Upd. Проблема решена #comment_324139817

Предыстория. Купил сыну вебкамеру. Воткнул в USB, а она не работает. Проверил на других нескольких пк, всё работает отлично. Значит проблема в компе сына. Начал искать причину.
Первым делом проверил USB-порты. Выяснил, что драйвер вебкамеры появляется в диспетчере устройств и пропадает с характерным звуком подключения устройства в Windows, и так несколько раз. Такие симптомы в любом порте из доступных 6 в ПК. При этом, наушники и клавиатура отлично работают в любом из портов.
Флешка имеет те же симптомы, что и видеокарта: не определяется, точнее отключается определившись, autorun запускается и пропадает. А вот в usb 3.0 она всё же определилась и прекрасно работает.
Эта флешка загрузочная, с Windows 10 на борту. К слову, именно с неё и устанавливалась 2 года назад действующая система. Флешку тоже проверил на другом пк, всё работает и загружается из-под виндовс.
Первым делом, конечно же, проверил на вирусы касперским ремовтулсом в безопасном режиме. Найдены куча разных троянов. Моя ошибка в том, что некоторые из них не лечил, а просто удалил.
Казалось бы, переустановить систему и нет проблемы (я так и собирался).

Теперь про BIOS. Всё как обычно, загружаюсь, флешку вроде видит, но после сохранения настроек в биосе с перезагрузкой, флешка пропадает! Биос не видит флешку и установщик не запускается. Потратил кучу времени и разные советы из интернета. Пытался даже откатить виндовс до заводских настроек, но всё безуспешно (но у меня, надо понимать, урезанная версия винды). Далее фото ошибок с пояснениями:
Это при попытке восстановления до заводских:

Это ошибка загрузки в случае выставления в биосе UEFI или Legacy+uefi

Биос обновить тоже не смог. Вроде в списке флешка есть, а при попытке обновить, пишет нет фоешки. На одном из фото видно, что флешка в биосе видна. Но потом она пропадает и в списке выбора очереди загрузки вот такой список без наименования флешки:

Пробовал и команды восстановления загрузчика выполнять recboot fixmbr и тд. Но у меня винда урезанная, нет такого файла в win10. В общем, кто имел такой опыт, прошу помощи как восстановить работу usb или кардинально переустановить винду. По всем моим подозрениям это вирус что-то внёс так глубоко в систему, что даже с биосом теперь проблемы...
Upd.:
Винда на ssd, мать Msi h81m p33. В системе ещё 2 hdd. Пробовал отключать по порядку их. И винда не грузится если отключить один из hdd. Также пробовал отключить ssd и hdd и поставить винду на второй hdd, но симптомы те же, биос видит флешку ровно до перезагрузки.
Клавиатура и мышь и наушники прекрасно работают во всех портах.
Параметры конфиденциальности проверял.
Флешка работает только в USB 3.0 и ТОЛЬКО в одном из портов из 2-х.