Конкурс⁠⁠

Ну там как бы прямо показывают что внешний мир программа, от лица нео

Ну так если Зион - это вторая матрица, то и сделка была внутри общей матрицы, между человеком, который в реальности всё ещё внутри батарейки, и программой, которая притворяется главой машин.
Смит же очумел для того, чтобы был повод усмирить людей, а то они стали слишком борзые, из канализации вылезать начали, почуяли свободу, и, чтобы в очередной раз не перезагружать вторую матрицу (Зион же уже уничтожали и не раз) сделали так, как в фильме.
В итоге мир заключён, первая матрица перезапустилась (с новым Смитом), Морфиус царь и Бог Зиона и люди ещё долго будут сидеть на жопе ровно, поэтому ребут основной матрицы пока откладывается.

Это часть игры