17 сен 2021

Резюме

У нас скоро будет запущен новый логотип и обновленный веб-сайт, но наша основная миссия - поддержка гуманитарных научных исследований - остается прежней. Очень скоро веб-сайт World Community Grid, электронные письма и каналы в социальных сетях будут иметь новый логотип и внешний вид.

Домашняя страница также была переработана, чтобы упростить поиск информации, которую нынешние и потенциальные добровольцы сказали нам, что они считают важной, например, самые последние новости об исследовательских проектах World Community Grid.

Кроме того, мы создали простой способ для добровольцев увидеть важные вехи в их вкладе в исследования World Community Grid, например, когда они присоединяются к World Community Grid, получают значок или их команда выигрывает испытание.

Хотя мы переезжаем в новый дом, и наш логотип и внешний вид меняются, наше имя и миссия остаются прежними: мы - глобальное сообщество добровольцев и исследователей, приверженных поддержке гуманитарных научных исследований. Спасибо за вашу постоянную поддержку, поскольку мы начинаем важный новый этап для World Community Grid.

https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle....

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:

https://boinc.ru

Мы являемся грантовой инициативой IBM Corporate Social Responsibility, которая объединяет исследователей с огромными вычислительными мощностями, предоставляемыми добровольцами со всего мира, для продвижения научных исследований по наиболее насущным проблемам нашей планеты. Любой, у кого есть компьютер, Raspberry Pi или устройство Android, может зарегистрироваться для участия. На сегодняшний день добровольцы вложили более двух миллиардов лет в вычислительные мощности для поддержки 31 исследовательского проекта, включая исследования недорогих систем фильтрации воды и новых материалов для эффективного улавливания солнечной энергии.

Наши партнеры по исследованиям опубликовали более 50 рецензируемых научных работ в журналах, включая Science, Nature и PLOS. Эти краудсорсинговые вычислительные мощности часто позволяют им проводить исследования в беспрецедентном масштабе, применять новые исследовательские подходы и выполнять работу за годы, а не десятилетия.

Как работает World Community Grid?

Ученые из учреждений со всего мира приезжают к нам с исследовательскими проектами, которые требуют огромных вычислительных мощностей. Используя выбранный ими программный инструмент моделирования, мы интегрируем это программное обеспечение в нашу платформу и распространяем миллионы виртуальных исследовательских экспериментов среди тысяч добровольцев World Community Grid, которые выполняют эти вычисления на своих компьютерах и устройствах Android. World Community Grid проверяет, объединяет результаты этих вычислений и отправляет их исследователям. С помощью World Community Grid ученые могут не только получить доступ к огромным вычислительным мощностям, но и привлечь общественность к своим исследованиям.

Какие исследования климата и окружающей среды поддерживает World Community Grid на сегодняшний день?

С 2004 года World Community Grid поддерживает ряд исследований в области окружающей среды, в том числе:

Проект чистой энергии.

В рамках того, что считается крупнейшим из когда-либо проведенных экспериментов по квантовой химии, исследователи из Гарвардского университета проверили миллионы органических фотоэлектрических соединений, чтобы предсказать их потенциал преобразования солнечного света в электричество. Из них 36 000, по прогнозам, удвоят эффективность большинства солнечных элементов на углеродной основе, производимых в настоящее время.

Вычисления для чистой воды - исследователи из Университета Цинхуа в Пекине использовали World Community Grid для моделирования потока воды через углеродные нанотрубки с беспрецедентным уровнем детализации. При этом они обнаружили явление, указывающее на новую возможность фильтрации воды, которая однажды может улучшить доступ к чистой воде для почти миллиарда людей во всем мире, которые не имеют к ней доступа.

Вычисления для устойчивого водоснабжения - ученые из Университета Вирджинии изучили влияние политики управления на качество воды в Чесапикском заливе, чтобы получить более глубокое представление о том, какие действия могут привести к восстановлению, здоровью и устойчивости этого важного водного ресурса.

