После стратегической победы при Торо и нейтрализации угрозы со стороны Франции шансы Изабеллы и Фердинанда укрепиться на кастильском престоле возросли.

Поддерживавшие Хуану аристократы были вынуждены считаться с этими обстоятельствами и спешили выразить свою лояльность католическим королям. В результате война свелась к стычкам вдоль португальской границы и морской войне за контроль над торговлей в Атлантике.

В ноябре 1476 года была взята крепость Торо. В течение последующих месяцев был восстановлен контроль над всеми приграничными городами и провинцией Эстремадура. В июле 1477 года Изабелла прибыла в Севилью с целью укрепления своей власти в Андалусии. В результате искусных переговоров город был возвращён под контроль кастильской короны.

Одним из непримиримых противников католических королей оставался Фернан Ариас де Сааведра. Удерживаемая им крепость Утрера была взята штурмом в марте 1478 года; побеждённые были подвергнуты жестоким репрессиям.

После того, как 30 июня 1478 года в Севилье родился сын монархов Кастилии, династические позиции последних ещё более укрепились. В октябре 1477 года Афонсу вернулся в Португалию, где его сын Жуан возвратил ему временно принятый титул короля.

В начале следующего года Жуан, ещё в 74 году назначенный своим отцом ответственным за португальскую колониальную экспансию, получил информацию о том, что два кастильских флота вышли из порта Санлукар-де-Баррамеда.

Один из них направилась к Канарским островам с целью завоевания острова Гран-Канария, но эти планы были нарушены своевременным появлением португальского флота Жуана. Вторая экспедиция отправилась к Элмине, где за несколько месяцев собрала значительное количество золота.

Когда португальский флот из одиннадцати кораблей прибыл в Гвинейский залив, кастильцы уже около двух месяцев торговали в этом районе с африканцами. Дешевые товары, такие как раковины, старая одежда, латунные браслеты и другие предметы , обменивались на золото , в то время как вдоль побережья Гвинеи проводились невольничьи рейды.

Весной - летом 1478 года туда прибыли португальцы. Кастильские корабли стояли на якоре в гавани недалеко от города, когда рано утром португальский флот начал атаку. Кастильцы были застигнуты врасплох и в итоге потерпели быстрое и полное поражение, будучи вынуждены сдаться португальцам, которые смогли захватить весь кастильский флот вместе с его большим грузом золота.

По свидетельству Фернандо дель Пульгара, испанского историка и хрониста, захваченного золота хватило Афонсу для возобновления сухопутной войны.

В конце того же года, ещё до того, как весть о поражении в битве за Гвинею достигла Европы, Людовик XI и католические короли заключили мирный договор в Гвадалупе, по которому французский король признавал Фердинанда и Изабеллу королями Кастилии.

В конце 1478 года сторонники Хуаны подняли мятежи в Эстремадуре, Ла-Манче и Галисии. Португалия, которая усилилась после гвинейской победы, при поддержке своих союзников, снова вторглась в Кастилию.

В феврале следующего года португальская армия под командованием Гарсии де Менезеса, епископа Эворы, вторглась в Эстремадуру. Его задачей было занять и укрепить крепости Мериду и Медельин, которые контролировали сторонники Афонсу V .

Армия включала 500 португальских и 200 кастильских рыцарей. 24 февраля недалеко от Ла-Альбуэра произошло столкновение с кастильской армией которая насчитывала до 1000 человек, возглавляемых магистром Ордена Сантьяго, Алонсо де Карденасом

В последовавшей тяжёлой битве, несмотря на то, что кастильская пехота не устояла под натиском кавалерии противника, вмешательство магистра ордена Сантьяго спасло ситуацию и привело к победе войск Изабеллы и Фердинанда.

В это время в Кастилию прибыл нунций Якобо Рондон де Сезенья с посланием папы Сикста IV, в котором тот аннулировал выданное им ранее разрешение на брак Афонсу и Хуаны, что окончательно подорвало претензии претендентов на кастильский престол.

В начале 1479 года умер отец Фердинанда, и наследник стал королём. Теперь супруги вместе правили сразу несколькими доменами. Молодая чета столкнулась с сопротивлением кастильской знати, не желавшей терять контроль над управлением страной. Фердинанд и Изабелла в ответ начали строить государство нового типа.

Его особенностью стала сильная центральная власть, поддержкой которой была воссозданная Эрмандада — фактически полиция или внутренняя армия, которая подчинялась короне и сильно ограничила самоуправление городов. Это привело к потери самостоятельности кортесами .В феврале католические короли попробовали собрать новый флот для экспедиции в Элмину, однако не смогли подготовить необходимое количество кораблей.

Время шло, и ни одна сторона конфликта не могла добиться значительного перевеса в войне. Осознав это, стороны решили начать договариваться о мире.В апреле король Фердинанд прибыл в Алькантару для участия в переговорах. Длившиеся 50 дней переговоры оказались безрезультатными, и конфликт продолжался. Все пытались добиться превосходства, которое бы им помогло в дальнейших переговорах. В то время как кастильцы нанесли поражение армии архиепископа Толедского, португальские гарнизоны в Эстремадуре успешно выдерживали осаду.

Мирные переговоры возобновились летом, завершившись подписанием Алкасовашского мирного договора. Договор, завершивший эту войну, был заключён в португальском городе Алкасоваш 4 сентября 1479 г. Соглашение было ратифицировано португальским королём 8 сентября того же года, а кастильскими королями в Толедо 6 марта следующего. Фактически было заключено два договора, один из которых урегулировал матримониальные отношения между двумя державами, а другой включал в себя положения договора Медина-дель-Кампо 1431 г. и устанавливал разделение сфер влияния Испании и Португалии в Атлантике.

По династическому договору Хуана Бельтранеха отказывалась от претензий на Кастилию и получала возможность выбора – либо выйти замуж за принца Хуана Астурийского (сына Изабеллы и Фердинанда), либо уйти в монастырь; Хуана предпочла монастырь.

Принцесса Изабелла Астурийская (дочь Фердинанда и Изабеллы) вышла замуж за Афонсу , сына принца Жуана, и её родители выплатили значительное приданое в качестве компенсации военных затрат Португалии.

Всем участникам конфликта объявлялась амнистия.

Согласно договору о разделе территорий, за Португалией оставались Азорские острова, Мад

Всем участникам конфликта объявлялась амнистия. Согласно договору о разделе территорий, за Португалией оставались Азорские острова, Мадейра, острова Зелёного Мыса и другие территории, которые будут открыты в направлении Гвинеи, кроме Канарских островов, оставшихся за Кастилией.

В 1481 г. этот договор был подтверждён буллой папы Сикста IV, в результате чего Португалия получила возможность продолжить колонизацию западного побережья Африки.

В связи с тем, что договор запрещал кастильским кораблям плавать южнее Канарских островов без специального португальского разрешения, это подтолкнуло католических королей в 1492 году поддержать экспедицию Христофора Колумба, решившего плыть на запад, но как говорится это уже совсем другая история.

Итогом внутренней политики Фердинанда и Изабеллы стало появление государства, занимавшего промежуточное положение между средневековым феодальным и абсолютной монархией Нового времени.

Благодаря династической унии их внук Карл Габсбург получил в наследство целую Испанию. Эпоха разрозненных Кастилии, Арагона и других пиренейских королевств осталась в прошлом.