Мобильный оператор отключил телефон костанайцу за то, что он... много звонил⁠⁠

Это не я так считаю, это факт такой. И используется у всех операторов, в том числе проводного. Сейчас обычная практика.
Тариф (безлимит или лимит) тут вообще не причем. Но скажем прямо, в каком отдаленном смысле стоимость тарифа (не тип его) может влиять на рейтинг, но это далеко не самый главный фактор, влияющий на рейтинги qos. Иногда же определяется по стоимости одной единицы трафика (например за Гб). Но повторюсь, это не самый главный фактор, и влияния он привносит крайне незначительное.
Первым фактором идёт модель поведения, а именно то, как за какой-то определенный промежуток использовался доступ в Интернет. Понятное дело, что на сим, которую никогда не использовали, редко использовали, или вообще на новой, скорость будет заведомо выше. Если уж и проверять сравнением, то брать надо во внимание: Тариф(стоимость трафика в нем за единицу), начисления за связь и модель поведения (на протяжении долгого времени она должна быть аналогичной, рейтинги не за один день высчитываются). В вашем сравнении никакой информации об этом нет, сравненить тут и выявить взаимосвязь нельзя.
Сравнение в лоб невозможно поставить на основе двух-трёх тестов тупо. Чтобы адекватно наиболее полно сравнить, сравнивать надо неоднократно:
в одном и том же месте
в одно и то же время(небольшая разница может быть, например, 5 минут, и то, это тоже может внести свои коррективы)
в одном и том же устройстве
Все три фактора одинаково важны, не выполняя какой-либо из них нельзя однозначно сказать, что проблема в рейтингах.

При этом система рейтингов не является намеренным снижением трафика, да и снижать операторам бессмысленно так-то, если подумать, им это невыгодно - больше обращений, больше потерь клиентов. Даже если у него дешёвый тариф и он много грузит - это все равно потенциальная потеря денег.

Это все часть той же системы, отвечающей за нагрузку. Увы и ах, без системы рейтингов бы жалоб было больше, не на всех бы "хватило". И я считаю такую систему верной и корректной.

Стоит учитывать, это также максимально важно, что если Базовая станция свободна и на узлах сети до ядра сети оператора и\или до нужного ресурса нагрузки нет, а значит ресурсы сети свободны для распределения, то и влияние рейтингов также является крайне минимальным. Оно проявляется именно в моменты, когда сеть не способна рапределить ресурсы свободно на всех, это является вынужденной мерой.

Так что в вашем случае вполне имеет место быть и нагрузка на сети\БС.

При этом такие рейтинги используются не только внутри оператора, но и на ресурсах, которые вы используете, в том числе на CDN. Далеко не всегда в занижении скорости на каких-то ресурсах виноваты именно рейтинги провайдера.

А кстати, помимо тестирования на спидтесте, реальные трудности или реальные отличия вообще имеются при использовании? Проводили такое "испытание"? Или весь огонь только из-за циферок?

Тест штука неоднозначная, если пользоваться комфортно и особо не напряжно, то измерения спидтеста вобще ни к чему. Скорость же динамическая.

Работа сети и распределение ресурсов на сети не так простоы, как кажется. Это крайне глубокая тема для изучения, но интересная. Нет однозначных причин какой-либо проблемы или какого-либо решения. Факторов влияющих на работу разных сервисов невероятно много на сети, при этом на каждом узле сети и на каждом этапе использования они могут различаться. Нет "резиновых" сетей, все ресурсы у всех сетей разных видов услуг ограничены.

Советую вам на досуге поизучать досконально работу сетей, не обязательно мобильных.