Сажусь в маршрутку и думаю - гссспди, что ж они тут такое кодили??

И чуть позже - тьфу... Профдеформация....

Пояснение: история коммитов - диаграмма сохранений программного кода проекта в общий "файлообменник" (репозиторий).

Обновление Folding@Home SARS-CoV-2 (10 марта 2020 г.)

Это обновленная информация об усилиях Folding@Home по оказанию помощи исследователям во всем мире в борьбе с COVID-19.

После начального контроля качества и ограниченных этапов тестирования команда Folding@Home выпустила начальную волну проектов, имитирующих белки-мишени с потенциальной лекарственной активностью SARS-CoV-2 (вирус, вызывающий COVID-19) и связанный с ним вирус SARS-CoV (для которого доступно больше структурных данных) в полном объеме на Folding@Home. Большое спасибо большому количеству участников Folding@Home, которые до сих пор помогали нам, работая в режимах бета-версий или в расширенном режиме.

Эта начальная волна проектов направлена на лучшее понимание того, как эти коронавирусы взаимодействуют с человеческим рецептором ACE2, необходимым для проникновения вируса в клетки-хозяева человека, и как исследователи могли бы вмешиваться в них посредством создания новых терапевтических антител или небольших молекул, которые могут нарушать их взаимодействие.

В ближайшие дни мы надеемся воспользоваться некоторыми из новых структурных биологических и биохимических данных, которые быстро публикуются исследователями по всему миру, которые работают над пониманием этих вирусов и стратегий по их победе. Эта работа была в основном распространена на серверах предпечати, таких как bioRxiv и chemRxiv, которые направлены на то, чтобы сделать исследования быстро доступными как для других исследователей, так и общественности для других ученых, чтобы они могли широко оценить и немедленно начать опираться на них. Мы также наладили несколько новых сотрудничества с другими лабораториями, где, как мы надеемся, Folding@Home окажет ценную поддержку в исследованиях COVID-19.

В то время как мы быстро выпустим наборы данных моделирования для использования или анализа другими, мы стремимся искать альтернативные конформации и скрытые карманы внутри наиболее многообещающих лекарственных целей, которые можно увидеть только при моделировании, а не в статических рентгеновских структурах. Мы надеемся, что эти структуры - однажды подтвержденные новыми сложными данными скрининга - могли бы помочь направить кампании виртуального скрининга или нацеливание на новые карманы, для которых еще не были доступны атомистические структуры.

Ниже мы приводим краткие описания проектов. Обратите внимание, что все входные файлы доступны на GitHub здесь, чтобы другие исследователи могли воспользоваться их преимуществами: https://github.com/foldingathome/coronavirus

Этот репозиторий будет развиваться в ближайшие дни по мере добавления новых проектов и документации. Мы начнем публиковать наборы данных со структурами на общедоступных серверах, как только у нас появятся полезные данные для отчета.

Во всех проектах используется новое ускоренное ядро Core22, основанное на движке биомолекулярного моделирования OpenMM с открытым исходным кодом.

Домен RBD SARS-CoV-2 в комплексе с человеческим рецептором ACE2 (PDBID: 6vsb, 6acg) [http://dx.doi.org/10.1126/science.abb2507, http://dx.doi.org/10.1371/journal.ppat.1007236]

Проект 11741: Домен связывания рецептора коронавируса SARS-CoV-2 (вызывающий COVID-19) в комплексе с человеческим рецептором ACE2. атомы: 165550, очки: 15396

Проект 11746: Домен связывания рецептора коронавируса SARS-CoV-2 (вызывающий COVID-19) в комплексе с человеческим рецептором ACE2 (структура, альтернативная 11741). атомы: 182699, очки: 16615

Основная протеаза SARS-CoV-2 в комплексе с ингибитором N3 (PDBID: 6lu7) [Пока не опубликовано]

Проект 11742: Коронавирусная протеаза SARS-CoV-2 (вызывающая COVID-19) протеазы в комплексе с ингибитором. атомы: 62227, очки: 9405

Проект 11743: Коронавирусная протеаза SARS-CoV-2 (вирус, вызывающий COVID-19) - потенциальная лекарственная мишень. атомы: 62180, очки: 9405

Домен RBD SARS-CoV-2 в комплексе с Fab-фрагментом нейтрализующего антитела S230 человека (PDBID: 6nb7, 6nb8, 2ghv) http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2018.12.028 (как для 6nb7, так и 6nb8), http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M603275200

Проект 11744: Домен связывания с рецептором коронавируса SARS-CoV (вирус, вызывающий SARS), захваченный антителом SARS-CoV S230. атомы: 109578, очки: 7608

Проект 11745: Домен связывания рецептора SARS-CoV (вызывающий вирус SARS) коронавируса, мутировавший в SARS-CoV-2 (вирус, вызывающий COVID-19), захваченный антителом SARS-CoV S230. атомы: 110370, очки: 7685

Чтобы связаться с нами для обсуждения сотрудничества или данных, пожалуйста, напишите нам по адресу: foldathome@choderalab.org

Особая благодарность аспиранту TBCP Rafal Wiewiora и аспиранту CBM Ivy Zhang за их работу по моделированию этих структур на основе существующих экспериментальных данных и подготовке этих проектов, а также всем участникам Folding@Home, которые помогают сделать эту работу возможной!

