1. Антивирус по своей природе ищет вирусы, сканирует каталоги и процессы системы, при этом некоторые файлы может отправить разработчику на анализ. А другой антивирус, ссылаясь на эти действия, будет воспринимать своего товарища как врага (верно и обратное) Так за ними и завяжется борьба в попытках остановить процессы противника и стереть его файлы, чтобы он не совал свою морду в процессы системы, отправляя при этом какие-либо файлы в далёкие края.

2. Когда антивирус видит вредоносный файл, он помещает его в свой карантин, а его товарищ, видя какие-либо манипуляции с таким файлом, пытается перехватить его и запихнуть в свой, уведомляя при этом пользователя о своих деяниях. Так они и будут флудить уведомлениями, пытаясь стащить файл друг у друга.

3. Антивирус сам по себе нуждается в ресурсах ПК, а если в системе их два или больше, между ними будут конфликты, в ходе которых они будут потреблять эти ресурсы больше обычного, что отрицательно скажется на производительности системы.