Еще раз о Матрице. На этот раз о 2-ром фильме.

Странный момент, когда Охотники с города Машин настигли людей с корабля "Навуходоносор", и уже планировали реализовать поставленную задачу насчет их Ликвидации, как Нео ощутил непонятную для себя связь с ними, и смог их деактивировать.

Ранее агент Смит совершил попытку поглотить Избранного для своих нужд, но не смог, явно по не желанию второго. Но все же вероятно он уже скопировал в Цифровую Модель "Мистера Андерсена" бОльшую часть своего Программного Обеспечения, но без основной программы, которая могла бы отвечать за Личность Агента в Матрице, ... ну и за Скин с пиджаком и очками.
Оставшееся ПО засело в органическом теле, и так и висело там, занимая лишь место, и пока себя не выдавая. В том числе и протоколы Управления Осьминого-образными Охотниками, от самого Смита прям, представляете?)

Когда же сами Охотники показались уже из-за угла, явно СИГНАЛЯ всем своим соратниками о найденном корабле повстанцев, ПО, сидящее в Нео, тоже активизировалось от родственных сигнатур. Как бы показывая наличие своих юнитов, что и ощутил сам Нео.
"Что-то изменилось! Я их чувствую!" - что и стало мотивом для попытки.

Обморок после этого объясняется вполне логично - либо НеСовместимость, либо для Человеческого Организма такой Апгрейд требует некоторых тренировок. Даже если учитывать, что любой софт из Мира Матрицы совместим с органикой, как было показано в третьем фильме.

Теория о нестабильном поглощении и преобразовании в Клона-агента возникла при просмотре следующих кадров (Гиф_анимация) - там видно, что один из агентов как бы зубоскалится, показывая еще большую враждебность, а иной, в стороне, как бы одобрительно кивает Избранному - мол, так держать Нео! Когда сам Избранный шагал на финальную битву за Зион...

Вариант того, кто эти оба человека До Поглощения Смитом - Меровинген и Персефона.
Меровинген откровенно негативил к Избранному, что уже неоднократно было показано в Трилогии - он и скалится; Персефона же проявляла некоторую симпатию - кто видел фильмы, те знают, о чем речь. Она и кивала в одобрение.

Если это так, то обидно, что такую сценку не засняли - толпа Агентов, все на одно лицо, врывается в особняк, и поглощает все, что движется.