В первых кадрах видим как машины забирают у мертвого Нео биоматериал и используя его клонируют Нео помещая в капсулу.

Далее действие переносится в прошлое. В полуразрушенном городе, где снуют охотники, какие-то люди ищут чей то дом. В доме они находят накопитель данных и пытаются считать информацию с него.

Действие переносится ещё дальше в прошлое. В мире ещё не существует матрицы, человечество наслаждается жизнью и цивилизацией. Показывается дом, который искали люди из прошлой сцены и там мистер Андерсон (взрослый Киану Ривз) работает над созданием новой виртуальной вселенной. Он является главным разработчиком нового проекта, который должен объединить всех людей мира в едином виртуальном пространстве.

Виртуальный мир состоит из ядра (будущий Архитектор) и самой матрицы, которую контролирует Архитектор, а так же из множества физических механизмов, которые подключены к матрице, и которые должны помогать людям в реальном мире.

Андерсон, как и все нормальные программисты, на всякий случай, пишет секретный код известный только ему, при помощи этого кода он может подключаться к будущей матрице нестандартным способом. Так же он внедряет в ядро программу-сервис, которая при каждой перезагрузке матрицы должна загружаться в новую версию. Эту программу он называет Пифия. Цель программы, не вызывая подозрения у ядра, анализировать работу матрицы и предвидеть как будет работать её код. Чтобы ядро не заподозрило аномалию, программа Пифия не выдаёт информацию как есть, информация выдаётся в виде своего рода ребусов.

После запуска матрицы и подключения к ней, Андерсон хочет проверить работу Пифии и она сообщает ему что, матрица представляет опасность для человечества.

Андерсон решает изменить код матрицы, но ядро, которое уже работает в автономном режиме начинает перекрывать доступ Андерсону. Тогда он решает донести до людей опасность проекта и физически уничтожить ядро. В результате этой попытки он получает смертельное ранение от механизмов, которые защищают ядро. Андерсон понимает, что физически уничтожить матрицу и ядро не получиться, сделать это можно только изменив матрицу и ядро находясь в самой матрице.

Ядро (Архитектор) в свою очередь понимает, что нужно как можно быстрее захватывать мир и превращать людей в батарейки.

Понимая, что времени у него нет, Андерсон используя последнюю возможность загружает в ядро специальный код. Этот код выполняется, как только к матрице подключается человек с определённой ДНК, его ДНК. Этот код даёт сверхспособности, при помощи которых, Андерсон надеется после смерти исправить всё.

Загрузив код, Андерсон записывает послание людям, в котором рассказывает про секретный код подключения к матрице, про Пифию, про то как можно вытащить людей из матрицы, и про то, что среди людей подключенных к матрице есть избранный со сверхспособностями.

Далее, показывают как механизмы уничтожают мир, насильно запихивают людей в капсулы, тех кто сопротивляется, убивают и используя их биоматериал клонируют. Показывается, как механизмы находят Андерсона забирают его биоматериал, клонируют, подключают к матрице и написанный Андерсоном код выполняется, делая из него избранного.

Сюжет возвращается к людям в доме. Становится понятно, что люди искали дом создателя матрицы с целью найти хоть что-то, что помогло бы уничтожить матрицу. Получив послание у уцелевшей части человечества появляется надежда, они используя лазейку написанную Андерсоном подключаются к матрице. В матрице они находят Пифию, которая выдаёт информацию в виде ребусов, как и задумывал Андерсон.

Далее показывается, что люди находят Нео, вытаскивают его из матрицы и как он пытается победить матрицу. Показывается, что люди уже не одно поколение пытаются победить матрицу, что Нео каждый раз погибает, его клонируют, архитектор перезагружает матрицу и при помощи агентов пытается разобраться в аномалии, которая позволяет людям вмешиваться в работу матрицы.

Далее идёт рассказ про Смита. Смит в матрице имеет расширенные полномочия и может воздействовать на код матрицы. В определённый момент Смит находит остатки незатёртых ячеек памяти и узнаёт, что каждый раз он побеждает Нео, Архитектор перезагружает матрицу и стирает его память. Недовольный этим он изменяет код так, чтоб не терять память после перезагрузки матрицы. Архитектор недоволен Смитом и пытается стереть его, Смит же постоянно размножается и противостоит Архитектору.

Проанализировав всё, Смит догадывается что аномалия или секретный код скорее всего находится в самом ядре (Архитекторе). Так как ядро стереть нельзя, Смит приходит к Архитектору и заключает сделку. Смит расскажет, как окончательно избавиться от Нео и вычистить код от секретных закладок, за это ядро перестанет пытаться удалить код Смита.