Раскрытие тайн генома - исследователи изучили 200 миллионов генов самых разных форм жизни, таких как микроорганизмы, обнаруженные в морских водорослях с берегов Австралии и в реке Амазонка. Цель их работы - расширить знания о биохимических процессах в целом, определить, как организмы взаимодействуют друг с другом и окружающей средой, и задокументировать текущее базовое микробное разнообразие, что позволит лучше понять, как микроорганизмы изменяются под воздействием экологических стрессов, таких как изменение климата.

Какие вычислительные мощности предоставляются за счет гранта?

Ученые, получившие эти награды, будут использовать World Community Grid, инициативу IBM по корпоративной социальной ответственности, которая предоставляет ученым огромные вычислительные мощности. Через World Community Grid расчеты вычислительных исследований распространяются среди тысяч добровольцев по всему миру, которые выполняют эти расчеты на своих компьютерах или устройствах Android. Кроме того, мы выполняем техническую работу по интеграции выбранного исследователями инструмента вычислительных исследований в платформу World Community Grid. Мы также обеспечиваем коммуникацию и информационную поддержку для вовлечения и просвещения общественности в этом исследовании.

Чем вычислительная мощность, предоставляемая World Community Grid, отличается от суперкомпьютера?

Как однажды сказал один из исследователей, который использовал World Community Grid в течение нескольких лет: «Оказывается, наличие сотен тысяч компьютеров в параллельном режиме ускоряет работу больше, чем наличие суперкомпьютера».

World Community Grid предоставляет ученым 24/7 доступ к вычислительной мощности, достаточной для того, чтобы соответствовать некоторым из самых мощных суперкомпьютеров в мире. Но в отличие от традиционного суперкомпьютера, World Community Grid распределяет вычислительную работу на тысячи компьютеров по всему миру, каждый из которых предоставляется добровольцем, который решает сделать свое устройство доступным для проведения научных расчетов. Для наших партнеров по исследованиям это означает, что им не нужно ждать в очереди за вычислительными ресурсами, как это бывает с большинством суперкомпьютеров в их собственных учреждениях. Вместо этого они получают доступ к огромным вычислительным мощностям, вовлекая общественность в свои исследования.

Какие погодные данные предоставляются получателям грантов?

Получатели гранта имеют доступ к данным о погоде от The Weather Company, подразделения IBM, для поддержки своих исследований. Данные могут включать глобальные прогнозы погоды, исторические наблюдения и текущие погодные условия. Доступ к данным будет обеспечиваться через веб-API, а проект работает в World Community Grid.

Какие возможности облачного хранилища предоставляются получателям грантов?

Получатели гранта имеют доступ к IBM Cloud Object Storage для всех потребностей в хранении данных, связанных с их проектом, поддерживаемым IBM, в то время как проект выполняется в World Community Grid. Также будет оказана техническая помощь для оценки их потребностей в хранении данных и определения подходящих решений для хранения.

Каковы были критерии успешных предложений?

Успешные предложения соответствовали следующим критериям:

Некоммерческий: проводится общественными или некоммерческими организациями. Решение проблемы изменения климата: углубленное понимание последствий изменения климата и / или стратегий адаптации или смягчения последствий изменения климата. Содействуйте открытой науке: все данные, полученные волонтерами World Community Grid, должны быть бесплатно доступны для научного сообщества. Доступны, ускорены или расширены за счет ресурсов, которые мы предлагаем: вычислительные исследования климата или окружающей среды, которые требуют значительных вычислительных мощностей компьютера и могут быть разделены на небольшие независимые вычисления, могут потребоваться данные о погоде и / или могут получить выгоду от больших объемов облачного хранилища.

Как оценивались заявки?

Команда ученых IBM и сторонних ученых, специализирующихся в области науки об окружающей среде и изменении климата, рассмотрела каждую заявку на предмет:

Научная заслуга

Возможность внести свой вклад в понимание мировым сообществом конкретных проблем, связанных с изменением климата и / или наукой об окружающей среде. Способность исследовательской группы управлять устойчивым исследовательским проектом.

