Всего 515 вылетов, 34 личных и 7 групповых побед (а также 3 вероятных победы, 10 самолётов противника повреждены и 1 уничтожен на земле). В последние недели войны эскадрилья Джонсона занималась патрулированием берлинских аэродромов.
После войны Джонни Джонсон остался в Западной Германии, где в период с 1952 по 1954 годы командовал тактическим крылом 2TAF (англ. RAF Second Tactical Air Force) на базе RAF Wildenrath. Состоял в Тактическом Авиационном Командовании (англ. Tactical Air Command) во время Корейской войны. Затем с 1957 года был офицером управления полётами (AOC, от англ. Air Officer Commanding) и командиром крыла V bomber на базе RAF Cottesmore в Ратленде.
В 1960 году Джонни Джонсон стал командором авиации и работал в штабе. С выходом на пенсию в 1966 году Джонсон получил звание вице-маршала авиации. В течение нескольких лет после выхода на пенсию Джонсон занимал пост представителя лорда-наместника в Лестершире.
Джеймс Джонсон умер от злокачественной опухоли 30 января 2001 года в Дербишире в возрасте 85 лет.