На фото Андрей Комиссаров, заведующий лаборатории молекулярной вирусологии НИИ гриппа в Санкт-Петербурге. Именно они первыми в России секвенировали (расшифровали) геном SARS-CoV-2. Кстати говоря, слева от ноутбука лежит тот самый секвенатор на котором секвенировали этот вирус.
UPD: #comment_186457996
...фото и новость марта этого года. Вижу, что запутал людей, мой косяк.
@moderator, можете в пост добавить, что фото и новость марта этого года. Вижу, что запутал людей, мой косяк.
Тсс, не подавай идей. А то набегут с воплями, что в РФ нихуя нет и вместо нормальных приборов используют чумащые жёлтые банки.
3130 так то уже несколько лет назад сняли с официального обслуживания апплайд/термофишер и, наверно, не стоит говорить что на них что то делается. хотя, каппиляры там живучие, да и ваще машинка огонь
Это тоже 3-е поколение, только не oxford nanopore, а pacific bioscience :)
Прост к тому, что 3 поколение тоже бывает огромным
А 1 поколение (Сэнегр) можно делать вручную (в прямом смысле слова), совсем без оборудования :)
ну прометей это просто много миников, эт не очень честно)
Тоже самое, что сделать "сервер" из пацификов :D
А это в РФ? У них вроде ограничения на поставки грид-ион и прометей были, даже минионы со скрипом продавали
Да? я думал просто развитие ГридИона (там то точно просто 5 ячеек от миников запихнули в 1 корпус)
Если не секрет, в каких пределах будет секвенирование скажем 10 человеков (экзом), при покрытии 50-60х? (ячейка+расходка) Сильно дешевле набора на 10 миников? (без "реюза" ячеек)
Ну и здорово, что привозят, мы пока с миником балуемся :)
Отказы то и раньше были весьма редки, но ряд ВУЗов с "военными" кафедрами вроде попали под запрет. Хотя частникии особых проблем, кроме стоимости и сроков, не испытывали
Правда, внезапно, технишины говорят что нам брак приехал. Ну или у них руки из жопы, получить 0.98х покрытие экзома человека :D
Хз, я с ними пока не общался тесно (разные часовые пояса накладывают отпечаток, а работы и другой много)
Из того что услышал "через 3-и руки" - протекает ячейка. Мол с места загрузки первый буфер выливается не только туда, куда надо ~\o/~
Конкретных лаб не буду называть, тем более что формально это несколько лаб :)
Место действия - Нск
Вот в этом то и прикол, что там всё должно быть идеально и "просто добавь пару буферов да образец", но что-то пошло не так)
В Нск вообще трындец)
знаю одного из первых, кто в России, (еще одни ребята в Московской области так развлеклись) в кармане привез все добро, а оно сдохло по дороге) и толку ни какого и удовольствие так себе.
ИЦиГ 😋
P.S. видел очень мало раз
P.S. про то что должно быть идеально, ну так себе, просто добавь пару буферов да образец
видел не часто, особенно если это говно мамонта, умершего тучу лет назад или редкая неизвестная хрень, но очень интересно что же это 😀😀😀
где-то на хабре видел чувака DIY-щика, который собирал секвенатор в гараже и последняя его задумка была про регенерирование нанопор :D
Что-то похожее на ion proton вроде даже получилось, даже с какими-то данными)
Хммм, позвольте доеба... поправить, это не пластина, а проточная ячейка, на которой собственно и происходит секвенирование
Это Иллюмина/454/ что-то ещё
А у него Нанопор
Правда на нём процент ошибок очень выше, зато риды длинные (говорят до 100 кпн, сам лично видел только до 40кпн)
Ну и для сборки de novo, соответсвенно в идеале иметь оба прочтения, тем более иллюминлвские кратно дешевле нанопора
(От 10к за бактерию на иллюмине против ~100к за ячейку (или ~300к за анализ «под ключ») на нанопоре)
В рамках нанопора это имеено «маленькая коробочка», размером с флешку и юсб портом. При наличии мощного ноута на i7 и ssd можно брать с собой куда угодно и делать секвенирование хоть в метро
(Правда нельзя шатать, сильно нагревать/морозить и делает секвенирование много часов), но эболу, например, секвенировали прям в очаге ( в африканских деревнях), в полях в прямом смысле слова
Ну хз насчет "хоть в метро".
Там же кроме секвенатора, ячейки и компа еще вагон и маленькая тележка оборудования для пробоподготовки и реактивы с различными режимами хранения. Без нормальной полевой лаборатории (в идеале - мобильной, на базе какого-нибудь грузовика) с холодильником, центрифугой, амплификатором, шейкером, кьюбитом и прочим что-либо отсеквенировать "в полях" будет довольно затруднительно.
У нас, например, есть полевая лаба для выявления патогенов непосредственно "в полях". Никакого секвенирования. Просто real-time ПЦР. Оборудования возить приходится довольно много )
У них переносная станция для пробоподготовки :)
Загружаешь выделенную днк, она сама всё готовит, как-то так выглядит)
Можно в лабе всё сделать, загрузить в ячейку и поехать домой на метро, захватив с собой миник с ноутом :D
Наборы для выделения днк тож разные есть (хотя если с колонкой то нужна ц/фуга в любом случае). Можно конечно фенол-хлороформом сделать (в теории можно без фугования, но тогда долго будет)
Мк1? МинИТ видел (с ним почти самодостаточен, можно очень слабый ноут ради экрана подключить по сути), а Мк1 эт что-то новое и с экраном?
Мининоут чтоль?
Для общего развития - расходники какие / почем нынче? Прибор предположим есть, вчера секвенировал сарс нынче эболу - во что это мне выльется по деньгам?
Сам прибор не очень дорогой
Если брать комплект (миник. + 3 ячейки (они «условно одноразовые», по факту можно раза 2-3 использовать), + набор реагентов для подготовки библиотек (на 10 реакций вроде), + растворы для промывки и буферы), то выходит около 1.2кк₽, от курса хотя может сейчас подорожали (курс был 65₽-$, когда узнавал)
Там разные наборы по подготовке библиотек, но по цене они +/- одинаковые
Ну и ячейки - их можно использовать, пока есть «живые» поры, это ну пусть будет 36 часов (на самом деле как повезёт)
За это время можно сделать пару бактерий с покрытием около 200х-500х (смотря какая бактерия) или 1 экзом человека с 30х-40х или несколько вирусов/фагов
Но следует учитывать, что отмывка ячейки вещь сомнительная в ряде случаев и гарантия хороших данных только для первого образца
(Обычно 2 образцом идёт что-то не очень ценное)
Но если строго по инструкции (1 образец - 1 ячейка), то разницы почти нет
Хотя есть ещё специальные насадки, на малое количемтво образца, не знаю как они работаюи и удешвляют ли процесс 🤷♂️
Ну нафиг, если образец редкий я бы в лабе спать остался (или телефон оставил) :D
После того, как случайно проверил ПЦР на форезе, увидел что всё ок и на автомате выкинул все стрипы с образцами, я себе не доверяю :D
Лично видел до 300 тыс. п.н., а коллеги по лабе рассказывали что получали до 900 тыс. п.н. (правда сырые данные не дали посмотреть)
