Сообщество - Лига изобретателей

Лига изобретателей

78 постов 445 подписчиков

Популярные теги в сообществе:

41

Как читают ДНК. Патент US5302509A

Если бы прогресс в ракетостроении был бы таким, как в чтении ДНК, то у каждого сейчас был бы персональный космический корабль! На первое секвенирование генома человека было потрачено $3 миллиарда и продолжалось оно около 15 лет. Сейчас это стоит $1000 и делается за пару дней.


Все секвенциальные машины сейчас производит компания Illumina. Никто ничего лучшего придумать не может. Про технологию этой компании я и расскажу в посте.


Основная идея метода была описана еще в 1989 году в патенте "Метод секвенирования полинуклеотидов".


В этом методе предлагается разделить двойную спираль ДНК на одиночные "нитки", "пришить" их c одного конца к твердой поверхности, добавить ДНК-полимеразу, которая прицепится к противоположному концу и начнет "ремонтировать" ДНК, достраивая вторую цепь. (Для тех кто знает - да это ПЦР).


Обычно полимераза быстро двигается вдоль одиночной цепи ДНК, останавливается на каждой "букве", подбирает подходящую (комплементарную) "букву" для второй цепи из окружающего раствора и присоединяет ее к концу второй цепи. Вторая цепь строится строго по правилу "комплементарности" - напротив "A" одной цепи, должно быть "T" другой цепи, а напротив "G" должно быть "C".


Однако здесь в качестве "строительного материала" для второй цепи предлагается использовать модифицированные "буквы" (нуклеотиды). Во первых, к ним приделана цветная метка, причем у каждой буквы свой цвет. А во вторых, они останавают работу полимеразы, как только она добавляет их в цепь. Полимераза "застревает" на только что пришитой "букве" и процесс встает "на паузу".

В этот момент мы смываем весь "свободный строительный материал" и фотографируем под микроскопом поверхность с прикрепленной ДНК. Получается вот такая картинка:

Цветные точки - это буквы "застрявшие" в полимеразе, прикрепленной к ДНК. По цвету мы можем определить, где какая "буква" застряла.


Затем заливаются реагенты, которые убирают все модификации у застрявшего "стройматериала", снова добавляют цветной "стройматериал", полимераза делает шаг, встраивает следующую "букву" и опять "застревает".

Опять все смываем, фотографируем поверхность и определяем буквы, которые "застряли" на следующем шаге в тех же точках.

И т.д.

Весь этот процесс делается секвенатором автоматически.


Циклы секвенатор повторяет раз 150-300. Таким образом мы читаем кусочки ДНК длиной 150-300 "букв". (Больше не получается, так как падает качество чтения.) Но метод позволяет читать много молекул параллельно. Современная Illumina секвенсор способен читать миллиарды молекул параллельно!!! Мы можем разрезать длинную ДНК на небольшие молекулы, прочитать их, а затем специальной программой собрать прочитанные кусочки вместе.


Одного запуска секвенатора вполне хватает на чтение десятка человеческих геномов, причем каждый еще будет прочитан много раз (это делается, чтобы скорректировать ошибки чтения).

Вот как выглядит самый маленький, "лабораторный" секвенатор, способный прочитать "только" 25 миллионов молекул за запуск.

Кто-то может засомневаться и подумать, что даже в микроскоп увидеть свечение одной молекулы невозможно (или крайне сложно). И будет прав! Я упустил важную деталь. В самом начале, после прикрепления ДНК к поверхности и перед началом чтения запускается специальный процесс ПЦР, который делает тысячи копий прикрепленной ДНК, причем копии остаются прикрепленными практически в той-же точке. Т.е. цветная точка - это тысячи одинаковых молекул и их вполне видно в простой микроскоп.


PS.

Планирую набросать постов по статистическому анализу (по опыту знаю, что даже технари это практически не изучают). В какое сообщество писать еще не знаю, так что подписывайтесь на меня, кому интересно.

Показать полностью 4
2

Как работают быстрые тесты. Патент US4703017A

В таких тестах определяется присутствие специфического белка в жидкости. В тесте на ковид, например, определяются вирусные белки. В тесте на беременность - специфический гормон, который тоже является белком.


Для этого используются искусственно выращенные иммуноглобулины. Это те самые иммуноглобулины, которые производит иммунная система (точнее B лимфоциты) для борьбы с инфекцией (их еще обычно рисуют в виде “Y”). В 1980-х годах был придуман метод выращивания иммуноглобулинов в промышленных масштабах и с тех пор они используются во многих изобретениях и исследованиях.