Подтвержденная потребность в ресурсах IBM

Какие обязательства берут на себя ученые взамен?

В обмен на эти ресурсы ученые соглашаются поддержать нашу политику открытых данных, публично публикуя данные исследований своего проекта World Community Grid, чтобы мировое научное сообщество могло извлечь выгоду из своих выводов и использовать их. Исследовательские группы также соглашаются привлекать добровольцев к своим исследованиям посредством регулярного общения через каналы связи World Community Grid.

Могут ли исследователи по-прежнему подавать заявки на эти ресурсы?

В настоящее время мы не принимаем приложения, которые включают данные от The Weather Company и хранилище из IBM Cloud, но любые исследователи, заинтересованные в использовании вычислительной мощности World Community Grid, могут подать заявку.

https://www.worldcommunitygrid.org/research/viewSubmitAPropo...

Как мне убедиться, что я начну вносить свой вклад в эти проекты, как только они будут запущены?

Если вы уже являетесь волонтером World Community Grid, перейдите на страницу «Мои проекты», где вы можете выбрать участие в новых проектах по мере их появления. Если вы еще не являетесь волонтером World Community Grid, вы можете подписаться, чтобы получать уведомления, как только будет запущен первый из этих трех проектов. Вы также можете присоединиться к World Community Grid прямо сейчас и поддержать наши существующие проекты.

https://www.worldcommunitygrid.org/ms/viewMyProjects.do

https://www.worldcommunitygrid.org/climateNews.action

https://www.worldcommunitygrid.org/discover.action

https://www.worldcommunitygrid.org/research/viewAllProjects....

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:

https://boinc.ru

Системные Требования World Community Grid.

Каковы рекомендуемые минимальные технические характеристики системы? Сколько данных я буду загружать и выгружать, участвуя в World Community Grid? Как узнать, запущено ли на моем компьютере 64-разрядное исследовательское приложение?

Каковы рекомендуемые минимальные технические характеристики системы?

Чтобы участвовать в World Community Grid, вам необходимо иметь как минимум следующее: Возможность отображения графики (при желании увидеть графику) Интернет-соединение Кроме того, у каждого исследовательского проекта свои потребности в памяти и дисковом пространстве. Это следующие:

Исследовательский проект. Память. Доступное пространство. Операционные системы. Africa Rainfall Project 1 ГБ 1,5 ГБ Windows Mac Linux

FightAIDS @ Home - Phase 2 1 ГБ 100 МБ Windows Mac Linux

Help Stop TB 200 МБ 200 МБ Windows Mac Linux

Картирование онкологических маркеров 400 МБ 500 МБ Windows Mac Linux Android

Microbiome Immunity Project 650 МБ 250 МБ Windows Mac Linux

OpenPandemics - COVID19 250 МБ 100 МБ Windows Mac Linux Android

Smash Childhood Cancer 250 МБ 100 МБ Windows Mac Linux Android

1.Доступна версия для процессоров x86.

2. Доступна версия для процессоров x86-64.

3. Доступна версия для процессоров ARM.

4. Минимальное требование Android - версия Android 4.4.

5. Доступна версия для GPU (Open CL 1.2)

6. Пользователям, которые решили запустить этот проект, рекомендуется установить параметр «Оставлять приложения в памяти во время приостановки» в своем профиле устройства.

https://www.worldcommunitygrid.org/ms/device/viewBoincProfil...

Чтобы ограничить количество задач, назначенных вашему устройству для конкретного проекта, см. FAQ здесь.

https://www.worldcommunitygrid.org/help/viewTopic.do?shortNa...

https://www.worldcommunitygrid.org/help/viewTopic.do?shortNa...

Сколько данных я буду загружать и выгружать, участвуя в World Community Grid?