~ Команда Chodera lab SARS-CoV-2 и Консорциум Folding @ home ~

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:

https://boinc.ru

Уже достаточно давно подсел на разные линуксы и одной из приобретенных вредных привычек стал поиск и коллекционирование сторонних репозиториев для Ubuntu/Mint и подобных им.

Надеюсь, пост будет хоть немного полезен в освоении это ОСи и не слишком утонет в минусах XD.

Кто не в теме, репозиторий в Линуксе - это такой книжный шкаф, где каждая отдельная книга - это программа, есть главный шкаф с официальными репозиториями, где есть почти все, а есть небольшие шкафчики со сторонними репами. Они отличаются от официальных, например, более свежими версиями софта, но, возможно, нестабильными или от разрабов-одиночек. Само собой, нельзя быть застрахованным от ошибок или преднамеренных модификаций кода, каки-либо "закладок", поэтому, гигиену софта нельзя отменять, к сожалению, Линукс - не панацея от вирусни.

Софт для интернета

Chromium

sudo add-apt-repository ppa:chromium-daily/stable

Chrome

wget https://dl.google.com/linux/direct/google-chrome-stable_curr...

sudo dpkg -i google-chrome-stable_current_amd64.deb

Opera

sudo add-apt-repository 'deb http://deb.opera.com/opera/ stable non-free'

wget -O - http://deb.opera.com/archive.key | sudo apt-key add -

Firefox

sudo add-apt-repository ppa:mozillateam/firefox-next

Twitter-клиент Hotot

sudo add-apt-repository ppa:hotot-team

Твиттер клиент Turpial

sudo add-apt-repository ppa:effie-jayx/turpial

Qutim

Это репозиторий мощного интернет пейджера Qutim, который поддерживает многие социальные сети, такие как Vkontakte, Twitter, ICQ, Gmail, Facebook, Mail.ru, Yandex и многие другие

sudo add-apt-repository ppa:qutim/qutim

Gwibber

sudo add-apt-repository ppa:gwibber-daily/ppa

Это репозиторий twitter и facebook клиента Gwibber

VKget

sudo add-apt-repository ppa:yuberion/vkget

Это репозиторий программы VKget, предназначенной для загрузки музыки из сети vk.com

Торрент клиент Deluge

sudo apt-add-repository ppa:deluge-team/ppa

Мультимедиа

VLC

sudo add-apt-repository ppa:videolan/stable-daily

MPV (ответвление mplayer)

sudo add-apt-repository ppa:mc3man/mpv-tests

sudo add-apt-repository ppa:mc3man/trusty-media

VkAudioSaver: аудиоплеер для скачивания и прослушивания музыки из ВКонтакта

http://vkaudiosaver.ru/downloads/

Pepperflash (замена flash-player для Chromium)

sudo add-apt-repository ppa:skunk/pepper-flash

sudo apt-get update && sudo apt-get install pepflashplugin-installer

После установки вам нужно указать Chromium, что нужно пользоваться Pepper Flash Player. Для этого отредактируйте файл запуска браузера. Введите следующую команду:

sudo gedit /etc/chromium-browser/default

И в самом конце файла вставьте следующую строчку:

./usr/lib/pepflashplugin-installer/pepflashplayer.sh

Cinelerra - видеоредактор

sudo add-apt-repository ppa:cinelerra-ppa/ppa

Clementine

sudo add-apt-repository ppa:me-davidsansome/clementine

Плеер для Linux - Clementine

DeadBeef

Аудиоплеер наподобие Winamp.

sudo add-apt-repository ppa:alexey-smirnov/deadbeef

Exaile

sudo add-apt-repository ppa:exaile-devel/ppa

Репозиторий мощного медиаплеера Exaile.

XBMC

sudo add-apt-repository ppa:team-xbmc/ppa

Это репозиторий медиацентра XBMC

Nuvola

sudo add-apt-repository ppa:nuvola-player-builders/stable

Это репозиторий музыкального плеера Nuvola.