Для теста подбираются два разных иммуноглобулина, так, чтобы они "захватывали"  только тестовый белок, причем его разные участки. В результате должен образовываться “сэндвич” - два иммуноглобулина и тестовый белок между ними. Обычно это рисуют вот так:

Один из этих иммуноглобулинов соединяют с наночастицей золота и помещают с края тестовой полоски, там где закапывается тестируемая жидкость. А другой - “пришивают” к материалу полоски, там, где появляется цветная полоса в случае положительного теста.


Сама тестовая полоска - это что-то вроде бумажной салфетки. Если намочить ее с одного края, то жидкость начинает расползаться по всей полоске (капиллярный эффект) пока не намочит ее всю.


Растекаясь жидкость увлекает за собой иммуноглобулины с частичками золота. Частички размываются по всей поверхности и их не видно. Но если в жидкости есть тестовый белок, то частички начинают застревать там, где “пришит” второй иммуноглобулин. В этом месте образуется "сэндвич": золотая частица + иммуноглобулин 1 + тестовый белок + иммуноглобулин 2. В результате частицы концентрируются и становятся видны в виде красной вертикальной черты.


Кроме этого, для контроля в начало полоски добавляется окрашенный “контрольный” белок, на который “нацелен” иммуноглобулин, обычно пришиваемый ближе к противоположному концу полоски. Появление контрольной полоски показывает, что иммуноглобулины работают (по крайней мере контрольный) и тестируемая жидкость действительно проходит через всю полоску.


Вот хорошая анимация всего этого процесса. Только в анимации тест сделан для двух разных белков.

В 1984 году был зарегистрирован патент “Твердофазный анализ с визуальным считыванием” в котором предлагается этот метод.

Вот это патент:

Показать полностью 2 1
91

Как работает ПЦР. Патент US4683195A

ПЦР - это метод размножения копий ДНК. Делается это так.

В пробирку с реактивами добавляют очень маленькое количество (нанограммы) ДНК. Затем пробирку нагревают, охлаждают, нагревают, охлаждают ... и так раз 30. При каждом нагревании-охлаждении каждая молекула ДНК превращается в две копии. В результате общее количество копий растет в геометрической прогрессии 1 -> 2 -> 4 -> 8 -> 16 -> 32 ...


Основная работа по копированию ДНК делается молекулярной машинкой под названием "ДНК-полимераза". В момент нагрева двойная цепь ДНК разваливается на одиночные цепочки и из одной молекулы получается две одноцепочечные. При охлаждении ДНК-полимераза цепляется к одноцепочечным молекулам и "ремонтирует" их, восстанавливая вторую цепь. Получаются 2 молекулы из одной исходной.


Очень важной особенностью ДНК-полимеразы является то, что она не может прицепиться к цепочке ДНК в любом месте. Это должен быть участок частично "отремонтированный". Поэтому в пробирку добавляют короткие одноцепочечные ДНК (ПРАЙМЕРЫ), которые при охлаждении первыми соединяются с копируемой ДНК, образуя маленький участок двойной цепи. Вот к этому участку и цепляется ДНК-полимераза, чтобы отремонтировать всю молекулу.


Благодаря такой особенности ПЦР "нацеливают" на определенную ДНК с помощью праймеров. Чтобы понять, как это делается, нужно вспомнить, что ДНК - это цепочка звеньев (оснований) - A, G, T, C. Их последовательность может быть любой. Однако чтобы две цепочки соединились в одну двойную они должны быть "комплементарны", т.е. "A" в одной цепочки должна быть напротив "T" в другой, а "G" напротив "С". Вот как-то так

...A-T-G-C-G-T-A-G-C-T-A-T-T-T...

...T-A-C-G-C-A-T-C-G-A-T-A-A-A...


Дизайнеры праймеров находят короткий, уникальный участок ДНК (букв 20) и синтезируют комплементарную последовательность "букв". Если все сделано правильно то, такой праймер соединяется только с нужной ДНК в момент цикла охлаждения и запускает процесс копирования. А все ДНК, не имеющие подходящего для праймера участка, не будут участвовать в копировании.


ПЦР и дизайн праймеров - основа огромного количества изобретений.

Можно, например, сделать праймер к вирусу COVID-19 и тогда получится тот самый ПЦР тест. Если такой ПЦР создаст большое количество ДНК от пробы, взятой у человека, то значит человека болен короновирусом (у него есть вирусная ДНК).

