Проект Docking @ Home
Docking @ Home - это проект, который использует компьютеры, подключенные к Интернету, для выполнения научных расчетов, которые помогают в создании новых и улучшенных лекарств. Целью проекта является помощь в лечении таких заболеваний, как вирус иммунодефицита человека (ВИЧ). Docking @ Home - это сотрудничество между Университетом штата Делавэр, Научно-исследовательским институтом Скриппса и Калифорнийским университетом в Беркли. Он является частью проекта, динамически адаптированного белкового лиганда и поддерживается Национальным научным фондом.
Как это работает?
Прежде чем новые препараты могут быть получены для лабораторных испытаний, исследователи должны создать молекулярные модели и имитировать их взаимодействия, чтобы выявить возможных кандидатов для эффективных лекарств. Это моделирование называется стыковкой. Комбинации молекул и их привязывающие ориентации бесконечны по числу. Моделирование как можно большего количества комбинаций требует огромного количества вычислительной мощности. В целях снижения затрат исследователи решили, что эффективным средством генерации этой вычислительной мощности является распределение задач на большом количестве компьютеров.
Чем могу помочь?
Загрузив бесплатную программу, разработанную в Калифорнийском университете - Беркли, которая называется BOINC, вы можете внести свой вклад в цикл простоя вашего компьютера в проект Docking @ Home. Это безопасно, легко настраивается и запускается только тогда, когда вы этого хотите, поэтому это не повлияет на вашу способность использовать ваш компьютер. Если вам интересно узнать больше информации, вы можете узнать больше о проекте и науке, стоящей за ним, или если вы готовы помочь, вы можете начать работу ниже.
http://docking.cis.udel.edu/about/project/index.html
http://docking.cis.udel.edu/about/science/index.html
О проекте Docking @ Home
Docking @ Home - это чистая некоммерческая организация. Проект состоит из академических исследователей, которые финансируются государственными учреждениями [NSF и NIH] в интересах общественности. Это достигается путем публикации результатов и методов в рецензируемых научных журналах, публикация результатов для общественности через этот веб-сайт проекта и, в конечном итоге, сотрудничество с другими финансируемыми государством экспериментальными исследователями. Результаты также используются для улучшения методологии стыковки белок-лиганд и проверки моделей. Сотрудничая с другими финансируемыми государством экспериментальными исследователями, мы надеемся, что это позволит нам всем получить больше от наших ограниченных финансируемых государством долларов исследований.
Проект фокусируется на стыковке небольших молекул (подобных лекарственным средствам, также называемых «лигандами») с белками, а также разработке и расширении нашей нынешней методологии док-лигандного стыковки. Стыковка белок-лиганд является очень полезным шагом в идентификации новых малых молекул, которые могут связываться с белком. Моделирование стыков с белком-лигандом может помочь провести экспериментальные исследования важных интересующих белков, таких как белки, вовлеченные в болезни. В принципе, стыковка с белком-лигандом может помочь в идентификации новых «подобных лекарственным средствам» небольших молекул, которые могут быть переработаны в молекулы с более благоприятными «лекарственными свойствами». Таким образом, стыковка с белком-лигандом является общим вычислительным методом, который может быть полезен в «структурном дизайне» новых лекарственно-подобных молекул или в качестве инструмента для разработки взаимодействия белок-лиганд в целом.
Цели проекта
Непосредственные научные цели проекта docking @ home нацелены на разработку нашей методологии стыковки белок-лиганд. Наш CHARMM (химия в механической механике Гарварда); код, разработанный Гарвардом и другими университетами, основанный на стыке метод уже установлен как один из наиболее точных методов стыковки, которые в настоящее время существуют для стыковки гибкого лиганда с жестким белком. Мы намерены продолжать разрабатывать, распространять и проверять наши методы на новых и более сложных тестовых примерах. Мы намерены разработать точные методы для обеспечения гибкости белков в стыковке белок-лиганд, которая в настоящее время является одной из наиболее актуальных проблем в области стыковки. Валидация такого подхода для широкого круга белковых целей будет очень важным вкладом в научное сообщество.
Вторичная научная цель - применить методы стыковки белок-лиганд к важным научным проблемам. В конце концов, мы хотели бы открыть наш сайт для сотрудничества с финансируемыми государством экспериментальными учеными, которые нуждаются в четкой стыковке белок-лиганд, но не имеют времени, ресурсов, опыта или персонала для такого проекта.
Docking
Docking (стыковка) - это метод молекулярного моделирования, который предсказывает предпочтительную ориентацию одной молекулы, связывающейся с другой. Знание предпочтительной ориентации этих двух молекул позволяет ученым также предсказать, насколько сильно они будут связаны. Мы выполняем моделирование стыковки на кандидатах на небольшие молекулы, которые мы называем лигандами и их целевыми белками внутри человеческого тела, чтобы предсказать, насколько аффективным может быть лиганд в препарате. После имитации стыковки в экспериментальных лабораториях для тестирования производятся хорошо закрепленные белково-лигандные комплексы.
http://docking.cis.udel.edu/about/science/index.html