CoverChooser

sudo add-apt-repository ppa:panthora/coverchooser-ppa

Кодеры-декодеры

Mobile Media Converter

Простой интуитивно понятный интерфейс, множество поддерживаемых форматов.

https://miksoft.net/mobileMediaConverterDown.php

Transmageddon Video Transcoder

http://www.linuxrising.org/

https://apps.ubuntu.com/cat/applications/transmageddon/

sudo add-apt-repository ppa:nilarimogard/webupd8

sudo apt-get update

sudo apt-get install transmageddon

Skype Call Recorder

Запись звонков Skype. Программа кроссплатформенная.

http://atdot.ch/scr/download/

sudo add-apt-repository ppa:dajhorn/skype-call-recorder

SimpleScreenRecorder

Запись экрана с множеством возможностей.

sudo add-apt-repository ppa:maarten-baert/simplescreenrecorder

sudo apt-get update

sudo apt-get install simplescreenrecorder

Драйвера

официальный репозиторий графических драйверов Intel

sudo add-apt-repository 'deb https://download.01.org/gfx/ubuntu/14.04/main trusty'

Nvidia Drivers

sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-x-swat/x-updates

"Полуофициальный репозиторий" ppa новых драйверов nVidia, устанавливайте на свой страх и риск.

sudo add-apt-repository ppa:graphics-drivers/ppa

sudo apt-get update && sudo apt-get install nvidia-355

ATI drivers

sudo add-apt-repository ppa:oibaf/graphics-drivers

Этот репозиторий позволяет добавить драйвера для ноутбуков и нетбуков Samsung

sudo add-apt-repository ppa:voria/ppa

Распознавание текста

GImageReader и Tesseract

sudo add-apt-repository ppa:gezakovacs/tesseract

sudo add-apt-repository ppa:sandromani/gimagereader

Cuneiform и Yagf

sudo add-apt-repository ppa:alex-p/notesalexp

Это репозиторий, в котором есть графическая оболочка для Cuneiform - программа Yagf. Служит для распознания текста в Linux.

Настройка

Ezame – новый редактор меню для Unity

sudo add-apt-repository ppa:caldas-lopes/ppa

sudo apt-get update

sudo apt-get install gksu ezame

Ubuntu Tweak

sudo add-apt-repository ppa:tualatrix/ppa

Grub customizer

sudo add-apt-repository ppa:danielrichter2007/grub-customizer

Burg

Графическое приложение для конфигурации Grub - Burg, чтобы не копаться вручную в их многочисленных настройках в /etc.

sudo add-apt-repository ppa:bean123ch/burg

Темы, иконки

sudo add-apt-repository ppa:tiheum/equinox

sudo apt-get install faenza-icon-theme faience-icon-theme faience-theme

sudo add-apt-repository ppa:noobslab/icons

sudo apt-get install awoken-icon-theme mint-x-icons malys-ex malys-uniblack malys-uniblue acyl-icons darkenza mac-x-lion-reloaded nitrux-icons meliaesvg-icons piratunbu-icons azenis-green-icons nouvegnome-color nouvegnome-gray fs-icons hi-lights-icons matrilineare

sudo add-apt-repository ppa:upubuntu-com/icons

sudo apt-get install azenis-icons betelgeuse-icons candy-icons faenk-icons gxiria-icons hilights-icons hydroxygen-icons kalahari-icons magog-white-icons mx-icons propheticon13 sphere-icons

Панель задач в стиле Windows 7

sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/talika

Это репозиторий панели задач в стиле windows 7 для Gnome. В последних версиях Gnome не работает.

Репозиторий Ualinux

Тут все просто, достаточно загрузить два пакета и все репозитории будут установлены.

http://archive.ualinux.com/deb/pool/all/ualinux/ualinux-repo...

http://archive.ualinux.com/deb/pool/all/ualinux/ualinux-repo...

К сожалению, помянем два проекта playdeb.net и getdeb.net. Раньше там были софт и игры, сейчас там какие-то сайты на Вордпрессе, не имеющие ничего общего с тем, что было.

Останки playdeb есть на гитхабе, но насколько оно актуально - неизвестно.

https://github.com/ckorn/PlayDeb

Google репозиторий

Можно просто потыкать мышкой и скачать следующий софт:

Google Chrome

Google Earth

Google Music Manager

Google Voice and Video Chat

mod_pagespeed for Apache

Google Web Designer

https://www.google.com/linuxrepositories/

Репозиторий ubuntuupdates.org

Большая коллекция софта, нет какого-то единого способа подключить весь репозиторий, только отдельные PPA

ubuntu.randoman.ru

Последняя версия репозиториев - Ubuntu 18.10

prostolinux.ru/repozitorii

Не слишком большой список софта на все случаи жизни без группировки по типам.

network.lamantinclub.com/42-poleznye-repozitorii-dlya-ubuntu-14-04

Репозитории для устаревший версий Ubuntu, но, теоретически, можно использовать и сейчас.

ubuntunews.ru/apps

Сайт достаточно давно не обновлялся, но можно воспользоваться указанными репозиториями.

В оригинале статьи есть еще много разных репозиториев по работе с графикой, текстом и всякими свистоперделками, не стал их включать сюда во избежание превращения статьи в бесконечную простыню.