Проект по сохранению микробиома должен продолжаться!
Исследовательская группа по проекту «Микробиомный иммунитет»
11 мая 2020 г.
Исследования во время пандемии важнее, чем когда-либо. Вот как команда проекта «Иммунитет к микробиомам» продолжает прогрессировать, работая дома.
Триллионы бактерий живут внутри и на наших телах. Проект по иммунитету микробиомов использует вычислительную мощность World Community Grid для изучения белков, продуцируемых этими бактериями, которые кодируются в их геномах. Это помогает ученым понять роль микробиома в заболевании.
Мы хотим поблагодарить всех наших волонтеров за помощь в пожертвовании ценного компьютерного времени! На данный момент мы провели более 300 000 последовательностей белков по нашему конвейеру. Благодаря прогнозируемым моделям и нашему новому методу функциональных аннотаций мы наконец-то начали углубляться в анализ наших данных!
Весенняя встреча по проекту «Микробиомная иммунитет» была виртуальной, а не личной в этом году.
Верхний ряд (слева направо): Мария Маранга, Ричард Бонно, ТомашКосчулек
Средний ряд (слева направо): Юлия Келер Леман, Павел Щербяк, Даниэль Беренберг
Нижний ряд (слева направо): Дуглас Ренфрю, ВладмирГлигориевич, Крис Чандлер
Не изображено: Томми Ватанен
Мы должны были встретиться в Нью-Йорке в марте на нашем очередном общем собрании. Однако из-за пандемии COVID-19 эта встреча не могла состояться лично. Вместо этого у нас было несколько часов видеозвонков через Zoom в эти три дня, 18-20 марта. Во встрече приняли участие исследователи из США (Нью-Йорк), Польши и Новой Зеландии. Трудно было найти время, подходящее для всех в этих трех разных часовых поясах по всему миру, но мы справились.
Прогресс
Наша статья о функциональной аннотации из последовательности и структуры (вы можете проверить препринт здесь) была отправлена и в настоящее время находится на рассмотрении. Мы держим пальцы скрещенными для положительных отзывов!
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/786236v1
Мы также работаем над еще двумя работами, которые углубляются в данные, собранные в ходе этого проекта, как экспериментальные, так и наши прогнозы. Для этого мы начали работать с базой данных, которая делает эти данные легко доступными и анализируемыми для нас как для группы, а затем для всего научного сообщества и для всех вас! Многое еще предстоит сделать, но позвольте заверить вас, что мы делаем успехи. Для решения этих проблем у нас также есть несколько новых членов в нашей группе, которые могут помочь нам. Польская команда становится еще больше благодаря аспиранту и докторантуре, а у нашей команды в Нью-Йорке есть еще один инженер-программист, который помогает нам в настройке баз данных. Добро пожаловать в нашу команду: Павел, Мария и Крис.
https://amarolab.ucsd.edu/news.php
Из других важных событий, член исследовательской группы Брин Тейлор успешно защитила кандидатскую диссертацию 14 апреля. В соответствии со временем ее защита осуществлялась с помощью Zoom, что означало, что большая группа членов семьи, друзей и коллег могла присутствовать.
Поздравляю, доктор Тейлор!
Наша исследовательская деятельность всегда включала удаленную работу и онлайн-общение. В эти трудные времена мы работаем так же усердно, как и всегда, и надеемся, что все волонтеры World Community Grid принимают меры для обеспечения безопасности и здоровья. Благодарим Вас за постоянную поддержку!
Хотите принять участие в распределенных вычислениях, тогда, Вам сюда:
https://boinc.ru/forum/