Когда Десептиконы построили базу на Луне, Астротрейн потребовался им для перевозки персонала. Он также возил Десептиконов на другие планеты за пределами Солнечной системы. Во время визита на Титан он обнаружил в себе лидерские качества и командовал порабощением местных жителей. Позже он вместе с Блитцвингом участвовал в плане по свержению Мегатрона и Старскрима. Добившись желаемого, Десептикон перепрограммировал земные поезда, превратив их в своих слуг.

В 2005 году он увозил уцелевших после битвы у Метроплекса Десептиконов на Кибертрон. Внезапно Астротрейн решил, что его топлива не хватит для перелета, поэтому потребовал выбросить часть пассажиров в космос. Затем внутри него разразилась битва за лидерство, в которой участвовал даже Девастатор. В итоге верх одержал Старскрим, и на Кибертроне Астротрейн короновал его.

Астротрейн позже был использован призраком Старскрима для перевозки глаз Метроплекса и Триптикона.