После захвата Ретимнона в 1648 году турки разграбили монастырь. Однако позже монахам было позволено вернуться. Во времена турецкой оккупации в монастыре проживало около 100 насельников. В 1822 году группа турецких солдат вновь разграбила Аркади. После провозглашения независимости Греции Крит остался под властью Османской империи, хотя христиане и получили некоторые уступки. Арка на входе в монастырь была разрушена в 1866 году и отстроена заново в 1870 году.
Но монастырь Аркади известен прежде всего своей ролью в освободительном движении греков против ига Османской империи. Именно здесь в мае 1866 года началось восстание критян против захватчиков, в монастыре собрались 1500 человек, чтобы начать боевые действия. Турки неоднократно пытались захватить в монастыре Аркади инициаторов восстания, но безуспешно. И вот 7 ноября 1866 г. 15 тысяч солдат турецкой армии из Ретимно при 30 орудиях окружили монастырь и начали штурм. Но внутри находились только 260 вооруженных мужчин и около 700 женщин и детей. Силы были неравные и игумен монастыря Аркадиу с немногими оставшимися в живых восставшими укрылся с женщинами и детьми на территории оружейного склада, где отбивались до последнего и почти все погибли. Итогом стали 845 погибших, 114 пленных и 3-4 человека смогли скрыться. Турки потеряли в два раза больше, около 1500 солдат. Эти события вошли в историю как "геноцид Аркади".