Смит предлагает перезагрузить и изменить матрицу в состояние, когда Андерсон разрабатывал матрицу. Идея заключается в том, что Андерсон находясь в матрице, будет снова писать матрицу и напишет тот самый секретный код, получив этот код, ядро сможет найти его у себя и удалить.

Матрица перезагружается. В реальном мире капсула с Нео начинает усиленно охраняться охотниками, а в матрице вместо Нео появляется Андерсон, который пишет матрицу.

Люди обнаруживают перезагрузку и изменение матрицы, идут к Пифии и та рассказывает им что будет. Все попытки подобраться к Андерсону в новой версии матрицы не приносят результата. За ним скрытно следят и охраняют от любых подозрительных контактов.

Понимая, что скоро Андерсон напишет свой код и сам выдаст Архитектору все секреты, люди отчаянно пытаются найти способ подобраться к Андерсону.

Далее показывается история Тринити. Люди вспоминают легенду, что ещё до появления матрицы у Андерсона был роман с некой женщиной. Люди решают найти её в матрице, вытащить, всё объяснить, и с её помощью сообщить Андерсону, что он находится уже в той матрице, которую написал, и то, что он сейчас пишет матрицу это всего лишь ловушка.

Тринити случайно знакомится с Андерсоном. Говорить открыто о том, что Андерсон в матрице нельзя, агенты постоянно рядом и следят. Тринити организует «случайную» встречу Андерсона с Пифией. Андерсон не воспринимает всерьёз Пифию, но сообщает Тринити, что он работает над новым проектом виртуальной реальности и что, было бы не плохо поместить туда такую занимательную Пифию.

Люди понимают, что сами подтолкнули Андерсона к написанию кода Пифии и что скоро ядро раскроет секретный код Пифии, удалит его, и люди потеряют возможность получать информацию от Пифии.

Люди понимают, что нужно, во что бы то ни стало убедить Андерсона, что он живёт не в реальном мире. Тринити идёт на встречу с ним, и сразу начинает вываливать всю правду Андерсону, тот не верит, но потом появляются агенты, Тринити дерётся с ними, Андерсон в шоке, не понимает, как обычная женщина может так скакать и крутиться. В итоге агент начинает побеждать Тринити, Андерсон пытается помочь ей он его вырубает другой агент.

Очнувшись, Андерсон идёт в дом Тринити и узнает, что та погибла от рук грабителей, а всё что он видел, ему приснилось.

Подавленный смертью Тринити, впечатленный сном, он решает увековечить Тринити в матрице, наделив её там сверхспособностями, которые он видел во сне.

Архитектор получает код, в котором оказывается, что не Нео наделён сверхспособностями, а Тринити. С капсулы Андерсона снимается усиленная охрана. Охотники летят к капсуле Тринити но не находят её там. Люди видят, что капсула Андерсона без охраны и есть возможность вытащить его. Они решаются на решающий бой с агентами в матрице. Тринити жива, её просто сильно ранили.

Начинается финальная битва, Андерсон видит Тринити, видит нереальные драки и начинает понимать, что, что-то не так с его миром. Тринити даёт ему красную таблетку и Андерсона вытаскивают.

Очнувшись, Андерсон помнит всё и понимает, что он и есть создатель матрицы. Архитектор осознаёт, что сам вложил в Андерсона память о создании матрицы.

Теперь Нео, не просто человек со сверхспособностями , теперь Нео знает как работает матрица от и до, он может спокойно управлять не только матрицей но и ядром (Архитектором).

Нео приходит а Архитектору и говорит, что он его создал и что всё кончено.

Далее, показывается как механизмы начинают восстанавливать реальный мир по лекалам последней версии матрицы, а это как раз тот мир, который был в момент создания матрицы.

Механизмы восстанавливают города, отключают людей от матрицы и возвращают в их дома.

Конец.

Напекла сегодня блинов. Муж: Зачем нам блины, мы ещё торт не доели.

Блины, потому что молоко испортится.

Есть ни муж, ни сын не хотят.

Я хочу, но чего - не знаю.
И вот, "селёдка под шубой". Её кроме меня вообще никто в семье не ест. Я её себе на Новогодний стол и готовила. Встречали Новый год втроём, гастроинтересы всех были соблюдены.

Пришлось импровизировать.

А если вы думаете, что у меня в блины, кроме селёдки, нечего положить, вы ошибаетесь.

С Новым годом, дорогие Пикабутяне.

Р. S. Ни гостей, ни в гости я не хочу.
И торт, и блины поедут завтра в баню, к друзьям.