И таким образом можно делать тест на любой вирус или бактерию!


Изобрел этот метод американский ученый Кэри Муллис, который в 1986 году зарегистрировал патент "Процесс усиления, обнаружения и/или клонирования последовательности нуклеиновой кислоты", а в 1993 получил за это Нобелевскую премию.

Вот это патент

Показать полностью 1
2

Как работает детектор лжи. Патент US1788434A

Отцом “детектора лжи” считается студент Стэнфордского университета Леонард Килер, который в 1925 году зарегистрировал патент “Аппарат для регистрации артериального давления”. Аппарат представлял собой простое соединение манжеты для измерения давления крови с пером самописца. Чистая механика, никакой электроники!

Манжету, надевали на руку испытуемого и накачивали, как при обычном измерении давления. Включали самописец и он отрисовывал колебания давления.


Пример результата работы такого полиграфа показан в патенте. Маленькие частые колебания - это пульсовые колебания, связанные с сокращением сердца. Медленные, непериодические колебания связаны с дыханием или изменением тонуса сосудов.

Именно по этим колебаниям "древние полиграфологи" и определяли правдивость ответов.


По поводу достоверности полиграфии я нашел такие данные.


В специально организованных экспериментах, где результаты теста никак не влияли на испытуемых получалось 70% правдивости результата. При тестировании сотрудников банков и универмагов 80% уличенных во лжи признавались, что действительно говорили неправду. Однако в уголовных делах только 62% оказывались виновны по результатам следственных действий и в 10% случаев сделать какие-либо выводы полиграфологи не смогли.


Официальная позиция науки - все это лженаука. Не известно никакого достоверного паттерна регистрируемых физиологических изменений, по которому можно было бы определить правдивость ответов.


Похоже тесты работают только благодаря опытности  полиграфолога и любая гадалка с картами может выдать такой же результат. Причем она также будет уверена, что именно карты определяют правдивость.


Как обмануть полиграф (точнее полиграфолога).


Наступаем на острый камень в ботинке, прикусыванием язык, учащаем дыхание и вот мы уже врем или что-то скрываем (тут главное не переборщить!). Ложное срабатывание вызывает и просто вспоминание чего-то постыдного. Из экзотических методов мне попался “метод агентов КГБ” - сжатие сфинктера. Утверждается, что это дает наиболее правдоподобную реакцию “лжи”.

Все это проделываем во время начального опроса (калибровки прибора), ну и затем выдаем “ложь” по нейтральным вопросам.


Вот так выглядит патент

Показать полностью 1
24

ГМО помидор "Вкусовая консерва". Патент US5107065A

Решил немного изучить методы изобретательства в генетике и начал с патента трансгенного помидора "flavr savr". Произноситься сорт как "flavor saver", дословно "спаситель вкуса", а "Вкусовая консерва" - мой художественный перевод названия :).


Это была первая генномодифицированная еда, появившаяся на рынке в 1994 году. Помидор мог долго лежать не теряя товарного вида, но оказался невкусным и дорогим. Компания, его сделавшая, разорилась, кроме того ее обвинили в нарушении патентов, а ее собственные патенты оспорили. В конце концов ее поглотила корпорация Monsanto.


Помидор был изменен с помощью метода, который компания запатентовала в 1983 году. Название патента звучит совершенно непонятно для неспециалиста, но я попробую изложить все простыми словами.


В чем была проблема. Было обнаружено, что помидорам помогает гнить их собственный фермент. Если его убрать, то помидор будет лежать долго и не портиться.

Сломать или удалить ген, который отвечает за производство фермена - не проблема. Но какое-то количество фермента необходимо помидору, поэтому нужен был способ снизить его производство, а не прекратить.


Производство фермента в живой клетке, как и любого белка, происходит так. Сначало участок ДНК, в котором записана инструкция по производству белка (ген), копируется в молекулу РНК, затем РНК перемещается к месту производства и загружается в рибосому, которая и производит белок.

В этой производственной цепочке отрегулировать объемы производства можно многими способами. Например, можно уничтожать РНК, несущую в производство инструкцию, с помощью другой РНК. Дело в том, что две молекулы РНК могут соединиться в двухцепочечную молекулу (как в ДНК), если их последовательности правильно подобраны. Такую двойную молекулу клетка считает "испорченной" и уничтожает.


Изобретатели помидора "flavr savr" запатентовали идею о том, что можно в ДНК вставить искусственный код, который будет выдавать РНК, мешающую производству заданного белка по описанному механизму.


