0 просмотренных постов скрыто
Владельцы нового флагмана Xiaomi смогут поучаствовать в распределенных вычислениях программы Boinc
Владельцы нового флагмана Xiaomi смогут поучаствовать в распределенных вычислениях программы Boinc
28.12.2020 https://4pda.ru/2020/12/28/380061/
Xiaomi Mi11 — первый смартфон на базе новейшего флагманского процессора Snapdragon 888 от Qualcomm. Владельцы этого аппарата смогут использовать мощь чипсета для игр, съёмки видео и фото в высоком разрешении и других ресурсоёмких задач. Как стало известно, при желании они даже смогут принять участие в разных научных исследованиях.
Производительность нового процессора Snapdragon 888 для многих может оказаться избыточной. Поэтому в Xiaomi придумали, как с пользой использовать эту мощь. Новый флагман Mi11 стал официальным мобильным вычислительным терминалом, сертифицированным BOINC.
BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing) — разработанная в Калифорнийском университете Беркли открытая программная платформа, позволяющая всем желающим пожертвовать часть производительности своих компьютеров для разных исследований, таких как обнаружение внеземной цивилизации, изучение гравитационных волн, поиск лекарств от самых опасных заболеваний — рака, СПИДа и даже коронавируса.
Пока неясно, позволят ли владельцам Xiaomi Mi11 выбирать, хотят ли они делиться производительностью своих смартфонов. Обычно это происходит добровольно и тогда, когда устройство не используется.
Показать полностью
2
Школа Методический материал Информатика
Школа Методический материал Информатика
Показать полностью
20
Исследовательские эксперименты по ВИЧ в программе Boinc…
Исследовательские эксперименты по ВИЧ в программе Boinc…
Быстрые конформационные колебания неупорядоченного слитого пептида ВИЧ-1 в растворе.
Описание
Конформационно гибкий слитый пептид (FP) ВИЧ-1 незаменим при вирусной инфекции клеток-хозяев из-за его способности встраиваться в фосфолипидные мембраны и прочно связываться с ними. Имеются противоречивые сообщения о мембранно-связанной структуре FP, а информация о структуре раствора ограничена, однако такая структура является мишенью для нового класса антиретровирусных ингибиторов. Совокупность явных симуляций молекулярной динамики растворителя, начатая с неупорядоченной FP ВИЧ-1 (время агрегирования ∼30 мкс), показала, что, хотя подавляющее большинство конформаций преимущественно лишены вторичной структуры, как спонтанное образование, так и быстрое взаимопревращение локальных элементов вторичной структуры возникают, подчеркивая структурную пластичность пептида.
Поэтому даже в таком быстром масштабе времени FP представляет собой разнообразный и гибкий конформационный ансамбль в решении. Кластеризация вторичной структуры показывает, что наиболее заметными упорядоченными элементами являются α- и 3-10-спиральные подмножества мембраносвязанных конформаций, в то время как обнаружено, что следовые популяции в пределах 2 Å RMSD всех полных мембраносвязанных конформаций уже существуют в ансамбле решений. . Поскольку связанные с ингибитором конформации FP обнаруживаются редко, ингибиторы FP могут функционировать, модулируя конформационный ансамбль и связываясь с нефузогенными структурами FP. Термодинамическая характеристика наиболее заметных упорядоченных нефузогенных структур может облегчить будущий дизайн улучшенных ингибиторов FP. тогда как обнаружено, что следовые популяции в пределах 2 Å RMSD всех полных мембраносвязанных конформаций уже существуют в ансамбле раствора. Поскольку связанные с ингибитором конформации FP обнаруживаются редко, ингибиторы FP могут функционировать, модулируя конформационный ансамбль и связываясь с нефузогенными структурами FP. Термодинамическая характеристика наиболее заметных упорядоченных нефузогенных структур может облегчить будущий дизайн улучшенных ингибиторов FP. тогда как обнаружено, что следовые популяции в пределах 2 Å RMSD всех полных мембраносвязанных конформаций уже существуют в ансамбле раствора.