Объем передаваемых данных зависит от того, как настроены ваши параметры обработки, насколько мощный ваш компьютер и как часто он включен. Это также зависит от того, какие исследовательские проекты вы запускаете на своем компьютере. Средний компьютер, участвующий в World Community Grid, выдает около 2 результатов в день.

Каждый из исследовательских проектов World Community Grid использует разные приложения, входные и выходные файлы. В результате размер, используемый для каждого из них, зависит от проекта. Это показано на диаграмме ниже. Обратите внимание, что данные сжимаются во время передачи и распаковываются после загрузки. В результате он будет занимать на диске больше места, чем указано ниже.

Одноразовая загрузка. Загрузка по рабочему модулю. Выгрузка рабочей единицы.

Africa Rainfall Project 100 МБ 100 МБ 60 МБ

FightAIDS @ Home - Phase 2 10 МБ 0,2 МБ 1 МБ

Help Stop TB 30 МБ 5 МБ 10 МБ

Картирование онкологических маркеров 40 МБ 0,1 МБ 3 МБ

Microbiome Immunity Project 100 МБ 50 МБ 1,5 МБ

OpenPandemics - COVID19 10 МБ 0,2 МБ 0,1 МБ

Smash Childhood Cancer 2 МБ 0,2 МБ 0,1 МБ

На компьютере с Windows вы можете использовать диспетчер задач Windows для просмотра имени процесса. 64-битные исследовательские приложения заканчиваются на windows_intelx86_64, а 32-битные приложения заканчиваются на windows_intelx86.

На компьютере с Linux вы можете найти PID исследовательского приложения (которое будет начинаться с имени «wcg»), а затем выполнить команду «file -L / proc / PID / exe». В OS X мы поддерживаем только 64-битные приложения, поэтому все задачи World Community Grid будут запускать 64-битное приложение.

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:

https://boinc.ru

OpenPandemics - COVID-19 теперь работает на машинах с графическими процессорами

6 апреля 2021 г.

Резюме

Программное обеспечение OpenPandemics - COVID-19 адаптировано для использования мощности графического процессора. Это не только поможет исследователям проверять больше молекул, но также может помочь им изучить более сложные молекулы.

В течение нескольких месяцев исследователи OpenPandemics - COVID-19 из лаборатории Forli в Scripps Research и техническая группа World Community Grid работали за кулисами, чтобы адаптировать AutoDock 4, программное обеспечение, лежащее в основе проекта, для использования на устройствах с графическими процессорами.

Во время бета-тестирования мы обнаружили, что рабочие блоки, работающие на графических процессорах добровольцев, выполняли в среднем в 500 раз быстрее (затраченное время графического процессора по сравнению с временем процессора), чем такой же объем работы, когда он выполнялся с использованием версии AutoDock для процессора.

https://www.worldcommunitygrid.org/research/opn1/overview.do

https://forlilab.org/

Что такое графический процессор?

Графический процессор (GPU) - это другое название видеокарты внутри компьютера, которая изначально использовалась для отображения текста и изображений на мониторе.

По мере развития графических процессоров они приобрели огромную мощность параллельной обработки. Первоначально это было побочным продуктом ускорения специализированных вычислений, связанных с графикой, но со временем производители расширили эти возможности, чтобы они позволяли выполнять вычисления общего назначения. Как следствие, современные графические процессоры могут выполнять определенные типы вычислений значительно быстрее, чем центральные процессоры (ЦП), которые координируют всю работу на компьютере.

Однако, чтобы использовать графический процессор для научных расчетов, приложения должны быть изменены, чтобы иметь возможность использовать высокий уровень параллелизма для эффективного использования вычислительных возможностей графических процессоров.

Если доброволец запускает OpenPandemics на устройстве с подходящим графическим процессором и соответствующим образом корректирует свои настройки, это устройство может выполнять рабочие единицы гораздо быстрее, чем устройство, использующее только центральный процессор.

Почему так важно увеличивать скорость этого проекта?

