Вот такое слово даст нам словарь - ναι [ne], а для древнегреческого исходный вариант νή [nḗ]. И первым лингвистическим порывом может стать заявление, что греки-де совсем странные ребята, раз начали отрицание использовать как согласие. Но нет, странным будет тот, кто, не разобравшись, будет такое утверждать. За тысячи лет корни, конечно, иногда меняют свой смысл на противоположный (например, наше слово "белый" родственно английскому чёрному "black"), но не в этом случае.
В праиндоевропейском реконструируется указательное слово *h₁énos, что-то вроде "тот", "вон тот", "то", "вон то". В прагерманском оно дало *jainaz, откуда редкое английское "yon" ("вон там", "вон тот").
Никогда его не встречала, полагаю, многие из вас тоже, поэтому вот пример употребления: "on the yon side" ("на той стороне").
У протоиталиков сложился вариант *eno ("вон тот"), откуда латинские:
✋ "enim" ("действительно, реально, по-настоящему, да")
✋ "nam" ("поэтому, потому что, в связи с тем, что, в действительности")
И вот тут есть полное пересечение с латинским "nē", которое означало "нет", но происходит от ПИЕ *ne ("не, нет"). Римляне различали их по контексту и выражению лица.
В протобалтославянском получилось *anas ("вон тот", "вон там"), откуда литовское "anas" ("тот") и наши "он", "оный".
В общем, у римлян и греков из значения "вон то" как-то получилось значение вроде "и то верно", технически состоящее из одного лишь "то". Такие дела.