Поскольку связанные с ингибитором конформации FP обнаруживаются редко, ингибиторы FP могут функционировать, модулируя конформационный ансамбль и связываясь с нефузогенными структурами FP. Термодинамическая характеристика наиболее заметных упорядоченных нефузогенных структур может облегчить будущий дизайн улучшенных ингибиторов FP.
Публикации
• Venken T, Voet A, De Maeyer M, De Fabritiis G, Sadiq SK, Быстрые конформационные флуктуации неупорядоченного слитого пептида ВИЧ-1 в растворе. Журнал химической теории и вычислений, 2013. doi: 10.1021 / ct300856r
Моделирование созревания протеазы ВИЧ
Теги WU: HIVPR
Описание
Один из самых интригующих аспектов всего процесса созревания ВИЧ - это то, как впервые появляется «ножничный» белок, протеаза. Здесь необходимо понять парадокс типа курицы и яйца, потому что каждая зрелая молекула протеазы происходит из незрелой формы и связана длинными полипротеиновыми «веревками», которые она перерезает. Итак, если «ножницы» изначально находятся в «веревке», как первые «ножницы» освобождаются? Чтобы ответить на этот вопрос на атомарном уровне точности, необходимо провести молекулярно-динамическое моделирование с текущим пределом вычислительной мощности. Технология GPUGRID позволяет нам успешно решать эту проблему, и мы смогли показать, что первые «ножницы» могут освободиться от «веревки», на которой они скованы. Увлекательно, он делает это путем связывания одного из своих концов, первоначально соединенного с другим белком в «веревке», со своим собственным активным сайтом, который, в свою очередь, выполняет разрезание. Это событие лежит в основе всего процесса созревания, и если протеазу ВИЧ можно остановить, пока она еще созревает, то вирусная частица в целом не может стать зрелой. Доступ к зарождающимся структурам протеазы ВИЧ представляет собой новую и важную цель для разработки АРВ-препаратов в борьбе с ВИЧ / СПИДом.
Публикации https://youtu.be/TfiiPMXm_Us
• С.К. Садик, Ф. Ноэ и Г. Де Фабритиис, Кинетическая характеристика критического этапа созревания протеазы ВИЧ-1, PNAS, опубликовано в Интернете 26 ноября 2012 г.
________________________________________
Молекулярное моделирование гибкости протеазы ВИЧ
Теги WU: HIVPR
Описание
Вирусные частицы (вирионы) ВИЧ становятся зрелыми и заразными благодаря действию вирусного фермента, известного как протеаза ВИЧ, который действует как пара «ножниц», разрезая длинные полипротеиновые цепи в форму, которая затем формирует структуру нового вирион. Структура, динамика и функция этого очень гибкого белка были тщательно изучены и привели к появлению многих антиретровирусных ингибиторов (АРВ), которые сегодня лечат ВИЧ ограниченным образом. Однако полный процесс, с помощью которого протеаза меняет форму для выполнения своей функции, все еще недостаточно изучен на атомарном уровне, потому что такие изменения происходят в трудноразрешимых в вычислительном отношении временных масштабах. Понимание конформационных изменений, происходящих в протеазе, имеет центральное значение при разработке нового класса АРВ-препаратов на основе структуры, которые могут воздействовать на протеазу в ее альтернативных конформациях. Технология GPUGRID позволяет нам получить доступ к этим альтернативным формам, обеспечивая основу для улучшенного лечения ВИЧ / СПИДа.
Публикации
• С.К. Садик и Г. Де Фабритиис, Явная динамика растворителя и энергетика открытия и закрытия лоскута протеазы ВИЧ-1, Proteins 78, 2873 (2010)
Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
Показать полностью
3
1
Распределенные вычисления на графических процессорах NVIDIA
Распределенные вычисления на графических процессорах NVIDIA
Вместе мы становимся еще более мощными: Сворачивание на GPU получает преимущество, благодаря поддержке NVIDIA cuda!