В патенте они описывают и принцип создания ДНК кода, производящего "блокирующие" РНK. Код должен быть таким, чтобы производилась короткая РНК в 20-50 оснований длинной, а ее последовательность должна быть комплементарной какому-то участку РНК - мишени.

Копмлиметнарной, это значит, что при соединении с участком мишени напротив "A" основания из одной цепочки должно находится "U" основание из другой цепочки, а напроти "G" - "C"

Как-то так:

Сам патент

Показать полностью 2
10

Дыхание Дарта Вейдера запатентовано. Патент 3618322

В 2009 году Лукасфильм запатентовал звук дыхания Дарта Вейдера. Я нашел патент и да, там написано, что регистрируется "... звук ритмичного механического человеческого дыхания, создаваемое дыханием через регулятор акваланга." (теперь я точно знаю, что Дарт Вейдер в акваланге ходил)

Дыхание Дарта Вейдера запатентовано. Патент 3618322
Показать полностью 1
13

Простыня с резиночкой. Патент US3114156A

Очень полезное изобретение сделал Джеймс Коб в 1963-ем году. Пользуюсь этим давно, но только сейчас узнал, что это патентованная простыня.

В оригинале в простынь вшивалась по углам растягивающаяся вставка.

Показать полностью 2
11

ДНК дактилоскопирование и тест на отцовство

Продолжение поста ДНК дактилоскопирование. Патент US5413908A


Хочу подчеркнуть вот как какой важный момент. В ДНК дактилоскопирование не "читают" ДНК, а измеряют длину особых участков. Причем длину участков абсолютно бессмысленных, мусорных. Это участки с тупо повторяющимися блоками типа GTCGTCGTCGTCGTC. И это прекрасно не только по тому, что дешево, но и по тому, что не дает абсолютно никакой “лишней” информации.


Представьте, если бы база FBI хранила данные с кодом ДНК, по которому можно не только установить личность преступника, но и заодно узнать, о том, что сердце этого преступника идеально подходит для пересадки одной, очень важной персоне! Такого лучше не допускать принципиально. А потому, несмотря на то, что мы уже можем относительно дешево “читать” ДНК, методика ДНК дактилоскопирование остается прежней (не везде конечно, но это уже политика).


В обычной жизни мало кто сталкивается с ДНК дактилоскопированием. Однако довольно часто мы слышим о ДНК тесте на отцовство. А этот тест использует точно такую же методику, как и ДНК дактилоскопирование. Поэтому я нашел примеры результата теста на отцовство (скачал у одной фирмы, предлагающей эту услугу) и решил в них разобраться.

Пример первый:

Самая левая колонка "Локус" - это символьное обозначение участка ДНК, длину которого измеряли. В этой колонке стандартный набор из 20 вариабельных участков и участок Amelogenin, который не имеет отношения к определению отцовства и служит просто для определения пола человека по ДНК (в таблице X- женщина, XY - мужчина).


У каждого участника теста по 2 колонки цифр. Это потому, что у каждого человека 2 нитки ДНК (от папы и от мамы) и вариабельные участки на них могут отличаться. Если указана только одна цифра, то это значит, что на обеих "нитках" ДНК данный участок одинаковый. Наример, во второй строчке у матери "16" означает, что ей попал участок vWa одинаковой длины "16" и от отца и от матери.


Ребенок получает одну ДНК от папы, а другую от мамы. Это значит, что в каждой строчке у него должна быть какая-то цифра из колонки отца и какая-то из колонки матери. Конкретно какую "цифру" получает ребенок - это совершенно случайный процесс (причем эта случайность происходит еще до зачатия ребенка, если кто не знает)


Смотрим на первую строчку дочери. Цифры "17" нет ни у матери, ни у отца - это откуда-то "со стороны". Дальше уже можно и не смотреть, отец не тот. У настоящего отца должна быть одна из цифр "17" в локусе D3S1358.


А вот так выглядит подтвержденное отцовство. Все проверенные участки ДНК пришли к ребенку от мамы и от папы (по одному от каждого).

Только вот я не понял, зачем родители сына "Ириной" назвали. Видите в конце Amelogenin у Ирины X,Y - это мальчик.

Вот вроде и изложил принцип технологии.

В будущих постах планирую написать про более продвинутый метод генотипирования (благодаря которому Анджелина Джоли спасла себе жизнь, но лишилась груди).

Показать полностью 2
Отличная работа, все прочитано!