AutoDock-GPU может еще больше увеличить шансы проекта на обнаружение молекулы с антивирусными свойствами. По сравнению с AutoDock 4 (текущая версия программного обеспечения, используемого для OpenPandemics, AD-GPU намного быстрее, что значительно повысит и без того потрясающую скорость стыковки результатов.

Кроме того, AD-GPU имеет улучшенный алгоритм поиска, который демонстрирует большую вероятность обнаружения сильных взаимодействий между молекулами и вирусными белками и хорошо подходит для стыковки более крупных или более сложных молекул. Это означает, что исследователи могут использовать AD-GPU не только для проверки большего количества молекул, но и для поиска более сложных молекул.

Сравнение GPU OpenPandemics и CPU для первоначально ориентированных на CPU пакетов 30010-30019, запущенных во время бета-тестирования. Среднее количество дней для завершения одного всего пакета (синие столбцы) показано со средними баллами за пакет (оранжевые столбцы). Общее среднее ускорение составило 334 раза (максимальное наблюдаемое - 516 раз).

Общее среднее количество баллов за партию свидетельствует об увеличении алгоритмической эффективности графического процессора в 1,6 раза. Эта повышенная эффективность будет использоваться в пакетах, ориентированных на GPU, и приведет к гораздо более высоким баллам за пакет GPU. Больше молекул, более сложные молекулы и за меньшее время ... все это имеет решающее значение для поиска потенциальных методов лечения вируса, который не только все еще распространяется в большей части мира, но и продолжает мутировать.

Так важны ли для этого проекта устройства без графических процессоров? Да!

В настоящее время только около 20 процентов мощности World Community Grid поступает от устройств с графическим процессором, поэтому участие каждого желающего компьютера с процессором, устройства Android и Raspberry Pi остается решающим. Спасибо всем, кто поддерживает OpenPandemics - COVID-19!

Чтобы узнать больше о мощности графического процессора для этого проекта, в том числе о том, как сделать так, чтобы ваше устройство с графическим процессором могло участвовать в нем, посетите наши часто задаваемые вопросы о графических процессорах.

https://www.worldcommunitygrid.org/help/viewTopic.do?shortNa...

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:

https://boinc.ru

Увлечение молодого человека к информатике рака живет

29 сен 2020 Резюме

Ян Лоусон Ван Тох, стажер лаборатории Jurisica Lab, трагически скончался в 2007 году во время первого года обучения в аспирантуре. Его память чтится Фондом Яна, который помогает молодым ученым начать карьеру в области информатики рака.

Будучи студентом, изучающим биомедицинские вычисления в Королевском университете в Онтарио, Канада, Ян Лоусон Ван Тох активно искал возможности в своей области обучения, включая стажировку в Jurisica Lab для участия в работе по информатике рака. Ян работал над инструментами, которые разрабатываются, чтобы помочь ученым и медицинскому персоналу лучше прогнозировать, находить и лечить различные типы рака.

По окончании учебы Ян был принят в аспирантуру факультета медицинской биофизики Университета Торонто. Он также продолжал работать в Jurisica Lab в качестве аспиранта, где он был в команде, разрабатывающей NAVIGaTOR, инструмент для визуализации и анализа 2-D и 3-D графиков, который, например, позволяет исследователям одновременно визуализировать миллионы взаимодействий с белками и тем самым начать определять, какие взаимодействия вызывают мутацию здоровых клеток в раковые. Но, к сожалению, жизнь и работа Яна были прерваны, когда он умер от болезни сердца на первом году обучения в аспирантуре.

