В главном здании монастыря находится три храма: Иоанна Рыльского (1 этаж), храм-усыпальница Иоанна Кронштадтского (подвальное помещение) и собор Двенадцати Апостолов, занимающий два верхних этажа. Убранство храмов отличается сдержанной основательностью. Дубовые иконостасы, стены, выкрашенные в светлые тона, минимум позолоты и беломраморные престолы придают помещениям светлый и праздничный вид. Полы храма-усыпальницы, места последнего упокоения Иоанна Кронштадтского и первой настоятельницы, схиигуменьи Ангелины, покрыты коврами, заглушающими звуки шагов многочисленных паломников.