. Имейте несколько научных проектов, на случай если с одним или несколькими, что-то пойдет не так.
В космическом центре Удвара Хази, после своего последнего полёта выставлен космический челнок Дискавери, в музее есть возможность сделать памятный снимок со скафандром на фоне корабля, но есть ряд но, фотография стоит 20$, сделать её можно только посетив сам музей, фотографию выдают только напечатанной, без цифровой версии, качество фона оставляет желать много лучшего. Поэтому я создал этот psd шаблон на основе фотографий из музея Удвара Хази и фотоматериалов доступных в свободном доступе. Имея минимальное знание Photoshop или любого другого редактора совместимого с форматом PSD и возможностью работать со слоями, Вы можете добавить себя или своих друзей на снимок для красочной открытки или просто сувенира. Нам вряд ли когда-нибудь удастся подняться в космос, но почему бы немного не помечтать?
Всё что вам нужно сделать, чтобы добавить собственное лицо или лицо знакомого это заменить два помеченных слоя E-FIT Male Face и E-FIT Female Face на нужные вам фотографии.
Так же можно выбрать один из нескольких готовых вариантов фонов, по умолчанию стоит корабль Дискавери с размытием, на мой взгляд это придаёт фотографии наибольший реализм, но есть вариант с чётким изображением корабля, кабиной корабля и комнатой подготовки к полёту.
В других группах слоёв содержатся логотипы NASA, музея Smithsonian и логотип выставки челнока Дисковери в центре Удвара Хази. Ставить их или нет опять же по желанию.
На самом верху можно применить несколько слоёв с цифровым и аналоговым шумом, а так же можно добавить зернистость кадру.
*В качестве исходных заготовок использованы синтетические изображения идеализированного мужского и женского лица проекта EFIT-Beauty.
Скачать PSD шаблон Discovery_austranaut_photo_template.zip (34.1 Mb)
Зеркало на MeidaFire (34.1 Mb)