Обновление исследования от команды MCM (сентябрь 2023 г.)
Обновление исследования от команды MCM
(сентябрь 2023 г.)
Анализ команды MCM показал, что результаты рака яичников были неоднородными. С 25 сентября мы начнем проводить дополнительные отделения по работе с яичниками.
Проект: Картирование маркеров рака
Опубликовано: 22 сентября 2023 г.
Терминология
Сигнатура гена: набор генов, которые, как показано, играют определенную роль в заболевании, называется сигнатурой гена. Когда такая сигнатура может предсказать наличие заболевания, ее называют диагностической генной сигнатурой. Когда сигнатура связана с выживанием, ее называют прогностической сигнатурой. Коэффициент корреляции Мэтьюза: статистический метод, используемый для оценки эффективности прогнозной модели. Он измеряет разницу между фактическими значениями и прогнозируемыми.
Зонды: короткие последовательности ДНК, нацеленные на небольшую область транскрипта (гена). Чтобы сделать их более специфичными, зонды организованы в наборы зондов, которые используются для обнаружения и количественной оценки присутствия последовательностей генов посредством гибридизации из-за комплементарности между зондом и мишенью.
Фон
Проект Mapping Cancer Marker направлен на выявление биомаркеров, связанных с различными видами рака.
Анализируя миллионы точек данных из наборов данных о тканях пациентов, мы можем выявить закономерности, которые могут обеспечить раннее выявление, выявление с высоким риском и настройку планов лечения для пациентов.
В нашем мартовском обновлении мы описали наше исследование биомаркеров рака легких, проведенное путем тестирования нескольких сигнатур в наборе данных тканей, принадлежащих пациентам, у которых в анамнезе был рак легких, чтобы найти любые группы зондов, которые могут указывать на рак легких у пациента на ранней стадии. Поскольку работа над признаками рака легких продолжается, мы начали интерпретировать данные о раке яичников, которыми делимся в этом обновлении.
Анализ рака яичников
Подобно нашему подходу к раку легких, для исследования биомаркеров рака яичников мы использовали коллекцию нескольких наборов данных, в общей сложности 711 образцов. Из образцов 410 имели короткую выживаемость менее 3 лет, а 301 имели длительную выживаемость более 4 лет. Наш анализ был сосредоточен на дифференциации пациентов с длительной выживаемостью от пациентов с короткой выживаемостью.
Благодаря помощи волонтеров WCG нам удалось протестировать более 160 миллиардов (1,626353x1011) сигнатур-кандидатов на рак яичников в нескольких размерах. Затем мы рассмотрели подписи с коэффициентом корреляции Мэтьюза в процентиле 99,999 среди всех подписей того же размера.
На рисунке 1 показано распределение биомаркеров в сигнатурах. Под счетчиком понимается количество раз, когда зонд присутствует в верхних сигнатурах своего размера.
Рисунок 1. Частота каждого подсчета (т. е. количество раз присутствия зонда) на размер сигнатуры для данных о раке яичников.
Результаты рака легких, показанные на рисунке 2, соответствуют нормальному распределению биомаркеров по сигнатурам, тогда как результаты рака яичников (рисунок 1) не являются нормальными. Из-за такой неоднородности результатов по раку яичников мы решили провести дополнительные исследования по раку яичников. Эти рабочие блоки будут отправлены начиная с понедельника, 25 сентября, и пока они выполняются, рабочие блоки саркомы будут приостановлены.
Рисунок 2. Частота каждого подсчета (т. е. количество случаев присутствия зонда) на размер сигнатуры для данных о раке легких. Спасибо за вашу постоянную поддержку. Если у вас есть какие-либо вопросы или комментарии, пожалуйста, оставьте их в этой теме, чтобы мы могли ответить.
Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
Ссылка на git-хаб, где лежат исходники программы-клиента BOINC.