Чтобы почтить память Яна, его родители и лаборатория Jurisica Lab создали фонд Яна в онкологическом центре принцессы Маргарет в Торонто. Фонд поддерживает стажировки, награды за выдающиеся достижения в области исследований в области информатики рака и серию лекций с участием некоторых ведущих ученых мира в области вычислительной биологии. Более 10 лет IBM помогала поддерживать эту работу, выступая одним из спонсоров награды за выдающиеся научные работы на ежегодной Международной конференции по вычислительной биологии.

http://www.cs.toronto.edu/~juris/ismbawardees.htm

Участники Ian's Ride в 2016 году. (Нажмите на изображение, чтобы увидеть его в увеличенном виде.)

http://www.team-ian.org/about-the-ride/

Ian’s Ride начал свою деятельность в 2009 году, чтобы помочь собрать деньги для Фонда, при этом члены Jurisica Lab участвовали как райдеры, так и вспомогательный персонал. Первые два года гонщики команды участвовали в Enbridge Ride to Conquer Cancer.

Впоследствии, чтобы гарантировать, что все собранные деньги будут направлены на цели Фонда Яна, команда начала свою собственную поездку, которая охватила 270 км от Здания компьютерных наук в Королевском университете в Кингстоне, Онтарио (альма-матер Иэна). в Монреаль.

Возраст участников поездки варьировался от 19 до 82 лет, среди них было несколько сотрудников IBM из Канады. В дополнение к самой поездке участники поддержали исследование, предоставив исследователям образцы слюны. Эти образцы были проанализированы в рамках исследования по определению молекулярных механизмов, как физическая активность может влиять на рак, как для профилактики, так и для лечения. В настоящее время исследователи ожидают данных о секвенировании РНК из собранных образцов, чтобы продолжить следующие шаги в исследовании.

Из-за продолжающейся пандемии COVID-19 в этом году поездка Иэна была сокращена до нескольких гонщиков. Но помимо поездки, страсть Яна к информатике рака живет благодаря работе студентов, которым помогает Фонд. Работа этих студентов, в свою очередь, помогла с анализом данных по проекту Mapping Cancer Markers, который в настоящее время выполняется в World Community Grid.

https://www.worldcommunitygrid.org/research/mcm1/overview.do

Узнайте больше о Ian’s Ride и Ian’s Fund здесь.

http://www.team-ian.org/about-team-ian/

Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:

https://boinc.ru

THOR Challenge 2020 приглашает вашу команду поддержать гуманитарные исследования

1 сен 2020

Резюме

THOR Challenge возвращается уже пятый год. Узнайте, как вы и ваша команда можете участвовать в то время, когда гуманитарные научные исследования важны как никогда.

https://www.crunchersansfrontieres.org/

Этот год был годом беспрецедентных проблем для большей части планеты. Поэтому в связи с текущими глобальными проблемами, с которыми мы все вместе сталкиваемся, команда CRUNCHERS SANS FRONTIERES выпустила THOR Challenge 2020, который отмечает пятый год проведения этого мероприятия.

Ниже приведены основные правила THOR Challenge 2020:

Начинается 7 сентября и длится пять недель.

В течение первых четырех недель команды THOR Challenge ранжируются по общему времени работы (TRT).

На пятой неделе команды THOR Challenge Pure ранжируются по своим очкам World Community Grid.

Все активные проекты World Community Grid включены в Challenge этого года.

Вы можете узнать больше о структуре THOR Challenge в этом сообщении на форуме Томаса Х.В. Дюпон, капитан команды CRUNCHERS SANS FRONTIERES.

https://www.worldcommunitygrid... t,0#636802

По состоянию на 1 сентября в Challenge этого года приняли участие 58 команд. И, как и в прошлом году, в этом году Challenge - это два соревнования в одном, поэтому в THOR Challenge Pure будут две команды-победители.

Если вы капитан команды, зарегистрируйте свою команду сегодня. А если вы являетесь членом команды, сообщите своему капитану, что вы хотите, чтобы команда участвовала в проекте, поддерживающем исследования COVID-19, рака и микробиома человека. https://www.worldcommunitygrid... geId=10187

https://www.worldcommunitygrid... verview.do

https://www.worldcommunitygrid... verview.do

Спасибо за поддержку THOR Challenge и World Community Grid!