Поддержка CUDA приходит в Folding@Home, чтобы дать графическим процессорам NVIDIA большой прирост скорости, и вам не нужно ничего делать для ее активации!
Сворачивание на графических процессорах составляют огромную часть вычислительной мощности Folding@Home, что позволяет нам помогать таким проектам, как проект по открытию научных лекарств COVID Moonshot, оценивать тысячи молекул в неделю в их стремлении создать новое недорогое безпатентное бесплатное лечение COVID-19.
COVID Moonshot (@ covid _ moonshot) использует способность Folding@Home оценивать тысячи молекул в неделю, синтезируя сотни этих молекул в стремлении разработать безпатентный препарат для COVID-19, который можно будет принимать как простую таблетку 2 раза в день.
С сегодняшнего дня ваши вычисления на графических процессорах только что получили большую мощность! Благодаря инженерам NVIDIA наши GPU-ядра Folding @home - основанные на инструментарии OpenMM с открытым исходным кодом - теперь поддерживают CUDA, позволяя запускать GPU-проекты значительно быстрее. Типичные GPU получат прирост скорости на 15-30% в большинстве Folding@Home проектов, резко увеличивая как научную пропускную способность, так и количество очков в день (PPD).
Еще более захватывающим является то, что COVID Moonshot Sprints - которые используют специальные функции OpenMM для оценки того, насколько плотно потенциальные терапевтические средства будут ингибировать SARS-CoV-2 основную вирусную протеазу - могут видеть ускорение до 50-100% на многих GPU, помогая нам значительно ускорить наш прогресс в направлении лечения. Следить за ходом Moonshot можно в Twitter.
Чтобы увидеть эти повышения скорости, вам не придется ничего делать - новая версия 22 ядра с индексом 0.0.13 будет автоматически развертываться в течение следующих нескольких дней на многих проектах, автоматически загружая CUDA-версию ядра и библиотеки компиляторов среды выполнения CUDA, необходимые для ускорения нашего кода. Если у вас есть графический процессор NVIDIA, в журнале клиента будет видно, что будет запущено более быстрая версия CUDA с индексом 0.0.13.
Чтобы добиться максимальной производительности нового ядра с поддержкой CUDA, обязательно обновите драйверы NVIDIA! Нет необходимости устанавливать CUDA Toolkit.
Хотя core22 0.0.13 должен автоматически включать поддержку CUDA для архитектур Kepler и NVIDIA GPU более поздних версий, при возникновении каких-либо проблем обратитесь в Folding Forum за помощью в устранении неполадок. Как члены команды Folding@Home, так и волонтеры сообщества могут помочь в разборе любых проблем.
Помимо поддержки CUDA, core22 0.0.13 включает в себя ряд bugfix и новых научных функций, а также более полезную информацию, отображаемую в журналах.
Мы невероятно благодарны всем тем, кто внес свой вклад в разработку последней версии ядра графического процессора Folding@home, особенно:
Peter Eastman, ведущий разработчик OpenMM(Stanford)
Joseph Coffland, ведущий разработчик Folding@Home (Cauldron Development)
Adam Beberg, главный архитектор, распределенных систем (NVIDIA) и оригинальный соавтор Folding@Home почти 21 год назад!
Мы хотели бы выразить особую благодарность Дженсену Хуангу и всем в NVIDIA за их невероятную поддержку Folding@Home, которая недавно была представлена на недавнем мероприятии по запуску NVIDIA GeForce RTX 30 Series:
Кроме того, эти улучшения были невозможны без невероятного усилия всех волонтеров Folding@Home, которые помогли нам проверить многие ревизии сборок, особенно PantherX, Anand Bhat, Jesse_V, Bruce, toTOW, davidcoton, mwroggenbuck, artoar_11, rhavern, hayesk, muziqaz, Zach Hillard, _r2w_ben, bollix47, joe_h, ThWuensche и все остальные, кто проверил ядро и обеспечил обратную связь.
Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
Показать полностью
4
1
AMD поддержала распределенные вычисления в исследованиях COVID-19
AMD поддержала распределенные вычисления в исследованиях COVID-19
Опубликовано: 19.09.2020
Подпроект (пока единственный) TN-Grid gene@home получает доступ к двум серверам с процессорами Epyc и восьми вычислительным картам Radeon Instinct (MI50) в течение одного года в рамках гранта AMD на исследования COVID-19. К сожалению, было бы слишком обременительно передавать на аутсорсинг серверные услуги TN-Grid этим машинам, так что влияние на проект BOINC останется управляемым. Вместо этого ресурсы следует использовать, например, для тестирования алгоритмов, основанных на глубоком обучении.
AMD расширяет финансирование высокопроизводительных вычислений COVID-19 на другие исследовательские институты
Наш проект gene@home (осуществляемый в Университете Тренто, Италия) был выбран AMD в качестве бенефициара финансирования высокопроизводительных вычислений COVID-19, см. Официальное объявление:
https://www.amd.com/de/corporate/hpc- фонд
Мы очень благодарны за это пожертвование, оно предоставит нам доступ к высокопроизводительным вычислительным узлам для продвижения наших исследований. Дополнительную информацию и комментарии можно найти здесь: https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=291 (англ.)
16 сентября 2020 г.
Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
Показать полностью
2
Вычислительная биология проект GEne Networks для распределенных платформ
Показать полностью
19
Техносигнатуры помогут определить присутствие разумной жизни на других планетах
Техносигнатуры помогут определить присутствие разумной жизни на других планетах
В 1995 г. два ученых открыли планету, обращающуюся вокруг родительской звезды за пределами Солнечной системы. Начиная с того времени, когда были сделаны эти находки – которые были удостоены Нобелевской премии по физике за 2019 г. – исследователи открыли свыше 4000 экзопланет, включая планеты земного типа, на поверхности которых может существовать жизнь.
Но для определения возможного наличия жизни на планете ученые должны сначала понять, какие признаки указывают на присутствие жизни.
На протяжении последнего десятилетия астрономы уделяют большое внимание поиску в космосе следов существования примитивных форм жизни – так называемых «биосигнатур». Но что если на далекой планете существует или существовала в прошлом технологически развитая цивилизация? В этом случае из космоса будут видны так называемые «техносигнатуры», выявлением и анализом которых будут заниматься ученые во главе с Адамом Франком (Adam Frank), профессором физики и астрономии Рочестерского университета, который недавно получил под цели своего исследования грант от НАСА.
Основные направления предстоящих исследований Франка и его коллег на ближайшее время будут состоять в исследовании двух основных типов техносигнатур:
1) Солнечные панели. Звезды являются одними из самых мощных генераторов энергии во Вселенной. Если внеземная цивилизация использует большое количество солнечных панелей для сбора энергии своей звезды – что представляется довольно естественным – то свет, отраженный от этих панелей будет нести специфические спектральные следы взаимодействия с материалом панелей, указывающие на наличие таких комплексов для сбора энергии;
2) Загрязняющие вещества. Технологически развитая цивилизация в какой-то период своего существования неизбежно будет производить вещества, аналогичные веществам, загрязняющим атмосферу Земли, таким как, например, хлорфторуглероды, используемые в качестве хладоагентов. В то время как биосигнатуры включают метан, производимый простейшими живыми существами, Франк и его коллеги будут осуществлять поиск газов или паров соединений, которые были получены искусственным путем гипотетическими представителями разумной внеземной цивилизации.
Полученная информация будет собрана в онлайн-библиотеке техносигнатур, которую астрофизики смогут использовать в качестве инструмента сравнения при сборе и анализе данных.
Показать полностью
1